申告書からみた法人税実務処理ハンドブック 平成21年度版 (2009)
小山 充義 (編) 2009-7 中央経済社より出版
平成21年6月26日 政令第166号 提供：聡明舎

租税特別措置法施行令の一部を改正する政令

　租税特別措置法施行令の一部を改正する政令をここに公布する。

　平成21年6月26日

内閣総理大臣　麻生　太郎


　内閣は、租税特別措置法の一部を改正する法律(平成21年法律第61号)の施行に伴い、及び租税特別措置法(昭和32年法律第26号)の規定に基づき、この政令を制定する。

　租税特別措置法施行令(昭和32年政令第43号)の一部を次のように改正する。

(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)
第27条の4の2　法第42条の4の2第3項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の規定により同項に規定する繰越税額控除事業年度(以下この項において「繰越税額控除事業年度」という。)を連結事業年度とみなして計算した場合における次の各号に掲げる金額から当該各号に定める金額を控除した金額とする。

　 一 　法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額
　当該平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の生じた連結事業年度終了の日の翌日から当該繰越税額控除事業年度開始の日の前日までの間に開始した各事業年度で連結事業年度に該当しない事業年度(平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始したものに限る。)に係る当該法人の同条第3項第一号に定める金額
　
　 二 　法第68条の9の2第8項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額
　当該平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の生じた連結事業年度終了の日の翌日から当該繰越税額控除事業年度開始の日の前日までの間に開始した各事業年度で連結事業年度に該当しない事業年度(平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始したものに限る。)に係る当該法人の同条第3項第一号に定める金額

2　法第42条の4の2第4項に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同項に規定する控除をしても控除しきれない金額(以下この項において「控除未済金額」という。)は、同条第4項の平成21年度分繰越税額控除限度超過額から控除するものとし、同項に規定する各事業年度のうち平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた控除未済金額は、同項の平成22年度分繰越税額控除限度超過額から控除するものとする。

3　第1項の規定は法第42条の4の2第6項において準用する同条第3項に規定する政令で定めるところにより計算した金額について、前項の規定は同条第6項において準用する同条第4項に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同項に規定する控除をしても控除しきれない金額(以下この項において「控除未済金額」という。)及び同条第4項に規定する各事業年度のうち平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた控除未済金額について、それぞれ準用する。この場合において、第1項第一号中「第68条の9の2第8項第三号」とあるのは「第68条の9の2第8項第七号」と、「平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」と、同項第二号中「第68条の9の2第8項第四号」とあるのは「第68条の9の2第8項第八号」と、「平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」と、前項中「平成21年度分繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成21年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額」と、「平成22年度分繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額」と読み替えるものとする。

4　法第42条の4の2第7項の規定により読み替えられた法第42条の4第11項の規定の適用がある場合における前条第5項の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。

　 一 　連結親法人事業年度(法人税法第15条の2第1項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項において同じ。)が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度(法第42条の4の2第7項の規定により読み替えられた法第42条の4第11項に規定する税額控除連結事業年度をいう。以下この項において同じ。)において法第42条の4の2第7項の規定により読み替えられた法第42条の4第11項各号に掲げる金額(次号において「取戻対象金額」という。)がある場合
　前条第5項第一号イ中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「第39条の39第30項第一号」とあるのは「第39条の39の2第12項第一号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第一号」と、同号ロ中「第68条の9第6項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項」と、「第39条の39第30項第五号」とあるのは「第39条の39の2第12項第一号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第五号」と、同項第二号中「第68条の9第2項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項」と、「第39条の39第30項第二号」とあるのは「第39条の39の2第12項第一号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第二号」と、同項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額及び平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第4項又は第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額又は平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9第4項又は第68条の9の2第3項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額又は平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第39条の39第30項第四号」とあるのは「第39条の39の2第12項第一号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第四号」と、「適用するとき」とあるのは「適用するとき、又は第39条の39の2第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第8項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第4項又は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9第8項において準用する同条第4項又は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第39条の39第30項第七号」とあるのは「第39条の39の2第12項第一号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第七号」と、「適用するとき」とあるのは「適用するとき、又は第39条の39の2第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき」とする。
　
　 二 　連結親法人事業年度が平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において取戻対象金額がある場合
　前条第5項第一号イ中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「第39条の39第30項第一号」とあるのは「第39条の39の2第12項第二号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第一号」と、同号ロ中「第68条の9第6項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項」と、「第39条の39第30項第五号」とあるのは「第39条の39の2第12項第二号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第五号」と、同項第二号中「第68条の9第2項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項」と、「第39条の39第30項第二号」とあるのは「第39条の39の2第12項第二号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第二号」と、同項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額及び平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第39条の39第30項第四号(同条第31項から第33項まで」とあるのは「第39条の39の2第12項第二号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第四号(第39条の39の2第13項から第15項まで」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第39条の39第30項第七号(同条第34項において準用する同条第31項から第33項まで」とあるのは「第39条の39の2第12項第二号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第七号(第39条の39の2第16項において準用する同条第13項から第15項まで」とする。
　
　 三 　連結親法人事業年度が平成23年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において法第42条の4の2第7項の規定により読み替えられた法第42条の4第11項第三号又は第四号に掲げる金額(次号において「取戻対象金額」という。)がある場合(同項第三号に掲げる平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額若しくは平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額又は同項第四号に掲げる平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額若しくは平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額がある場合に限る。次号において同じ。)
　前条第5項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第39条の39第30項第四号(同条第31項」とあるのは「第39条の39の2第12項第三号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第四号(第39条の39の2第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は第39条の39第31項」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第39条の39第30項第七号(同条第34項」とあるのは「第39条の39の2第12項第三号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第七号(第39条の39の2第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は第39条の39第34項」とする。
　
　 四 　連結親法人事業年度が平成24年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において取戻対象金額がある場合
　前条第5項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第39条の39第30項第四号(同条第31項」とあるのは「第39条の39の2第12項第四号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第四号(第39条の39の2第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は第39条の39第31項」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第39条の39第30項第七号(同条第34項」とあるのは「第39条の39の2第12項第四号の規定により読み替えられた第39条の39第30項第七号(第39条の39の2第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は第39条の39第34項」とする。

5　法第42条の4の2第7項の規定により読み替えられた法第42条の4第11項の規定の適用がある場合における前条第25項の規定の適用については、同項の表中「(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」とあるのは、「(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)(同法第42条の4の2第7項(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。


　第27条の11の次に次の1条を加える。

(法人税の額から控除される特別控除額の特例)
第27条の12　法第42条の12第1項後段の規定により同項に規定する法人税額超過額を構成することとなる部分に相当する金額を判定する場合において、同項各号に掲げる規定のうち異なる規定による税額控除可能額(同項に規定する税額控除可能額をいう。以下この項において同じ。)で、同条第1項に規定する控除可能期間(以下この項において「控除可能期間」という。)を同じくするものがあるときは、当該税額控除可能額について同条第1項に規定する法人が選択した順に控除可能期間が長いものとして、同項後段の規定を適用する。

2　法第42条の12第1項の規定の適用がある場合における法人税法第2編第1章(同法第72条及び第74条を同法第145条第1項において準用する場合を含む。)の規定の適用については、法第42条の4第17項(法第42条の4の2第12項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)、第42条の5第12項、第42条の6第10項、第42条の7第12項、第42条の9第7項、第42条の10第10項及び第42条の11第10項の規定にかかわらず、法人税法第67条第3項中「(税額控除)の規定により控除する金額」とあるのは「(税額控除)の規定又は租税特別措置法第42条の12第1項各号(法人税の額から控除される特別控除額の特例)に掲げる規定により控除する金額(同項に規定する法人税額超過額を除く。)」と、同法第70条の2中「この款の規定による」とあるのは「この款の規定並びに租税特別措置法第42条の12第1項(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定及び同項各号に掲げる規定を適用した場合の」と、「まず前条」とあるのは「まず同項の規定及び同項各号に掲げる規定を適用した場合の控除をし、次に前条」と、同法第72条第1項第二号及び第74条第1項第二号中「の規定」とあるのは「の規定並びに租税特別措置法第42条の12第1項(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定及び同項各号に掲げる規定」とする。


　第37条第2項第一号中「第42条の4第11項」の下に「(法第42条の4の2第7項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」を加える。


　第39条の39第6項中「定める金額」を「定めるところにより計算した金額」に改め、同条第7項第三号ロ中「ときに、第31項から第33項まで」を「場合においてこれら」に、「適用する場合」を「適用するとき」に改め、同項第四号ロ中「第34項において」の下に「準用する」を加え、「の規定を準用する場合における第34項」を削り、「ときに、同項において準用する第31項から第33項まで」を「場合においてこれら」に、「適用する場合」を「適用するとき」に改め、同条第11項中「で定める金額」を「で定めるところにより計算した金額」に改め、同条第12項第一号中「ときに、第31項から第33項まで」を「場合においてこれら」に、「適用する場合」を「適用するとき」に改め、同条第15項第一号中「第34項において」の下に「準用する」を加え、「の規定を準用する場合における第34項」を削り、「ときに、同項において準用する第31項から第33項まで」を「場合においてこれら」に、「適用する場合」を「適用するとき」に改め、同条第31項中「には連結親法人事業年度」の下に「に対応する期間の連結事業年度」を加え、「みなして」を「みなして、」に、「(以下この号」を「(以下この項」に、「前項第四号ロ(1)(i)」を「同号ロ(1)(i)」に改め、同条第32項中「連結事業年度がない場合」を「各事業年度が最初連結事業年度開始日(法人税法第4条の2の承認を受けて各連結事業年度の連結所得に対する法人税を納める最初の連結事業年度としようとする期間の開始の日をいう。)前に開始した事業年度である場合」に、「各事業年度」を「事業年度」に改め、同条第33項中「として」を「とみなして」に改め、同条第34項中「連結事業年度がない場合」を「各事業年度が最初連結事業年度開始日(法人税法第4条の2の承認を受けて各連結事業年度の連結所得に対する法人税を納める最初の連結事業年度としようとする期間の開始の日をいう。)前に開始した事業年度である場合」に改め、「「同条第6項の」と」の下に「、「同号イ(1)(i)に掲げる金額」とあるのは「前項第七号イ(1)に掲げる金額」と」を加え、「この号」を「この項」に、「とあり、及び」を「とあるのは「100分の12」と、「同号ロ(1)(i)に掲げる金額」とあるのは「同号ロ(1)に掲げる金額」と、」に、「同項第一号中「同条第3項」とあるのは「同条第7項」」を「第32項中「第68条の9第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「第68条の9第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」」に改め、同条の次に次の1条を加える。

(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)
第39条の39の2　法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同号に規定する控除をしても控除しきれない金額及び同項第二号の規定により計算される同号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額に相当する金額は、同項の平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額とみなすものとし、同項第一号に規定する各事業年度のうち平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同号に規定する控除をしても控除しきれない金額及び同項第二号の規定により計算される同号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額に相当する金額は、同項の平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額とみなすものとする。

2　法第68条の9の2第3項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号の規定により当該連結事業年度を他の連結事業年度とみなして計算した場合における次の各号に掲げる金額から当該各号に定める金額を控除した金額とする。

　 一 　法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額
　当該平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の生じた連結事業年度終了の日の翌日から当該繰越税額控除連結事業年度(当該他の連結事業年度とみなされた連結事業年度をいう。次号において同じ。)開始の日の前日までの間に開始した各事業年度で連結事業年度に該当しない事業年度(平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始したものに限る。)に係る当該連結親法人又はその連結子法人の同条第3項第一号に定める金額
　
　 二 　法第68条の9の2第8項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額
　当該平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の生じた連結事業年度終了の日の翌日から当該繰越税額控除連結事業年度開始の日の前日までの間に開始した各事業年度で連結事業年度に該当しない事業年度(平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始したものに限る。)に係る当該連結親法人又はその連結子法人の同条第3項第一号に定める金額

3　法第68条の9の2第4項第一号に定める金額のうち同号の平成21年度分繰越税額控除限度超過額とみなされて法人税の額から控除された金額及び同項第二号から第四号までに定める平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額は、同項の平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額から控除するものとし、同項第一号に定める金額のうち同号の平成22年度分繰越税額控除限度超過額とみなされて法人税の額から控除された金額及び同項第二号から第四号までに定める平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額は、同項の平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額から控除するものとする。

4　第1項の規定は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項第一号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同号に規定する控除をしても控除しきれない金額及び同項第二号の規定により計算される同号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額に相当する金額並びに同項第一号に規定する各事業年度のうち平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各事業年度において生じた同号に規定する控除をしても控除しきれない金額及び同項第二号の規定により計算される同号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額に相当する金額について、第2項の規定は同号に規定する政令で定めるところにより計算した金額について、前項の規定は同条第6項において準用する同条第4項第一号に定める金額のうち同号の平成21年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額とみなされて法人税の額から控除された金額及び同項第二号から第四号までに定める平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額並びに同項第一号に定める金額のうち同号の平成22年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額とみなされて法人税の額から控除された金額及び同項第二号から第四号までに定める平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額について、それぞれ準用する。この場合において、第1項中「平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、第2項第一号中「第68条の9の2第8項第三号」とあるのは「第68条の9の2第8項第七号」と、「平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」と、同項第二号中「第68条の9の2第8項第四号」とあるのは「第68条の9の2第8項第八号」と、「平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」と、前項中「平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と読み替えるものとする。

5　法第68条の9の2第7項の規定により読み替えられた法第68条の9第11項の規定の適用がある場合における前条第7項の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。

　 一 　連結親法人事業年度(法人税法第15条の2第1項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この条において同じ。)が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度(法第68条の9の2第7項の規定により読み替えられた法第68条の9第11項に規定する税額控除連結事業年度をいう。以下この項において同じ。)において法第68条の9の2第7項の規定により読み替えられた法第68条の9第11項各号に掲げる金額(次号において「取戻対象金額」という。)がある場合
　前条第7項第一号イ中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「第30項第一号」とあるのは「次条第12項第一号の規定により読み替えられた第30項第一号」と、同号ロ中「第68条の9第6項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項」と、「第30項第五号」とあるのは「次条第12項第一号の規定により読み替えられた第30項第五号」と、同項第二号中「同条第2項」とあるのは「法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項」と、「第30項第二号」とあるのは「次条第12項第一号の規定により読み替えられた第30項第二号」と、同項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額及び平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第4項又は第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額又は平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9第4項又は第68条の9の2第3項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額又は平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第30項第四号」とあるのは「次条第12項第一号の規定により読み替えられた第30項第四号」と、「適用するとき」とあるのは「適用するとき、又は同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第8項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第4項又は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9第8項において準用する同条第4項又は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第30項第七号」とあるのは「次条第12項第一号の規定により読み替えられた第30項第七号」と、「適用するとき」とあるのは「適用するとき、又は同条第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき」とする。
　
　 二 　連結親法人事業年度が平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において取戻対象金額がある場合
　前条第7項第一号イ中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「第30項第一号」とあるのは「次条第12項第二号の規定により読み替えられた第30項第一号」と、同号ロ中「第68条の9第6項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項」と、「第30項第五号」とあるのは「次条第12項第二号の規定により読み替えられた第30項第五号」と、同項第二号中「同条第2項」とあるのは「法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項」と、「第30項第二号」とあるのは「次条第12項第二号の規定により読み替えられた第30項第二号」と、同項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額及び平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第30項第四号(第31項から第33項まで」とあるのは「次条第12項第二号の規定により読み替えられた第30項第四号(同条第13項から第15項まで」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第30項第七号(第34項において準用する第31項から第33項まで」とあるのは「次条第12項第二号の規定により読み替えられた第30項第七号(同条第16項において準用する同条第13項から第15項まで」とする。
　
　 三 　連結親法人事業年度が平成23年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において法第68条の9の2第7項の規定により読み替えられた法第68条の9第11項第三号又は第四号に掲げる金額(次号において「取戻対象金額」という。)がある場合(同項第三号に掲げる平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額若しくは平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額又は同項第四号に掲げる平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額若しくは平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額がある場合に限る。次号において同じ。)
　前条第7項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第30項第四号(」とあるのは「次条第12項第三号の規定により読み替えられた第30項第四号(同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第30項第七号(」とあるのは「次条第12項第三号の規定により読み替えられた第30項第七号(同条第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は」とする。
　
　 四 　連結親法人事業年度が平成24年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始する各税額控除連結事業年度において取戻対象金額がある場合
　前条第7項第三号イ中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第3項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「同条第4項の規定により同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項の規定により読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第3項」と、「第30項第四号(」とあるのは「次条第12項第四号の規定により読み替えられた第30項第四号(同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は」と、同項第四号イ中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同号ロ中「法第68条の9第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第8項において準用する同条第4項の規定により同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項の規定により読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第7項」と、「第30項第七号(」とあるのは「次条第12項第四号の規定により読み替えられた第30項第七号(同条第16項において準用する同条第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するとき、又は」とする。

6　法第68条の9の2第8項第三号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する同項第一号に規定する連結親法人又はその連結子法人の各連結事業年度(同号に規定する連結親法人の各連結事業年度において同条第3項の規定により同条第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額とみなされた金額がある場合には、当該期間内に開始する各連結事業年度並びに法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度及び同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度。次項において「限度超過連結事業年度等」という。)の次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定める金額を合計した金額とする。

　 一 　法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第1項」という。)に規定する税額控除限度額のうち読替え後の法第68条の9第1項の規定による控除をしても控除しきれない金額(以下この号において「控除未済金額」という。)がある連結事業年度
　次に掲げる金額の合計額
　
　 　 イ 　当該控除未済金額に(1)に掲げる金額が(2)に掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (1) 　当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された試験研究費の額(読替え後の法第68条の9第1項に規定する試験研究費の額をいう。)
　
　 　 　 (2) 　当該連結親法人及びその各連結子法人の(1)に掲げる金額の合計額
　
　 　 ロ 　法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項(以下この項において「読替え後の法第68条の9第2項」という。)に規定する特別研究税額控除限度額に(1)に掲げる金額が(2)に掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (1) 　当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された特別試験研究費の額(読替え後の法第68条の9第2項に規定する特別試験研究費の額をいう。次号において同じ。)
　
　 　 　 (2) 　当該連結親法人及びその各連結子法人の(1)に掲げる金額の合計額
　
　 二 　読替え後の法第68条の9第2項に規定する特別研究税額控除限度額のうち読替え後の法第68条の9第2項の規定による控除をしても控除しきれない金額(以下この号において「控除未済金額」という。)がある連結事業年度(前号に掲げる連結事業年度を除く。)
　当該控除未済金額にイに掲げる金額がロに掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 イ 　当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された特別試験研究費の額
　
　 　 ロ 　当該連結親法人及びその各連結子法人のイに掲げる金額の合計額
　
　 三 　法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度又は同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度
　当該連結親法人又はその連結子法人の同項第一号に定める金額又は同項第二号に定める金額

7　限度超過連結事業年度等の終了の日の翌日から法第68条の9の2第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項の規定の適用を受けようとする連結事業年度開始の日の前日までの間に開始した各連結事業年度(第二号に掲げる場合には、その期間内に開始した各事業年度)において、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、前項に規定する合計した金額は、当該合計した金額から当該各号に定める金額を控除した金額とする。

　 一 　連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしても控除しきれない金額(法第68条の9の2第3項第一号に定める金額(同号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度に係るものに限る。)又は同項第二号に定める金額(同号に規定する他の連結事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する他の連結事業年度に係るものに限る。)を含む。)が法第68条の9の2第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項の規定により当該各連結事業年度の連結所得に対する同項の調整前連結税額から控除された場合
　当該各連結事業年度における当該連結親法人又はその連結子法人に帰せられる金額として第12項の規定により読み替えられた前条第30項第三号又は第四号(第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するときを含む。)の規定により計算された金額
　
　 二 　連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしても控除しきれない金額(法第68条の9の2第3項第一号に定める金額(同号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度に係るものに限る。)又は同項第二号に定める金額(同号に規定する他の連結事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する他の連結事業年度に係るものに限る。)を含む。)が法第42条の4の2第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第42条の4第3項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人を分割法人とする分割型分割(分割型分割の日が連結親法人事業年度開始の日である場合の当該分割型分割を除く。)の日の前日を含む事業年度において当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除された場合
　当該控除された金額

8　前2項の規定は、法第68条の9の2第8項第四号に規定する政令で定めるところにより計算した金額について準用する。この場合において、第6項中「平成21年4月1日から平成22年3月31日まで」とあるのは「平成22年4月1日から平成23年3月31日まで」と、「同項第一号に規定する連結親法人」とあるのは「同項第二号に規定する連結親法人」と、「平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、前項中「平成21年4月1日から平成22年3月31日まで」とあるのは「平成22年4月1日から平成23年3月31日まで」と読み替えるものとする。

9　法第68条の9の2第8項第七号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する同項第五号に規定する連結親法人又はその連結子法人の各連結事業年度(同号に規定する連結親法人の各連結事業年度において同条第6項において準用する同条第3項の規定により同条第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額とみなされた金額がある場合には、当該期間内に開始する各連結事業年度並びに法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項第一号に規定する各事業年度及び同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度。次項において「限度超過連結事業年度等」という。)の次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定める金額を合計した金額とする。

　 一 　法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第6項」という。)に規定する中小連結法人税額控除限度額のうち読替え後の法第68条の9第6項の規定による控除をしても控除しきれない金額(以下この号において「控除未済金額」という。)がある連結事業年度
　当該控除未済金額にイに掲げる金額がロに掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 イ 　当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された試験研究費の額(読替え後の法第68条の9第6項に規定する試験研究費の額をいう。)
　
　 　 ロ 　当該連結親法人及びその各連結子法人のイに掲げる金額の合計額
　
　 二 　法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項第一号に規定する各事業年度又は同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度
　当該連結親法人又はその連結子法人の同項第一号に定める金額又は同項第二号に定める金額

10　限度超過連結事業年度等の終了の日の翌日から法第68条の9の2第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項の規定の適用を受けようとする連結事業年度開始の日の前日までの間に開始した各連結事業年度(第二号に掲げる場合には、その期間内に開始した各事業年度)において、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、前項に規定する合計した金額は、当該合計した金額から当該各号に定める金額を控除した金額とする。

　 一 　連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項の規定による控除をしても控除しきれない金額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項第一号に定める金額(同号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度に係るものに限る。)又は同項第二号に定める金額(同号に規定する他の連結事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する他の連結事業年度に係るものに限る。)を含む。)が法第68条の9の2第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項の規定により当該各連結事業年度の連結所得に対する同項の調整前連結税額から控除された場合
　当該各連結事業年度における当該連結親法人又はその連結子法人に帰せられる金額として第12項の規定により読み替えられた前条第30項第六号又は第七号(第16項において準用する第13項から第15項までに規定する場合に該当する場合においてこれらの規定によりみなして適用するときを含む。)の規定により計算された金額
　
　 二 　連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項の規定による控除をしても控除しきれない金額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項第一号に定める金額(同号に規定する各事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する各事業年度に係るものに限る。)又は同項第二号に定める金額(同号に規定する他の連結事業年度のうち平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する他の連結事業年度に係るものに限る。)を含む。)が法第42条の4の2第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第42条の4第7項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人を分割法人とする分割型分割(分割型分割の日が連結親法人事業年度開始の日である場合の当該分割型分割を除く。)の日の前日を含む事業年度において当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除された場合
　当該控除された金額

11　前2項の規定は、法第68条の9の2第8項第八号に規定する政令で定めるところにより計算した金額について準用する。この場合において、第9項中「平成21年4月1日から平成22年3月31日まで」とあるのは「平成22年4月1日から平成23年3月31日まで」と、「同項第五号に規定する連結親法人」とあるのは「同項第六号に規定する連結親法人」と、「平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、前項中「平成21年4月1日から平成22年3月31日まで」とあるのは「平成22年4月1日から平成23年3月31日まで」と読み替えるものとする。

12　法第68条の9の2第12項の規定により読み替えられた法第68条の9第17項の規定の適用がある場合における前条第30項の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。

　 一 　連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に開始する連結事業年度において、法第68条の9の2第1項、第2項第一号又は第5項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第1項から第3項まで、第6項又は第7項の規定の適用を受ける場合
　前条第30項第一号中「第68条の9第1項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項の」と、同項第二号中「第68条の9第2項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項の」と、同項第三号中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号及び次号において「平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額及び平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第4項又は第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額又は平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第四号中「法第68条の9第3項」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号イ中「第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第3項」とあるのは「第68条の9第1項又は第2項(これらの規定を法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9第3項(法第68条の9の2第1項及び第2項第一号の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において「平成21年度以前分の法第68条の9第3項」という。)」と、「繰越控除金額(同条第3項」とあるのは「繰越控除金額(平成21年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号イ(1)中「同条第3項」とあるのは「平成21年度以前分の法第68条の9第3項」と、「同条第1項又は第2項」とあるのは「法第68条の9第1項又は第2項」と、同号イ(2)及びロ中「同条第3項」とあるのは「平成21年度以前分の法第68条の9第3項」と、同項第五号中「第68条の9第6項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項の」と、同項第六号中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第一号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号及び次号において「平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9第8項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第4項又は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第七号中「法第68条の9第7項」とあるのは「平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、同号イ中「第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「第68条の9第6項(法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9第7項(法第68条の9の2第1項及び第5項第一号の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において「平成21年度以前分の法第68条の9第7項」という。)」と、「繰越控除金額(同条第7項」とあるのは「繰越控除金額(平成21年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「同条第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に平成21年度以前分の法第68条の9第7項」と、同号ロ中「同条第7項」とあるのは「平成21年度以前分の法第68条の9第7項」とする。
　
　 二 　連結親法人事業年度が平成22年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始する連結事業年度において、法第68条の9の2第1項、第2項第二号又は第5項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第1項から第3項まで、第6項又は第7項の規定の適用を受ける場合
　前条第30項第一号中「第68条の9第1項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項の」と、同項第二号中「第68条の9第2項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項の」と、同項第三号中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第2項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号及び次号において「平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額及び平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第四号中「法第68条の9第3項」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第3項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項並びに第2項第一号及び第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「繰越控除金額(同条第3項」とあるのは「繰越控除金額(平成22年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号イ(1)中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「同条第3項」とあるのは「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「同条第1項又は第2項」とあるのは「法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項又は第2項」と、同号イ(2)中「第68条の9第1項及び第2項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項及び第2項」と、「同条第3項」とあるのは「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、同号ロ(1)中「第68条の9第1項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項」と、「同条第3項」とあるのは「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号ロ(2)中「第68条の9第2項」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第2項」と、「同条第3項」とあるのは「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、同項第五号中「第68条の9第6項の」とあるのは「第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項の」と、同項第六号中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第1項及び第5項第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号及び次号において「平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項」と、「同条第4項」とあるのは「同条第3項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第七号中「法第68条の9第7項」とあるのは「平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9の2第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第6項(以下この号において「読替え後の法第68条の9第6項」という。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項並びに第5項第一号及び第二号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「繰越控除金額(同条第7項」とあるのは「繰越控除金額(平成22年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「(当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「(連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「同条第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「法第68条の9第6項」とあり、及び「同項」とあるのは「読替え後の法第68条の9第6項」と、「同条第7項」とあるのは「平成22年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」とする。
　
　 三 　連結親法人事業年度が平成23年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始する連結事業年度において、法第68条の9の2第2項第三号又は第5項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項又は第7項の規定の適用を受ける場合
　前条第30項第三号中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号及び次号において「平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第四号中「法第68条の9第3項」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第3項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9第1項又は第2項(これらの規定を法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項及び第2項第一号から第三号までの規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「が最も古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度から順次合計した」とあるのは「のうち控除可能期間(法第68条の9第1項又は第2項の規定の適用を受けた連結事業年度終了の日の翌日から、平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第3項の規定を適用したならば各連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除することができる最終の連結事業年度終了の日までの期間をいう。以下この号において同じ。)の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度から順次合計し、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次合計した」と、「繰越控除金額(同条第3項」とあるのは「繰越控除金額(平成23年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号イ(1)中「同条第3項」とあるのは「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「最も古い連結事業年度」とあるのは「控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度(控除可能期間の末日が同日である場合には、最も古い連結事業年度)」と、「同条第1項又は第2項」とあるのは「法第68条の9第1項又は第2項」と、同号イ(2)中「同条第3項」とあるのは「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、同号ロ(1)及び(2)中「同条第3項」とあるのは「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同項第六号中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第三号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号及び次号において「平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第七号中「法第68条の9第7項」とあるのは「平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9第6項(法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項及び第5項第一号から第三号までの規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「が最も古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度から順次合計した」とあるのは「のうち控除可能期間(法第68条の9第6項の規定の適用を受けた連結事業年度終了の日の翌日から、平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第7項の規定を適用したならば各連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除することができる最終の連結事業年度終了の日までの期間をいう。以下この号において同じ。)の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度から順次合計し、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次合計した」と、「繰越控除金額(同条第7項」とあるのは「繰越控除金額(平成23年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「(当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度」とあるのは「(連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度(控除可能期間の末日が同日である場合には、最も古い連結事業年度)」と、「同条第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項の規定により控除された金額がある場合には、当該控除された金額が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第7項の規定により控除された金額がある場合には、当該控除された金額のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成24年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「同条第7項」とあるのは「平成23年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」とする。
　
　 四 　連結親法人事業年度が平成24年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始する連結事業年度において、法第68条の9の2第2項第四号又は第5項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項又は第7項の規定の適用を受ける場合
　前条第30項第三号中「第68条の9第3項」とあるのは「第68条の9の2第2項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号及び次号において「平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「同項に規定する連結繰越税額控除限度超過額(同条第4項」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額及び連結繰越税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第3項又は第68条の9第4項」と、「同条第3項に規定する連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額、平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額又は連結繰越税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項に規定する100分の30」と、「同条第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第三号に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額、同項第四号に規定する平成22年度分連結繰越税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第五号に規定する連結繰越税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第四号中「法第68条の9第3項」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第1項又は第2項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第3項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9第1項又は第2項(これらの規定を法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項及び第2項各号の規定により読み替えられた法第68条の9第3項(以下この号において「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」という。)」と、「が最も古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度から順次合計した」とあるのは「のうち控除可能期間(法第68条の9第1項又は第2項の規定の適用を受けた連結事業年度終了の日の翌日から、平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第3項の規定を適用したならば各連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除することができる最終の連結事業年度終了の日までの期間をいう。以下この号において同じ。)の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度から順次合計し、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次合計した」と、「繰越控除金額(同条第3項」とあるのは「繰越控除金額(平成24年度分読替え後の法第68条の9第3項」と、同号イ(1)中「同条第3項」とあるのは「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「最も古い連結事業年度」とあるのは「控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度(控除可能期間の末日が同日である場合には、最も古い連結事業年度)」と、「同条第1項又は第2項」とあるのは「法第68条の9第1項又は第2項」と、同号イ(2)中「同条第3項」とあるのは「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、同号ロ(1)及び(2)中「同条第3項」とあるのは「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第3項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同項第六号中「第68条の9第7項」とあるのは「第68条の9の2第5項第四号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号及び次号において「平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「同項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額(同条第8項において準用する同条第4項」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額及び繰越中小連結法人税額控除限度超過額の合計額(法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項又は法第68条の9第8項において準用する同条第4項」と、「同条第7項に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過額」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「同項に規定する100分の20」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項に規定する100分の30」と、「同条第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額」とあるのは「法第68条の9の2第8項第七号に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額、同項第八号に規定する平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額及び法第68条の9第12項第九号に規定する繰越中小連結法人税額控除限度超過個別帰属額の合計額」と、同項第七号中「法第68条の9第7項」とあるのは「平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「当該連結親法人の連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この号において同じ。)前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度(当該適用を受けた連結事業年度前に開始したものに限る。以下この号において同じ。)」と、同号イ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度における法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度における法第68条の9第6項(法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に法第68条の9の2第1項及び第5項各号の規定により読み替えられた法第68条の9第7項(以下この号において「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」という。)」と、「が最も古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度から順次合計した」とあるのは「のうち控除可能期間(法第68条の9第6項の規定の適用を受けた連結事業年度終了の日の翌日から、平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第7項の規定を適用したならば各連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除することができる最終の連結事業年度終了の日までの期間をいう。以下この号において同じ。)の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたものとして控除した残額)を当該各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度から順次合計し、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次合計した」と、「繰越控除金額(同条第7項」とあるのは「繰越控除金額(平成24年度分読替え後の法第68条の9第7項」と、「(当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度」とあるのは「(連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度のうち控除可能期間の末日が最も早くなる連結事業年度(控除可能期間の末日が同日である場合には、最も古い連結事業年度)」と、「同条第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に同条第7項の規定により控除された金額がある場合には、当該控除された金額が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「法第68条の9第6項の規定による控除をしてもなお控除しきれなかった金額(既に平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第7項の規定により控除された金額がある場合には、当該控除された金額のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」と、同号ロ中「当該連結事業年度開始の日前1年以内に開始した各連結事業年度」とあるのは「連結親法人事業年度が平成21年4月1日から平成25年3月31日までの間に開始した各連結事業年度」と、「同条第7項」とあるのは「平成24年度以前分読替え後の法第68条の9第7項」と、「が最も古いものから順次控除されたもの」とあるのは「のうち控除可能期間の末日が最も早いものから順次控除され、その控除可能期間の末日が同日であるものについては古いものから順次控除されたもの」とする。

13　法第68条の9の2第3項の規定により同条第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額とみなされる金額(以下この項において「みなし連結繰越税額控除限度超過額」という。)がある場合には、当該みなし連結繰越税額控除限度超過額は、法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度又は同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度開始の日を含む連結親法人の連結事業年度(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には連結親法人事業年度に対応する期間の連結事業年度とし、次の各号に掲げる場合には当該各号に定める連結事業年度とする。)における同条第1項の規定により読み替えられた法第68条の9第1項の規定による控除をしても控除しきれない金額とみなして、前項の規定により読み替えられた前条第30項第四号の規定を適用する。この場合において、法第68条の9の2第3項に規定する連結親法人又はその連結子法人の同号イ(1)(i)に掲げる金額は当該連結親法人又はその連結子法人のみなし連結繰越税額控除限度超過額を同号イ(1)(i)の最初の超過連結事業年度に係る法第68条の9第1項(法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)に規定する試験研究費の総額に係る連結税額控除割合(以下この項において「試験研究費の総額に係る連結税額控除割合」という。)で除して計算した金額とし、当該連結親法人又はその連結子法人の同号ロ(1)(i)に掲げる金額は当該連結親法人又はその連結子法人の当該みなし連結繰越税額控除限度超過額を同号ロ(1)(i)の各連結事業年度に係る試験研究費の総額に係る連結税額控除割合で除して計算した金額とする。

　 一 　法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度又は同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度が同条第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項の規定の適用を受ける連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日。以下この項において「繰越税額控除連結事業年度開始日」という。)以後に開始した事業年度である場合
　当該繰越税額控除連結事業年度開始日の前日を含む連結事業年度
　
　 二 　法第68条の9の2第3項第一号に規定する各事業年度又は同項第二号に規定する他の連結事業年度に該当する各事業年度(これらの規定に規定する連結子法人に係るものに限る。)のうち最も古い事業年度又は最も古い他の連結事業年度に該当する事業年度開始の日(当該連結子法人が二以上ある場合には、当該開始の日が最も早い連結子法人の事業年度又は他の連結事業年度に該当する事業年度開始の日。以下この号において「連結子法人事業年度開始日」という。)が当該連結親法人の平成21年4月1日から平成23年3月31日までの間に開始した各連結事業年度のうち最も古い連結事業年度開始の日(当該期間内に開始した各連結事業年度がない場合には、当該繰越税額控除連結事業年度開始日。以下この号において「連結親法人最初連結事業年度開始日」という。)前である場合
　当該連結子法人事業年度開始日から当該連結親法人最初連結事業年度開始日の前日までの期間(当該期間が1年を超える場合には、当該期間を当該連結子法人事業年度開始日以後1年ごとに区分した各期間(最後に1年未満の期間を生じたときは、その1年未満の期間)とする。)を当該連結親法人の連結事業年度とみなした場合における当該連結事業年度

14　第12項の規定により読み替えられた前条第30項第四号に規定する連結親法人の平成21年4月1日から法第68条の9の2第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項の規定の適用を受ける連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日)の前日までの間に開始した各事業年度が最初連結事業年度開始日(法人税法第4条の2の承認を受けて各連結事業年度の連結所得に対する法人税を納める最初の連結事業年度としようとする期間の開始の日をいう。第16項において同じ。)前に開始した事業年度である場合には、当該連結親法人の事業年度を連結事業年度とみなして、同号(法第68条の9の2第3項の規定により同条第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額とみなされる金額がある場合において前項の規定によりみなして適用するときを含む。)の規定を適用する。

15　法第68条の9の2第4項の規定により同条第1項及び第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額から控除される次の各号に掲げる金額がある場合には、当該各号に掲げる金額は、当該各号に定める連結事業年度以後の各連結事業年度(第二号から第四号までに掲げる金額がある場合には、これらの号に定める連結事業年度後の各連結事業年度)においてはないものとみなして、第12項の規定により読み替えられた前条第30項第四号の規定を適用する。

　 一 　法第68条の9の2第4項第一号に掲げる金額
　同号に規定する分割型分割の日を含む連結事業年度
　
　 二 　法第68条の9の2第4項第二号に掲げる金額
　同号に規定する連結事業年度
　
　 三 　法第68条の9の2第4項第三号に掲げる金額
　同号に規定する連結事業年度
　
　 四 　法第68条の9の2第4項第四号に掲げる金額
　同号に規定する連結事業年度

16　第13項の規定は法第68条の9の2第6項において準用する同条第3項の規定により同条第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額とみなされる金額がある場合における第12項の規定により読み替えられた前条第30項第七号の規定を適用するときについて、第14項の規定は同号に規定する連結親法人の平成21年4月1日から法第68条の9の2第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項の規定の適用を受ける連結事業年度開始の日(当該連結親法人を分割法人とする分割型分割を行った場合には、連結親法人事業年度開始の日)の前日までの間に開始した各事業年度が最初連結事業年度開始日前に開始した事業年度である場合における同号の規定を適用するときについて、前項の規定は法第68条の9の2第6項において準用する同条第4項の規定により同条第1項及び第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額から控除される法第68条の9の2第6項において準用する同条第4項各号に掲げる金額がある場合における第12項の規定により読み替えられた前条第30項第七号の規定を適用するときについて、それぞれ準用する。この場合において、第13項中「みなし連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「みなし繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と、「第68条の9第1項の」とあるのは「第68条の9第6項の」と、「同号イ(1)(i)に掲げる金額」とあるのは「前条第30項第七号イ(1)に掲げる金額」と、「同号イ(1)(i)の最初の超過連結事業年度に係る法第68条の9第1項(法第68条の9の2第1項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)に規定する試験研究費の総額に係る連結税額控除割合(以下この項において「試験研究費の総額に係る連結税額控除割合」という。)」とあるのは「100分の12」と、「同号ロ(1)(i)に掲げる金額」とあるのは「同号ロ(1)に掲げる金額」と、「同号ロ(1)(i)の各連結事業年度に係る試験研究費の総額に係る連結税額控除割合」とあるのは「100分の12」と、第14項中「第68条の9の2第3項」とあるのは「第68条の9の2第6項において準用する同条第3項」と、「第2項の規定により読み替えられた法第68条の9第3項に規定する平成21年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成22年度分連結繰越税額控除限度超過額」とあるのは「第5項の規定により読み替えられた法第68条の9第7項に規定する平成21年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額又は平成22年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額」と読み替えるものとする。

17　法第68条の9の2第13項の規定により読み替えられた法第68条の9第18項の規定の適用がある場合における前条第35項の規定の適用については、同項中「第7項」とあるのは、「次条第5項の規定により読み替えられた第7項」とする。

18　法第68条の9の2第7項の規定により読み替えられた法第68条の9第11項の規定の適用がある場合における前条第36項の規定の適用については、同項の表中「(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」とあるのは、「(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)(同法第68条の9の2第7項(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。


第39条の45の次に次の1条を加える。

(法人税の額から控除される特別控除額の特例)
第39条の45の2　法第68条の15の2第1項後段の規定により同項に規定する調整前連結税額超過額(第3項において「調整前連結税額超過額」という。)を構成することとなる部分に相当する金額を判定する場合において、同条第1項各号に掲げる規定のうち異なる規定による税額控除可能額(同項に規定する税額控除可能額をいう。以下この条において同じ。)で、同項に規定する控除可能期間(以下この項において「控除可能期間」という。)を同じくするものがあるときは、当該税額控除可能額について法第68条の15の2第1項の連結親法人が選択した順に控除可能期間が長いものとして、同項後段の規定を適用する。

2　法第68条の15の2第1項の規定の適用がある場合における法人税法第2編第1章の2(同法第81条の18を除く。)の規定の適用については、法第68条の9第17項(法第68条の9の2第12項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)、第68条の10第13項、第68条の11第11項、第68条の12第13項、第68条の13第8項、第68条の14第11項及び第68条の15第11項の規定にかかわらず、法人税法第81条の13第2項中「(税額控除)の規定により控除する金額」とあるのは「(税額控除)の規定又は租税特別措置法第68条の15の2第1項各号(法人税の額から控除される特別控除額の特例)に掲げる規定により控除する金額(同項に規定する調整前連結税額超過額を除く。)」と、同法第81条の17中「この款の規定による」とあるのは「この款の規定並びに租税特別措置法第68条の15の2第1項(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定及び同項各号に掲げる規定を適用した場合の」と、「まず前条」とあるのは「まず同項の規定及び同項各号に掲げる規定を適用した場合の控除をし、次に前条」と、同法第81条の20第1項第二号及び第81条の22第1項第二号中「の規定」とあるのは「の規定並びに租税特別措置法第68条の15の2第1項(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定及び同項各号に掲げる規定」とする。

3　法第68条の15の2第1項の規定の適用がある場合において、同項各号に掲げる規定のうち一の規定による税額控除可能額で、その全部又は一部が同項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額とされたものに係る法第68条の9第17項(法第68条の9の2第12項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)、第68条の10第13項、第68条の11第11項、第68条の12第13項、第68条の13第8項、第68条の14第11項又は第68条の15第11項の規定により読み替えて適用する法人税法第81条の18の規定の適用については、次に掲げる場合の区分に応じ次に定めるところによる。

　 一 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第一号から第三号までに掲げる規定によるものである場合
　次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定めるところによる。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　第39条の39第30項各号(第39条の39の2第12項の規定により読み替えて適用する場合を含む。ロにおいて同じ。)に定める金額はないものとする。
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　第39条の39第30項各号(第三号及び第六号を除く。)に定める金額は、同項第一号、第二号、第四号イ、第五号、第七号イ、第八号又は第九号に規定する調整前連結税額から控除された金額から、法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額を控除して、これらの号の規定を適用して計算する。
　
　 二 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第四号に掲げる規定によるものである場合
　第39条の40第8項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　第39条の40第8項第一号に定める金額
　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の10第2項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　第39条の40第8項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の10第3項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 三 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第五号に掲げる規定によるものである場合
　　第39条の41第6項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　第39条の41第6項第一号に定める金額
　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の11第2項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　第39条の41第6項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の11第3項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 四 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第六号に掲げる規定によるものである場合
　第39条の42第14項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　第39条の42第14項第一号に定める金額
　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)及び(3)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の12第2項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　第39条の42第14項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の12第3項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (3) 　第39条の42第14項第三号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に同号イに掲げる金額が同号ロに掲げる金額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 五 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第七号に掲げる規定によるものである場合
　第39条の43第5項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　第39条の43第5項第一号に定める金額
　　　　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の13第1項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　第39条の43第5項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の13第2項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 六 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第八号に掲げる規定によるものである場合
　第39条の44第4項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　第39条の44第4項第一号に定める金額
　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の14第2項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　第39条の44第4項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の14第3項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 七 　当該一の規定による税額控除可能額が法第68条の15の2第1項第九号に掲げる規定によるものである場合
　前条第6項各号に定める金額は、当該金額から次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、その定める金額の合計額)を控除した金額とする。
　
　 　 イ 　当該規定による税額控除可能額の全部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　当該規定による税額控除可能額
　
　 　 ロ 　当該規定による税額控除可能額の一部が法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額となる場合
　次に掲げる金額の区分に応じそれぞれ次に定める金額(次に掲げる金額のいずれも有する場合には、その定める金額の合計額)
　
　 　 　 (1) 　前条第6項第一号に定める金額
　法第68条の15の2第1項後段の規定により調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額((2)において「調整前連結税額超過構成額」という。)に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の15第2項に規定する税額控除限度額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額
　
　 　 　 (2) 　前条第6項第二号に定める金額
　調整前連結税額超過構成額に当該連結親法人又はその連結子法人の税額控除可能限度超過額(当該連結親法人又はその連結子法人の法第68条の15第3項に規定する繰越税額控除限度超過額のうち同項の規定による税額控除可能額をいう。以下この号において同じ。)が当該連結親法人及びその各連結子法人の税額控除可能限度超過額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額


附則

(施行期日)
第1条　この政令は、公布の日から施行する。


(法人税法施行令の一部改正)
第2条　法人税法施行令(昭和40年政令第97号)の一部を次のように改正する。

　第139条の10中「(連結納税の承認を取り消された場合の試験研究費の額に係る法人税額)」の下に「(同法第42条の4の2第7項(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この条において同じ。)」を加え、「(連結法人の試験研究費の額がある場合の法人税額の特別控除)」を「(連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除)又は同法第68条の9の2第1項若しくは第2項(連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えられた同法第68条の9第1項から第3項まで」に、「(中小企業者等の試験研究費の額がある場合の法人税額の特別控除)」を「(中小企業者等が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除)(同法第42条の4の2第1項及び第5項(中小企業者等が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」に改め、「当該金額を控除した金額」の下に「(同法第42条の12第1項(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定の適用がある場合には、同項に規定する法人税額超過額を控除した金額)」を加える。

　第155条の25第一号中「(中小連結法人の試験研究費の額がある場合の法人税額の特別控除)」を「(中小連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除)(同法第68条の9の2第1項及び第5項(中小連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」に改め、「帰せられる金額」の下に「(同法第68条の15の2第1項後段(法人税の額から控除される特別控除額の特例)の規定により同項に規定する調整前連結税額超過額を構成することとされた部分に相当する金額がある場合には、当該相当する部分の金額のうち各連結法人に帰せられる金額を控除した金額)」を加え、同条第二号中「(連結納税の承認を取り消された場合の試験研究費の額に係る法人税額)」の下に「(同法第68条の9の2第7項(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例)の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。)」を、「同条第6項又は第7項」の下に「(これらの規定を同法第68条の9の2第1項又は第5項の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」を加える。