所得税法等の一部を改正する法律

　所得税法等の一部を改正する法律をここに公布する。

　平成21年3月31日

内閣総理大臣臨時代理　　
国務大臣　河村　建夫

(法人税法の一部改正)
第2条　法人税法(昭和40年法律第34号)の一部を次のように改正する。

　目次中「第23条・第24条」を「第23条―第24条」に、「第81条の4の2・第81条の5」を「第81条の5」に改める。

　第2条第四十四号中「及び次編第1章第1節」を「、次編第1章第1節」に改め、「計算)」の下に「及び第134条の2第4項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例)」を加える。

　第10条の3第1項に次の一号を加える。

　第23条第3項中「次条第1項」を「第24条第1項(配当等の額とみなす金額)」に改め、同条の次に次の1条を加える。

(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)
第23条の2　内国法人が外国子会社(当該内国法人が保有しているその株式又は出資の数又は金額がその発行済株式又は出資(その有する自己の株式又は出資を除く。)の総数又は総額の100分の25以上に相当する数又は金額となっていることその他の政令で定める要件を備えている外国法人をいう。)から受ける前条第1項第一号に掲げる金額(以下この項及び次項において「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額から当該剰余金の配当等の額に係る費用の額に相当するものとして政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

2　前項の規定は、確定申告書に益金の額に算入されない剰余金の配当等の額及びその計算に関する明細の記載があり、かつ、財務省令で定める書類を保存している場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により益金の額に算入されない金額は、当該金額として記載された金額を限度とする。

3　税務署長は、第1項の規定により益金の額に算入されないこととなる金額の全部又は一部につき前項の記載がない確定申告書の提出があった場合又は同項の書類の保存がない場合においても、その記載又は書類の保存がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、その記載又は書類の保存がなかった金額につき第1項の規定を適用することができる。

4　適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立により外国法人の株式又は出資の移転が行われた場合における第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　第24条第1項中「前条第1項第一号」を「第23条第1項第一号(受取配当等の益金不算入)」に改める。

　第25条第3項中「政令で定めるもの」を「評価益の計上に適しないものとして政令で定めるもの」に改め、同条第5項中「第33条第3項」を「第33条第4項」に、「同条第5項」を「同条第6項」に改める。

　第26条第5項を同条第6項とし、同条第4項を同条第5項とし、同条第3項を同条第4項とし、同条第2項中「第69条第1項から第3項まで(外国税額の控除)の規定の適用を受けた事業年度後」を「納付することとなった外国法人税(第69条第1項(外国税額の控除)に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額につき同条第1項から第3項まで又は第81条の15第1項から第3項まで(連結事業年度における外国税額の控除)の規定の適用を受けた事業年度又は連結事業年度(以下この項において「適用事業年度」という。)開始の日後7年以内に開始する当該内国法人」に、「これらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となった外国法人税の額(第69条第1項に規定する外国法人税の額をいう。以下この項において同じ。)」を「当該外国法人税の額」に、「同条第5項」を「第69条第5項」に、「が減額された場合を含む。以下この項において同じ。)又は当該内国法人が第81条の15第1項から第3項まで(連結事業年度における外国税額の控除)の規定の適用を受けた連結事業年度後の各事業年度においてこれらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となった外国法人税の額が減額された場合」を「に係る当該被合併法人等の適用事業年度開始の日後7年以内に開始する当該内国法人の各事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合を含む。)」に改め、同項を同条第3項とし、同条第1項の次に次の1項を加える。

2　内国法人が第39条の2(外国子会社から受ける配当等に係る外国源泉税等の損金不算入)の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されない同条に規定する外国源泉税等の額が減額された場合には、その減額された金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

　第27条及び第28条を次のように改める。
第27条及び第28条　削除

　第33条第2項中「(預金、貯金、貸付金、売掛金その他の債権(次項において「預金等」という。)を除く。)」、「、会社更生法又は金融機関等の更生手続の特例等に関する法律の規定による更生計画認可の決定があったことによりこれらの法律の規定に従ってその評価換えをする必要が生じたこと」及び「(これらの法律の規定に従って行う評価換えの場合にあっては、その減額した部分の金額)」を削り、「、これらの」を「、その」に改め、同条第7項中「第3項」を「第4項」に改め、同項を同条第8項とし、同条第6項中「第3項」を「第4項」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項中「第3項の」を「第4項の」に改め、同項を同条第6項とし、同条第4項を同条第5項とし、同条第3項中「預金等その他政令で定める資産」を「評価損の計上に適しないものとして政令で定めるもの」に改め、同項を同条第4項とし、同条第2項の次に次の1項を加える。

3　内国法人がその有する資産につき会社更生法又は金融機関等の更生手続の特例等に関する法律の規定による更生計画認可の決定があったことによりこれらの法律の規定に従って行う評価換えをしてその帳簿価額を減額した場合には、その減額した部分の金額は、第1項の規定にかかわらず、その評価換えをした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　第39条第2項中「、同項」の下に「又は第23条の2第1項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)」を加え、同条の次に次の1条を加える。

(外国子会社から受ける配当等に係る外国源泉税等の損金不算入)
第39条の2　内国法人が第23条の2第1項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)に規定する外国子会社から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額(以下この条において「剰余金の配当等の額」という。)につき同項の規定の適用を受ける場合(剰余金の配当等の額の計算の基礎とされる金額に対して外国法人税(第69条第1項(外国税額の控除)に規定する外国法人税をいう。以下この条において同じ。)が課される場合として政令で定める場合を含む。)には、当該剰余金の配当等の額に係る外国源泉税等の額(剰余金の配当等の額を課税標準として所得税法第2条第1項第四十五号(定義)に規定する源泉徴収の方法に類する方法により課される外国法人税の額及び剰余金の配当等の額の計算の基礎とされる金額を課税標準として課されるものとして政令で定める外国法人税の額をいう。)は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。

　第55条第4項第一号中「これに準ずる者として政令で定めるもの」を「その地方公共団体」に改め、同項第三号中「延滞金」の下に「(外国若しくはその地方公共団体又は国際機関が納付を命ずるこれらに類するものを含む。)」を加える。

　第59条第1項第三号中「第33条第2項(会社更生法等の規定に従って行う評価換えに係る部分に限る。)」を「第33条第3項」に改め、同条第2項第三号中「第33条第3項」を「第33条第4項」に改める。

　第67条第3項第四号を同項第五号とし、同項第三号中「同条第2項」の下に「に規定する減額された金額、同条第3項」を加え、「同条第5項」を「同条第6項」に改め、同号を同項第四号とし、同項第二号の次に次の一号を加える。

　第69条第1項中「この条において同じ」を「この項及び第8項において同じ」に改め、「(内国法人が通常行われる取引と認められないものとして政令で定める取引に基因して生じた所得に対する外国法人税を納付することとなる場合を除く。)」を削り、「政令で定める金額」を「政令で定める外国法人税の額、内国法人の通常行われる取引と認められないものとして政令で定める取引に基因して生じた所得に対して課される外国法人税の額、内国法人の法人税に関する法令の規定により法人税が課されないこととなる金額を課税標準として外国法人税に関する法令により課されるものとして政令で定める外国法人税の額その他政令で定める外国法人税の額」に改め、同条第2項及び第3項中「第17項」を「第11項」に改め、同条第5項中「第10項」を「第8項」に改め、同条第8項及び第9項を削り、同条第10項中「(第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(前項の規定により当該外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額とみなされる金額を含む。)のうち第8項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。)の全部又は一部」を削り、「の規定の適用を受けた事業年度後」を「又は第81条の15第1項から第3項までの規定の適用を受けた事業年度又は連結事業年度(以下この項において「適用事業年度」という。)開始の日後7年以内に開始する当該内国法人」に、「が減額された場合を含む。以下この項において同じ。)及び当該内国法人が納付することとなった外国法人税の額(第81条の15第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(同条第9項の規定により当該外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額とみなされる金額を含む。)のうち同条第8項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。)の全部又は一部につき同条第1項から第3項までの規定の適用を受けた連結事業年度後の各事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合」を「に係る当該被合併法人等の適用事業年度開始の日後7年以内に開始する当該内国法人の各事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合を含む。)」に改め、同項を同条第8項とし、同条第11項から第14項までを削り、同条第15項中「事業若しくは」を「事業又は」に改め、「又は当該事業に係る株式若しくは出資につき第8項に規定する外国子会社から受ける配当等の額」を削り、同項を同条第9項とし、同条第16項中「記載が」を「記載並びに控除対象外国法人税の額の計算に関する明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類の添付が」に、「その他財務省令で定める書類の添付がある」を「その他の財務省令で定める書類を保存している」に改め、同項を同条第10項とし、同条第17項中「その他財務省令」を「その他の財務省令」に、「添付した」を「添付し、かつ、これらの規定による控除を受けるべき金額に係る控除対象外国法人税の額を課されたことを証する書類その他の財務省令で定める書類を保存している」に改め、同項を同条第11項とし、同条第18項中「前2項の記載又は」を「前2項の記載若しくは」に、「確定申告書又は」を「確定申告書若しくは」に改め、「場合」の下に「又は前2項に規定する書類の保存がない場合」を加え、「その記載又は書類の添付」を「その記載若しくは書類の添付又は書類の保存」に改め、同項を同条第12項とし、同条第19項中「、第10項、第11項及び第14項」を「及び第8項」に、「、第7項から第9項まで、第12項及び第13項」を「及び第7項」に改め、同項を同条第13項とする。

　第70条を次のように改める。

(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除)
第70条　内国法人(連結法人を除く。)の各事業年度開始の日前に開始した事業年度(当該各事業年度終了の日以前に行われた当該内国法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人(連結法人を除く。)の当該適格合併の日前に開始した事業年度(以下この条において「被合併法人事業年度」という。)を含む。)の所得に対する法人税につき税務署長が更正をした場合において、当該更正につき第134条の2第1項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例)の規定の適用があったときは、当該更正に係る同項に規定する仮装経理法人税額(既に同条第2項、第3項又は第7項の規定により還付されるべきこととなった金額及びこの条の規定により控除された金額を除く。)は、当該各事業年度(当該更正の日(当該更正が被合併法人事業年度の所得に対する法人税につき当該適格合併の日前にしたものである場合には、当該適格合併の日)以後に終了する事業年度に限る。)の所得に対する法人税の額から控除する。

　第72条第3項中「第69条第16項」を「第69条第10項」に、「同条第17項」を「同条第11項」に、「同条第18項中「確定申告書」」を「同条第12項中「確定申告書若しくは」」に、「、確定申告書」を「、確定申告書若しくは」に改める。

　第81条の5を削る。

　第81条の4の2中「第81条の15第1項から第3項まで(連結事業年度における外国税額の控除)の規定の適用を受けた連結事業年度後」を「納付することとなった外国法人税(第69条第1項(外国税額の控除)に規定する外国法人税をいう。以下この条において同じ。)の額につき第81条の15第1項から第3項まで(連結事業年度における外国税額の控除)又は第69条第1項から第3項までの規定の適用を受けた連結事業年度又は事業年度(以下この条において「適用事業年度」という。)開始の日後7年以内に開始する当該連結法人」に、「これらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となった外国法人税の額(第69条第1項(外国税額の控除)に規定する外国法人税の額をいう。以下この条において同じ。)」を「当該外国法人税の額」に、「が減額された場合を含む。以下この条において同じ。)又は当該連結法人が第69条第1項から第3項までの規定の適用を受けた事業年度後の各連結事業年度においてこれらの規定による控除をされるべき金額の計算の基礎となった外国法人税の額が減額された場合」を「に係る当該被合併法人等の適用事業年度開始の日後7年以内に開始する当該連結法人の各連結事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合を含む。)」に改め、第2編第1章の2第1節第3款第3目中同条を第81条の5とする。

　第81条の13第2項第四号を同項第五号とし、同項第三号中「及び同条第5項」を「、同条第2項に規定する減額された金額及び同条第6項」に、「第81条の4の2」を「第81条の5」に改め、同号を同項第四号とし、同項第二号を同項第三号とし、同項第一号の次に次の一号を加える。

　第81条の15第1項中「この条において同じ。)を」を「この項及び第8項において同じ。)を」に改め、「(同項に規定する政令で定める取引に基因して生じた所得に対する外国法人税を納付することとなる場合を除く。)」を削り、「政令で定める金額」を「政令で定める外国法人税の額、同条第1項に規定する政令で定める取引に基因して生じた所得に対して課される外国法人税の額、連結法人の法人税に関する法令の規定により法人税が課されないこととなる金額を課税標準として外国法人税に関する法令により課されるものとして政令で定める外国法人税の額その他政令で定める外国法人税の額」に改め、同条第2項及び第3項中「第16項」を「第10項」に改め、同条第5項中「第10項」を「第8項」に改め、同条第8項及び第9項を削り、同条第10項中「(第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(前項の規定により当該外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額とみなされる金額を含む。)のうち第8項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。)の全部又は一部」を削り、「の規定の適用を受けた連結事業年度後」を「又は第69条第1項から第3項までの規定の適用を受けた連結事業年度又は事業年度(以下この項において「適用事業年度」という。)開始の日後7年以内に開始する当該連結法人」に、「が減額された場合を含む。以下この項において同じ。)及び当該連結法人が納付することとなった外国法人税の額(第69条第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(同条第9項の規定により当該外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額とみなされる金額を含む。)のうち同条第8項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。)の全部又は一部につき同条第1項から第3項までの規定の適用を受けた事業年度後の各連結事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合」を「に係る当該被合併法人等の適用事業年度開始の日後7年以内に開始する当該連結法人の各連結事業年度において当該外国法人税の額が減額された場合を含む。)」に改め、同項を同条第8項とし、同条第11項から第14項までを削り、同条第15項中「記載が」を「記載並びに個別控除対象外国法人税の額の計算に関する明細を記載した書類その他の財務省令で定める書類の添付が」に、「その他財務省令で定める書類の添付がある」を「その他の財務省令で定める書類を保存している」に改め、同項を同条第9項とし、同条第16項中「その他財務省令」を「その他の財務省令」に、「添付した」を「添付し、かつ、これらの規定による控除を受けるべき金額に係る個別控除対象外国法人税の額を課されたことを証する書類その他の財務省令で定める書類を保存している」に改め、同項を同条第10項とし、同条第17項中「前2項の記載又は」を「前2項の記載若しくは」に、「連結確定申告書又は」を「連結確定申告書若しくは」に改め、「場合」の下に「又は前2項に規定する書類の保存がない場合」を加え、「その記載又は書類の添付」を「その記載若しくは書類の添付又は書類の保存」に改め、同項を同条第11項とし、同条第18項中「、第10項、第11項及び第14項」を「及び第8項」に、「、第7項から第9項まで、第12項及び第13項」を「及び第7項」に改め、同項を同条第12項とする。

　第81条の16を次のように改める。

(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除)
第81条の16　連結法人の各連結事業年度開始の日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税又は同日前に開始した事業年度で当該連結法人が自己を分割法人とする分割型分割(第15条の2第1項(連結事業年度の意義)に規定する連結親法人事業年度開始の日に行うものを除く。)を行った場合の当該分割型分割の日の前日の属する事業年度(以下この条において「分割前事業年度」という。)の所得に対する法人税(当該連結法人が当該各連結事業年度終了の日以前に自己を合併法人とする適格合併を行った場合の当該適格合併に係る被合併法人で当該連結法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人の当該適格合併(同項に規定する連結親法人事業年度開始の日に行うものを除く。)の日の前日の属する事業年度又は分割前事業年度の所得に対する法人税を含む。)につき税務署長が更正をした場合において、当該更正につき第134条の2第1項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例)の規定の適用があったときは、当該更正に係る同項に規定する仮装経理法人税額(既に同条第2項、第3項又は第7項の規定により還付されるべきこととなった金額及びこの条の規定により控除された金額を除く。)は、当該各連結事業年度(当該更正の日以後に終了する連結事業年度に限る。)の連結所得に対する法人税の額から控除する。

　第81条の20第3項中「第1章の2第1節第3款」を「第1節第3款」に改め、「、「確定した決算」とあるのは「決算」と」を削り、「第81条の15第15項」を「第81条の15第9項」に、「同条第16項」を「同条第10項」に、「同条第17項」を「同条第11項」に改める。

　第93条第2項第三号中「同条第2項」の下に「に規定する外国源泉税等の額で清算中に減額されたもの、同条第3項」を加え、「清算中に還付を受けたもののうち同項」を「清算中の各事業年度(当該外国法人税の額につき第69条第1項から第3項まで(外国税額の控除)又は第81条の15第1項から第3項まで(連結事業年度における外国税額の控除)の規定の適用を受けた事業年度又は連結事業年度開始の日後7年以内に開始する事業年度に限る。)において減額されたもののうち第26条第3項」に、「還付された」を「減額された」に、「同条第5項」を「同条第6項」に改め、同号を同項第四号とし、同項第二号の次に次の一号を加える。

　第97条を削り、第96条を第97条とし、第95条の次に次の1条を加える。

(外国源泉税等の残余財産価額への算入)
第96条　内国普通法人等が第23条の2第1項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)に規定する外国子会社から清算中に受けた同項に規定する剰余金の配当等の額に係る第39条の2(外国子会社から受ける配当等に係る外国源泉税等の損金不算入)に規定する外国源泉税等の額(清算中に課されたものに限る。)は、その内国普通法人等の解散による清算所得の金額の計算上、残余財産の価額に算入する。

　第102条第2項中「第69条第16項」を「第69条第10項」に、「同条第17項」を「同条第11項」に、「「確定申告書に当該」」を「「の確定申告書に当該」」に、「「確定申告書若しくは」を「「の確定申告書若しくは」に、「同条第18項中「確定申告書」」を「同条第12項中「確定申告書若しくは」」に、「、清算事業年度予納申告書」を「、清算事業年度予納申告書若しくは」に改める。

　第129条第3項を次のように改める。

3　税務署長が第134条の2第1項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例)の更正をする場合における国税通則法第28条第2項の規定の適用については、同項第三号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額及びニ又はホに掲げる金額のうち法人税法第134条の2第1項又は第2項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例)の規定の適用がある金額」とする。

　第134条の2の見出し中「還付」を「還付の特例」に改め、同条第3項中「前2項」を「第2項、第3項又は前項」に改め、「又は前項」を削り、「経過した日」の下に「(第3項の規定による還付金にあっては同項の最終申告期限(同項の期限後申告書の提出があった場合にはその提出の日とし、同項の決定があった場合にはその決定の日とする。)の翌日とし、前項の規定による還付金にあっては第4項の規定による還付の請求がされた日の翌日以後3月を経過した日とする。)」を加え、同項を同条第8項とし、同条第2項を削り、同条第1項中「内国法人につき第70条(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除)の規定の適用がある場合において、その内国法人の同条第1項に規定する」を「前項に規定する場合において、同項の内国法人(当該内国法人が同項の更正の日の前日までに単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には、当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人。以下この項において同じ。)の前項の」に改め、「属する事業年度」の下に「(連結法人が自己を分割法人とする分割型分割を連結親法人事業年度(第15条の2第1項(連結事業年度の意義)に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。)開始の日の翌日からその終了の日までの間に行った場合の当該分割型分割の日の前日の属する事業年度及び連結子法人が第4条の5第1項又は第2項(第四号及び第五号に係る部分に限る。)(連結納税の承認の取消し等)の規定により第4条の2(連結納税義務者)の承認を取り消された場合(連結親法人事業年度開始の日にその承認を取り消された場合を除く。)のその取り消された日の前日の属する事業年度(次項において「分割前事業年度等」という。)を除く。)」を、「対する法人税」の下に「又は当該更正の日の属する連結親法人事業年度開始の日前1年以内に開始する各連結事業年度の連結所得に対する法人税」を、「確定しているもの」の下に「(以下この項において「確定法人税額」という。)」を加え、「同項の規定により控除することができる金額のうち当該法人税の額」を「当該更正に係る仮装経理法人税額のうち当該確定法人税額」に改め、同項後段を削り、同項を同条第2項とし、同項の次に次の5項を加える。

3　第1項の規定の適用があった内国法人(当該内国法人が単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人とし、当該内国法人が連結親法人である場合には同項の事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人(当該連結法人が連結内適格合併により解散をした場合には、当該連結内適格合併に係る合併法人)とする。以下この条において「適用法人」という。)について、同項の更正の日の属する事業年度(分割前事業年度等を除く。)開始の日(当該更正が当該単体間適格合併に係る被合併法人の各事業年度の所得に対する法人税について当該単体間適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する事業年度開始の日)から5年を経過する日の属する事業年度の第74条第1項(確定申告)の規定による申告書の提出期限又は当該更正の日の属する連結親法人事業年度開始の日から5年を経過する日の属する連結親法人事業年度終了の日の属する連結事業年度の第81条の22第1項(連結確定申告)の規定による申告書の提出期限(当該更正の日から当該5年を経過する日の属する事業年度又は当該5年を経過する日の属する連結親法人事業年度終了の日までの間に当該適用法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める提出期限。以下この項及び第8項において「最終申告期限」という。)が到来した場合(当該最終申告期限までに当該最終申告期限に係る申告書の提出がなかった場合にあっては、当該申告書に係る期限後申告書の提出又は当該申告書に係る事業年度若しくは連結事業年度の法人税についての決定があった場合)には、税務署長は、当該適用法人(当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人)に対し、当該更正に係る仮装経理法人税額(既に前項、この項又は第7項の規定により還付すべきこととなった金額及び第70条(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除)又は第81条の16(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除)の規定により控除された金額を除く。)を還付する。

4　適用法人につき次に掲げる事実が生じた場合には、当該適用法人(当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人。第6項及び第7項において同じ。)は、当該事実が生じた日以後1年以内に、納税地の所轄税務署長に対し、その適用に係る仮装経理法人税額(既に前2項又は第7項の規定により還付されるべきこととなった金額及び第70条又は第81条の16の規定により控除された金額を除く。第6項及び第7項において同じ。)の還付を請求することができる。

5　内国法人につきその各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額を減少させる更正で当該内国法人の当該各事業年度若しくは各連結事業年度開始の日前に終了した事業年度の所得に対する法人税又は当該各事業年度若しくは各連結事業年度開始の日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税についてされた更正(当該内国法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前に終了した事業年度の所得に対する法人税又は同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税についてされた更正を含む。以下この項において「原更正」という。)に伴うもの(以下この項において「反射的更正」という。)があった場合において、当該反射的更正により減少する部分の所得の金額又は連結所得の金額のうちに当該原更正に係る事業年度又は連結事業年度においてその事実を仮装して経理した金額に係るものがあるときは、当該金額は、当該各事業年度又は各連結事業年度において当該内国法人が仮装して経理したところに基づく金額とみなして、前各項の規定を適用する。

6　第4項の規定による還付の請求をしようとする適用法人は、その還付を受けようとする仮装経理法人税額、その計算の基礎その他財務省令で定める事項を記載した還付請求書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。

7　税務署長は、前項の還付請求書の提出があった場合には、その請求に係る事実その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした適用法人に対し、仮装経理法人税額を還付し、又は請求の理由がない旨を書面により通知する。

　第134条の2に第1項として次の1項を加える。

　内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額が当該事業年度又は連結事業年度の課税標準とされるべき所得の金額又は連結所得の金額を超え、かつ、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合において、税務署長が当該事業年度の所得に対する法人税又は当該連結事業年度の連結所得に対する法人税につき更正をしたとき(当該内国法人(当該内国法人が連結親法人である場合には、その事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人。以下この項において同じ。)につき当該事業年度又は連結事業年度終了の日から当該更正の日の前日までの間に第3項各号又は第4項各号に掲げる事実が生じたとき及び当該内国法人を被合併法人とする単体間適格合併(連結法人以外の法人が当該法人を被合併法人とし、連結法人以外の他の法人を合併法人とする適格合併を行う場合の当該適格合併をいう。以下第3項までにおいて同じ。)又は連結内適格合併(連結子法人が当該連結子法人を被合併法人とし、当該連結子法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人を合併法人とする適格合併を行う場合の当該適格合併をいう。以下第3項までにおいて同じ。)に係る合併法人につき当該単体間適格合併又は連結内適格合併の日から当該更正の日の前日までの間に当該事実が生じたときを除く。)は、当該事業年度の所得に対する法人税又は当該連結事業年度の連結所得に対する法人税として納付された金額で政令で定めるもののうち当該更正により減少する部分の金額でその仮装して経理した金額に係るもの(以下この条において「仮装経理法人税額」という。)は、次項、第3項又は第7項の規定の適用がある場合のこれらの規定による還付金の額を除き、還付しない。

　第134条の2に次の1項を加える。

9　第1項の場合において、同項の更正により第74条第1項第五号又は第81条の22第1項第五号に掲げる金額が増加したときは、その増加した部分の金額のうち当該更正に係る仮装経理法人税額に達するまでの金額については、前条第2項の規定は、適用しない。ただし、同条第3項に規定する延滞税がある場合における同項の規定の適用については、この限りでない。

　第138条第六号中「除く」を「除き、債券の買戻又は売戻条件付売買取引として政令で定めるものから生ずる差益として政令で定めるものを含む」に改める。

　第142条中「第46条」を「第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)、第39条の2(外国子会社から受ける配当等に係る外国源泉税等の損金不算入)、第46条」に改める。

　第145条第2項の表第72条第3項(仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等)の項中「第69条第16項」を「第69条第10項」に、「同条第17項」を「同条第11項」に、「同条第18項中「確定申告書」」を「同条第12項中「確定申告書若しくは」」に、「、確定申告書」を「、確定申告書若しくは」に改める。

(租税特別措置法の一部改正)
第5条　租税特別措置法(昭和32年法律第26号)の一部を次のように改正する。

　目次中(中略)
「第3章　法人税法の特例
　　第1節　特別税額控除及び減価償却の特例(第42条の4―第54条)」
を
「第3章　法人税法の特例
　　第1節　中小企業者等の法人税率の特例(第42条の3の2)
　　第1節の2　特別税額控除及び減価償却の特例(第42条の4―第54条)」
に、
「第2款　特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除(第65条の3―第65条の5)」
を
「第2款　特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除(第65条の3―第65条の5)
　第2款の2　特定の長期所有土地等の所得の特別控除(第65条の5の2) 」
に、
「第2款　削除
　第3款　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第66条の9の6―第66条の9の9)」
を
「第2款　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第66条の9の2―第66条の9の5)」
に、
「第9節　削除」を
「第9節　中小企業者等である連結法人の法人税率の特例(第68条の8)」
に、
「第2款　特定事業の用地買収等の場合の連結所得の特別控除(第68条の74―第68条の76)」
を
「第2款　特定事業の用地買収等の場合の連結所得の特別控除(第68条の74―第68条の76)
　第2款の2　特定の長期所有土地等の連結所得の特別控除(第68条の76の2)」
に、
「第68条の85の3」を「第68条の85の4」に、
「第2款　削除
　第3款　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第68条の93の6―第68条の93の9)」
を
「第2款　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第68条の93の2―第68条の93の5)」に、
「地方道路税法」を「地方揮発油税法」に、「第90条の12」を「第90条の13」に改める。

　第1条中「地方道路税、」を「地方揮発油税、」に、「地方道路税法」を「地方揮発油税法」に改める。

(以下省略)

　第3章第1節を同章第1節の2とし、同章に第1節として次の1節を加える。

　　　第1節　中小企業者等の法人税率の特例

2　第68条第1項に規定する協同組合等の平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に終了する各事業年度の所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同項中「100分の22(各事業年度の所得の金額のうち10億円(事業年度が1年に満たない協同組合等については、10億円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)を超える部分の金額については、100分の26)」とあるのは、「100分の22(各事業年度の所得の金額のうち、800万円(事業年度が1年に満たない協同組合等については、800万円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)以下の部分の金額については100分の18とし、10億円(事業年度が1年に満たない協同組合等については、10億円に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)を超える部分の金額については100分の26とする。)」とする。

3　事業年度が1年に満たない第1項の表の第三号及び第四号に掲げる法人に対する同項(同表の第三号及び第四号に係る部分に限る。)の規定の適用については、同表の第三号及び第四号中「年800万円」とあるのは、「800万円を12で除し、これに当該事業年度の月数を乗じて計算した金額」とする。

4　前項の月数は、暦に従って計算し、1月に満たない端数を生じたときは、これを1月とする。

5　前2項に定めるもののほか、第1項又は第2項の規定の適用がある場合における法人税法その他法人税に関する法令の規定に関する技術的読替えその他第1項又は第2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　第42条の5第1項中「平成22年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、「場合を除く。次項」の下に「及び第6項」を加え、「第9項」を「第11項」に改め、同条第12項中「第10項」を「第12項」に改め、同項を同条第14項とし、同条第11項を同条第13項とし、同条第8項から第10項までを2項ずつ繰り下げ、同条第7項中「第1項」の下に「及び第6項」を加え、「同項」を「第1項」に改め、同項を同条第9項とし、同条第6項中「第1項」の下に「及び第6項」を加え、同項を同条第8項とし、同条第5項の次に次の2項を加える。

6　青色申告書を提出する法人が、平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間にエネルギー需給構造改革推進設備等を取得し、又はエネルギー需給構造改革推進設備等を製作し、若しくは建設して、これをその取得し、又は製作し、若しくは建設した日から1年以内に国内にある当該法人の事業の用に供した場合における第1項に規定する特別償却限度額は、同項の規定にかかわらず、当該エネルギー需給構造改革推進設備等の取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額とする。

7　法人の有する減価償却資産で、前項の規定の適用を受けたもの(当該法人の事業年度開始の日前1年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当する場合には、第68条の10第6項の規定の適用を受けたもの)又は前項の規定の適用を受けることができるものに係る第52条の2及び第52条の3の規定の適用については、第52条の2第1項中「第42条の5第1項」とあるのは「第42条の5第1項若しくは第6項」と、「第68条の40第1項」とあるのは「第68条の40第1項(第68条の10第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。以下この条において同じ。)」と、第52条の3第1項中「前条第1項」とあるのは「前条第1項(第42条の5第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。)」と、同条第2項中「場合(第68条の41第1項」とあるのは「場合(第68条の41第1項(第68条の10第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。以下この条において同じ。)」と、「同条第1項」とあるのは「第68条の41第1項」とする。

　第42条の7第1項及び第5項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第43条第1項の表の第二号中「往来するもの」の下に「(以下この号において「外航船舶」という。)」を、「定めるもの」の下に「(当該法人が第59条の2第1項の規定の適用を受けるものである場合には、同項に規定する日本船舶に該当しないものを除く。)及び当該船舶のうち環境への負荷の低減に著しく資するものとして政令で定めるもの(外航船舶を除く。)」を加える。

　第43条の2第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「100分の20」を「100分の16」に、「100分の10」を「100分の8」に改める。

　第43条の3を削る。

　第44条第1項の表の第一号中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「100分の8」を「100分の20」に改める。

　第44条の2第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第44条の3の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「産業活力再生特別措置法第2条第8項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第2条第9項」に、「産業活力再生特別措置法第2条第10項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第2条第11項」に、「第四号若しくは第五号」を「第三号」に、「100分の30」を「100分の25」に改め、同項第一号中「産業活力再生特別措置法」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法」に、「第2条第2項第二号」を「第2条第4項第二号」に改め、「(第四号において「事業革新」という。)」を削り、同項第二号を削り、同項第三号中「産業活力再生特別措置法第9条第1項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第7条第1項」に、「第10条第1項」を「第8条第1項」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号を削り、同項第五号中「産業活力再生特別措置法第13条第1項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第9条第1項」に、「第14条第1項」を「第10条第1項」に改め、同号を同項第三号とし、同項第六号中「産業活力再生特別措置法第16条第1項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第14条第1項」に、「第17条第1項」を「第15条第1項」に改め、同号を同項第四号とし、同条第2項中「前項」を「前3項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　青色申告書を提出する法人で次の各号に掲げる法人が、我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日(次項において「新特別措置法施行日」という。)から平成24年3月31日までの間に、その製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのない当該各号に定める機械及び装置その他の減価償却資産(以下この項及び次項において「資源需給構造変化対応設備等」という。)を取得し、又は資源需給構造変化対応設備等を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該法人の営む事業の用(貸付けの用を除く。次項において同じ。)に供した場合(所有権移転外リース取引により取得した当該資源需給構造変化対応設備等をその事業の用に供した場合を除く。次項において同じ。)には、その事業の用に供した日を含む事業年度の当該資源需給構造変化対応設備等の償却限度額は、法人税法第31条第1項又は第2項の規定にかかわらず、当該資源需給構造変化対応設備等の普通償却限度額と特別償却限度額(当該資源需給構造変化対応設備等の取得価額の100分の30(建物及びその附属設備については、100分の15)に相当する金額をいう。)との合計額とする。

3　青色申告書を提出する法人が、新特別措置法施行日から平成23年3月31日までの間に資源需給構造変化対応設備等を取得し、又は資源需給構造変化対応設備等を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該法人の営む事業の用に供した場合における前項に規定する特別償却限度額は、同項の規定にかかわらず、当該資源需給構造変化対応設備等の取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額とする。

　第44条の5第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第44条の6の次に次の1条を加える。

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第44条の7　青色申告書を提出する法人で米穀の新用途への利用の促進に関する法律第4条第1項に規定する生産製造連携事業計画(以下この項において「生産製造連携事業計画」という。)について同条第1項の認定を受けたものが、同法の施行の日から平成23年3月31日までの間に、当該認定に係る生産製造連携事業計画(同法第5条第1項の規定による変更の認定又は同条第2項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの)に記載された機械及び装置(新用途米穀加工品(同法第2条第1項に規定する新用途米穀加工品をいう。以下この項において同じ。)又は新用途米穀加工品を原材料とする加工品の製造以外に使用することができないものとして政令で定めるものに限る。以下この項において「新用途米穀加工品等製造設備」という。)でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は新用途米穀加工品等製造設備を製作して、これを当該法人の同法第2条第7項に規定する生産製造連携事業の用に供した場合(所有権移転外リース取引により取得した当該新用途米穀加工品等製造設備をその用に供した場合を除く。)には、その用に供した日を含む事業年度の当該新用途米穀加工品等製造設備の償却限度額は、法人税法第31条第1項又は第2項の規定にかかわらず、当該新用途米穀加工品等製造設備の普通償却限度額と特別償却限度額(当該新用途米穀加工品等製造設備の取得価額の100分の30に相当する金額をいう。)との合計額とする。

2　第43条第2項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

　第45条第1項の表の第一号ニ中「水源地域対策特別措置法第3条第1項」を「山村振興法第7条第1項」に、「水源地域として」を「振興山村として」に改め、「のうち政令で定める地区」を削る。

　第45条の2第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同項第一号中「で政令」を「(政令で定める規模のものに限る。)のうち、高度な医療の提供に資するもの又は先進的なものとして政令」に改め、「次号」の下に「及び第三号」を加え、同項に次の一号を加える。

　第45条の2第2項及び第3項並びに第46条の2第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第46条の4第1項中「又は第3項」を「又は第4項」に、「第12条第3項」を「第12条第4項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第47条第3項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「第34条に規定する」を「第37条の」に、「の100分の28(当該高齢者向け優良賃貸住宅のうちその新築の時において同法の規定により定められている耐用年数が35年以上であるものについては、100分の40)に相当する金額」を「に、次の各号に掲げる高齢者向け優良賃貸住宅の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額」に改め、同項に次の各号を加える。

　第47条の2第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同条第3項第一号中「(政令で定める部分を除く。)」を「のうち市街地の土地の合理的かつ健全な高度利用と都市機能の更新に著しく資する建築物として政令で定めるもの」に改める。

　第48条第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第52条第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、「費用を除く」の下に「。以下この項において同じ」を、「支出した金額」の下に「(その支出した法人が政令で定める規模の法人に該当し、かつ、当該支出した金額のうちに当該事業年度において国又は地方公共団体から交付を受けた補助金又は給付金その他これらに準ずるものの対象となる事業に係る植林費の額がある場合には、当該植林費の額を除く。)」を加える。

　第55条の6第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同項の表の第二号中「石炭等(石炭その他政令で定める鉱物をいう。以下この条において同じ。)」を「石炭」に、「石炭等の」を「石炭の」に、「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用」を「露天石炭採掘災害防止費用」に改め、同条第2項第二号を次のように改める。

　第55条の6第3項中「おける当該露天石炭等採掘場」を「おける当該露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘場の露天石炭等採掘災害防止費用の見積額と当該露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場の露天石炭採掘災害防止費用の見積額と当該露天石炭採掘場」に改め、同条第4項中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用」を「露天石炭採掘災害防止費用」に改め、同条第5項中「露天石炭等採掘場を移転した場合を」を「露天石炭採掘場を移転した場合を」に改め、同項第一号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「石炭等の」を「石炭の」に改め、同項第二号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に改め、同条第9項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第57条及び第57条の2を次のように改める。

第57条及び第57条の2　削除

　第57条の5第1項第六号中「第100条の6第1項」を「第100条の8第1項」に、「第15条の3」を「第15条の10」に改める。

　第57条の10第2項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第61条の見出しを「(商工組合等の留保所得の特別控除)」に改め、同条第1項中「漁業協同組合、漁業協同組合連合会、水産加工業協同組合、水産加工業協同組合連合会、森林組合、森林組合連合会、」を削り、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、「各事業年度」の下に「(当該法人(その設立が、法律の規定により都道府県ごとに1個又は全国を通じて1個に限られているものを除く。)の設立の日(合併により設立された法人にあっては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日)以後10年を経過する日を含む事業年度後の各事業年度を除く。)」を加える。

　第61条の2第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第62条の3第4項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改め、同項第十号中「、第十二号又は第十四号から第十七号まで」を「又は第十二号から第十六号まで」に改め、同項第十一号中「、次号又は第十四号から第十七号まで」を「又は次号から第十六号まで」に改め、同項第十三号を削り、同項第十四号中「第十二号」を「前号」に改め、同号を同項第十三号とし、同項第十五号を同項第十四号とし、同項第十六号中「、第十二号又は前二号」を「又は前三号」に改め、同号を同項第十五号とし、同項第十七号中「、第十二号又は前三号」を「又は第十二号から前号まで」に改め、同号を同項第十六号とし、同条第5項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に、「第十七号」を「第十六号」に改め、同条第7項中「第十五号」を「第十四号」に、「同項第十六号若しくは第十七号」を「同項第十五号若しくは第十六号」に、「同項第十二号から第十七号まで」を「同項第十二号から第十六号まで」に改め、同条第8項中「第十七号」を「第十六号」に改め、同条第9項中「第65条の5」を「第65条の5の2」に、「第66条」を「第66条の2」に改め、同条第13項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改める。

　第63条第7項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改める。

　第65条の2第3項第一号中「同項第三号」を「同項第六号」に改める。

　第65条の3第1項中「第66条」を「第66条の2」に改め、同項第三号中「第5条第2項若しくは」を「第5条第2項又は」に改め、「又は農地法第75条の8第1項の裁定により買い取られる場合」を削る。

　第65条の4第1項中「第66条」を「第66条の2」に改め、同項第三号中「平成20年12月31日」を「平成23年12月31日」に改め、同項第十三号イを次のように改める。

　第65条の4第1項第二十五号中「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加える。

　第65条の5第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に、「第66条」を「第66条の2」に改め、同項第三号を削り、同項第四号を同項第三号とし、同項第五号を同項第四号とする。

　第3章第6節第2款の次に次の1款を加える。

　　　第2款の2　特定の長期所有土地等の所得の特別控除

第65条の5の2　法人(清算中の法人を除く。)が、平成21年1月1日から平成22年12月31日までの期間(第4項において「指定期間」という。)内に取得をした国内にある土地又は土地の上に存する権利(棚卸資産に該当するものを除く。以下この条において「土地等」という。)で、その取得をした日から引き続き所有し、かつ、その所有期間(その取得をした日の翌日から当該土地等の譲渡をした日の属する年の1月1日までの所有していた期間をいう。)が5年を超えるものの譲渡をした場合において、当該法人が当該土地等の譲渡により取得した対価の額又は資産(以下この項において「交換取得資産」という。)の価額(当該譲渡により取得した交換取得資産の価額がその譲渡をした土地等の価額を超える場合において、その差額に相当する金額を当該譲渡に際して支出したときは、当該差額に相当する金額を控除した金額)が、当該譲渡をした土地等の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中にその譲渡をした土地等のいずれについても第65条の7から第65条の9まで又は第65条の11から第66条までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と1,000万円(当該譲渡の日の属する年における譲渡により取得した対価の額又は交換取得資産の価額につき、この項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額(第68条の76の2第1項の規定により損金の額に算入した金額を含む。)があるときは、当該金額を控除した金額)とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

2　前項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

3　税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

4　合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人(以下この項において「合併法人等」という。)が、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(第7項第二号ニにおいて「適格合併等」という。)により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(以下この項において「被合併法人等」という。)が指定期間内に取得をした土地等の移転を受けた場合には、当該被合併法人等が当該土地等の取得をした日において当該合併法人等が当該土地等の取得をしたものとみなして、第1項の規定を適用する。

5　第1項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第67条第3項及び第5項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。

6　第2項から前項までに定めるもののほか、第1項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

7　この条における用語については、次に定めるところによる。

　第65条の6中「第65条の4第1項」の下に「、第65条の5第1項」を加える。

　第65条の7第1項中「平成20年12月31日」を「平成23年12月31日」に改め、同項の表の第一号中「平成3年3月31日以前に当該法人により取得がされたこれらの資産(平成14年1月1日以後に譲渡がされるものにあっては」を削り、「超えるものとし、」を「超えるもの(」に改め、同表の第十四号中「農業経営基盤強化促進法第27条の3第1項」を「農地法第34条第1項」に、「同条第2項に規定する」を「同法第35条第1項に規定する農地保有合理化法人等に該当する同項に規定する」に、「同項第二号」を「同項第一号」に改める。

　第65条の8第1項及び第65条の9中「平成20年12月31日」を「平成23年12月31日」に改める。

　第65条の10第1項各号中「第65条の5」を「第65条の5の2」に改める。

　第65条の11第8項中「第65条の4第1項」の下に「又は第65条の5の2第1項」を、「第68条の75第1項」の下に「又は第68条の76の2第1項」を加え、同条第9項中「第65条の4第1項」の下に「又は第65条の5の2第1項」を加える。

　第65条の13第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同条第8項中「又は第65条の4第1項」を「、第65条の4第1項又は第65条の5の2第1項」に、「又は第68条の75第1項」を「、第68条の75第1項又は第68条の76の2第1項」に改め、同条第9項中「又は第65条の4第1項」を「、第65条の4第1項又は第65条の5の2第1項」に改める。

　第66条の2を次のように改める。

(平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第66条の2　法人が、平成21年1月1日から平成22年12月31日までの期間(第10項及び第12項において「指定期間」という。)内に、国内にある土地又は土地の上に存する権利(棚卸資産を除く。以下この条において「土地等」という。)の取得をし、かつ、当該取得の日を含む事業年度の法人税法第2条第三十一号に規定する確定申告書の提出期限までに、当該取得をした土地等(以下この条において「先行取得土地等」という。)につきこの項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出した場合において、当該取得の日を含む事業年度終了の日後10年以内に、当該法人の所有する他の土地等の譲渡をしたときは、当該先行取得土地等につき、当該他の土地等に係る譲渡利益金額(当該譲渡の日を含む事業年度において他の土地等の譲渡が二以上ある場合には、その合計額)の100分の80(当該譲渡の日を含む事業年度においてこの項の規定の適用を受ける先行取得土地等が平成22年1月1日から同年12月31日までの間に取得をされたもののみである場合には、100分の60)に相当する金額(当該譲渡の日を含む事業年度においてこの項の規定の適用を受ける先行取得土地等が二以上ある場合であって、当該100分の80に相当する金額のうちに他の先行取得土地等に係るこの項の規定の適用を受ける部分の金額がある場合には、当該他の先行取得土地等の取得価額(他の先行取得土地等が二以上ある場合には、その合計額)に相当する金額を控除した金額。以下この項及び第7項において「圧縮限度額」という。)の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該譲渡の日を含む事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法(当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。)により経理したときに限り、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

2　前項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

3　税務署長は、第1項の届出書の提出がなかった場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該届出書並びに当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

4　第1項の規定の適用を受けようとする事業年度において、平成21年先行取得土地等(平成21年1月1日から同年12月31日までの間に取得をした先行取得土地等をいう。以下この項において同じ。)の取得価額と平成22年先行取得土地等(平成22年1月1日から同年12月31日までの間に取得をした先行取得土地等をいう。)の取得価額とがある場合には、まず平成21年先行取得土地等の取得価額に相当する金額につき第1項の規定を適用する。

5　第1項の規定の適用を受けた先行取得土地等については、第65条の7第3項の規定は、適用しない。

6　第1項の規定の適用を受けた先行取得土地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該先行取得土地等の取得価額に算入しない。

7　法人が、第1項に規定する場合において、先行取得土地等の取得の日を含む事業年度終了の日後10年以内に、当該法人の有する他の土地等の譲渡をし、かつ、その譲渡の日を含む事業年度において適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立(その日以後に行われるものに限る。以下この項及び第9項において「適格分社型分割等」という。)により当該先行取得土地等を当該適格分社型分割等に係る分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人に移転するときは、当該先行取得土地等につき、当該先行取得土地等に係る圧縮限度額に相当する金額の範囲内でその帳簿価額を減額したときに限り、当該減額した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

8　第5項及び第6項の規定は、前項の規定の適用を受けた先行取得土地等について準用する。

9　第7項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする法人が適格分社型分割等の日以後2月以内に同項に規定する減額した金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

10　合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人(以下この条において「合併法人等」という。)が、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(以下この条において「適格合併等」という。)により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(以下この条において「被合併法人等」という。)が指定期間内に取得をした土地等(当該被合併法人等が第1項の規定による届出書の提出をした土地等に限る。)の移転を受けた場合には、当該被合併法人等が当該土地等の取得をした日において当該合併法人等が当該土地等の取得をし、かつ、当該土地等につき同項の規定による届出書の提出をしたものとみなして、同項又は第7項の規定を適用する。

11　適格合併等により第1項又は第7項の規定の適用を受けた先行取得土地等(連結事業年度において第68条の85の4第1項又は第7項の規定の適用を受けたこれらの規定に規定する先行取得土地等を含む。)の移転を受けた合併法人等が当該先行取得土地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併等に係る被合併法人等において当該先行取得土地等の取得価額に算入されなかった金額は、当該先行取得土地等の取得価額に算入しない。

12　第1項若しくは第7項の規定の適用を受けようとする法人の先行取得土地等の取得の日を含む事業年度又は第10項の規定の適用を受けようとする合併法人等に適格合併等により指定期間内に取得をした土地等(以下この項において「引継土地等」という。)を移転した被合併法人等の当該取得の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合において、当該先行取得土地等又は引継土地等につき第68条の85の4第1項の規定による届出書の提出をしているときは、当該先行取得土地等又は引継土地等につき第1項の規定による届出書の提出をしているものとみなす。この場合において、同項及び第7項中「事業年度終了の日」とあるのは、「連結事業年度終了の日」とする。

13　第2項から第6項まで及び第8項から前項までに定めるもののほか、第1項又は第7項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

14　この条における用語については、次に定めるところによる。

　第66条の6の前の見出しを「(内国法人に係る特定外国子会社等の課税対象金額の益金算入)」に改め、同条第1項中「、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配(以下この項及び次項において「剰余金の配当等」という。)の額に関する調整を加えた金額(以下この条において「適用対象留保金額」という。)を有する場合には、その適用対象留保金額」を「適用対象金額を有する場合には、その適用対象金額」に、「剰余金の配当等、」を「剰余金の配当等(法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配をいう。以下この項及び次項において同じ。)、」に、「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第2項中「前項及びこの項」を「この条」に改め、同項第二号を次のように改める。

　第66条の6第3項中「第1項の規定の適用については、同項」を「適用対象金額の計算については、前項第二号」に改め、同条第4項中「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改める。

　第66条の7第1項を次のように改める。

　前条第1項各号に掲げる内国法人が同項の規定の適用を受ける場合には、当該内国法人に係る特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。)の額のうち当該特定外国子会社等の課税対象金額に対応するもの(当該課税対象金額に相当する金額を限度とする。)として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該内国法人が納付する控除対象外国法人税の額(同法第69条第1項に規定する控除対象外国法人税の額をいう。第3項において同じ。)とみなして、同法第69条(第13項を除く。)の規定を適用する。この場合において、同条第8項中「外国法人税の額につき」とあるのは、「外国法人税の額(租税特別措置法第66条の7第1項(内国法人における特定外国子会社等の課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第68条の91第1項(連結法人における特定外国子会社等の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)につき」とする。

　第66条の7第2項中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に、「課税対象留保金額と」を「課税対象金額と」に改め、同条第3項中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改める。

　第66条の8第1項を次のように改める。

　内国法人が当該内国法人に係る特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものを除く。以下この項において同じ。)から受ける同法第23条第1項第一号に掲げる金額(以下第4項までにおいて「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国子会社等に係る特定課税対象金額に達するまでの金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

　第66条の8第7項を削り、同条第6項中「第1項の規定により損金の額に算入されるべきこととなる金額又は課税済留保金額若しくは個別課税済留保金額その他財務省令で定める事項」を「第1項及び第2項の規定の適用を受けるべきこととなる金額又は課税済金額若しくは個別課税済金額」に、「第1項の規定を」を「第1項及び第2項の規定を」に改め、同項を同条第8項とし、同条第5項中「第1項」の下に「及び第2項」を加え、「課税済留保金額に」を「課税済金額に」に、「課税済留保金額又は個別課税済留保金額その他財務省令で定める事項」を「課税済金額又は個別課税済金額」に、「同項の規定の」を「第1項及び第2項の規定の」に、「同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載及びその損金の額に算入される金額」を「これらの規定の適用を受ける金額の申告の記載及びその金額」に、「同項の規定により損金の額に算入される金額は」を「これらの規定の適用を受ける金額は」に、「損金の額に算入されるべき」を「適用を受けるべき」に改め、同項を同条第7項とし、同条第4項中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「第1項の」を「第3項の」に、「の課税済留保金額」を「の課税済金額」に、「同条第3項」を「同条第5項」に、「同条第1項」を「同条第3項第二号」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に改め、同項を同条第6項とし、同条第3項中「第66条の6第2項第三号に規定する直接及び間接保有の株式等の数(以下この項において「直接及び間接保有の株式等の数」という。)」を「直接保有の株式等の数」に、「第1項の」を「第3項の」に、「課税済留保金額と」を「課税済金額と」に改め、同項第一号中「課税済留保金額又は個別課税済留保金額」を「課税済金額又は個別課税済金額」に改め、同項第二号及び第三号中「課税済留保金額又は個別課税済留保金額」を「課税済金額又は個別課税済金額」に、「直接及び間接保有の株式等の数」を「直接保有の株式等の数」に改め、同項を同条第5項とし、同条第2項中「の前項各号に掲げる事実が生じた」を「が当該内国法人に係る特定外国子会社等から剰余金の配当等の額を受ける」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「第68条の92第1項」を「第68条の92第3項第二号」に、「課税済留保金額と」を「課税済金額と」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　内国法人が当該内国法人に係る特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の額(法人税法第23条の2第1項の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国子会社等に係る特定課税対象金額に達するまでの金額についての同条第1項の規定の適用については、同項中「以下この項及び次項において「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額から当該剰余金の配当等の額に係る費用の額に相当するものとして政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額」とあるのは、「次項において「剰余金の配当等の額」という。)」とする。この場合において、当該剰余金の配当等の額に係る同法第39条の2に規定する外国源泉税等の額については、同条の規定は、適用しない。

3　前2項に規定する特定課税対象金額とは、次に掲げる金額の合計額をいう。

　第66条の8に次の2項を加える。

9　第1項の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第67条第3項第三号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)又は租税特別措置法第66条の8(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とするほか、利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

10　第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第67条第3項第三号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第66条の8第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とするほか、利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

　第66条の9中「、第66条の7第1項の規定により内国法人が納付したとみなされる控除対象外国法人税の額のうち前条第1項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された課税済留保金額に係るものの処理」を削る。

　第3章第7節の4第2款を削る。

　第66条の9の6の前の見出しを「(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人の課税対象金額の益金算入)」に改め、同条第1項中「外国法人(以下この款」を「外国法人(以下この項及び第7項」に、「、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配(以下この項において「剰余金の配当等」という。)の額に関する調整を加えた金額(以下この条において「適用対象留保金額」という。)を有するときは、その適用対象留保金額」を「適用対象金額を有するときは、その適用対象金額」に、「剰余金の配当等、」を「剰余金の配当等(法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配をいう。)、」に、「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第2項第三号を次のように改める。

　第66条の9の6第3項中「第1項の規定の適用については、同項」を「適用対象金額の計算については、前項第三号」に改め、同条第4項中「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改め、同条第8項中「第66条の9の9」を「第66条の9の5」に改め、第3章第7節の4第3款中同条を第66条の9の2とする。

　第66条の9の7第1項を次のように改める。

　特殊関係株主等である内国法人が前条第1項の規定の適用を受ける場合には、当該内国法人に係る特定外国法人の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。)の額のうち当該特定外国法人の課税対象金額に対応するもの(当該課税対象金額に相当する金額を限度とする。)として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該内国法人が納付する控除対象外国法人税の額(同法第69条第1項に規定する控除対象外国法人税の額をいう。第3項において同じ。)とみなして、同法第69条(第13項を除く。)の規定を適用する。この場合において、同条第8項中「外国法人税の額につき」とあるのは、「外国法人税の額(租税特別措置法第66条の9の3第1項(特定外国法人の課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第68条の93の3第1項(特定外国法人の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)につき」とする。

　第66条の9の7第2項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に、「課税対象留保金額と」を「課税対象金額と」に改め、同条第3項中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条を第66条の9の3とする。

　第66条の9の8第1項を次のように改める。

　特殊関係株主等である内国法人が当該内国法人に係る特定外国法人(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものを除く。以下この項において同じ。)から受ける同法第23条第1項第一号に掲げる金額(以下第4項までにおいて「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国法人に係る特定課税対象金額に達するまでの金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

　第66条の9の8第4項を削り、同条第3項中「第66条の8第3項から第6項までの規定は、第1項」を「第66条の8第5項から第8項までの規定は、第1項から第3項まで」に改め、「これらの」を削り、同項の表を次のように改める。

　第66条の9の8第3項を同条第5項とし、同条第2項中「の前項各号に掲げる事実が生じた」を「が当該内国法人に係る特定外国法人から剰余金の配当等の額を受ける」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「第68条の93の8第1項」を「第68条の93の4第3項第二号」に、「課税済留保金額と」を「課税済金額と」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　特殊関係株主等である内国法人が当該内国法人に係る特定外国法人から受ける剰余金の配当等の額(法人税法第23条の2第1項の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国法人に係る特定課税対象金額に達するまでの金額についての同条第1項の規定の適用については、同項中「以下この項及び次項において「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額から当該剰余金の配当等の額に係る費用の額に相当するものとして政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額」とあるのは、「次項において「剰余金の配当等の額」という。)」とする。この場合において、当該剰余金の配当等の額に係る同法第39条の2に規定する外国源泉税等の額については、同条の規定は、適用しない。

3　前2項に規定する特定課税対象金額とは、次に掲げる金額の合計額をいう。

　第66条の9の8に次の2項を加える。

6　第1項の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第67条第3項第三号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)又は租税特別措置法第66条の9の4(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とするほか、利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

7　第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第67条第3項第三号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第66条の9の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とするほか、利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

　第66条の9の8を第66条の9の4とする。

　第66条の9の9中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、「、第66条の9の7第1項の規定により特殊関係株主等である内国法人が納付したとみなされる控除対象外国法人税の額のうち前条第1項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された課税済留保金額に係るものの処理」を削り、同条を第66条の9の5とする。

　第3章第7節の4第3款を同節第2款とする。

　第66条の10の見出しを「(技術研究組合の所得計算の特例)」に改め、同条第1項中「鉱工業技術研究組合(」を「技術研究組合(」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「鉱工業技術研究組合法」を「技術研究組合法」に、「第13条第1項」を「第9条第1項」に改める。

　第66条の13の見出しを「(中小企業者等以外の法人の欠損金の繰戻しによる還付の不適用)」に改め、同条第1項中「、法人」を「、次に掲げる法人以外の法人」に改め、「(第42条の4第6項に規定する中小企業者に該当する法人の設立の日として政令で定める日を含む事業年度の翌事業年度から当該事業年度開始の日以後5年を経過する日を含む事業年度までの各事業年度を除く。)」を削り、同項に次の各号を加える。

　第67条の3第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に改める。

　第67条の7第1項中「平成21年3月31日」を「平成26年3月31日」に改める。

　第67条の11第1項中「受ける利子」の下に「(債券の買戻又は売戻条件付売買取引として政令で定めるものから生ずる差益として政令で定めるものを含む。)」を加える。

　第67条の14第1項第一号ロ(2)中「同じ。)」の下に「その他これに類するものとして政令で定めるもの」を加え、同項第二号ホ中「配当可能所得の金額」を「配当可能利益の額」に改め、同条第2項の表第23条第1項の項の次に次のように加える。

　第67条の14第3項の表第57条の10第1項の項中「資産の流動化に関する法律第2条第3項に規定する」及び「(第61条の4第1項において「特定目的会社」という。)」を削り、同項の前に次のように加える。

　第67条の14第3項の表第62条の3第3項の項の次に次のように加える。

　第67条の15第1項中「みなされる金額」の下に「その他の政令で定める金額」を加え、同項第二号ホ中「配当可能所得の金額」を「配当可能利益の額」に改め、同条第3項の表第23条第1項の項の次に次のように加える。

　第67条の15第4項の表第57条の10第1項の項中「(投資信託及び投資法人に関する法律第2条第12項に規定する投資法人をいう。第61条の4第1項において同じ。)」を削り、同項の前に次のように加える。

　第67条の15第4項の表第62条の3第3項の項の次に次のように加える。

第66条の8第1項及び第66条の9の4第1項	内国法人が	内国法人(投資法人を除く。以下この項において同じ。)が
第66条の13第1項第一号	又は資本	(投資法人を除く。)又は資本

　第67条の17を第67条の18とする。

　第67条の16の見出しを「(振替国債の利子等の非課税等)」に改め、同条第5項を同条第7項とし、同条第4項を同条第6項とし、同条第3項中「第41条の12第9項に規定する」を削り、「同項第一号」を「第41条の12第9項第一号」に、「同条第7項に規定する償還差益(次項において「償還差益」という。)」を「償還差益」に改め、同項を同条第5項とし、同条第2項の次に次の2項を加える。

3　外国法人の発行する第41条の12第7項に規定する割引債(次項において「割引債」という。)の同条第7項に規定する償還差益(次項から第6項までにおいて「償還差益」という。)のうち当該外国法人の国内において行う事業に帰せられるものその他の政令で定めるものについては、法人税法第138条第一号に規定する国内にある資産の運用又は保有により生ずる所得とみなして、同法その他法人税に関する法令の規定を適用する。

4　法人税法第141条第二号から第四号までに掲げる外国法人が支払を受ける割引債(第41条の12第9項に規定する特定短期公社債(次項において「特定短期公社債」という。)を除く。以下この項において同じ。)の償還差益(外国法人の発行する割引債の償還差益にあっては前項に規定する政令で定めるものに限るものとし、同法第141条第二号又は第三号に掲げる外国法人が支払を受けるものにあってはその者のこれらの規定に規定する事業に帰せられないものに限る。)は、同条第二号イ、第三号イ又は第四号イに掲げる国内源泉所得に該当しないものとする。

　第67条の16を第67条の17とし、第67条の15の次に次の1条を加える。

(外国組合員に対する課税の特例)
第67条の16　投資組合契約(第41条の21第2項第一号に規定する投資組合契約をいう。以下この項及び第4項において同じ。)を締結している組合員である外国法人で、当該投資組合契約に基づいて行う事業につき法人税法第141条第一号から第三号までに掲げる外国法人に該当するもののうち第41条の21第1項各号に掲げる要件を満たすものは、同法第141条第四号に掲げる外国法人に該当する法人とみなして、同法その他法人税に関する法令の規定を適用する。

2　第41条の21第3項から第8項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第7項中「当該特例適用申告書に係る投資組合契約に基づいて受ける所得税法第161条第一号の二に掲げる国内源泉所得の同法第212条第5項の規定により支払があったものとみなされる日の前日(その者が非居住者である場合にあっては、当該前日又は当該変更をした日以後最初に同法第161条に規定する国内源泉所得を有することとなった日の属する年の翌年3月15日のいずれか早い日)」とあるのは、「法人税法第138条に規定する国内源泉所得を有することとなった日を含む第2条第2項第十九号に規定する事業年度に係る同法第145条第1項において準用する同法第74条第1項の規定による申告書の提出期限」と読み替えるものとする。

3　前項において準用する第41条の21第3項の規定により同項に規定する特例適用申告書を提出した外国法人(前項において準用する同条第7項の規定により同項に規定する変更申告書を提出した外国法人を含む。)は、第1項の規定の適用により法人税法第141条に規定する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準とされないこととなる同法第138条に規定する国内源泉所得に係る所得の金額を有する場合には、政令で定めるところにより、当該国内源泉所得の明細その他の財務省令で定める事項を記載した書類を税務署長に提出しなければならない。

4　前2項に定めるもののほか、第1項の規定の適用その他投資組合契約を締結している外国法人に係る法人税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　第68条の3の2第1項中「第6項まで」を「第5項まで」に改め、同項第二号ロ中「分配可能所得の金額」を「分配可能利益の額」に改め、同条第2項及び第3項を次のように改める。

2　特定目的信託に係る受託法人に対する法人税法の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

3　特定目的信託に係る受託法人に対する第62条の3第3項、第66条の8第1項及び第66条の9の4第1項の規定の適用については、第62条の3第3項中「該当するもの」とあるのは「該当するもの及び第68条の3の2第1項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人が行う譲渡で同項第二号(ロを除く。)に掲げる要件を満たす事業年度において行うもの」と、第66条の8第1項及び第66条の9の4第1項中「内国法人が」とあるのは「内国法人(第68条の3の2第1項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人を除く。以下この項において同じ。)が」とする。

　第68条の3の2第6項を削り、同条第7項を同条第6項とし、同条第8項を同条第7項とし、同条第9項を同条第8項とし、同条第10項中「第1項、第2項、第6項」を「第1項から第3項まで」に、「第2項中「法人税法第23条第1項」を「第2項の表の第23条第1項の項中「第23条第1項」に、「法人税法第142条の規定により同法」を「第142条の規定により」に改め、同項を同条第9項とし、同条第11項中「以下この項及び」を削り、「)は法人税法第69条第8項に規定する配当等の額」を「)は、法人税法第23条の2第1項に規定する剰余金の配当等の額」に改め、「とみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定目的信託の利益分配の額は同条第11項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないもの」を削り、同項を同条第10項とし、同条第12項を同条第11項とし、同条第13項中「第8項及び第9項」を「第7項及び第8項」に、「第7項まで」を「第6項まで」に改め、同項を同条第12項とする。

　第68条の3の3第1項中「第6項まで」を「第5項まで」に改め、同項第二号ロ中「分配可能所得の金額」を「分配可能収益の額」に改め、同条第2項及び第3項を次のように改める。

2　特定投資信託に係る受託法人に対する法人税法の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

3　特定投資信託に係る受託法人に対する第62条の3第3項、第66条の8第1項及び第66条の9の4第1項の規定の適用については、第62条の3第3項中「該当するもの」とあるのは「該当するもの及び第68条の3の3第1項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人が行う譲渡で同項第二号(ロを除く。)に掲げる要件を満たす事業年度において行うもの」と、第66条の8第1項及び第66条の9の4第1項中「内国法人が」とあるのは「内国法人(第68条の3の3第1項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人を除く。以下この項において同じ。)が」とする。

　第68条の3の3第6項を削り、同条第7項中「第68条の3の3第7項」を「第68条の3の3第6項」に改め、同項を同条第6項とし、同条第8項を同条第7項とし、同条第9項を同条第8項とし、同条第10項中「第1項、第2項、第6項」を「第1項から第3項まで」に、「第2項中「法人税法第23条第1項」を「第2項の表の第23条第1項の項中「第23条第1項」に、「法人税法第142条の規定により同法」を「第142条の規定により」に改め、同項を同条第9項とし、同条第11項中「以下この項及び」を削り、「)は法人税法第69条第8項に規定する配当等の額」を「)は、法人税法第23条の2第1項に規定する剰余金の配当等の額」に改め、「とみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定投資信託の収益分配の額は同条第11項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないもの」を削り、同項を同条第10項とし、同条第12項を同条第11項とし、同条第13項中「第8項及び第9項」を「第7項及び第8項」に、「第7項まで」を「第6項まで」に改め、同項を同条第12項とする。

　第68条の3の5第1項中「第57条まで」を「第56条まで」に改める。

　第3章第9節を次のように改める。

　　第9節　中小企業者等である連結法人の法人税率の特例

第68条の8　次の表の第一欄に掲げる連結親法人の平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に終了する各連結事業年度の連結所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同欄に掲げる連結親法人の区分に応じ同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる税率は、同表の第四欄に掲げる税率とする。

2　第68条の108第1項に規定する協同組合等である連結親法人の平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に終了する各連結事業年度の連結所得に係る法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同項中「100分の23(各連結事業年度の連結所得の金額のうち10億円(第15条の2第1項(連結事業年度の意義)に規定する連結親法人事業年度が1年に満たない協同組合等である連結親法人については、10億円に当該連結親法人事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)を超える部分の金額については、100分の26)」とあるのは、「100分の23(各連結事業年度の連結所得の金額のうち、800万円(第15条の2第1項(連結事業年度の意義)に規定する連結親法人事業年度が1年に満たない協同組合等である連結親法人については、800万円に当該連結親法人事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)以下の部分の金額については100分の19とし、10億円(同項に規定する連結親法人事業年度が1年に満たない協同組合等である連結親法人については、10億円に当該連結親法人事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した金額とする。)を超える部分の金額については100分の26とする。)」とする。

3　法人税法第15条の2第1項に規定する連結親法人事業年度が1年に満たない第1項の表の第二号及び第三号に掲げる連結親法人が同項(同表の第二号及び第三号に係る部分に限る。)の規定を適用する場合における同表の第二号及び第三号に規定する年800万円以下の金額は、同項(同表の第二号及び第三号に係る部分に限る。)の規定にかかわらず、800万円を12で除し、これに当該連結親法人事業年度の月数を乗じて計算した金額とする。

4　前項の月数は、暦に従って計算し、1月に満たない端数を生じたときは、これを1月とする。

5　前2項に定めるもののほか、第1項又は第2項の規定の適用がある場合における法人税法その他法人税に関する法令の規定に関する技術的読替えその他第1項又は第2項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　第68条の10第1項中「平成22年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、「場合を除く。次項」の下に「及び第6項」を加え、「第10項」を「第12項」に改め、同条第13項中「第6項から第10項まで」を「第8項から第12項まで」に、「第5項」を「第7項」に、「第11項」を「第13項」に改め、同項を同条第15項とし、同条第12項を同条第14項とし、同条第9項から第11項までを2項ずつ繰り下げ、同条第8項中「第1項」の下に「及び第6項」を加え、「同項」を「第1項」に改め、同項を同条第10項とし、同条第7項中「第1項から第3項まで」の下に「及び第6項」を加え、同項を同条第9項とし、同条第6項中「第1項」の下に「及び第6項」を加え、同項を同条第8項とし、同条第5項の次に次の2項を加える。

6　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間にエネルギー需給構造改革推進設備等を取得し、又はエネルギー需給構造改革推進設備等を製作し、若しくは建設して、これをその取得し、又は製作し、若しくは建設した日から1年以内に国内にある当該連結親法人又はその連結子法人の事業の用に供した場合における第1項に規定する特別償却限度額は、同項の規定にかかわらず、当該エネルギー需給構造改革推進設備等の取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額とする。

7　連結親法人又はその連結子法人の有する減価償却資産で、前項の規定の適用を受けたもの(当該連結親法人又はその連結子法人の連結事業年度開始の日前1年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、第42条の5第6項の規定の適用を受けたもの)又は前項の規定の適用を受けることができるものに係る第68条の40及び第68条の41の規定の適用については、第68条の40第1項中「第68条の10第1項」とあるのは「第68条の10第1項若しくは第6項」と、「第52条の2第1項」とあるのは「第52条の2第1項(第42条の5第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。以下この条において同じ。)」と、第68条の41第1項中「前条第1項」とあるのは「前条第1項(第68条の10第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。)」と、同条第2項中「場合(第52条の3第1項」とあるのは「場合(第52条の3第1項(第42条の5第7項の規定により読み替えて適用される場合を含む。以下この条において同じ。)」と、「同条第1項」とあるのは「第52条の3第1項」とする。

　第68条の12第1項及び第5項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の16第1項の表の第二号中「往来するもの」の下に「(以下この号において「外航船舶」という。)」を、「定めるもの」の下に「(当該連結法人が第68条の62の2第1項の規定の適用を受けるものである場合には、同項に規定する日本船舶に該当しないものを除く。)及び当該船舶のうち環境への負荷の低減に著しく資するものとして政令で定めるもの(外航船舶を除く。)」を加える。

　第68条の17第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「100分の20」を「100分の16」に、「100分の10」を「100分の8」に改める。

　第68条の18を次のように改める。

第68条の18　削除

　第68条の19第1項の表の第一号中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「100分の8」を「100分の20」に改める。

　第68条の20第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の21の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「産業活力再生特別措置法第2条第8項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第2条第9項」に、「産業活力再生特別措置法第2条第10項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第2条第11項」に、「第44条の3第1項第四号若しくは第五号」を「第44条の3第1項第三号」に、「100分の30」を「100分の25」に改め、同条第2項中「前項」を「前3項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、次の各号に掲げるものが、我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日(次項において「新特別措置法施行日」という。)から平成24年3月31日までの間に、その製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのない機械及び装置その他の減価償却資産(次の各号に掲げる連結法人の区分に応じ当該各号に定める機械及び装置その他の減価償却資産に限る。以下この項及び次項において「資源需給構造変化対応設備等」という。)を取得し、又は資源需給構造変化対応設備等を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該連結親法人又はその連結子法人の営む事業の用(貸付けの用を除く。次項において同じ。)に供した場合(所有権移転外リース取引により取得した当該資源需給構造変化対応設備等をその事業の用に供した場合を除く。次項において同じ。)には、その事業の用に供した日を含む連結事業年度の当該資源需給構造変化対応設備等の償却限度額は、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第31条第1項又は第2項の規定にかかわらず、当該資源需給構造変化対応設備等の普通償却限度額と特別償却限度額(当該資源需給構造変化対応設備等の取得価額の100分の30(建物及びその附属設備については、100分の15)に相当する金額をいう。)との合計額とする。

3　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、新特別措置法施行日から平成23年3月31日までの間に資源需給構造変化対応設備等を取得し、又は資源需給構造変化対応設備等を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該連結親法人又はその連結子法人の営む事業の用に供した場合における前項に規定する特別償却限度額は、同項の規定にかかわらず、当該資源需給構造変化対応設備等の取得価額から普通償却限度額を控除した金額に相当する金額とする。

　第68条の24第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の25を削り、第68条の26を第68条の25とし、同条の次に次の1条を加える。

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第68条の26　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、米穀の新用途への利用の促進に関する法律第4条第1項に規定する生産製造連携事業計画(以下この項において「生産製造連携事業計画」という。)について同条第1項の認定を受けたものが、同法の施行の日から平成23年3月31日までの間に、当該認定に係る生産製造連携事業計画(同法第5条第1項の規定による変更の認定又は同条第2項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの)に記載された機械及び装置(新用途米穀加工品(同法第2条第1項に規定する新用途米穀加工品をいう。以下この項において同じ。)又は新用途米穀加工品を原材料とする加工品の製造以外に使用することができないものとして政令で定めるものに限る。以下この項において「新用途米穀加工品等製造設備」という。)でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は新用途米穀加工品等製造設備を製作して、これを当該連結親法人又はその連結子法人の同法第2条第7項に規定する生産製造連携事業の用に供した場合(所有権移転外リース取引により取得した当該新用途米穀加工品等製造設備をその用に供した場合を除く。)には、その用に供した日を含む連結事業年度の当該新用途米穀加工品等製造設備の償却限度額は、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第31条第1項又は第2項の規定にかかわらず、当該新用途米穀加工品等製造設備の普通償却限度額と特別償却限度額(当該新用途米穀加工品等製造設備の取得価額の100分の30に相当する金額をいう。)との合計額とする。

2　第68条の16第2項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

　第68条の29第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同項第一号中「で政令」を「(政令で定める規模のものに限る。)のうち、高度な医療の提供に資するもの又は先進的なものとして政令」に改め、「次号」の下に「及び第三号」を加え、同項に次の一号を加える。

　第68条の29第2項及び第3項並びに第68条の31第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の33第1項中「又は第3項」を「又は第4項」に、「第12条第3項」を「第12条第4項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の34第3項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「第34条に規定する」を「第37条の」に、「の100分の28(当該高齢者向け優良賃貸住宅のうちその新築の時において同法の規定により定められている耐用年数が35年以上であるものについては、100分の40)に相当する金額」を「に、次の各号に掲げる高齢者向け優良賃貸住宅の区分に応じ当該各号に定める割合を乗じて計算した金額」に改め、同項に次の各号を加える。

　第68条の35第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同条第3項第一号中「(政令で定める部分を除く。)」を「のうち市街地の土地の合理的かつ健全な高度利用と都市機能の更新に著しく資する建築物として政令で定めるもの」に改める。

　第68条の36第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の38第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、「植林費」の下に「(以下この項において「植林費」という。)」を、「支出した金額」の下に「(その支出した連結親法人又はその連結子法人が政令で定める規模のものに該当し、かつ、当該支出した金額のうちに当該連結事業年度において国又は地方公共団体から交付を受けた補助金又は給付金その他これらに準ずるものの対象となる事業に係る植林費の額がある場合には、当該植林費の額を除く。)」を加える。

　第68条の40第1項中「第68条の16」の下に「、第68条の17、第68条の19」を加え、「第68条の23、第68条の24、第68条の26、第68条の27」を「第68条の23から第68条の27まで」に改める。

　第68条の42第1項第二号中「第68条の14から第68条の21まで」を「第68条の14から第68条の17まで、第68条の19から第68条の21まで」に、「第68条の23、第68条の24、第68条の26、第68条の27」を「第68条の23から第68条の27まで」に改める。

　第68条の45第1項中「第55条の6第1項の表の各号の上欄」を「次の表の各号の上欄」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同項に次の表を加える。

　第68条の45第2項第一号中「(第55条の6第1項の表の第一号に規定する採石災害防止費用をいう。以下この項及び第4項において同じ。)」を削り、同号イ中「(第55条の6第1項の表の第一号に規定する岩石採取場をいう。以下この条において同じ。)」及び「(同号に規定する岩石をいう。第5項において同じ。)」を削り、同項第二号を次のように改める。

　第68条の45第3項中「おける当該露天石炭等採掘場」を「おける当該露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘場の露天石炭等採掘災害防止費用の見積額と当該露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場の露天石炭採掘災害防止費用の見積額と当該露天石炭採掘場」に改め、同条第4項中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用」を「露天石炭採掘災害防止費用」に改め、同条第5項中「露天石炭等採掘場を移転した場合を」を「露天石炭採掘場を移転した場合を」に改め、同項第一号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「石炭等の」を「石炭の」に改め、同項第二号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に改め、同条第8項中「第55条の6第1項」を「第1項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の49から第68条の52までを次のように改める。

第68条の49から第68条の52まで　削除

　第68条の55第1項第五号中「第100条の6第1項」を「第100条の8第1項」に、「第15条の3」を「第15条の10」に改める。

　第68条の59第2項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の64第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改める。

　第68条の68第4項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に、「第8項まで」を「以下第8項まで」に改め、同条第5項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改め、同条第7項中「第十五号」を「第十四号」に、「同項第十六号若しくは第十七号」を「同項第十五号若しくは第十六号」に、「同条第4項第十二号から第十七号まで」を「同条第4項第十二号から第十六号まで」に改め、同条第8項中「第十七号」を「第十六号」に改め、同条第9項中「第68条の76」を「第68条の76の2」に、「第68条の85の3」を「第68条の85の4」に改め、同条第13項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改める。

　第68条の69第7項中「平成20年12月31日」を「平成25年12月31日」に改める。

　第68条の73第3項第一号中「同項第三号」を「同項第六号」に改める。

　第68条の74第1項及び第68条の75第1項中「第68条の85の3」を「第68条の85の4」に改める。

　第68条の76第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に、「第68条の85の3」を「第68条の85の4」に改める。

　第3章第19節第2款の次に次の1款を加える。

　　　第2款の2　特定の長期所有土地等の連結所得の特別控除

第68条の76の2　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、平成21年1月1日から平成22年12月31日までの期間(第4項において「指定期間」という。)内に取得をした国内にある土地又は土地の上に存する権利(棚卸資産に該当するものを除く。以下この条において「土地等」という。)で、その取得をした日から引き続き所有し、かつ、その所有期間(その取得をした日の翌日から当該土地等の譲渡をした日の属する年の1月1日までの所有していた期間をいう。)が5年を超えるものの譲渡をした場合において、当該連結親法人又はその連結子法人が当該土地等の譲渡により取得した対価の額又は資産(以下この項において「交換取得資産」という。)の価額(当該譲渡により取得した交換取得資産の価額がその譲渡をした土地等の価額を超える場合において、その差額に相当する金額を当該譲渡に際して支出したときは、当該差額に相当する金額を控除した金額)が、当該譲渡をした土地等の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該連結親法人又はその連結子法人が当該連結事業年度のうち同一の年に属する期間中にその譲渡をした土地等のいずれについても第68条の78から第68条の80まで又は第68条の82から第68条の85の3までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と1,000万円(当該譲渡の日の属する年における譲渡により取得した対価の額又は交換取得資産の価額につき、この項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額(第65条の5の2第1項の規定により損金の額に算入した金額を含む。)があるときは、当該金額を控除した金額)とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

2　前項の規定は、連結確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

3　税務署長は、前項の記載又は添付がない連結確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

4　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人に該当するものが、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(第7項第二号ニにおいて「適格合併等」という。)により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(以下この項において「被合併法人等」という。)が指定期間内に取得をした土地等の移転を受けた場合には、当該被合併法人等が当該土地等の取得をした日において当該連結親法人又はその連結子法人が当該土地等の取得をしたものとみなして、第1項の規定を適用する。

5　第1項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第81条の13第2項及び第4項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれるものとする。

6　第2項から前項までに定めるもののほか、第1項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における連結利益積立金額の計算及び法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第1項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

7　この条における用語については、次に定めるところによる。

　第68条の77第1項中「第68条の75第1項」の下に「、第68条の76第1項」を加える。

　第68条の78第1項中「平成20年12月31日」を「平成23年12月31日」に、「を当該連結親法人又は」を「を当該連結親法人若しくは」に改め、同項の表の第十四号中「農業経営基盤強化促進法第27条の3第1項」を「農地法第34条第1項」に、「同条第2項に規定する」を「同法第35条第1項に規定する農地保有合理化法人等に該当する同項に規定する」に、「同項第二号」を「同項第一号」に改める。

　第68条の79第1項及び第68条の80中「平成20年12月31日」を「平成23年12月31日」に改める。

　第68条の81第1項各号中「第68条の76」を「第68条の76の2」に改める。

　第68条の82第1項中「を当該連結親法人又は」を「を当該連結親法人若しくは」に改め、同条第8項中「第68条の75第1項」の下に「又は第68条の76の2第1項」を、「第65条の4第1項」の下に「又は第65条の5の2第1項」を加え、同条第9項中「第68条の75第1項」の下に「又は第68条の76の2第1項」を加える。

　第68条の84第1項中「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「を当該連結親法人又は」を「を当該連結親法人若しくは」に改め、同条第8項中「又は第68条の75第1項」を「、第68条の75第1項又は第68条の76の2第1項」に、「又は第65条の4第1項」を「、第65条の4第1項又は第65条の5の2第1項」に改め、同条第9項中「又は第68条の75第1項」を「、第68条の75第1項又は第68条の76の2第1項」に改める。

　第3章第19節第4款中第68条の85の3の次に次の1条を加える。

(平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第68条の85の4　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、平成21年1月1日から平成22年12月31日までの期間(第10項及び第12項において「指定期間」という。)内に、国内にある土地又は土地の上に存する権利(棚卸資産を除く。以下この条において「土地等」という。)の取得をし、かつ、当該連結親法人が当該取得の日を含む連結事業年度の法人税法第2条第三十二号に規定する連結確定申告書の提出期限までに、当該取得をした土地等(以下この条において「先行取得土地等」という。)につきこの項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した届出書を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合において、当該取得の日を含む連結事業年度終了の日後10年以内に、当該先行取得土地等の取得をした当該連結親法人又はその連結子法人の所有する他の土地等の譲渡をしたときは、当該先行取得土地等につき、当該他の土地等に係る譲渡利益金額(当該連結親法人又はその連結子法人の当該譲渡の日を含む連結事業年度において他の土地等の譲渡が二以上ある場合には、その合計額)の100分の80(当該連結親法人又はその連結子法人の当該譲渡の日を含む連結事業年度においてこの項の規定の適用を受ける先行取得土地等が平成22年1月1日から同年12月31日までの間に取得をされたもののみである場合には、100分の60)に相当する金額(当該連結親法人又はその連結子法人の当該譲渡の日を含む連結事業年度においてこの項の規定の適用を受ける先行取得土地等が二以上ある場合であって、当該100分の80に相当する金額のうちに他の先行取得土地等に係るこの項の規定の適用を受ける部分の金額がある場合には、当該他の先行取得土地等の取得価額(他の先行取得土地等が二以上ある場合には、その合計額)に相当する金額を控除した金額。以下この項及び第7項において「圧縮限度額」という。)の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該連結親法人若しくはその連結子法人の当該譲渡の日を含む連結事業年度に係る確定した決算において積立金として積み立てる方法(当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。)により経理したときに限り、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

2　前項の規定は、連結確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。

3　税務署長は、第1項の届出書の提出がなかった場合又は前項の記載若しくは添付がない連結確定申告書等の提出があった場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該届出書並びに当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

4　連結親法人又はその連結子法人の第1項の規定の適用を受けようとする連結事業年度において、平成21年先行取得土地等(平成21年1月1日から同年12月31日までの間に取得をした先行取得土地等をいう。以下この項において同じ。)の取得価額と平成22年先行取得土地等(平成22年1月1日から同年12月31日までの間に取得をした先行取得土地等をいう。)の取得価額とがある場合には、まず平成21年先行取得土地等の取得価額に相当する金額につき第1項の規定を適用する。

5　第1項の規定の適用を受けた先行取得土地等については、第68条の78第3項の規定は、適用しない。

6　第1項の規定の適用を受けた先行取得土地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該先行取得土地等の取得価額に算入しない。

7　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、第1項に規定する場合において、先行取得土地等の取得の日を含む連結事業年度終了の日後10年以内に、当該先行取得土地等の取得をした連結親法人又はその連結子法人の有する他の土地等の譲渡をし、かつ、当該連結親法人又はその連結子法人のその譲渡の日を含む連結事業年度において適格分社型分割、適格現物出資又は適格事後設立(その日以後に行われるものに限る。以下この項及び第9項において「適格分社型分割等」という。)により当該先行取得土地等を当該適格分社型分割等に係る分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人に移転するときは、当該先行取得土地等につき、当該先行取得土地等に係る圧縮限度額に相当する金額の範囲内でその帳簿価額を減額したときに限り、当該減額した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

8　第5項及び第6項の規定は、前項の規定の適用を受けた先行取得土地等について準用する。

9　第7項の規定は、同項の連結親法人が適格分社型分割等の日以後2月以内に同項に規定する減額した金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

10　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人(以下この条において「合併法人等」という。)に該当するものが、適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(以下この条において「適格合併等」という。)により被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(以下この条において「被合併法人等」という。)が指定期間内に取得をした土地等(当該被合併法人等が第1項の規定による届出書の提出をした土地等に限る。)の移転を受けた場合には、当該被合併法人等が当該土地等の取得をした日において当該連結親法人又はその連結子法人が当該土地等の取得をし、かつ、当該土地等につき同項の規定による届出書の提出をしたものとみなして、同項又は第7項の規定を適用する。

11　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、適格合併等により第1項又は第7項の規定の適用を受けた先行取得土地等(連結事業年度に該当しない事業年度において第66条の2第1項又は第7項の規定の適用を受けたこれらの規定に規定する先行取得土地等を含む。)の移転を受けた合併法人等に該当するものが、当該先行取得土地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併等に係る被合併法人等において当該先行取得土地等の取得価額に算入されなかった金額は、当該先行取得土地等の取得価額に算入しない。

12　第1項若しくは第7項の規定の適用を受けようとする連結親法人若しくはその連結子法人の先行取得土地等の取得の日を含む事業年度又は第10項の規定の適用を受けようとする連結親法人若しくはその連結子法人に適格合併等により指定期間内に取得をした土地等(以下この項において「引継土地等」という。)を移転した被合併法人等の当該取得の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合において、当該先行取得土地等又は引継土地等につき第66条の2第1項の規定による届出書の提出をしているときは、当該先行取得土地等又は引継土地等につき第1項の規定による届出書の提出をしているものとみなす。この場合において、同項及び第7項中「連結事業年度終了の日」とあるのは、「事業年度終了の日」とする。

13　第2項から第6項まで及び第8項から前項までに定めるもののほか、第1項又は第7項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第1項又は第7項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

14　この条における用語については、次に定めるところによる。

　第68条の90の前の見出しを「(連結法人に係る特定外国子会社等の個別課税対象金額の益金算入)」に改め、同条第1項中「、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配(以下この項において「剰余金の配当等」という。)の額に関する調整を加えた金額(以下この条において「適用対象留保金額」という。)を有する場合には、その適用対象留保金額」を「適用対象金額を有する場合には、その適用対象金額」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同項第一号イ中「剰余金の配当等」の下に「(法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配をいう。ロにおいて同じ。)」を加え、同条第2項中「前項」を「この条」に改め、同項第二号を次のように改める。

　第68条の90第3項中「第1項の規定の適用については、同項」を「適用対象金額の計算については、前項第二号」に改め、同条第4項中「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改める。

　第68条の91第1項を次のように改める。

　前条第1項各号に掲げる連結法人が同項の規定の適用を受ける場合には、当該連結法人に係る特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。)の額のうち当該特定外国子会社等の個別課税対象金額に対応するもの(当該個別課税対象金額に相当する金額を限度とする。)として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該連結法人が納付する個別控除対象外国法人税の額(同法第81条の15第1項に規定する個別控除対象外国法人税の額をいう。第3項において同じ。)とみなして、同法第81条の15(第12項を除く。)の規定を適用する。この場合において、同条第8項中「外国法人税の額につき」とあるのは、「外国法人税の額(租税特別措置法第68条の91第1項(連結法人における特定外国子会社等の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第66条の7第1項(内国法人における特定外国子会社等の課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)につき」とする。

　第68条の91第2項中「課税対象留保金額に」を「課税対象金額に」に、「当該課税対象留保金額」を「当該課税対象金額」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第3項中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改める。

　第68条の92第1項を次のように改める。

　連結法人が当該連結法人に係る特定外国子会社等(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものを除く。以下この項において同じ。)から受ける同法第23条第1項第一号に掲げる金額(以下第4項までにおいて「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国子会社等に係る特定個別課税対象金額に達するまでの金額は、当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

　第68条の92第7項を削り、同条第6項中「第1項の規定により損金の額に算入されるべきこととなる金額又は個別課税済留保金額若しくは課税済留保金額その他財務省令で定める事項」を「第1項及び第2項の規定の適用を受けるべきこととなる金額又は個別課税済金額若しくは課税済金額」に、「第1項の規定を」を「第1項及び第2項の規定を」に改め、同項を同条第8項とし、同条第5項中「第1項」の下に「及び第2項」を加え、「個別課税済留保金額に」を「個別課税済金額に」に、「個別課税済留保金額又は課税済留保金額その他財務省令で定める事項」を「個別課税済金額又は課税済金額」に、「同項の規定の」を「第1項及び第2項の規定の」に、「同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載及びその損金の額に算入される金額」を「これらの規定の適用を受ける金額の申告の記載及びその金額」に、「同項の規定により損金の額に算入される金額は」を「これらの規定の適用を受ける金額は」に、「損金の額に算入されるべき」を「適用を受けるべき」に改め、同項を同条第7項とし、同条第4項中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「第1項の」を「第3項の」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「同条第3項」を「同条第5項」に、「同条第1項」を「同条第3項第二号」に、「の課税済留保金額」を「の課税済金額」に改め、同項を同条第6項とし、同条第3項中「第66条の6第2項第三号に規定する直接及び間接保有の株式等の数(以下この項において「直接及び間接保有の株式等の数」という。)」を「直接保有の株式等の数」に、「第1項の」を「第3項の」に、「個別課税済留保金額と」を「個別課税済金額と」に改め、同項第一号中「個別課税済留保金額又は課税済留保金額」を「個別課税済金額又は課税済金額」に改め、同項第二号及び第三号中「個別課税済留保金額又は課税済留保金額」を「個別課税済金額又は課税済金額」に、「直接及び間接保有の株式等の数」を「直接保有の株式等の数」に改め、同項を同条第5項とし、同条第2項中「の前項各号に掲げる事実が生じた」を「が当該連結法人に係る特定外国子会社等から剰余金の配当等の額を受ける」に、「課税済留保金額(第66条の8第1項に規定する課税済留保金額」を「課税済金額(第66条の8第3項第二号に規定する課税済金額」に、「その課税済留保金額」を「その課税済金額」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　連結法人が当該連結法人に係る特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の額(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国子会社等に係る特定個別課税対象金額に達するまでの金額についての同法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用については、同項中「以下この項及び次項において「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額から当該剰余金の配当等の額に係る費用の額に相当するものとして政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額」とあるのは、「次項において「剰余金の配当等の額」という。)」とする。この場合において、当該剰余金の配当等の額に係る同法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第39条の2に規定する外国源泉税等の額については、同条の規定は、適用しない。

3　前2項に規定する特定個別課税対象金額とは、次に掲げる金額の合計額をいう。

　第68条の92に次の2項を加える。

9　第1項の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第81条の13第2項第二号中「損金算入)」とあるのは、「損金算入)又は租税特別措置法第68条の92(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とするほか、連結利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

10　第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第81条の13第2項第二号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とするほか、連結利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

　第68条の93中「、第68条の91第1項の規定により連結法人が納付したとみなされる個別控除対象外国法人税の額のうち前条第1項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された個別課税済留保金額に係るものの処理」を削る。

　第3章第24節第2款を削る。

　第68条の93の6の前の見出しを「(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人の個別課税対象金額の益金算入)」に改め、同条第1項中「外国法人(以下この款」を「外国法人(以下この項及び第7項」に、「、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び剰余金の配当等(法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配をいう。)の額に関する調整を加えた金額(以下この条において「適用対象留保金額」という。)を有するときは、その適用対象留保金額」を「適用対象金額を有するときは、その適用対象金額」に、「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第2項第一号中「第66条の9の6第2項第一号」を「第66条の9の2第2項第一号」に改め、同項第二号中「第66条の9の6第2項第二号」を「第66条の9の2第2項第二号」に改め、同項第三号を次のように改める。

　第68条の93の6第2項第四号中「第66条の9の6第2項第四号」を「第66条の9の2第2項第四号」に改め、同条第3項中「第1項の規定の適用については、同項」を「適用対象金額の計算については、前項第三号」に改め、同条第4項中「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改め、同条第8項中「第68条の93の9」を「第68条の93の5」に改め、第3章第24節第3款中同条を第68条の93の2とする。

　第68条の93の7第1項を次のように改める。

　特殊関係株主等である連結法人が前条第1項の規定の適用を受ける場合には、当該連結法人に係る特定外国法人の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。)の額のうち当該特定外国法人の個別課税対象金額に対応するもの(当該個別課税対象金額に相当する金額を限度とする。)として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該連結法人が納付する個別控除対象外国法人税の額(同法第81条の15第1項に規定する個別控除対象外国法人税の額をいう。第3項において同じ。)とみなして、同法第81条の15(第12項を除く。)の規定を適用する。この場合において、同条第8項中「外国法人税の額につき」とあるのは、「外国法人税の額(租税特別措置法第68条の93の3第1項(特定外国法人の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第66条の9の3第1項(特定外国法人の課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)につき」とする。

　第68条の93の7第2項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に、「課税対象留保金額に」を「課税対象金額に」に、「当該課税対象留保金額」を「当該課税対象金額」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第3項中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条を第68条の93の3とする。

　第68条の93の8第1項を次のように改める。

　特殊関係株主等である連結法人が当該連結法人に係る特定外国法人(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものを除く。以下この項において同じ。)から受ける同法第23条第1項第一号に掲げる金額(以下第4項までにおいて「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国法人に係る特定個別課税対象金額に達するまでの金額は、当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。

　第68条の93の8第4項を削り、同条第3項中「第68条の92第3項から第6項までの規定は、第1項」を「第68条の92第5項から第8項までの規定は、第1項から第3項まで」に改め、「これらの」を削り、同項の表を次のように改める。

　第68条の93の8第3項を同条第5項とし、同条第2項中「の前項各号に掲げる事実が生じた」を「が当該連結法人に係る特定外国法人から剰余金の配当等の額を受ける」に、「課税済留保金額(第66条の9の8第1項に規定する課税済留保金額」を「課税済金額(第66条の9の4第3項第二号に規定する課税済金額」に、「その課税済留保金額」を「その課税済金額」に、「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に改め、同項を同条第4項とし、同条第1項の次に次の2項を加える。

2　特殊関係株主等である連結法人が当該連結法人に係る特定外国法人から受ける剰余金の配当等の額(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額のうち当該特定外国法人に係る特定個別課税対象金額に達するまでの金額についての同法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項の規定の適用については、同項中「以下この項及び次項において「剰余金の配当等の額」という。)がある場合には、当該剰余金の配当等の額から当該剰余金の配当等の額に係る費用の額に相当するものとして政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額」とあるのは、「次項において「剰余金の配当等の額」という。)」とする。この場合において、当該剰余金の配当等の額に係る同法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第39条の2に規定する外国源泉税等の額については、同条の規定は、適用しない。

3　前2項に規定する特定個別課税対象金額とは、次に掲げる金額の合計額をいう。

　第68条の93の8に次の2項を加える。

6　第1項の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第81条の13第2項第二号中「損金算入)」とあるのは、「損金算入)又は租税特別措置法第68条の93の4(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とするほか、連結利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

7　第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第81条の13第2項第二号中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第68条の93の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とするほか、連結利益積立金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。

　第68条の93の8を第68条の93の4とする。

　第68条の93の9中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、「、第68条の93の7第1項の規定により特殊関係株主等である連結法人が納付したとみなされる個別控除対象外国法人税の額のうち前条第1項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された個別課税済留保金額に係るものの処理」を削り、同条を第68条の93の5とする。

　第3章第24節第3款を同節第2款とする。

　第68条の94の見出しを「(技術研究組合の所得計算の特例)」に改め、同条第1項中「鉱工業技術研究組合が」を「技術研究組合が」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に、「鉱工業技術研究組合法第13条第1項」を「技術研究組合法第9条第1項」に改める。

　第68条の98の見出しを「(中小企業者等以外の連結親法人の欠損金の繰戻しによる還付の不適用)」に改め、同条第1項中「連結親法人」の下に「(次に掲げるものを除く。)」を加え、同項に次の各号を加える。

　第68条の101第1項中「第2条第7項」を「第2条第3項」に改める。

　第68条の104第1項中「平成21年3月31日」を「平成26年3月31日」に改める。

　第68条の108第1項中「同法第15条の2第1項」を「第15条の2第1項(連結事業年度の意義)」に改め、「満たない協同組合等」の下に「である連結親法人」を加え、「、同法第81条の18第2項中「第81条の12第2項(各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率)」とあるのは「租税特別措置法第68条の108第1項(特定の協同組合等である連結親法人の法人税率の特例)」と、「同条」とあるのは「同項の規定により読み替えられた第81条の12(各連結事業年度の連結所得に対する法人税率)」と」を削り、同条第3項中「第1項」の下に「の規定の適用がある場合における法人税法その他法人税に関する法令の規定に関する技術的読替え、同項」を加える。

　第68条の110第2項を次のように改める。

2　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第68条の3の2第10項に規定する外国特定目的信託の利益分配の額(政令で定めるものを除く。)は、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項に規定する剰余金の配当等の額に該当しないものとみなす。

　第68条の111第1項中「第68条の3の3第7項」を「第68条の3の3第6項」に改め、同条第2項を次のように改める。

2　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第68条の3の3第10項に規定する外国特定投資信託の収益分配の額(政令で定めるものを除く。)は、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における同法第23条の2第1項に規定する剰余金の配当等の額に該当しないものとみなす。

附則

(施行期日)
第1条　この法律は、平成21年4月1日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

(外国子会社から受ける配当等の益金不算入に関する経過措置)
第6条　第2条の規定による改正後の法人税法(以下附則第60条までにおいて「新法人税法」という。)第23条の2の規定は、内国法人が施行日以後に開始する事業年度において同条第1項に規定する外国子会社から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額について適用する。

(還付金等の益金不算入に関する経過措置)
第7条　新法人税法第26条第2項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において減額される同項に規定する外国源泉税等の額について適用する。

2　新法人税法第26条第3項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において減額される新法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において減額された第2条の規定による改正前の法人税法(以下附則第60条までにおいて「旧法人税法」という。)第69条第1項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

(法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置)
第8条　内国法人が施行日から3年を経過する日以前に開始する各事業年度において附則第12条第2項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第69条第8項の規定の適用を受ける同項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(同条第9項の規定により同条第8項に規定する外国法人税の額とみなされる金額を含む。)については、旧法人税法第28条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「第69条第8項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第12条第2項(外国税額の控除に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条(法人税法の一部改正)の規定による改正前の法人税法第69条第8項」とする。

(資産の評価損の損金不算入等に関する経過措置)
第9条　新法人税法第33条第2項及び第3項の規定は、法人(新法人税法第2条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項において同じ。)が施行日以後に行う新法人税法第33条第2項及び第3項に規定する評価換えについて適用し、法人が施行日前に行った旧法人税法第33条第2項に規定する評価換えについては、なお従前の例による。

2　新法人税法第33条第4項の規定は、施行日以後に同項に規定する事実が生ずる場合について適用し、施行日前に旧法人税法第33条第3項に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。

(外国子会社から受ける配当等に係る外国源泉税等の損金不算入に関する経過措置)
第10条　新法人税法第39条の2の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において受ける同条に規定する剰余金の配当等の額に係る同条に規定する外国源泉税等の額について適用する。

(不正行為等に係る費用等の損金不算入に関する経過措置)
第11条　新法人税法第55条第4項(第三号に係る部分に限る。)の規定は、施行日以後に終わった行為に係る同号に掲げるものについて適用し、施行日前に終わった行為に係る旧法人税法第55条第4項第三号に掲げるものについては、なお従前の例による。

2　前項の場合において、施行日前に開始され、施行日以後に終わった行為に係る新法人税法第55条第4項第三号に掲げるもの(私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の規定による課徴金及び延滞金を除く。以下この項において「外国課徴金」という。)について同条第4項の規定を適用するときは、当該外国課徴金の額のうち当該行為の施行日前の部分に係る金額は、同号に掲げるものの額に該当しないものとみなす。

(外国税額の控除に関する経過措置)
第12条　新法人税法第69条第1項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において納付することとなる同項に規定する外国法人税について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において納付することとなった旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税については、なお従前の例による。

2　内国法人が施行日前に開始した事業年度において旧法人税法第69条第8項に規定する外国子会社から受けた同項に規定する配当等の額(以下この項において「配当等の額」という。)がある場合(施行日前に開始した連結事業年度において旧法人税法第81条の15第8項に規定する外国子会社から受けた配当等の額がある場合を含む。)には、当該内国法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各事業年度において旧法人税法第69条第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税(同条第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額(旧法人税法第81条の15第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額を含む。)及び旧法人税法第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額(旧法人税法第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額を含む。)のうち、これらの配当等の額に係るものについては、旧法人税法第69条第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第18項までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第9項中「第81条の15第8項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第16条第2項(連結事業年度における外国税額の控除に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条(法人税法の一部改正)の規定による改正前の法人税法第81条の15第8項」と、同条第12項中「第81条の15第8項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第16条第2項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第81条の15第8項」と、同条第13項中「第28条」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第8条(法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第28条」とする。

3　新法人税法第69条第8項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において減額される同条第1項に規定する外国法人税の額について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において減額された旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。 4　新法人税法第69条第10項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において同条第1項の規定の適用を受ける場合について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において旧法人税法第69条第1項の規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。 5　新法人税法第69条第11項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において同条第2項又は第3項の規定の適用を受ける場合について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において旧法人税法第69条第2項又は第3項の規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。 6　新法人税法第69条第12項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において同条第1項から第3項までの規定の適用を受ける場合について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において旧法人税法第69条第1項から第3項までの規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。 (仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除に関する経過措置) 第13条　新法人税法第70条の規定は、施行日以後にされる同条の更正に係る同条に規定する仮装経理法人税額について適用し、施行日前にされた旧法人税法第70条第1項に規定する更正又は同条第2項に規定する各事業年度の所得の金額を減少させる更正により減少した法人税の額については、なお従前の例による。 (連結事業年度における外国税額の還付金の益金不算入に関する経過措置) 第14条　新法人税法第81条の5の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において減額される新法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において減額された旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。 (連結法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置) 第15条　連結法人が施行日から3年を経過する日以前に開始する各連結事業年度において次条第2項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の15第8項の規定の適用を受ける同項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額(同条第9項の規定により同条第8項に規定する外国法人税の額とみなされる金額を含む。)については、旧法人税法第81条の5の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「第81条の15第8項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第16条第2項(連結事業年度における外国税額の控除に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条(法人税法の一部改正)の規定による改正前の法人税法第81条の15第8項」とする。 (連結事業年度における外国税額の控除に関する経過措置) 第16条　新法人税法第81条の15第1項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において納付することとなる同項に規定する外国法人税について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において納付することとなった旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税については、なお従前の例による。

2　連結法人が施行日前に開始した連結事業年度において旧法人税法第81条の15第8項に規定する外国子会社から受けた同項に規定する配当等の額(以下この項において「配当等の額」という。)がある場合(施行日前に開始した事業年度において旧法人税法第69条第8項に規定する外国子会社から受けた配当等の額がある場合を含む。)には、当該連結法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各連結事業年度において旧法人税法第81条の15第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税(同条第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額(旧法人税法第69条第8項に規定する外国子会社の所得に対して課される外国法人税の額を含む。)及び旧法人税法第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額(旧法人税法第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額を含む。)のうち、これらの配当等の額に係るものについては、旧法人税法第81条の15第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第17項までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第9項中「第69条第8項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第12条第2項(外国税額の控除に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条(法人税法の一部改正)の規定による改正前の法人税法第69条第8項」と、同条第11項中「第69条第11項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第12条第2項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第69条第11項」と、同条第12項中「第69条第8項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第12条第2項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第69条第8項」と、同条第13項中「第81条の5」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第15条(連結法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置)の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第81条の5」とする。

3　新法人税法第81条の15第8項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において減額される同条第1項に規定する外国法人税の額について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において減額された旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

4　新法人税法第81条の15第9項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において同条第1項の規定の適用を受ける場合について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において旧法人税法第81条の15第1項の規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。

5　新法人税法第81条の15第10項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において同条第2項又は第3項の規定の適用を受ける場合について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において旧法人税法第81条の15第2項又は第3項の規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。

6　新法人税法第81条の15第11項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において同条第1項から第3項までの規定の適用を受ける場合について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において旧法人税法第81条の15第1項から第3項までの規定の適用を受けた場合については、なお従前の例による。

(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除に関する経過措置)
第17条　新法人税法第81条の16の規定は、施行日以後にされる同条の更正に係る同条に規定する仮装経理法人税額について適用し、施行日前にされた旧法人税法第81条の16第1項若しくは第2項に規定する更正又は同条第3項に規定する各連結事業年度の連結所得の金額若しくは分割前事業年度の所得の金額を減少させる更正により減少した法人税の額については、なお従前の例による。

(解散による清算所得の金額の計算に関する経過措置)
第18条　新法人税法第93条第2項第三号の規定は、施行日以後に解散(合併による解散及び新法人税法第92条第2項に規定する信託特定解散を除く。以下この条において同じ。)をする内国普通法人等(新法人税法第92条第1項に規定する内国普通法人等をいう。以下この条において同じ。)が清算中に受ける同号に規定する剰余金の配当等の額について適用する。

2　新法人税法第93条第2項第四号(同号に規定する外国源泉税等の額に係る部分に限る。)の規定は、施行日以後に解散をする内国普通法人等が清算中に減額される同号に規定する外国源泉税等の額について適用する。

3　新法人税法第93条第2項第四号(同号に規定する外国法人税の額に係る部分に限る。)の規定は、内国普通法人等が施行日以後に開始する清算中の事業年度において減額される同号に規定する外国法人税の額について適用し、内国普通法人等が施行日前に開始した清算中の事業年度において還付を受けた旧法人税法第93条第2項第三号に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

4　新法人税法第96条の規定は、施行日以後に解散をする内国普通法人等が清算中に受ける同条に規定する剰余金の配当等の額に係る同条に規定する外国源泉税等の額について適用する。

(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例に関する経過措置)
第19条　新法人税法第134条の2(第4項に係る部分を除く。)の規定は、施行日以後にされる更正に係る同条第1項に規定する仮装経理法人税額について適用し、施行日前にされた旧法人税法第134条の2第1項又は第2項に規定する更正に係る旧法人税法第70条第1項又は第81条の16第1項(同条第2項において準用する場合を含む。)の規定により控除することができる金額については、なお従前の例による。

2　新法人税法第134条の2(第4項に係る部分に限る。)の規定は、施行日以後に生ずる同項各号に掲げる事実について適用する。この場合において、施行日前にされた更正により減少した法人税の額について同条(同項に係る部分に限る。)の規定を適用するときは、同項中「適用法人につき」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)第2条(法人税法の一部改正)の規定による改正前の法人税法(以下この項において「旧法人税法」という。)第70条第1項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除)又は第81条の16第1項(仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除)(同条第2項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。)の規定の適用がある内国法人(以下この条において「適用法人」という。)につき」と、「仮装経理法人税額(既に前2項又は第7項の規定により還付されるべきこととなった金額及び第70条又は第81条の16の規定により控除された金額を除く。第6項及び第7項において同じ。)」とあるのは「旧法人税法第70条第1項又は第81条の16第1項の規定により控除することができる金額(既に第7項の規定により還付されるべきこととなった金額及び旧法人税法第70条第1項又は第81条の16第1項の規定により控除された金額を除く。第6項及び第7項において「仮装経理法人税額」という。)」とする。

(租税特別措置法の一部改正に伴う法人税の特例に関する経過措置の原則)
第37条　新租税特別措置法第3章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人(法人税法第2条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。)の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(中小企業者等の法人税率の特例に関する経過措置)
第38条　新租税特別措置法第42条の3の2の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。

(エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置)
第39条　新租税特別措置法第42条の5第6項及び第7項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第1項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用する。

(法人の減価償却に関する経過措置)
第40条　新租税特別措置法第43条第1項の規定は、法人が施行日以後に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。)をする同項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第43条第1項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第43条の2第1項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する研究施設について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第43条の2第1項に規定する研究施設については、なお従前の例による。

3　旧租税特別措置法第43条の3第1項に規定する保全事業等の計画につき同項に規定する認定を施行日前に受けた法人が当該認定の日から3年以内の期間内に取得等をする同項に規定する保全事業等資産については、同条の規定は、なおその効力を有する。

4　新租税特別措置法第44条第1項(同項の表の第一号に係る部分に限る。)の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する地震防災対策用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第44条第1項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

5　新租税特別措置法第44条の3第1項の規定は、法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする同項に規定する事業革新設備について適用し、法人が同日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第44条の3第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

6　新租税特別措置法第44条の3第2項及び第3項の規定は、法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得等をする新租税特別措置法第44条の3第2項に規定する資源需給構造変化対応設備等について適用する。

7　新租税特別措置法第44条の7の規定は、法人が附則第1条第三号に定める日以後に取得又は製作をする新租税特別措置法第44条の7第1項に規定する新用途米穀加工品等製造設備について適用する。

8　法人が、旧租税特別措置法第45条第1項の表の第一号ニに掲げる地区(水源地域対策特別措置法第3条第1項の規定により、施行日前に水源地域として指定された地区に限る。)内において施行日から平成24年3月31日までの間に取得等をする旧租税特別措置法第45条第1項に規定する工業用機械等については、同項(同号ニに係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。

9　新租税特別措置法第45条第1項(同項の表の第一号ニに係る部分に限る。)の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する工業用機械等について適用する。

10　新租税特別措置法第45条の2第1項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第45条の2第1項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

11　新租税特別措置法第47条(第3項に係る部分に限る。)の規定は、法人が附則第1条第四号に定める日以後に取得又は新築をする同項に規定する高齢者向け優良賃貸住宅について適用する。

12　法人が附則第1条第四号に定める日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第47条第3項に規定する高齢者向け優良賃貸住宅については、同条(同項に係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第4項中「第68条の34第3項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第56条第12項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の34第3項」とする。

13　新租税特別措置法第47条の2(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする同条第1項に規定する特定再開発建築物等について適用する。

14　法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第47条の2第1項に規定する特定再開発建築物等については、同条(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第2項中「第68条の35第1項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第56条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の35第1項」とする。

15　新租税特別措置法第52条第1項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度において施行日以後に国又は地方公共団体から交付を受けた補助金又は給付金その他これらに準ずるもの(以下この項において「補助金等」という。)の対象となる事業に係る同条第1項に規定する植林費を支出する場合について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度において旧租税特別措置法第52条第1項に規定する植林費を支出した場合又は法人の施行日以後に開始する事業年度において施行日前に国若しくは地方公共団体から交付を受けた補助金等の対象となる事業に係る同項に規定する植林費を支出する場合については、なお従前の例による。

(法人の準備金に関する経過措置)
第41条　旧租税特別措置法第55条の6第1項の表の第二号の上欄に掲げる法人(石炭の採掘の事業を営むものを除く。)の施行日以後に開始する各事業年度の所得の金額の計算については、同条(第3項から第7項まで及び第11項から第18項までに係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

2　旧租税特別措置法第57条第1項に規定する法人が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日)において同条第4項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額を有する場合には、当該開始の日以後5年以内の日を含む各事業年度(連結事業年度に該当する事業年度を除く。)において、当該電子計算機買戻損失準備金の金額に当該各事業年度の月数を乗じてこれを60で除して計算した金額(次項において「5年均等取崩金額」という。)に相当する金額を、当該各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

3　前項の場合において、5年均等取崩金額が当該事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額(その日までに同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額に次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなった金額(附則第57条第4項の規定により益金の額に算入された金額を含む。)又は前事業年度(当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、その前日を含む連結事業年度)終了の日までに前項の規定により益金の額に算入された金額(同条第2項の規定により益金の額に算入された金額を含む。)がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この条において同じ。)を超えるときは、当該5年均等取崩金額は、当該電子計算機買戻損失準備金の金額とする。

4　第2項の規定の適用を受ける法人が次の各号に掲げる場合(適格合併又は適格分割型分割により、その適格合併又は適格分割型分割前に旧租税特別措置法第57条第2項に規定する特定電子計算機貸付会社に販売した同条第3項の買戻しに係る電子計算機(以下この項及び第11項において「特定電子計算機」という。)の買戻しの全部を行わないこととなった場合を除く。)に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日を含む事業年度(第二号に掲げる場合にあっては、合併又は分割型分割の日の前日を含む事業年度)の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

5　第2項の規定の適用を受ける法人が、施行日以後最初に開始する事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日)以後4年を経過する日までに青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日(その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日)における電子計算機買戻損失準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後2年を経過した日の前日を含む事業年度(当該事業年度開始の日以後2年を経過した日の前日(以下この項において「2年経過日」という。)を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該事業年度開始の日の翌日から2年経過日までの間に最初に開始した連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度)までの各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、当該電子計算機買戻損失準備金の金額については、第2項、前項、第8項及び第11項の規定は、適用しない。

6　第2項の規定の適用を受ける法人が、当該事業年度が連結事業年度に該当しない場合で、かつ、当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当していた場合において、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないとき(青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をしたことにより、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないこととなった場合を含む。)は、当該事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、同項、前2項、第8項及び第11項の規定は、適用しない。

7　第2項の月数は、暦に従って計算し、1月に満たない端数を生じたときは、これを1月とする。

8　第2項の規定の適用を受ける法人が被合併法人となる適格合併が行われた場合(附則第57条第6項前段に規定する場合を除く。)には、その適格合併直前における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該合併法人に引き継ぐものとする。この場合において、その合併法人が引継ぎを受けた電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該合併法人がその適格合併の日において有する第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額(当該合併法人の当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、同条第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額)とみなす。

9　前項又は附則第57条第6項の場合において、これらの規定の合併法人(その適格合併後において連結法人に該当するものを除く。)がその適格合併の日を含む事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出することができる者又は旧租税特別措置法第57条第3項に規定する政令で定める特約を有する者でないときは、当該事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

10　第8項又は附則第57条第6項の合併法人(その適格合併後において連結法人に該当するものを除く。)のその適格合併の日を含む事業年度以後の各事業年度(当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度後の各事業年度)に係る第2項の規定の適用については、同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額は、第8項又は同条第6項の規定により当該合併法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額を含むものとする。この場合において、当該合併法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額については、第2項中「当該各事業年度の月数を乗じてこれを60で除して」とあるのは、「当該各事業年度の月数(当該適格合併の日を含む事業年度にあっては、同日から同日を含む事業年度終了の日までの期間の月数)を乗じてこれを60月から経過期間(施行日以後最初に開始する事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日)から当該適格合併の日の前日までの期間をいう。)の月数を控除した月数で除して」とする。

11　第2項の規定の適用を受ける法人が分割法人となる適格分割型分割が行われた場合(附則第57条第9項前段に規定する場合を除く。)において、当該適格分割型分割に係る分割承継法人が特定電子計算機の買戻しの全部を行うこととなったときは、その適格分割型分割直前における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該分割承継法人に引き継ぐものとする。この場合において、その分割承継法人が引継ぎを受けた電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該分割承継法人がその適格分割型分割の日において有する第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額(当該分割承継法人の当該適格分割型分割の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、同条第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額)とみなす。

12　前項又は附則第57条第9項の場合において、これらの規定の分割承継法人(その適格分割型分割後において連結法人に該当するものを除く。)がその適格分割型分割の日を含む事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出することができる者又は旧租税特別措置法第57条第3項に規定する政令で定める特約を有する者でないときは、当該事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

13　第11項又は附則第57条第9項の分割承継法人(その適格分割型分割後において連結法人に該当するものを除く。)のその適格分割型分割の日を含む事業年度以後の各事業年度(当該適格分割型分割の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度後の各事業年度)に係る第2項の規定の適用については、同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額は、第11項又は同条第9項の規定により当該分割承継法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額を含むものとする。この場合において、当該分割承継法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額については、第2項中「当該各事業年度の月数を乗じてこれを60で除して」とあるのは、「当該各事業年度の月数(当該適格分割型分割の日を含む事業年度にあっては、同日から同日を含む事業年度終了の日までの期間の月数)を乗じてこれを60月から経過期間(施行日以後最初に開始する事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日)から当該適格分割型分割の日の前日までの期間をいう。)の月数を控除した月数で除して」とする。

(漁業協同組合等の留保所得の特別控除に関する経過措置)
第42条　新租税特別措置法第61条の規定は、同条第1項に規定する法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第61条第1項に規定する法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第43条　法人の有する旧租税特別措置法第65条の3第1項に規定する土地等が、附則第1条第五号に定める日前に同項第三号に規定する裁定により買い取られた場合については、なお従前の例による。

2　附則第1条第五号に定める日以後に農地法等の一部を改正する法律(平成21年法律第　　号)附則第7条第2項の規定によりなお従前の例によることとされる同法第1条の規定による改正前の農地法(以下この項において「旧農地法」という。)第75条の2第1項に規定する草地利用権に係る新租税特別措置法第65条の3第1項に規定する土地等が旧農地法第75条の8第1項の裁定により買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第65条の3第1項第三号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。

3　法人の有する旧租税特別措置法第65条の4第1項に規定する土地等が、附則第1条第六号に定める日前に同項第十三号に規定する法人に同号(イに係る部分に限る。)の事業の用に供するために買い取られた場合については、なお従前の例による。

4　附則第1条第六号に定める日以後に法人の有する新租税特別措置法第65条の4第1項に規定する土地等が中小小売商業振興法第4条第1項から第3項まで又は第6項の規定による認定を受けた高度化事業計画に基づく同条第7項第一号に規定する高度化事業(同日前に当該認定を受けた高度化事業計画に基づくものであって、都市計画その他の土地利用に関する国又は地方公共団体の計画に適合して行われるものであることその他の政令で定める要件に該当することにつき財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。)の用に供するために、地方公共団体の出資に係る法人その他の政令で定める法人に買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第65条の4第1項第十三号に掲げる場合に該当するものとみなして、同条の規定を適用する。

5　新租税特別措置法第65条の4第1項第十三号イの規定は、法人が附則第1条第六号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。

6　新租税特別措置法第65条の4第1項第二十五号の規定は、法人が附則第1条第五号に定める日以後に行う同項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧租税特別措置法第65条の4第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

7　旧租税特別措置法第65条の5第1項に規定する農業生産法人が、附則第1条第五号に定める日前にその有する同項に規定する土地等を同項第三号に規定する協議により同号に規定する特定農業法人に譲渡した場合については、なお従前の例による。

8　新租税特別措置法第65条の7から第65条の9まで(新租税特別措置法第65条の7第1項の表の第十四号に係る部分に限る。)の規定は、法人の附則第1条第五号に定める日以後に取得をする同表の第十四号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が同日前に取得をした旧租税特別措置法第65条の7第1項の表の第十四号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

9　新租税特別措置法第66条の2の規定は、法人が平成21年1月1日以後に取得をする同条第1項に規定する先行取得土地等について適用する。

10　新租税特別措置法第66条の2第1項に規定する法人が、当該法人の施行日前に終了する事業年度(当該事業年度の法人税法第2条第三十一号に規定する確定申告書の提出期限が平成21年4月30日前に到来する事業年度に限る。)において同項に規定する先行取得土地等の取得をした場合における当該先行取得土地等に係る新租税特別措置法第66条の2の規定の適用については、同項中「当該取得の日を含む事業年度の法人税法第2条第三十一号に規定する確定申告書の提出期限までに」とあるのは、「平成21年4月30日までに」とする。

(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第44条　新租税特別措置法第66条の6第1項から第4項までの規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第66条の7第1項及び第3項の規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第66条の7第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

3　新租税特別措置法第66条の8の規定は、内国法人が同条第2項に規定する特定外国子会社等から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)がある場合について適用し、旧租税特別措置法第66条の8第1項に規定する内国法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき同項各号に掲げる事実(当該特定外国子会社等又は外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。)が生じた場合については、なお従前の例による。

4　旧租税特別措置法第66条の8第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額(内国法人の新租税特別措置法第66条の8第3項第一号に規定する事業年度(以下この項において「配当等事業年度」という。)の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額に限る。以下この項において同じ。)又は旧租税特別措置法第66条の8第1項に規定する課税済留保金額(同条第2項又は第3項の規定により同条第1項に規定する課税済留保金額とみなされたものを含む。以下この項において同じ。)のうち内国法人の新租税特別措置法第66条の8第3項第二号に規定する前10年以内の各事業年度(以下この項において「前10年以内の各事業年度」という。)に対応する部分の金額(同号の規定により控除される同号に規定する剰余金の配当等の額に相当する金額を除く。)は、当該内国法人の課税対象留保金額又は課税済留保金額に係る事業年度又は連結事業年度の期間に対応する配当等事業年度又は前10年以内の各事業年度の同条第3項各号に掲げる金額とみなして、同条第1項から第3項までの規定を適用する。

5　内国法人の施行日以後に開始する事業年度において当該内国法人に係る旧租税特別措置法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等から受ける新租税特別措置法第66条の6第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、新法人税法第23条の2の規定は、適用しない。この場合において、当該内国法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各事業年度又は各連結事業年度において当該特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税(旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額及び当該特定外国子会社等に係る旧法人税法第69条第11項又は第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、旧法人税法第28条並びに第69条第8項、第11項、第13項及び第15項から第18項まで又は第81条の5並びに第81条の15第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第17項までの規定は、なおその効力を有する。

6　内国法人の施行日前に開始した事業年度において当該内国法人に係る新租税特別措置法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(新法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。以下この項において同じ。)から受けた旧租税特別措置法第66条の6第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、附則第6条の規定にかかわらず、新法人税法第23条の2の規定を適用する。この場合において、旧法人税法第69条第8項又は第81条の15第8項に規定する外国子会社及び旧法人税法第69条第11項又は第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、附則第12条第2項又は第16条第2項の規定は、適用しない。

7　前項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法の規定の適用については、旧法人税法第67条第3項第二号中「除く。)」とあるのは、「除く。)及び所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第44条第6項前段(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第66条の8第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入されなかった金額」とする。

(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第45条　新租税特別措置法第66条の9の2第1項、第2項第三号、第3項及び第4項の規定は、同条第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する課税対象留保金額については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第66条の9の3第1項及び第3項の規定は、同条第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第66条の9の7第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

3　新租税特別措置法第66条の9の4の規定は、同条第2項に規定する特殊関係株主等である内国法人が同項に規定する特定外国法人から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)がある場合について適用し、旧租税特別措置法第66条の9の8第1項に規定する特殊関係株主等である内国法人に係る同項に規定する特定外国法人又は外国関係法人につき同項各号に掲げる事実(当該特定外国法人又は外国関係法人の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。)が生じた場合については、なお従前の例による。

4　旧租税特別措置法第66条の9の8第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象留保金額(新租税特別措置法第66条の9の4第3項第一号に規定する特殊関係株主等である内国法人の同号に規定する事業年度(以下この項において「配当等事業年度」という。)の所得の金額の計算上益金の額に算入される金額に限る。以下この項において同じ。)又は旧租税特別措置法第66条の9の8第1項に規定する課税済留保金額(同条第2項又は同条第3項の規定により読み替えられた旧租税特別措置法第66条の8第3項の規定により旧租税特別措置法第66条の9の8第1項に規定する課税済留保金額とみなされたものを含む。以下この項において同じ。)のうち新租税特別措置法第66条の9の4第3項第二号に規定する特殊関係株主等である内国法人の同号に規定する前10年以内の各事業年度(以下この項において「前10年以内の各事業年度」という。)に対応する部分の金額(同号の規定により控除される同号に規定する剰余金の配当等の額に相当する金額を除く。)は、当該内国法人の課税対象留保金額又は課税済留保金額に係る事業年度又は連結事業年度の期間に対応する配当等事業年度又は前10年以内の各事業年度の同条第3項各号に掲げる金額とみなして、同条第1項から第3項までの規定を適用する。

5　新租税特別措置法第66条の9の2第1項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日以後に開始する事業年度において当該内国法人に係る旧租税特別措置法第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人から受ける新租税特別措置法第66条の9の2第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、新法人税法第23条の2の規定は、適用しない。この場合において、当該内国法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各事業年度又は各連結事業年度において当該特定外国法人の所得に対して課される外国法人税(旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額及び当該特定外国法人に係る旧法人税法第69条第11項又は第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、旧法人税法第28条並びに第69条第8項、第11項、第13項及び第15項から第18項まで又は第81条の5並びに第81条の15第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第17項までの規定は、なおその効力を有する。

6　旧租税特別措置法第66条の9の6第1項に規定する特殊関係株主等である内国法人の施行日前に開始した事業年度において当該内国法人に係る新租税特別措置法第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人(新法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。以下この項において同じ。)から受けた旧租税特別措置法第66条の9の6第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、附則第6条の規定にかかわらず、新法人税法第23条の2の規定を適用する。この場合において、旧法人税法第69条第8項又は第81条の15第8項に規定する外国子会社及び旧法人税法第69条第11項又は第81条の15第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される旧法人税法第69条第1項に規定する外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、附則第12条第2項又は第16条第2項の規定は、適用しない。

7　前項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法の規定の適用については、旧法人税法第67条第3項第二号中「除く。)」とあるのは、「除く。)及び所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第45条第6項前段(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第66条の9の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入されなかった金額」とする。

(鉱工業技術研究組合の所得計算の特例に関する経過措置)
第46条　新租税特別措置法第66条の10第1項の規定は、法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする同項に規定する試験研究用資産について適用し、法人が同日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第66条の10第1項に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。

2　前項の場合において、我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律(以下この項において「産業活力再生特別措置法等改正法」という。)附則第6条の規定により技術研究組合(産業活力再生特別措置法等改正法第2条の規定による改正後の技術研究組合法(昭和36年法律第81号)第2条第1項に規定する技術研究組合をいう。)とみなされた鉱工業技術研究組合(産業活力再生特別措置法等改正法第2条の規定による改正前の鉱工業技術研究組合法第2条に規定する鉱工業技術研究組合をいう。)に係る新租税特別措置法第66条の10の規定の適用については、同条第1項中「費用を賦課し」とあるのは、「費用の賦課(我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律附則第11条の規定により技術研究組合法第9条第1項の規定による費用の賦課とみなされるものを含む。)をし」とする。

(欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置)
第47条　新租税特別措置法第66条の13第1項の規定は、法人の平成21年2月1日以後に終了する事業年度において生じた欠損金額について適用し、法人の同日前に終了した旧租税特別措置法第66条の13第1項本文に規定する事業年度において生じた欠損金額については、なお従前の例による。

(特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置)
第48条　新租税特別措置法第67条の14第1項の規定は、同項に規定する特定目的会社の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第67条の14第1項に規定する特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第67条の14第3項(同項の表第42条の3の2第1項の表の第一号の項に係る部分に限る。)の規定は、新租税特別措置法第67条の14第1項に規定する特定目的会社(次項において「特定目的会社」という。)の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。

3　新租税特別措置法第67条の14第3項(同項の表第66条の13第1項第一号の項に係る部分に限る。)の規定は、特定目的会社の平成21年2月1日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。

(投資法人に係る課税の特例に関する経過措置)
第49条　新租税特別措置法第67条の15第1項の規定は、同項に規定する投資法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第67条の15第1項に規定する投資法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第67条の15第4項(同項の表第42条の3の2第1項の表の第一号の項に係る部分に限る。)の規定は、新租税特別措置法第67条の15第2項に規定する投資法人(次項において「投資法人」という。)の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。

3　新租税特別措置法第67条の15第4項(同項の表第66条の13第1項第一号の項に係る部分に限る。)の規定は、投資法人の平成21年2月1日以後に終了する事業年度分の法人税について適用する。

(外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置)
第50条　新租税特別措置法第67条の16の規定は、同条第1項の外国法人が施行日以後に有する法人税法第138条に規定する国内源泉所得について適用する。

(振替国債の利子等の非課税等に関する経過措置)
第51条　新租税特別措置法第67条の17第3項の規定は、外国法人の施行日以後に発行する同項に規定する割引債の同項に規定する償還差益について適用する。

2　新租税特別措置法第67条の17第4項の規定は、法人税法第141条第二号から第四号までに掲げる外国法人が施行日以後に発行される同項に規定する割引債につき支払を受ける同項に規定する償還差益について適用する。

(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置)
第52条　新租税特別措置法第68条の3の2第1項の規定は、同項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第68条の3の2第1項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例に関する経過措置)
第53条　新租税特別措置法第68条の3の3第1項の規定は、同項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧租税特別措置法第68条の3の3第1項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(中小企業者等である連結法人の法人税率の特例に関する経過措置)
第54条　新租税特別措置法第68条の8の規定は、連結親法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用する。

(連結法人がエネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置)
第55条　新租税特別措置法第68条の10第6項及び第7項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする同条第1項に規定するエネルギー需給構造改革推進設備等について適用する。

(連結法人の減価償却に関する経過措置)
第56条　新租税特別措置法第68条の16第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。)をする同項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第68条の16第1項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第68条の17第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する研究施設について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第68条の17第1項に規定する研究施設については、なお従前の例による。

3　旧租税特別措置法第68条の18第1項に規定する保全事業等の計画につき同項に規定する認定を施行日前に受けた連結親法人が当該認定の日から3年以内の期間内に取得等をする同項に規定する保全事業等資産については、同条の規定は、なおその効力を有する。

4　新租税特別措置法第68条の19第1項(同項の表の第一号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする同項に規定する地震防災対策用資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧租税特別措置法第68条の19第1項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

5　新租税特別措置法第68条の21第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする同項に規定する事業革新設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第68条の21第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

6　新租税特別措置法第68条の21第2項及び第3項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得等をする新租税特別措置法第68条の21第2項に規定する資源需給構造変化対応設備等について適用する。

7　新租税特別措置法第68条の26の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第三号に定める日以後に取得又は製作をする新租税特別措置法第68条の26第1項に規定する新用途米穀加工品等製造設備について適用する。

8　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、附則第40条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第45条第1項の表の第一号ニに掲げる地区(水源地域対策特別措置法第3条第1項の規定により、施行日前に水源地域として指定された地区に限る。)内において施行日から平成24年3月31日までの間に取得等をする附則第40条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧租税特別措置法第45条第1項に規定する工業用機械等に係る新租税特別措置法第68条の27第1項の規定の適用については、同項中「掲げる地区」とあるのは「掲げる地区(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第40条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法(以下この項において「旧効力措置法」という。)第45条第1項の表の第一号ニに掲げる地区(以下この項において「経過措置適用地区」という。)を含む。)」と、「当該各号の第二欄に掲げる事業」とあるのは「当該各号の第二欄に掲げる事業(経過措置適用地区にあっては、製造の事業その他の政令で定める事業)」と、「当該各号の第三欄に掲げる減価償却資産(同表」とあるのは「当該各号の第三欄に掲げる減価償却資産(経過措置適用地区にあっては、機械及び装置並びに建物及びその附属設備で、政令で定めるものとし、第45条第1項の表及び旧効力措置法第45条第1項の表」とする。

9　新租税特別措置法第68条の27第1項(新租税特別措置法第45条第1項の表の第一号ニに係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新租税特別措置法第68条の27第1項に規定する工業用機械等について適用する。

10　新租税特別措置法第68条の29第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする同項に規定する医療用機器等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第68条の29第1項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

11　新租税特別措置法第68条の34(第3項に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第四号に定める日以後に取得又は新築をする同項に規定する高齢者向け優良賃貸住宅について適用する。

12　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第四号に定める日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第68条の34第3項に規定する高齢者向け優良賃貸住宅については、同条(同項に係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第47条第3項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第40条第12項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法(次項において「旧効力措置法」という。)第47条第3項」と、同条第4項中「第47条第3項」とあるのは「旧効力措置法第47条第3項」とする。

13　新租税特別措置法第68条の35(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする同条第1項に規定する特定再開発建築物等について適用する。

14　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧租税特別措置法第68条の35第1項に規定する特定再開発建築物等については、同条(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第2項中「第47条の2第1項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第40条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法(次項において「旧効力措置法」という。)第47条の2第1項」と、同条第3項中「第47条の2第3項第四号」とあるのは「旧効力措置法第47条の2第3項第四号」とする。

15　新租税特別措置法第68条の38第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度において施行日以後に国又は地方公共団体から交付を受けた補助金又は給付金その他これらに準ずるもの(以下この項において「補助金等」という。)の対象となる事業に係る同条第1項に規定する植林費を支出する場合について適用し、連結親法人若しくは当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度において旧租税特別措置法第68条の38第1項に規定する植林費を支出した場合又は連結親法人若しくは当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度において施行日前に国若しくは地方公共団体から交付を受けた補助金等の対象となる事業に係る同項に規定する植林費を支出する場合については、なお従前の例による。

(連結法人の準備金に関する経過措置)
第57条　旧租税特別措置法第68条の45第1項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧租税特別措置法第55条の6第1項の表の第二号の上欄に掲げる法人(石炭の採掘の事業を営むものを除く。)に該当するものの施行日以後に開始する各連結事業年度の連結所得の金額の計算については、旧租税特別措置法第68条の45(第3項から第5項まで及び第10項から第17項までに係る部分に限る。)の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

2　旧租税特別措置法第68条の50第1項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度開始の日)において同条第4項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額を有する場合には、当該開始の日以後5年以内の日を含む各連結事業年度において、当該電子計算機買戻損失準備金の金額に当該各連結事業年度の月数を乗じてこれを60で除して計算した金額(次項において「5年均等取崩金額」という。)に相当する金額を、当該各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

3　前項の場合において、5年均等取崩金額が当該連結事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額(その日までに同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額に次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなった金額(附則第41条第4項の規定により益金の額に算入された金額を含む。)又は前連結事業年度(当該連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、その前日を含む事業年度)終了の日までに前項の規定により益金の額に算入された金額(同条第2項の規定により益金の額に算入された金額を含む。)がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この条において同じ。)を超えるときは、当該5年均等取崩金額は、当該電子計算機買戻損失準備金の金額とする。

4　第2項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人が次の各号に掲げる場合(適格合併又は適格分割型分割により、その適格合併又は適格分割型分割前に旧租税特別措置法第68条の50第2項に規定する特定電子計算機貸付会社に販売した同条第3項の買戻しに係る電子計算機(以下この項及び第9項において「特定電子計算機」という。)の買戻しの全部を行わないこととなった場合を除く。)に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日を含む連結事業年度(第二号に掲げる場合にあっては、合併又は分割型分割の日の前日を含む連結事業年度)の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

5　第2項の月数は、暦に従って計算し、1月に満たない端数を生じたときは、これを1月とする。

6　第2項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併(連結子法人が被合併法人となる適格合併にあっては、その適格合併の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格合併に限る。)が行われた場合には、その適格合併直前における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該合併法人に引き継ぐものとする。この場合において、その合併法人が引継ぎを受けた電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該合併法人がその適格合併の日において有する同項の電子計算機買戻損失準備金の金額(当該合併法人の当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、附則第41条第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額)とみなす。

7　前項又は附則第41条第8項の場合において、これらの規定の合併法人(その適格合併後において連結法人に該当するものに限る。)が旧租税特別措置法第68条の50第3項に規定する政令で定める特約を有する者でないときは、当該適格合併の日を含む連結事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

8　第6項又は附則第41条第8項の合併法人(その適格合併後において連結法人に該当するものに限る。)のその適格合併の日を含む連結事業年度以後の各連結事業年度(当該適格合併の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度後の各連結事業年度)に係る第2項の規定の適用については、同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額は、第6項又は同条第8項の規定により当該合併法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額を含むものとする。この場合において、当該合併法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額については、第2項中「当該各連結事業年度の月数を乗じてこれを60で除して」とあるのは、「当該各連結事業年度の月数(当該適格合併の日を含む連結事業年度にあっては、同日から同日を含む連結事業年度終了の日までの期間の月数)を乗じてこれを60月から経過期間(施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度開始の日)から当該適格合併の日の前日までの期間をいう。)の月数を控除した月数で除して」とする。

9　第2項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人が分割法人となる適格分割型分割(その適格分割型分割の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格分割型分割に限る。)が行われた場合において、当該適格分割型分割に係る分割承継法人が特定電子計算機の買戻しの全部を行うこととなったときは、その適格分割型分割直前における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該分割承継法人に引き継ぐものとする。この場合において、その分割承継法人が引継ぎを受けた電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該分割承継法人がその適格分割型分割の日において有する同項の電子計算機買戻損失準備金の金額(当該分割承継法人の当該適格分割型分割の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、附則第41条第2項の電子計算機買戻損失準備金の金額)とみなす。

10　前項又は附則第41条第11項の場合において、これらの規定の分割承継法人(その適格分割型分割後において連結法人に該当するものに限る。)が旧租税特別措置法第68条の50第3項に規定する政令で定める特約を有する者でないときは、当該適格分割型分割の日を含む連結事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

11　第9項又は附則第41条第11項の分割承継法人(その適格分割型分割後において連結法人に該当するものに限る。)のその適格分割型分割の日を含む連結事業年度以後の各連結事業年度(当該適格分割型分割の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度後の各連結事業年度)に係る第2項の規定の適用については、同項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額は、第9項又は同条第11項の規定により当該分割承継法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額を含むものとする。この場合において、当該分割承継法人が有するものとみなされた電子計算機買戻損失準備金の金額については、第2項中「当該各連結事業年度の月数を乗じてこれを60で除して」とあるのは、「当該各連結事業年度の月数(当該適格分割型分割の日を含む連結事業年度にあっては、同日から同日を含む連結事業年度終了の日までの期間の月数)を乗じてこれを60月から経過期間(施行日以後最初に開始する連結事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度開始の日)から当該適格分割型分割の日の前日までの期間をいう。)の月数を控除した月数で除して」とする。

(連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第58条　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の有する旧租税特別措置法第68条の74第1項に規定する土地等が、附則第1条第五号に定める日前に旧租税特別措置法第65条の3第1項第三号に規定する裁定により買い取られた場合については、なお従前の例による。

2　附則第1条第五号に定める日以後に農地法等の一部を改正する法律(平成21年法律第　　号)附則第7条第2項の規定によりなお従前の例によることとされる同法第1条の規定による改正前の農地法(以下この項において「旧農地法」という。)第75条の2第1項に規定する草地利用権に係る新租税特別措置法第68条の74第1項に規定する土地等が旧農地法第75条の8第1項の裁定により買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第65条の3第1項第三号に掲げる場合に該当するものとみなして、新租税特別措置法第68条の74の規定を適用する。

3　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の有する旧租税特別措置法第68条の75第1項に規定する土地等が、附則第1条第六号に定める日前に旧租税特別措置法第65条の4第1項第十三号に規定する法人に同号(イに係る部分に限る。)の事業の用に供するために買い取られた場合については、なお従前の例による。

4　附則第1条第六号に定める日以後に連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の有する新租税特別措置法第68条の75第1項に規定する土地等が中小小売商業振興法第4条第1項から第3項まで又は第6項の規定による認定を受けた高度化事業計画に基づく同条第7項第一号に規定する高度化事業(同日前に当該認定を受けた高度化事業計画に基づくものであって、都市計画その他の土地利用に関する国又は地方公共団体の計画に適合して行われるものであることその他の政令で定める要件に該当することにつき財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。)の用に供するために、地方公共団体の出資に係る法人その他の政令で定める法人に買い取られる場合には、当該買い取られる場合を新租税特別措置法第65条の4第1項第十三号に掲げる場合に該当するものとみなして、新租税特別措置法第68条の75の規定を適用する。

5　新租税特別措置法第68条の75第1項(新租税特別措置法第65条の4第1項第十三号イに係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第六号に定める日以後に行う新租税特別措置法第68条の75第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用する。

6　新租税特別措置法第68条の75第1項(新租税特別措置法第65条の4第1項第二十五号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第五号に定める日以後に行う新租税特別措置法第68条の75第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧租税特別措置法第68条の75第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

7　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人である旧租税特別措置法第68条の76第1項に規定する農業生産法人が、附則第1条第五号に定める日前にその有する同項に規定する土地等を旧租税特別措置法第65条の5第1項第三号に規定する協議により同号に規定する特定農業法人に譲渡した場合については、なお従前の例による。

8　新租税特別措置法第68条の78から第68条の80まで(新租税特別措置法第68条の78第1項の表の第十四号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の附則第1条第五号に定める日以後に取得をする同表の第十四号の下欄に掲げる資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に取得をした旧租税特別措置法第68条の78第1項の表の第十四号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

9　新租税特別措置法第68条の85の4の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成21年1月1日以後に取得をする同条第1項に規定する先行取得土地等について適用する。

10　新租税特別措置法第68条の85の4第1項に規定する連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、当該連結親法人又はその連結子法人の施行日前に終了する連結事業年度(当該連結事業年度の法人税法第2条第三十二号に規定する連結確定申告書の提出期限が平成21年4月30日前に到来する連結事業年度に限る。)において同項に規定する先行取得土地等の取得をした場合における当該先行取得土地等に係る新租税特別措置法第68条の85の4の規定の適用については、同項中「当該取得の日を含む連結事業年度の法人税法第2条第三十二号に規定する連結確定申告書の提出期限までに」とあるのは、「平成21年4月30日までに」とする。

(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第59条　新租税特別措置法第68条の90第1項から第4項までの規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する個別課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第68条の91第1項及び第3項の規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第68条の91第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する個別課税対象留保金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

3　新租税特別措置法第68条の92の規定は、連結法人が同条第2項に規定する特定外国子会社等から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)がある場合について適用し、旧租税特別措置法第68条の92第1項に規定する連結法人に係る同項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社につき同項各号に掲げる事実(当該特定外国子会社等又は外国関係会社の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。)が生じた場合については、なお従前の例による。

4　旧租税特別措置法第68条の92第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する個別課税対象留保金額(連結法人の新租税特別措置法第68条の92第3項第一号に規定する連結事業年度(以下この項において「配当等連結事業年度」という。)の連結所得の金額の計算上益金の額に算入される金額に限る。以下この項において同じ。)又は旧租税特別措置法第68条の92第1項に規定する個別課税済留保金額(同条第2項又は第3項の規定により同条第1項に規定する個別課税済留保金額とみなされたものを含む。以下この項において同じ。)のうち連結法人の新租税特別措置法第68条の92第3項第二号に規定する前10年以内の各連結事業年度(以下この項において「前10年以内の各連結事業年度」という。)に対応する部分の金額(同号の規定により控除される同号に規定する剰余金の配当等の額に相当する金額を除く。)は、当該連結法人の個別課税対象留保金額又は個別課税済留保金額に係る連結事業年度又は事業年度の期間に対応する配当等連結事業年度又は前10年以内の各連結事業年度の同条第3項各号に掲げる金額とみなして、同条第1項から第3項までの規定を適用する。

5　連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において当該連結法人に係る旧租税特別措置法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等から受ける新租税特別措置法第68条の90第1項第一号イに規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2の規定は、適用しない。この場合において、当該連結法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各連結事業年度又は各事業年度において当該特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税(旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額及び当該特定外国子会社等に係る旧法人税法第81条の15第11項又は第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、旧法人税法第81条の5並びに第81条の15第8項、第11項、第13項及び第15項から第17項まで又は第28条並びに第69条第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第18項までの規定は、なおその効力を有する。

6　連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において当該連結法人に係る新租税特別措置法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等(新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。以下この項において同じ。)から受けた旧租税特別措置法第68条の90第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、附則第6条の規定にかかわらず、新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2の規定を適用する。この場合において、旧法人税法第81条の15第8項又は第69条第8項に規定する外国子会社及び旧法人税法第81条の15第11項又は第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、附則第16条第2項又は第12条第2項の規定は、適用しない。

7　前項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法の規定の適用については、旧法人税法第81条の13第2項第二号中「第81条の4」とあるのは、「第81条の3第1項(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)の規定により個別益金額を計算する場合に限る。)(個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入)の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入されなかった金額及び第81条の4」とする。

(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第60条　新租税特別措置法第68条の93の2第1項、第2項第三号、第3項及び第4項の規定は、同条第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額及び当該適用対象金額に係る同項に規定する個別課税対象金額について適用し、旧租税特別措置法第68条の93の6第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する適用対象留保金額及び当該適用対象留保金額に係る同項に規定する個別課税対象留保金額については、なお従前の例による。

2　新租税特別措置法第68条の93の3第1項及び第3項の規定は、同条第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する個別課税対象金額に係る同項に規定する外国法人税の額について適用し、旧租税特別措置法第68条の93の7第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する個別課税対象留保金額に係る同項に規定する外国法人税の額については、なお従前の例による。

3　新租税特別措置法第68条の93の4の規定は、同条第2項に規定する特殊関係株主等である連結法人が同項に規定する特定外国法人から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)がある場合について適用し、旧租税特別措置法第68条の93の8第1項に規定する特殊関係株主等である連結法人に係る同項に規定する特定外国法人又は外国関係法人につき同項各号に掲げる事実(当該特定外国法人又は外国関係法人の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。)が生じた場合については、なお従前の例による。

4　旧租税特別措置法第68条の93の8第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する個別課税対象留保金額(新租税特別措置法第68条の93の4第3項第一号に規定する特殊関係株主等である連結法人の同号に規定する連結事業年度(以下この項において「配当等連結事業年度」という。)の連結所得の金額の計算上益金の額に算入される金額に限る。以下この項において同じ。)又は旧租税特別措置法第68条の93の8第1項に規定する個別課税済留保金額(同条第2項又は同条第3項の規定により読み替えられた旧租税特別措置法第68条の92第3項の規定により旧租税特別措置法第68条の93の8第1項に規定する個別課税済留保金額とみなされたものを含む。以下この項において同じ。)のうち新租税特別措置法第68条の93の4第3項第二号に規定する特殊関係株主等である連結法人の同号に規定する前10年以内の各連結事業年度(以下この項において「前10年以内の各連結事業年度」という。)に対応する部分の金額(同号の規定により控除される同号に規定する剰余金の配当等の額に相当する金額を除く。)は、当該連結法人の個別課税対象留保金額又は個別課税済留保金額に係る連結事業年度又は事業年度の期間に対応する配当等連結事業年度又は前10年以内の各連結事業年度の同条第3項各号に掲げる金額とみなして、同条第1項から第3項までの規定を適用する。

5　新租税特別措置法第68条の93の2第1項に規定する特殊関係株主等である連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において当該連結法人に係る旧租税特別措置法第68条の93の6第1項に規定する特定外国法人から受ける新法人税法第23条第1項第一号に掲げる金額(当該特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係るものに限る。以下この項において「剰余金の配当等の額」という。)については、新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2の規定は、適用しない。この場合において、当該連結法人の施行日から3年を経過する日以前に開始する各連結事業年度又は各事業年度において当該特定外国法人の所得に対して課される外国法人税(旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税をいう。以下この項において同じ。)の額及び当該特定外国法人に係る旧法人税法第81条の15第11項又は第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、旧法人税法第81条の5並びに第81条の15第8項、第11項、第13項及び第15項から第17項まで又は第28条並びに第69条第8項、第9項、第11項から第13項まで及び第15項から第18項までの規定は、なおその効力を有する。

6　旧租税特別措置法第68条の93の6第1項に規定する特殊関係株主等である連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において当該連結法人に係る新租税特別措置法第68条の93の2第1項に規定する特定外国法人(新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。以下この項において同じ。)から受けた旧租税特別措置法第68条の93の6第1項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。)については、附則第6条の規定にかかわらず、新法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における新法人税法第23条の2の規定を適用する。この場合において、旧法人税法第81条の15第8項又は第69条第8項に規定する外国子会社及び旧法人税法第81条の15第11項又は第69条第11項に規定する外国孫会社の所得に対して課される旧法人税法第81条の15第1項に規定する外国法人税の額のうち当該剰余金の配当等の額に係るものについては、附則第16条第2項又は第12条第2項の規定は、適用しない。

7　前項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法の規定の適用については、旧法人税法第81条の13第2項第二号中「第81条の4」とあるのは、「第81条の3第1項(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第60条第6項前段(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第68条の93の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)の規定により個別益金額を計算する場合に限る。)(個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入)の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入されなかった金額及び第81条の4」とする。

(連結親法人である鉱工業技術研究組合の所得計算の特例に関する経過措置)
第61条　新租税特別措置法第68条の94第1項の規定は、連結親法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする同項に規定する試験研究用資産について適用し、連結親法人が同日前に取得又は製作をした旧租税特別措置法第68条の94第1項に規定する試験研究用資産については、なお従前の例による。

2　前項の場合において、我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律(以下この項において「産業活力再生特別措置法等改正法」という。)附則第6条の規定により技術研究組合(産業活力再生特別措置法等改正法第2条の規定による改正後の技術研究組合法第2条第1項に規定する技術研究組合をいう。)とみなされた鉱工業技術研究組合(産業活力再生特別措置法等改正法第2条の規定による改正前の鉱工業技術研究組合法第2条に規定する鉱工業技術研究組合をいう。)に係る新租税特別措置法第68条の94の規定の適用については、同条第1項中「費用を賦課し」とあるのは、「費用の賦課(我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律附則第11条の規定により技術研究組合法第9条第1項の規定による費用の賦課とみなされるものを含む。)をし」とする。

(連結親法人の欠損金の繰戻しによる還付の不適用に関する経過措置)
第62条　新租税特別措置法第68条の98第1項の規定は、連結親法人の平成21年2月1日以後に終了する連結事業年度において生じた連結欠損金額について適用し、連結親法人の同日前に終了した旧租税特別措置法第68条の98第1項本文に規定する連結事業年度において生じた連結欠損金額については、なお従前の例による。