租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令

　所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)及び租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)の施行に伴い、並びに同法附則、同令附則、租税特別措置法(昭和32年法律第26号)及び租税特別措置法施行令(昭和32年政令第43号)の規定に基づき、並びに同法を実施するため、租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令を次のように定める。

　平成21年3月31日

　財務大臣臨時代理　　　　
国務大臣　金子　一義

　租税特別措置法施行規則(昭和32年大蔵省令第15号)の一部を次のように改正する。

　第20条第1項第一号中「第27条の4第8項第一号に規定する試験研究機関等の長又は」を「第27条の4第8項第一号イに規定する試験研究機関等(以下この号及び次号において「試験研究機関等」という。)の長若しくは」に改め、「行政機関」の下に「(次号において「行政機関」という。)」を、「地方支分部局の長」の下に「又は同項第一号ロに規定する試験研究独立行政法人の独立行政法人通則法第14条第1項に規定する法人の長(次号において「試験研究独立行政法人の長」という。)」を加え、同項第二号中「同号に規定する試験研究機関等の長又は」を「試験研究機関等の長若しくは」に改め、「国家行政組織法第3条の」を削り、「地方支分部局の長」の下に「又は試験研究独立行政法人の長」を加える。

　第20条の8を次のように改める。

(地震防災対策用資産の特別償却)
第20条の8　施行令第28条の4第2項に規定する財務省令で定めるものは、気象業務法施行規則第10条の2第一号イの予報資料とする。

　第20条の10の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条中「次に掲げる書類」を「法第44条の3第1項の規定の適用を受けようとする機械及び装置が次の各号に掲げる計画に記載されていることが明らかとなる書類並びに当該各号に掲げる計画の区分に応じ当該各号に定める書類」に改め、同条各号を次のように改める。

　第20条の10に次の1項を加える。

2　施行令第28条の6第4項に規定する財務省令で定める書類は、次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める書類とする。

　第20条の11から第20条の14までを次のように改める。
第20条の11から第20条の14まで　削除

　第20条の16を削る。

　第20条の15第1項を削り、同条第2項中「第28条の9第6項第一号ロ」を「第28条の9第5項第一号ロ」に改め、同項を同条第1項とし、同項の次に次の1項を加える。

2　施行令第28条の9第5項第三号ニに規定する財務省令で定める事業は、次に掲げる事業とする。

　第20条の15を第20条の16とし、第20条の14の次に次の1条を加える。

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第20条の15　施行令第28条の8の2第2項に規定する財務省令で定める書類は、法第44条の7第1項の規定の適用を受けようとする機械及び装置が同項に規定する生産製造連携事業計画に記載されていることが明らかとなる書類並びに農林水産大臣の当該生産製造連携事業計画につき米穀の新用途への利用の促進に関する法律第4条第1項の認定(同法第5条第1項の規定による認定を含む。)をした旨を証する書類の写しとする。

　第20条の17の見出しを「(医療用機器等の特別償却)」に改め、同条第1項及び第2項を削り、同条第3項中「第28条の10第3項第二号」を「第28条の10第5項第二号」に改め、同項を同条第1項とし、同条第4項中「第28条の10第3項第三号」を「第28条の10第5項第三号」に改め、同項を同条第2項とし、同条第5項中「第28条の10第3項第四号」を「第28条の10第5項第四号」に改め、同項を同条第3項とし、同条第6項を同条第4項とし、同条第7項第一号中「第28条の10第3項第一号」を「第28条の10第5項第一号」に改め、同号イ中「平成11年厚生省令第36号。」を削り、同項第二号及び第三号中「第3項」を「第1項」に改め、同項第四号中「第4項」を「第2項」に改め、同項第五号中「第28条の10第3項第四号」を「第28条の10第5項第四号」に改め、同項を同条第5項とし、同条第8項中「第28条の10第6項」を「第28条の10第8項」に改め、同項を同条第6項とする。

　第20条の21第5項第一号を次のように改める。

　第20条の22の見出しを「(倉庫用建物等の割増償却)」に改め、同条第1項及び第2項を次のように改める。

　施行令第29条の6第1項第二号イに規定する財務省令で定める規格のコンテナは、長さ、幅及び高さがそれぞれ9メートル以上、2.4メートル以上及び2.5メートル以上であるコンテナとする。

2　施行令第29条の6第1項第二号ハに規定する財務省令で定める要件を満たす鉄道貨物駅は、同項第一号に規定する高速自動車国道等(以下この項において「高速自動車国道等」という。)と高速自動車国道等以外の道路とを連結する施設が、10キロメートル以内の区域に存在し、かつ、5キロメートル以内の区域に存在しないものとする。

　第20条の22第3項及び第4項を削り、同条第5項を同条第3項とする。

　第21条の5第1項中「第32条の4第3項」を「第32条の4第2項」に改め、同条第2項中「第32条の4第4項第一号」を「第32条の4第3項第一号」に改め、同条第3項中「第32条の4第4項第二号」を「第32条の4第3項第二号」に改め、同条第4項中「第32条の4第7項」を「第32条の4第6項」に、「同条第1項の表」を「同表」に改め、同条第5項中「第32条の4第8項」を「第32条の4第7項」に、「露天石炭等採掘場(」を「露天石炭採掘場(」に、「「露天石炭等採掘場」」を「「露天石炭採掘場」」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用」を「露天石炭採掘災害防止費用」に改め、同条第6項中「第32条の4第9項第一号」を「第32条の4第8項第一号」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に、「同号に規定する石炭等(以下この項において「石炭等」という。)の」及び「石炭等の」を「石炭の」に改め、同条第7項中「第32条の4第9項第二号」を「第32条の4第8項第二号」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に改め、同条第8項中「第32条の4第11項」を「第32条の4第10項」に、「第一号に規定する岩石」を「法第55条の6第1項の表の第一号に規定する岩石」に、「第二号に規定する石炭等」を「石炭」に、「同条第2項第二号イに規定する露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「法第55条の6第2項第二号イに規定する露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「第一号に規定する採石災害防止費用」を「同表の第一号に規定する採石災害防止費用」に、「第二号に規定する露天石炭等採掘災害防止費用」を「同条第1項の表の第二号に規定する露天石炭採掘災害防止費用」に改める。

　第21条の8から第21条の10までを次のように改める。
第21条の8から第21条の10まで　削除

　第21条の18を削り、第21条の17の3を第21条の18とする。

　第21条の19第2項第十三号を削り、同項第十四号中「第62条の3第4項第十四号に」を「第62条の3第4項第十三号に」に改め、同号ロ中「第62条の3第4項第十四号」を「第62条の3第4項第十三号」に改め、同号を同項第十三号とし、同項第十五号中「第62条の3第4項第十五号に」を「第62条の3第4項第十四号に」に改め、同号イ中「第62条の3第4項第十五号イ」を「第62条の3第4項第十四号イ」に改め、同号ロ中「第62条の3第4項第十五号」を「第62条の3第4項第十四号」に改め、同号を同項第十四号とし、同項第十六号中「第62条の3第4項第十六号に」を「第62条の3第4項第十五号に」に改め、同号イ中「第62条の3第4項第十六号イ」を「第62条の3第4項第十五号イ」に改め、同号ロ中「第62条の3第4項第十六号」を「第62条の3第4項第十五号」に改め、同号を同項第十五号とし、同項第十七号中「第62条の3第4項第十七号に」を「第62条の3第4項第十六号に」に改め、同号イ中「第62条の3第4項第十七号イ」を「第62条の3第4項第十六号イ」に改め、同号ロ中「第62条の3第4項第十七号」を「第62条の3第4項第十六号」に改め、同号を同項第十六号とし、同条第3項中「前項第十三号ロに掲げる国土交通大臣の証する書類の写し、同号ホ若しくは同項第十六号ハに掲げる検査済証の写し又は同項第十五号ハ(2)に掲げる都道府県知事の証する書類の写し」を「前項第十四号ハ(2)に掲げる都道府県知事の証する書類の写し又は同項第十五号ハに掲げる検査済証の写し」に、「同項第十三号、第十五号又は第十六号」を「同項第十四号又は第十五号」に、「同項第十三号若しくは第十五号」を「同項第十四号」に、「同項第十六号の」を「同項第十五号の」に、「同項第十三号ロに規定する国土交通大臣の証する書類、同号ホ若しくは同項第十六号ハに規定する検査済証又は同項第十五号ハ(2)に規定する都道府県知事の証する書類」を「同項第十四号ハ(2)に規定する都道府県知事の証する書類又は同項第十五号ハに規定する検査済証」に、「国土交通大臣の証する書類の写し、当該検査済証の写し又は当該都道府県知事の証する書類の写し」を「都道府県知事の証する書類の写し又は当該検査済証の写し」に改め、同条第9項第一号中「第62条の3第4項第十二号及び第十四号から第十六号まで」を「第62条の3第4項第十二号から第十五号まで」に、「同項第十二号、第十四号若しくは第十五号の造成又は同項第十六号」を「同項第十二号から第十四号までの造成又は同項第十五号」に改め、同号イ(3)中「又は国土交通大臣の指定する一般社団法人若しくは一般財団法人」を削り、同号イ(3)(ii)、ロ及びハ中「第62条の3第4項第十二号、第十四号若しくは第十五号」を「第62条の3第4項第十二号から第十四号まで」に、「同項第十六号」を「同項第十五号」に改め、同項第二号中「第十五号に」を「第十四号に」に、「同項第十二号又は第十五号」を「同項第十二号又は第十四号」に改め、同号ロ中「又は国土交通大臣の指定する一般社団法人若しくは一般財団法人」を削り、同号ロ(2)及びハ中「第十五号」を「第十四号」に改め、同号ニ中「法第62条の3第4項第十二号又は第十五号」を「同条第4項第十二号又は第十四号」に改め、同項第三号を削り、同項第四号中「第62条の3第4項第十七号に」を「第62条の3第4項第十六号に」に改め、同号イ中「第62条の3第4項第十七号」を「第62条の3第4項第十六号」に改め、同号ロ中「法第62条の3第4項第十七号」を「同条第4項第十六号」に改め、同号ハ中「第2項第十七号ニ」を「第2項第十六号ニ」に改め、同号を同項第三号とし、同条第10項第二号中「第2項第十二号から第十七号まで」を「第2項第十二号から第十六号まで」に改め、「前項第三号ロ(1)及び(2)又は」を削り、「同項第十四号イ、同項第十五号イ及びロ、同項第十六号イ若しくはロ及びハ若しくは同項第十七号イ」を「第十三号イ、第十四号イ及びロ、第十五号イ若しくはロ及びハ又は第十六号イ」に改め、同条第11項中「第38条の4第32項第六号」を「第38条の4第32項第五号」に改め、同項第一号中「第62条の3第4項第十六号若しくは第十七号」を「第62条の3第4項第十五号若しくは第十六号」に改め、同条第12項、第13項第一号及び第14項第一号中「第十七号」を「第十六号」に改め、同項第二号中「につき法第62条の3第4項第十二号から第十七号まで」を「につき法第62条の3第4項第十二号から第十六号まで」に、「第2項第十二号から第十七号まで」を「第2項第十二号から第十六号まで」に改め、同号イ及びハ中「第十七号」を「第十六号」に改める。

　第22条の3第1項中「こえる」を「超える」に改め、同条第2項第一号中「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改め、同項第二号中「第20条第1項」を「第18条第1項」に、「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改める。

　第22条の4第1項第三号トを削る。

　第22条の5第1項第三十号中「都道府県知事」の下に「又は市町村長」を、「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加える。

　第22条の6第2項中「第65条の5第1項第四号」を「第65条の5第1項第三号」に改め、同条第4項第四号中「第4条第2項第一号」の下に「又は第3項第一号ロ」を、「都道府県知事」の下に「又は市町村長」を、「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同号イ中「第3条第1項第七号の二」を「第3条第1項第十三号」に改め、同項第六号を削り、同項第七号中「第65条の5第1項第四号」を「第65条の5第1項第三号」に改め、同号を同項第六号とし、同項第八号中「第65条の5第1項第五号」を「第65条の5第1項第四号」に改め、同号を同項第七号とする。

　第22条の7第8項第十二号ハ中「規定する農地保有合理化法人」及び「)の買入れをする当該農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同号ハ(1)中「第3条第1項第七号の二」を「第3条第1項第十三号」に改め、同号ハ(2)中「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同項第十三号中「(同欄に規定する特定農業法人が」を「(農業経営基盤強化促進法第23条第4項の特定農業法人が同欄に規定する勧告に係る協議、調停又はあっせん若しくは当該あっせんに準ずる農業委員会のあっせんにより」に改め、同号ホ中「農業経営基盤強化促進法第27条の3第1項」を「農地法第34条第1項」に、「同欄」を「同法第35条第1項に規定する農地保有合理化法人等に該当する同項」に改める。

　第22条の9の4の次に次の1条を加える。

(平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第22条の9の5　法第66条の2第1項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

2　法第66条の2第9項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

　第22条の11の見出し中「留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第1項を次のように改める。

　施行令第39条の15第1項第四号に規定する財務省令で定める配当等の額は、法人税法第24条第1項各号(同項第三号にあっては、解散による残余財産の分配に係る部分に限る。)に掲げる事由による金銭その他の資産の交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額とする。

　第22条の11第2項中「この条」を「この項」に改め、同項第六号中「第39条の16第5項第一号」を「第39条の16第3項第一号」に改め、同条第3項を削り、同条第4項を同条第3項とする。

　第22条の11の2を削る。

　第22条の11の3の見出しを「(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人の課税対象金額の益金算入の場合の添付書類)」に改め、同条第1項中「第66条の9の6第5項」を「第66条の9の2第5項」に改め、同項第一号中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同項第五号中「第66条の9の6第2項第二号」を「第66条の9の2第2項第二号」に改め、同号ロ中「第39条の20の8第4項第一号」を「第39条の20の2第4項第一号」に改め、同項第六号ロ中「第39条の20の8第5項第三号」を「第39条の20の2第5項第三号」に改め、同条第2項を削り、同条第3項中「第22条の11第4項」を「前条第3項」に、「第39条の20の9第4項」を「第39条の20の3第4項」に改め、同項を同条第2項とし、同条を第22条の11の2とする。

　第22条の18の4第1項第一号中「第十一号、第十二号、第十四号」を「第十一号から第十四号まで」に改め、「並びに株式会社日本政策金融公庫(同項第十三号に規定する専任の部門に限る。)」を削り、同条第3項中「第39条の32の2第13項」を「第39条の32の2第14項」に改め、同項第一号中「第39条の32の2第10項」を「第39条の32の2第11項」に改め、同項を同条第5項とし、同条第2項中「第39条の32の2第13項」を「第39条の32の2第14項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　施行令第39条の32の2第2項第一号に規定する財務省令で定めるものは、資産の流動化に関する法律第200条第3項第一号に規定する不動産(以下この項において「不動産」という。)及び不動産のみを信託する信託の受益権とする。

3　施行令第39条の32の2第6項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、特定目的会社の計算に関する規則(平成18年内閣府令第44号。以下この項において「計算規則」という。)第42条第1項の規定により同項の税引前当期純利益金額として表示された金額(次の各号に掲げる金額がある場合には、当該各号に定める金額を控除した金額)とする。

　第22条の19第5項を同条第10項とし、同条第4項を同条第9項とし、同条第3項を削り、同条第2項中「第39条の32の3第6項第二号」を「第39条の32の3第7項第二号」に、「投資法人の計算に関する規則(平成18年内閣府令第47号。以下この項及び次項において「計算規則」という。)」を「計算規則」に改め、同項を同条第8項とし、同条第1項の次に次の6項を加える。

2　施行令第39条の32の3第6項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、投資法人の計算に関する規則(平成18年内閣府令第47号。以下この条において「計算規則」という。)第51条第1項の規定により同項の税引前当期純利益金額として表示された金額(次の各号に掲げる金額がある場合には、当該各号に定める金額を控除した金額。次項及び第4項において「配当可能利益の額」という。)とする。

3　法第67条の15第1項に規定する投資法人(以下第7項までにおいて「投資法人」という。)の事業年度において前項の規定により控除された同項第二号に定める金額(以下この条において「控除済負ののれん発生益の額」という。)がある場合における当該事業年度以後の各事業年度の配当可能利益の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した配当可能利益の額に、当該控除済負ののれん発生益の額に当該各事業年度の月数を乗じてこれを1200で除して計算した金額(当該各事業年度開始の日の前日までにこの項の規定により加算された金額の合計額と当該1200で除して計算した金額との合計額が当該控除済負ののれん発生益の額を超える場合には、当該超える部分の金額を控除した金額)を加算するものとする。

4　前項の場合において、投資法人が不動産投資法人であるときは、同項に規定する各事業年度において配当可能利益の額に加算する金額は、同項の規定の適用に代えて、控除済負ののれん発生益の額に第一号に掲げる金額を乗じてこれを第二号に掲げる金額で除して計算した金額とすることができる。

5　前項に規定する不動産投資法人とは、投資信託及び投資法人に関する法律第67条第1項に規定する規約にその投資法人の有する資産の総額のうちに占める不動産等(不動産(計算規則第37条第3項第二号イ、ロ及びホに掲げる資産をいう。以下この項において同じ。)、不動産の賃借権、同号ヘに掲げる資産、地上権及び地役権並びにこれらの資産を信託する信託の受益権をいう。)の価額の割合を100分の70以上とする旨の記載又は記録がされているものをいう。

6　第4項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする投資法人が特定合併の日を含む事業年度終了の日の翌日から2月以内に同項の規定の適用を受ける旨及び次に掲げる事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

7　第4項の規定の適用を受けた投資法人の当該適用に係る特定合併の日を含む事業年度以後の各事業年度の当該特定合併に係る控除済負ののれん発生益の額については、第3項の規定は、適用しない。

　第22条の19の3を第22条の19の5とする。

　第22条の19の2中「第67条の17第1項」を「第67条の18第1項」に改め、同条を第22条の19の4とし、第22条の19の次に次の2条を加える。

(外国組合員に対する課税の特例)
第22条の19の2　第19条の12第1項から第5項までの規定は、法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第3項に規定する財務省令で定める事項及び財務省令で定める書類、法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第6項に規定する財務省令で定める書類並びに法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第7項に規定する財務省令で定める事項及び財務省令で定める書類について準用する。この場合において、第19条の12第1項第二号中「第41条の21第1項」とあるのは「第67条の16第1項」と、同項第七号中「第26条の30第14項」とあるのは「第39条の33第2項」と、同項第八号中「第26条の30第15項」とあるのは「第39条の33第3項」と読み替えるものとする。

2　法第67条の16第3項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

　(恒久的施設を有しない外国組合員の課税所得の特例)
第22条の19の3　施行令第39条の33の2第4項において準用する施行令第26条の31第5項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

2　施行令第39条の33の2第4項において準用する施行令第26条の31第5項に規定する財務省令で定める書類は、投資組合契約の契約書(譲渡事業年度終了の日以前3年内で当該投資組合契約を締結していた期間において当該投資組合契約の内容の変更があった場合には、その変更前及び変更後の当該投資組合契約の契約書。以下この項において同じ。)で施行令第39条の33の2第1項第一号及び第二号に掲げる要件を満たすものであることを証する事項の記載のあるものの写し(当該契約書が外国語で作成されたものである場合には、その翻訳文を含む。)とする。

　第22条の20の2第1項中「この項及び第4項」を「この条」に、「第3項」を「第4項」に改め、同条第6項を同条第7項とし、同条第3項から第5項までを1項ずつ繰り下げ、同条第2項の次に次の1項を加える。

3　施行令第39条の35の2第5項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、計算規則第61条第1項の規定により同項の税引前当期純利益金額として表示された金額(次の各号に掲げる金額がある場合には、当該各号に定める金額を控除した金額)とする。

　第22条の20の3第1項中「。第3項」の下に「及び第4項」を加え、同条第5項を同条第6項とし、同条第4項を同条第5項とし、同条第3項を同条第4項とし、同条第2項の次に次の1項を加える。

3　施行令第39条の35の3第5項第二号に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、計算規則第49条第1項の規定により同項の税引前当期純利益金額として表示された金額(次の各号に掲げる金額がある場合には、当該各号に定める金額を控除した金額)とする。

　第22条の23第1項第一号中「第27条の4第8項第一号に規定する試験研究機関等の長又は」を「第27条の4第8項第一号イに規定する試験研究機関等(以下この号及び次号において「試験研究機関等」という。)の長若しくは」に改め、「行政機関」の下に「(次号において「行政機関」という。)」を、「地方支分部局の長」の下に「又は同項第一号ロに規定する試験研究独立行政法人の独立行政法人通則法第14条第1項に規定する法人の長(次号において「試験研究独立行政法人の長」という。)」を加え、同項第二号中「同号に規定する試験研究機関等の長又は」を「試験研究機関等の長若しくは」に改め、「国家行政組織法第3条の」を削り、「地方支分部局の長」の下に「又は試験研究独立行政法人の長」を加える。

　第22条の32の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条中「次に掲げる書類」を「法第68条の21第1項の規定の適用を受けようとする機械及び装置が次の各号に掲げる計画に記載されていることが明らかとなる書類並びに当該各号に掲げる計画の区分に応じ当該各号に定める書類」に改め、同条各号を次のように改める。

	一	法第44条の3第1項第一号に掲げる計画 　産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第75条第1項第四号に定める大臣の法第44条の3第1項第一号に定める認定をした旨を証する書類(当該連結親法人又はその連結子法人が施行令第39条の51第1項第一号に定める連結法人に該当する場合には、同号に掲げる計画に係る申請に関する書類を含む。)の写し
	二	法第44条の3第1項第二号に掲げる計画 　産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第75条第1項第五号に定める大臣の法第44条の3第1項第二号に定める認定をした旨を証する書類(当該連結親法人又はその連結子法人が施行令第39条の51第1項第二号に定める連結法人に該当する場合には、同号に掲げる計画に係る申請に関する書類を含む。)の写し
	三	法第44条の3第1項第三号に掲げる計画 　産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第75条第1項第六号に定める大臣の法第44条の3第1項第三号に定める認定をした旨を証する書類(当該連結親法人又はその連結子法人が施行令第39条の51第1項第三号に定める連結法人に該当する場合には、同号に掲げる計画に係る申請に関する書類を含む。)の写し
	四	法第44条の3第1項第四号に掲げる計画 　産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第75条第1項第八号に定める大臣の法第44条の3第1項第四号に定める認定をした旨を証する書類の写し

　第22条の32に次の1項を加える。

2　施行令第39条の51第4項に規定する財務省令で定める書類は、次の各号に掲げる連結法人の区分に応じ当該各号に定める書類とする。

　第22条の33から第22条の37までを次のように改める。
第22条の33から第22条の36まで　削除

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第22条の37　施行令第39条の53第2項に規定する財務省令で定める書類は、法第68条の26第1項の規定の適用を受けようとする機械及び装置が同項に規定する生産製造連携事業計画に記載されていることが明らかとなる書類並びに農林水産大臣の当該生産製造連携事業計画につき米穀の新用途への利用の促進に関する法律第4条第1項の認定(同法第5条第1項の規定による認定を含む。)をした旨を証する書類の写しとする。

　第22条の43の見出しを「(倉庫用建物等の割増償却)」に改める。

　第22条の47第1項中「第39条の74第1項」を「第39条の74第2項」に、「第68条の45第2項第一号イ」を「第68条の45第1項の表の第一号」に、「(法第55条の6第1項の表の第一号」を「で、同号」に改め、「に限る。)」を削り、「法第68条の45第2項第一号に」を「同号に」に改め、同条第2項中「第39条の74第2項第一号」を「第39条の74第3項第一号」に、「(法第55条の6第1項」を「で、同条第1項」に改め、「に限る。)」を削り、「法第68条の45第2項第一号イ」を「同号」に改め、同条第3項中「第39条の74第2項第二号」を「第39条の74第3項第二号」に、「(法第55条の6第1項」を「で、同条第1項」に改め、「に限る。)」を削り、同条第4項中「第39条の74第5項」を「第39条の74第6項」に、「第68条の45第2項第一号イ」を「第68条の45第1項の表の第一号」に、「同号イ」を「同条第2項第一号イ」に、「同号に」を「同表の第一号に」に改め、同条第5項中「第39条の74第6項」を「第39条の74第7項」に、「第68条の45第2項第二号イ」を「第68条の45第1項の表の第二号」に、「露天石炭等採掘場(」を「露天石炭採掘場(」に、「「露天石炭等採掘場」」を「「露天石炭採掘場」」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「(法第55条の6第1項の表の第二号」を「で、同号」に改め、「に限る。)」を削り、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に、「法第68条の45第2項第二号に」を「同号に」に、「露天石炭等採掘災害防止費用」を「露天石炭採掘災害防止費用」に改め、同条第6項中「第39条の74第7項第一号」を「第39条の74第8項第一号」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「(法第55条の6第1項」を「で、同条第1項」に改め、「に限る。)」を削り、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に、「法第68条の45第2項第二号イに規定する石炭等(以下この項において「石炭等」という。)の」及び「石炭等の」を「石炭の」に改め、同条第7項中「第39条の74第7項第二号」を「第39条の74第8項第二号」に、「露天石炭等採掘場に係る特定災害防止準備金」を「露天石炭採掘場に係る特定災害防止準備金」に、「(法第55条の6第1項」を「で、同条第1項」に改め、「に限る。)」を削り、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に改め、同条第8項中「第39条の74第9項」を「第39条の74第10項」に、「第68条の45第2項第一号イ」を「第68条の45第1項の表の第一号」に、「法第68条の45第2項第二号イに規定する石炭等」を「石炭」に、「同号イに規定する採石災害防止費用の見積額」を「同条第2項第一号イに規定する採石災害防止費用の見積額」に、「同号イに規定する露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「法第68条の45第2項第二号イに規定する露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「同号に規定する採石災害防止費用」を「同表の第一号に規定する採石災害防止費用」に、「同号に規定する露天石炭等採掘災害防止費用」を「同条第1項の表の第二号に規定する露天石炭採掘災害防止費用」に改める。

　第22条の50から第22条の54までを次のように改める。
第22条の50から第22条の54まで　削除

　第22条の62第2項、第3項第一号及び第4項第一号中「第十七号」を「第十六号」に改め、同項第二号中「につき法第62条の3第4項第十二号から第十七号まで」を「につき法第62条の3第4項第十二号から第十六号まで」に、「第21条の19第2項第十二号から第十七号まで」を「第21条の19第2項第十二号から第十六号まで」に改め、同号イ及びハ中「第十七号」を「第十六号」に改める。

　第22条の65第2項第一号中「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改め、同項第二号中「第20条第1項」を「第18条第1項」に、「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改める。

　第22条の69第6項第十二号ハ中「規定する農地保有合理化法人」及び「)の買入れをする当該農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同号ハ(1)中「第3条第1項第七号の二」を「第3条第1項第十三号」に改め、同号ハ(2)中「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同項第十三号中「(同欄に規定する特定農業法人が」を「(農業経営基盤強化促進法第23条第4項の特定農業法人が同欄に規定する勧告に係る協議、調停又はあっせん若しくは当該あっせんに準ずる農業委員会のあっせんにより」に改め、同号ホ中「農業経営基盤強化促進法第27条の3第1項」を「農地法第34条第1項」に、「同欄」を「同法第35条第1項に規定する農地保有合理化法人等に該当する同項」に改める。

　第22条の73の次に次の1条を加える。

(連結法人の平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第22条の73の2　法第68条の85の4第1項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

2　法第68条の85の4第9項に規定する財務省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

　第22条の76の見出し中「留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第1項を次のように改める。

　施行令第39条の115第1項第四号に規定する財務省令で定める配当等の額は、法人税法第24条第1項各号(同項第三号にあっては、解散による残余財産の分配に係る部分に限る。)に掲げる事由による金銭その他の資産の交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額とする。

　第22条の76第2項中「この条」を「この項」に改め、同項第六号中「第39条の16第5項第一号」を「第39条の16第3項第一号」に改め、同条第3項を削り、同条第4項を同条第3項とする。

　第22条の76の2の見出しを「(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人の個別課税対象金額の益金算入の場合の添付書類)」に改め、同条第1項中「第68条の93の6第5項」を「第68条の93の2第5項」に改め、同項第一号中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同項第五号中「第68条の93の6第2項第二号」を「第68条の93の2第2項第二号」に改め、同号ロ中「第39条の120の8第4項第一号」を「第39条の120の2第4項第一号」に改め、同項第六号ロ中「第39条の120の8第5項第三号」を「第39条の120の2第5項第三号」に改め、同条第2項を削り、同条第3項中「前条第4項」を「前条第3項」に、「第39条の120の9第4項」を「第39条の120の3第4項」に改め、同項を同条第2項とする。

附則

(施行期日)
第1条　この省令は、平成21年4月1日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

(法人の減価償却に関する経過措置)
第8条　新規則第20条の10第1項の規定は、法人(法人税法(昭和40年法律第34号)第2条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項において同じ。)が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする新法第44条の3第1項に規定する事業革新設備について適用し、法人が同日前に取得又は製作をした旧法第44条の3第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

2　改正令附則第22条第6項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第28条の9の規定に基づく旧規則第20条の15の規定は、なおその効力を有する。

3　改正令附則第22条第10項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第29条の5の規定に基づく旧規則第20条の21の規定は、なおその効力を有する。

(法人の特定災害防止準備金に関する経過措置)
第9条　改正令附則第23条第1項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第32条の4の規定に基づく旧規則第21条の5の規定は、なおその効力を有する。

(特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の所得の特別控除に関する経過措置)
第10条　改正法附則第43条第2項の規定により新法第65条の3の規定が適用される場合における同条第4項に規定する財務省令で定める書類は、都道府県知事の農地法等改正法附則第7条第2項の規定によりなお従前の例によることとされる旧農地法第75条の2第1項に規定する草地利用権に係る旧農地法第75条の8第1項の裁定に係る通知書又はその写しとする。

2　附則第1条第四号に定める日以後に農地法等改正法附則第7条第2項の規定によりなお従前の例によることとされる旧農地法第75条の2第1項に規定する草地利用権に係る旧農地法第75条の8第1項の裁定により買取りをする者に対する新規則第22条の4第2項の規定の適用については、当該買取りをする者は、同項に規定する買取りをする者とみなす。

(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第11条　改正法附則第44条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第2条の規定による改正前の法人税法(以下「旧法人税法」という。)第69条第16項及び第17項又は第81条の15第15項及び第16項の規定に基づく法人税法施行規則の一部を改正する省令(平成21年財務省令第18号)による改正前の法人税法施行規則(昭和40年大蔵省令第12号。以下「旧法人税法施行規則」という。)第29条の3(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第30条又は第37条の6(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第37条の7の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧法人税法施行規則の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第12条　改正法附則第45条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第69条第16項及び第17項又は第81条の15第15項及び第16項の規定に基づく旧法人税法施行規則第29条の3(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第30条又は第37条の6(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第37条の7の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧法人税法施行規則の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

(特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置)
第13条　新規則第22条の18の4第1項(第一号に係る部分に限る。)の規定は、新法第67条の14第1項に規定する特定目的会社の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第67条の14第1項に規定する特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(投資法人に係る課税の特例に関する経過措置)
第14条　新規則第22条の19第4項第一号に規定する特定合併(この省令の施行の際現に存する投資信託及び投資法人に関する法律(昭和26年法律第198号)第2条第12項に規定する投資法人を合併法人とするものに限る。)が施行日から3月以内に行われた場合における新規則第22条の19第5項の規定の適用については、同項中「投資信託及び投資法人に関する法律第67条第1項に規定する規約に」とあるのは「その特定合併の時において」と、「割合を100分の70以上とする旨の記載又は記録がされている」とあるのは「割合が100分の70以上である」とする。

(外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置)
第15条　改正令附則第32条第1項の規定の適用がある場合における新規則第22条の19の2第1項において準用する新規則第19条の12第1項第七号の規定の適用については、同号中「施行令第26条の30第14項」とあるのは、「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第32条第1項」とする。

2　改正令附則第32条第2項の規定の適用がある場合における新規則第22条の19の2第1項において準用する新規則第19条の12第1項第七号の規定の適用については、同号中「施行令第26条の30第14項」とあるのは、「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第32条第2項」とする。

3　改正令附則第32条第3項の規定の適用がある場合における新規則第22条の19の2第1項において準用する新規則第19条の12第1項第八号の規定の適用については、同号中「施行令第26条の30第15項」とあるのは、「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第32条第3項」とする。

(連結法人の減価償却に関する経過措置)
第16条　新規則第22条の32第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする新法第68条の21第1項に規定する事業革新設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作をした旧法第68条の21第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

2　改正令附則第36条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第39条の64の規定に基づく旧規則第22条の42の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第4項第一号中「第20条の21第5項第一号」とあるのは、「租税特別措置法施行規則の一部を改正する省令(平成21年財務省令第19号)附則第8条第3項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行規則第20条の21第5項第一号」とする。

(連結法人の特定災害防止準備金に関する経過措置)
第17条　改正令附則第37条第1項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第39条の74の規定に基づく旧規則第22条の47の規定は、なおその効力を有する。

(特定土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の連結所得の特別控除に関する経過措置)
第18条　改正法附則第58条第2項の規定により新法第68条の74の規定が適用される場合における同条第4項に規定する財務省令で定める書類は、附則第10条第1項に規定する通知書又はその写しとする。

(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第19条　改正法附則第59条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の15第15項及び第16項又は第69条第16項及び第17項の規定に基づく旧法人税法施行規則第37条の6(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第37条の7又は第29条の3(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第30条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧法人税法施行規則の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

2　改正法附則第59条第6項前段の規定により適用される法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用を受ける改正法附則第59条第6項に規定する剰余金の配当等の額に係る法人税法第23条の2第2項に規定する財務省令で定める書類については、法人税法施行規則の一部を改正する省令(平成21年財務省令第18号)による改正後の法人税法施行規則(次条第2項において「新法人税法施行規則」という。)第37条の規定を適用する。

(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第20条　改正法附則第60条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の15第15項及び第16項又は第69条第16項及び第17項の規定に基づく旧法人税法施行規則第37条の6(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第37条の7又は第29条の3(第四号及び第十三号に係る部分に限る。)及び第30条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧法人税法施行規則の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

2　改正法附則第60条第6項前段の規定により適用される法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用を受ける改正法附則第60条第6項に規定する剰余金の配当等の額に係る法人税法第23条の2第2項に規定する財務省令で定める書類については、新法人税法施行規則第37条の規定を適用する。