租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令

　租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令をここに公布する。

　平成21年3月31日

内閣総理大臣臨時代理　　
国務大臣　河村　建夫

　内閣は、所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)の施行に伴い、並びに同法附則、租税特別措置法(昭和32年法律第26号)及び所得税法等の一部を改正する法律(平成20年法律第23号)附則の規定に基づき、並びに租税特別措置法を実施するため、この政令を制定する。

(租税特別措置法施行令の一部改正)
第1条　租税特別措置法施行令(昭和32年政令第43号)の一部を次のように改正する。

　目次中(中略)
「第3章　法人税法の特例
　　第1節　特別税額控除及び減価償却の特例(第27条の4―第32条)」
を
「第3章　法人税法の特例
　　第1節　中小企業者等の法人税率の特例(第27条の3の2)
　　第1節の2　特別税額控除及び減価償却の特例(第27条の4―第32条)」
に、
「第6節の2　特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除(第39条の4―第39条の6)
　第7節　特定の資産の買換えの場合等の課税の特例(第39条の7―第39条の10) 」
を
「第6節の2　特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除(第39条の4―第39条の6)
　第6節の3　特定の長期所有土地等の所得の特別控除(第39条の6の2)
　第7節　特定の資産の買換えの場合等の課税の特例(第39条の7―第39条の10の2) 」
に、
「第8節の5　削除
　第8節の6　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の20の8―第39条の20の14)
　第9節　その他の特例(第39条の21―第39条の38)」
を
「第8節の5　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の20の2―第39条の20の8)
　第9節　その他の特例(第39条の21―第39条の38)
　第9節の2　中小企業者等である連結法人の法人税率の特例(第39条の38の2)」
に、
「第20節　連結法人の特定事業の用地買収等の場合の連結所得の特別控除(第39条の102―第39条の104)」
を
「第20節　連結法人の特定事業の用地買収等の場合の連結所得の特別控除(第39条の102―第39条の104)
　第20節の2　連結法人の特定の長期所有土地等の連結所得の特別控除(第39条の104の2) 」
に、
「第39条の109の3」を「第39条の109の4」
に、
「第28節　削除
　第28節の2　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の120の8―第39条の120の14)」
を
「第28節　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の120の2―第39条の120の8)」
に、
「第39条の128」を「第39条の130」に、(中略)改める。

　第1条の2第3項の表法第57条の10第1項の項の前に次のように加える。

　第1条の2第3項の表法第61条の4第1項の項の次に次のように加える。

　第1条の2第3項の表法第68条の66第1項の項の次に次のように加える。

　第3章第1節を同章第1節の2とし、同章に第1節として次の1節を加える。
　　　第1節　中小企業者等の法人税率の特例

第27条の3の2　法第42条の3の2第1項の表の第一号に規定する政令で定めるものは、保険業法第2条第10項に規定する外国相互会社とする。

2　法第42条の3の2第1項の表の第二号に規定する政令で定めるものは、地方自治法第260条の2第7項に規定する認可地縁団体、建物の区分所有等に関する法律第47条第2項に規定する管理組合法人及び同法第66条の規定により読み替えられた同項に規定する団地管理組合法人、政党交付金の交付を受ける政党等に対する法人格の付与に関する法律(平成6年法律第106号)第7条の2第1項に規定する法人である政党等、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第133条第1項に規定する防災街区整備事業組合、特定非営利活動促進法(平成10年法律第7号)第2条第2項に規定する特定非営利活動法人並びにマンションの建替えの円滑化等に関する法律第5条第1項に規定するマンション建替組合とする。

　第27条の4第6項第三号中「鉱工業技術研究組合法第13条第1項」を「技術研究組合法第9条第1項」に改め、同条第8項第一号中「研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律第2条第7項に規定する試験研究機関等」を「イ又はロに掲げる者(以下この号及び第四号において「特別試験研究機関等」という。)」に、「当該試験研究機関等」を「当該特別試験研究機関等」に改め、同号に次のように加える。

　第27条の4第8項第四号中「第一号に規定する試験研究機関等」を「特別試験研究機関等」に、「当該試験研究機関等」を「当該特別試験研究機関等」に改め、同条第25項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第27条の5第12項中「第42条の5第6項」を「第42条の5第8項」に改め、同条第14項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第27条の6第9項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第27条の7第5項中「)については、」の下に「特定旅館業用指定設備(」を加え、「財務大臣の」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改め、「供されるもの」の下に「をいう。)」を加え、同条第13項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改め、同条第14項中「財務大臣」を「国土交通大臣」に改める。

　第27条の9第11項の表第134条の2第1項の項及び第27条の10第3項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第27条の11第1項中「(平成7年法律第105号)」を削り、同条第6項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第28条第4項中「次項」の下に「及び第6項」を加え、同条第5項中「財務大臣が指定するものとし、同号の下欄に規定する政令で定めるものは、鋼船(船舶のトン数の測度に関する法律第4条第1項に規定する国際総トン数が3,000トン以上のものに限る。)のうち海洋運輸業の用に供されるもので財務大臣が」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改め、同条第9項中「若しくは第5項」を削り、「第6項」を「第7項」に改め、同項を同条第10項とし、同条第6項から第8項までを1項ずつ繰り下げ、同条第5項の次に次の1項を加える。

6　法第43条第1項の表の第二号の下欄に規定する事業の経営の合理化に著しく資するものとして政令で定めるものは、鋼船(船舶のトン数の測度に関する法律第4条第1項に規定する国際総トン数が3,000トン以上のものに限る。)のうち海洋運輸業の用に供されるものとし、同欄に規定する環境への負荷の低減に著しく資するものとして政令で定めるものは、沿海運輸業の用に供される船舶のうち環境への負荷の低減に著しく資するものとして国土交通大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

　第28条に次の1項を加える。

11　国土交通大臣は、第5項又は第6項の規定により船舶を指定したときは、これを告示する。

　第28条の3を次のように改める。
第28条の3　削除

　第28条の4第1項第一号中「(法第44条第1項の表の第一号の第三欄に掲げる減価償却資産の普及が進んでいる地域として内閣総理大臣が指定する区域を除く。)」を削り、同項第二号中「(大規模地震対策特別措置法第3条第1項の規定により地震防災対策強化地域として指定された区域を除く。)」を削り、同条第2項を次のように改める。

2　法第44条第1項の表の第一号の第一欄に規定する政令で定める減価償却資産は、気象業務法第13条の規定により気象庁が行う同法第2条第4項第二号に規定する地震動(以下この項において「地震動」という。)についての同条第6項に規定する予報(以下この項において「予報」という。)及び同条第7項に規定する警報(これらに準ずるものとして財務省令で定めるものを含む。)又は同法第17条第1項の許可を受けた者が行う地震動についての予報を受信する装置並びにこれと一体として整備することにより地震防災に著しく資する減価償却資産で、内閣総理大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

　第28条の4に次の1項を加える。

4　内閣総理大臣は、第2項の規定により減価償却資産を指定したときは、これを告示する。

　第28条の6の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条第1項第一号中「産業活力再生特別措置法」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法」に、「第2条第2項第一号イ」を「第2条第2項」に、「以下この項」を「第三号及び第3項」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「産業活力再生特別措置法第10条第2項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第8条第2項」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号を削り、同項第五号中「産業活力再生特別措置法第14条第2項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第10条第2項」に改め、同号を同項第三号とし、同条に次の2項を加える。

3　法第44条の3第2項第一号に規定する政令で定める法人は、産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第12条第2項に規定する認定資源生産性革新計画(同法第2条第8項第二号に掲げる事業活動を含む同項に規定する資源生産性革新について記載があるものに限る。以下この項において「認定資源生産性革新計画」という。)に記載された関係事業者及び認定資源生産性革新計画に従って合併により設立された法人とする。

4　法人が、その取得し、又は製作し、若しくは建設した機械及び装置その他の減価償却資産につき法第44条の3第2項の規定の適用を受ける場合には、当該機械及び装置その他の減価償却資産につき同項の規定の適用を受ける事業年度の確定申告書等に当該機械及び装置その他の減価償却資産が同項に規定する資源需給構造変化対応設備等に該当するものであることを証する財務省令で定める書類を添付しなければならない。

　第28条の7第2項中「同表の第一号の上欄」を「電気通信事業法第2条第五号」に改め、「電気通信事業者」の下に「(次項において「電気通信事業者」という。)」を加え、「同欄」を「有線テレビジョン放送法第2条第4項」に、「財務省令で定めるもので、同法」を「総務大臣が財務大臣と協議して指定するもので、電気通信基盤充実臨時措置法」に改め、同条第3項中「同表の第二号の上欄に規定する」を削り、「有線放送電話業者」を「有線放送電話に関する法律(昭和32年法律第152号)第5条第1項に規定する有線放送電話業者」に、「財務省令で定めるもので、同法」を「総務大臣が財務大臣と協議して指定するもので、電気通信基盤充実臨時措置法」に改め、同条第6項を次のように改める。

6　法第44条の4第1項の表の第三号の中欄に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める設備とする。

　第28条の7に次の1項を加える。

7　総務大臣は、第2項、第3項又は前項各号の規定により減価償却資産を指定したときは、これを告示する。

　第28条の8の次に次の1条を加える。

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第28条の8の2　法第44条の7第1項に規定する政令で定めるものは、新用途米穀加工品(米穀の新用途への利用の促進に関する法律第2条第1項に規定する新用途米穀加工品をいう。以下この項において同じ。)又は新用途米穀加工品を原材料とする加工品の製造以外に使用することができないもののうち米穀の新用途への利用に著しく資するものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

2　法人が、その取得し、又は製作した機械及び装置につき法第44条の7第1項の規定の適用を受ける場合には、当該機械及び装置につき同項の規定の適用を受ける事業年度の確定申告書等に当該機械及び装置が同項に規定する新用途米穀加工品等製造設備に該当するものであることを証する財務省令で定める書類を添付しなければならない。

3　農林水産大臣は、第1項の規定により機械及び装置を指定したときは、これを告示する。

　第28条の9第1項中「水源地域、」を「振興山村、」に改め、同項第一号イ(1)中「第6項第一号イ」を「第5項第一号イ」に、「23年間」を「25年間」に改め、同号イ(2)中「第6項第一号ロ」を「第5項第一号ロ」に、「第7項」を「第6項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同号ロ中「第6項第二号」を「第5項第二号」に、「平成21年3月31日」を「平成22年3月31日」に改め、同号ハ(1)中「第6項第三号イ」を「第5項第三号イ」に、「16年間」を「18年間」に改め、同号ハ(2)中「第6項第三号ハ」を「第5項第三号ハ」に、「第7項」を「第6項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同号ニ(1)中「第6項第三号イ」を「第5項第三号イ」に、「第7項」を「第6項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同号ニ(2)中「第6項第三号ロ」を「第5項第三号ロ」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同号ニ(3)中「第6項第三号ハ」を「第5項第三号ハ」に、「第7項」を「第6項」に、「平成21年3月31日」を「平成23年3月31日」に改め、同号ニに次のように加える。

　第28条の9第1項第一号ホを次のように改める。

　第28条の9第5項を削り、同条第6項第三号中「、当該」を「当該」に、「限る」を「、ニに掲げる事業にあっては同欄のハに掲げる地区のうち前項に規定する地区において行うものに、それぞれ限るものとする」に改め、同号に次のように加える。

　第28条の9第6項第四号中「及び旅館業」を「、旅館業及びソフトウエア業」に改め、同項を同条第5項とし、同条第7項を同条第6項とし、同条第8項第一号中「第四号」の下に「及び第五号」を加え、同項第二号中「第6項第三号ロ」を「第5項第三号ロ」に改め、同項第三号中「第12項」を「第11項」に改め、同項に次の一号を加える。

　第28条の9第8項を同条第7項とし、同条第9項から第12項までを1項ずつ繰り上げ、同条に次の1項を加える。

12　国土交通大臣、総務大臣及び農林水産大臣は、第6項の規定により地区を指定したときは、これを告示する。

　第28条の10第1項中「医療用の機械及び装置並びに器具及び備品は」を「規模のものは」に改め、同条第7項を同条第9項とし、同条第3項から第6項までを2項ずつ繰り下げ、同条第2項中「次に掲げる機械及び装置並びに器具及び備品」を「医療に係る事故を防止する機能を有する人工呼吸器その他の医療の安全の確保に著しく資する機械及び装置並びに器具及び備品として厚生労働大臣が財務大臣と協議して指定するもの」に改め、同項各号を削り、同項を同条第3項とし、同項の次に次の1項を加える。

4　法第45条の2第1項第三号に規定する政令で定めるものは、同号に規定する機械及び装置並びに器具及び備品のうち同号に規定する新型インフルエンザのまん延を防止するために同号に規定する病床に係る病室に設置されるものとして厚生労働大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。 　第28条の10第1項の次に次の1項を加える。

2　法第45条の2第1項第一号に規定する政令で定めるものは、次に掲げる医療用の機械及び装置並びに器具及び備品とする。

　第28条の10に次の1項を加える。

10　厚生労働大臣は、第2項第一号、第3項若しくは第4項の規定により機械及び装置並びに器具及び備品を指定し、又は第8項の規定により基準を定めたときは、これを告示する。

　第29条の5第1項中「部分は、次に掲げる部分」を「ものは、地上階数4以上の中高層の耐火建築物(建築基準法第2条第九号の二に規定する耐火建築物をいう。第3項及び第5項において同じ。)である施設建築物(都市再開発法第2条第六号に規定する施設建築物をいう。以下この項において同じ。)が建築される施行地区(都市再開発法第2条第三号に規定する施行地区をいう。)において建築される施設建築物(次に掲げる部分を除く。)」に改め、同項第一号中「同法第2条第六号に規定する」及び「(以下この項において「施設建築物」という。)」を削り、同条第3項中「(建築基準法第2条第九号の二に規定する耐火建築物をいう。第5項において同じ。)」を削る。

　第29条の6第1項第一号中「類する道路」の下に「(次号において「高速自動車国道等」という。)」を加え、同項第二号を同項第三号とし、同項第一号の次に次の一号を加える。

　第29条の6第2項各号中「財務省令で」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改め、同条に次の1項を加える。

5　国土交通大臣は、第1項第一号若しくは第二号の規定により区域を指定し、又は第2項各号の規定により要件を定めたときは、これを告示する。

　第29条の7に次の1項を加える。

2　法第52条第1項に規定する政令で定める規模の法人は、その資本金の額又は出資金の額が1億円を超え、かつ、常時使用する従業者の数が300人を超える法人とする。

　第30条第1項第一号を削り、同項第二号を同項第一号とし、同項第三号から第五号までを一号ずつ繰り上げ、同項に次の一号を加える。

　第30条第3項第二号を削り、同項第三号中「第九号」を「第八号」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号中「第十号」を「第九号」に改め、同号を同項第三号とし、同項第五号中「第十一号」を「第十号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第六号中「第十二号」を「第十一号」に改め、同号を同項第五号とし、同号の次に次の一号を加える。

　第30条第3項第八号を削り、同項第九号を同項第八号とし、同項第十号から第十二号までを一号ずつ繰り上げ、同項に次の一号を加える。

　第32条第1項第一号を削り、同項第二号を同項第一号とし、同項第三号を同項第二号とし、同項第四号を同項第三号とし、同項第五号を同項第四号とし、同号の次に次の一号を加える。

　第32条の4第1項を削り、同条第2項中「石炭等(同号に規定する石炭等をいう。以下この条において同じ。)」を「石炭」に改め、同項を同条第1項とし、同条第3項中「第6項」を「第5項」に改め、同項を同条第2項とし、同条第4項を同条第3項とし、同条第5項を同条第4項とし、同条第6項中「第4項各号」を「第3項各号」に、「第39条の74第2項各号(同条第3項」を「第39条の74第3項各号(同条第4項」に改め、同項を同条第5項とし、同条第7項を同条第6項とし、同条第8項中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「第11項」を「第10項」に改め、同項を同条第7項とし、同条第9項第一号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「石炭等の」を「石炭の」に改め、同項第二号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「採掘された石炭等」を「採掘された石炭」に改め、同項を同条第8項とし、同条第10項中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「石炭等の」を「石炭の」に改め、同項を同条第9項とし、同条第11項中「第6項」を「第5項」に、「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「第9項各号」を「第8項各号」に、「第39条の74第7項各号(同条第8項」を「第39条の74第8項各号(同条第9項」に、「第7項の」を「第6項の」に改め、同項を同条第10項とし、同条第12項中「第4項及び第9項」を「第3項及び第8項」に改め、同項を同条第11項とし、同条第13項中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「同表の第二号に規定する石炭等」を「石炭」に改め、同項を同条第12項とし、同条第14項を同条第13項とする。

　第33条及び第33条の2を次のように改める。
第33条及び第33条の2　削除

　第33条の9第4項第四号中「及び割賦購入あっせん業(同条第3項第一号又は第二号に規定する割賦購入あっせん」を「並びに包括信用購入あっせん業(同条第3項に規定する包括信用購入あっせん(同項第一号に掲げるものに限る。)を行う事業をいう。)及び個別信用購入あっせん業(同条第4項に規定する個別信用購入あっせん」に改める。

　第36条第5項中「第66条の9の7第3項並びに第39条の18第14項(第39条の20の12第2項においてその例による場合を含む。)」を「第66条の9の3第3項」に改め、「第28条、」を削る。

　第37条の見出しを「(商工組合等の留保金額の計算等)」に改め、同条第2項第一号中「法第42条の5第5項、法第42条の6第5項、法第42条の7第7項、法第42条の9第4項、法第42条の10第5項、法第42条の11第5項、法第62条第1項、法第62条の3第1項若しくは第8項又は法」を「第42条の5第5項、第42条の6第5項、第42条の7第7項、第42条の9第4項、第42条の10第5項、第42条の11第5項、第62条第1項、第62条の3第1項若しくは第8項又は」に改め、同条第3項第一号から第十一号までを削り、同項第十二号中「第十五号」を「第四号」に改め、同号を同項第一号とし、同項第十三号中「第十五号」を「第四号」に改め、同号を同項第二号とし、同項第十四号から第十六号までを十一号ずつ繰り上げ、同項第十七号中「第十九号」を「第八号」に改め、同号を同項第六号とし、同項第十八号を同項第七号とし、同項第十九号から第二十一号までを十一号ずつ繰り上げ、同条第5項中「又は法」を「又は」に、「第65条の5」を「第65条の5の2」に改め、「第23条」の下に「、第23条の2」を加え、「第9条第1項第一号ハ」を「第9条第1項第一号ニ」に改める。

　第38条第5項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第38条の4第23項中「第十五号」を「第十四号」に改め、同条第25項を削り、同条第26項中「第62条の3第4項第十四号イ」を「第62条の3第4項第十三号イ」に改め、同項を同条第25項とし、同条第27項中「第62条の3第4項第十五号イ」を「第62条の3第4項第十四号イ」に改め、「とし、同号イに規定する政令で定める面積は、500平方メートル」を削り、同項を同条第26項とし、同項の次に次の1項を加える。

27　法第62条の3第4項第十四号イに規定する政令で定める面積は、500平方メートルとする。

　第38条の4第28項中「第62条の3第4項第十五号ハ」を「第62条の3第4項第十四号ハ」に改め、同条第29項中「第62条の3第4項第十六号ロに」を「第62条の3第4項第十五号ロに」に改め、同項第四号中「第62条の3第4項第十六号ロ」を「第62条の3第4項第十五号ロ」に改め、同条第30項中「第62条の3第4項第十六号ニ」を「第62条の3第4項第十五号ニ」に改め、同条第31項中「第62条の3第4項第十七号イ」を「第62条の3第4項第十六号イ」に改め、同条第32項中「同条第4項第十二号から第十五号までの造成又は同項第十六号若しくは第十七号」を「同条第4項第十二号から第十四号までの造成又は同項第十五号若しくは第十六号」に、「同項第十三号に規定する認定、同項第十五号ハ」を「同項第十四号ハ」に、「同項第十六号ニ」を「同項第十五号ニ」に、「同項第十七号」を「同項第十六号」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「第62条の3第4項第十四号」を「第62条の3第4項第十三号」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号中「第62条の3第4項第十五号」を「第62条の3第4項第十四号」に改め、同号を同項第三号とし、同項第五号中「第62条の3第4項第十六号」を「第62条の3第4項第十五号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第六号を同項第五号とし、同条第33項中「前項第一号から第四号まで」を「前項第一号から第三号まで」に、「同項第三号又は第四号」を「同項第二号又は第三号」に改め、同条第34項中「第五号」を「第四号」に、「同項第一号から第四号まで」を「同項第一号から第三号まで」に、「同項第三号又は第四号」を「同項第二号又は第三号」に改め、同条第35項及び第42項中「第十七号」を「第十六号」に改め、同条第43項の表第134条の2第1項の項中「第134条の2第1項」を「第134条の2第2項」に改める。

　第39条の3第5項第四号中「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改める。

　第39条の5第21項第一号を次のように改める。

　第39条の5第21項第二号イ中「前号イ、ロ及びニ」を「前号イ(1)及び(2)」に改め、同号ハを同号ニとし、同号ロの次に次のように加える。

　第39条の5第22項第一号を次のように改める。

　第39条の5第22項第二号イ中「前号イ(1)から(3)までに」を「次に」に改め、同号イに次のように加える。

　第39条の5第34項中「農地保有合理化法人」の下に「又は農地利用集積円滑化団体」を加え、同条に次の1項を加える。

36　経済産業大臣は、第21項第一号イ(4)及びロ(4)の規定により基準を定めたときは、これを告示する。

　第39条の6第2項中「第4条第2項に規定する農地保有合理化法人(当該農地保有合理化法人」を「第8条第1項に規定する農地保有合理化法人又は同法第11条の12に規定する農地利用集積円滑化団体(当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体」に、「同項第一号」を「同法第4条第2項第一号又は第3項第一号ロ」に改め、同条第3項中「第65条の5第1項第五号」を「第65条の5第1項第四号」に改める。

　第3章第6節の2の次に次の1節を加える。
　　第6節の3　特定の長期所有土地等の所得の特別控除

第39条の6の2　第39条の4第1項の規定は、法第65条の5の2第1項に規定する譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額の計算について準用する。

2　法第65条の5の2第7項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人又は法人は、同条第1項に規定する土地等の取得をした法人(以下この項において「適用法人」という。)の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。)の1人及びその同族関係者(次に掲げる者をいう。以下この項において同じ。)により当該適用法人を支配している場合の当該株主等及び当該株主等の同族関係者並びに適用法人が他の法人を直接又は間接に支配する関係がある場合の当該他の法人とする。

3　前項に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。

4　法人税法施行令第4条第3項及び第6項の規定は、第2項に規定する適用法人を支配している場合、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。

5　法第65条の5の2第7項第一号に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。

6　法第65条の5の2第7項第二号に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第138条第1項の規定に該当する場合とする。

7　法第65条の5の2第1項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第9条第1項第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとする。

　第39条の7第16項第三号中「第4条第2項に規定する農地保有合理化法人(当該農地保有合理化法人」を「第8条第1項に規定する農地保有合理化法人又は同法第11条の12に規定する農地利用集積円滑化団体(当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体」に、「同項第一号」を「同法第4条第2項第一号又は第3項第一号ロ」に改め、同条第21項中「財務大臣が」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改め、同条第61項中「財務大臣」を「国土交通大臣」に改める。

　第3章第7節中第39条の10の次に次の1条を加える。

(平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第39条の10の2　法第66条の2第14項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人又は法人は、同条第1項に規定する先行取得土地等の取得をした法人(以下この項において「適用法人」という。)の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。)の1人及びその同族関係者(次に掲げる者をいう。以下この項において同じ。)により当該適用法人を支配している場合の当該株主等及び当該株主等の同族関係者並びに適用法人が他の法人を直接又は間接に支配する関係がある場合の当該他の法人とする。

2　前項に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。

3　法人税法施行令第4条第3項及び第6項の規定は、第1項に規定する適用法人を支配している場合、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。

4　法第66条の2第14項第一号に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。

5　法第66条の2第14項第二号に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第138条第1項の規定に該当する場合とする。

6　法第66条の2第14項第二号ニに規定する政令で定める交換は、法第65条の9から第66条までの規定の適用を受ける交換とする。

　第39条の14第1項第一号中「この節」を「この条」に改め、同条第2項第一号イ(1)を次のように改める。

　第39条の14第2項第二号ロ中「当該外国関係会社に係る内国法人が法人税法第69条第8項又は第81条の15第8項の規定の適用を受ける場合に」を削り、同条第3項第一号中「並びに第39条の16第3項及び第8項」を「及び第39条の16第6項」に改める。

　第39条の15の見出し中「未処分所得の金額」を「適用対象金額」に改め、同条第1項中「次条第1項から第3項まで」を「次条第1項」に、「第一号に掲げる金額及び」を「第一号及び」に、「第三号に掲げる金額を」を「第三号及び第四号に掲げる金額の合計額を」に、「第三号に掲げる金額との」を「第三号及び第四号に掲げる金額との」に改め、同項第一号中「、第26条第1項から第4項まで、第28条」を「、第23条の2、第26条第1項から第5項まで」に改め、同項第二号中「この節」を「この条」に改め、同項に次の一号を加える。

　第39条の15第2項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同項第二号中「剰余金の配当等の額(法第66条の8第1項第二号に定める金額を含む。次項において「配当等の額」という。)」を「配当等の額」に改め、同項第十一号中「が法第57条の5又は第57条の6」を「がこれら」に改め、同項に次の一号を加える。

　第39条の15第3項第一号中「を含む」を「を含むものとし、第1項第四号に規定する子会社に該当するものを除く」に、「課税対象留保金額(以下この節において「課税対象留保金額」を「課税対象金額(以下この節において「課税対象金額」に、「個別課税対象留保金額(以下この節において「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額(次号において「個別課税対象金額」に改め、同項第二号中「課税対象留保金額又は個別課税対象留保金額」を「課税対象金額又は個別課税対象金額」に改め、同条第4項第一号を次のように改める。

　第39条の15第4項第二号中「この号並びに次条第3項及び第7項」を「第39条の19まで」に、「(次条第3項」を「(次条第2項及び第39条の19第1項」に、「剰余金の配当等の額」を「配当等の額」に改め、同条第5項を次のように改める。

5　法第66条の6第2項第二号に規定する欠損の金額及び基準所得金額に係る税額に関する調整を加えた金額は、特定外国子会社等の各事業年度の同号に規定する基準所得金額(第7項及び第8項において「基準所得金額」という。)から次に掲げる金額の合計額(同条第3項の規定の適用がある場合には、同項の規定により読み替えられた同号に規定する政令で定める費用の額の100分の10に相当する金額を加算した金額)を控除した残額とする。

　第39条の15第6項中「前項」を「前項第一号」に改め、同条第7項中「確定申告書」の下に「(次項において「確定申告書」という。)」を加え、「調整所得金額」を「基準所得金額」に改め、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項の次に次の1項を加える。

8　第1項(第四号に係る部分に限る。)又は第2項(第十七号に係る部分に限る。)の規定により基準所得金額を計算する場合において、これらの規定により当該各事業年度において控除されることとなる金額があるときは、当該各事業年度に係る確定申告書に当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、当該金額を当該各事業年度の基準所得金額の計算上控除する。ただし、その添付がなかったことについて税務署長がやむを得ない事情があると認める場合において、当該明細書の提出があったときは、この限りでない。

　第39条の16の見出し中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第1項を次のように改める。

　法第66条の6第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に掲げる内国法人に係る特定外国子会社等の各事業年度の同項に規定する適用対象金額に、当該特定外国子会社等の当該各事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該各事業年度終了の時における当該内国法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案保有株式等の占める割合を乗じて計算した金額とする。

　第39条の16第2項を削り、同条第3項第一号中「剰余金の配当等」を「法人税法第23条第1項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配(以下この条及び第39条の19第1項において「剰余金の配当等」という。)」に改め、同項第三号を削り、同項を同条第2項とし、同条第4項を削り、同条第5項を同条第3項とし、同条第6項から第9項までを2項ずつ繰り上げ、同条第10項中「読み替えて適用する同条第1項の」を「読み替えられた同条第2項第二号に規定する」に改め、同項を同条第8項とする。

　第39条の17第1項第四号中「前条第5項第一号」を「前条第3項第一号」に改め、同条第2項第二号中「合計額が」を「合計額の占める割合が」に改める。

　第39条の18の見出し中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第1項中「適用対象留保金額を」を「適用対象金額(法第66条の6第2項第二号に規定する適用対象金額をいう。以下この項並びに次条第1項及び第2項において同じ。)を」に、「適用対象留保金額(第39条の15第3項に規定する控除対象配当等の額がある場合には、当該金額を加算した金額)と当該適用対象留保金額の計算上控除される剰余金の配当等の額との合計額」を「適用対象金額(第39条の15第1項(第四号に係る部分に限る。)若しくは第2項(第十七号に係る部分に限る。)の規定により控除される同条第1項第四号に掲げる金額又は同条第3項の規定により控除される同項に規定する控除対象配当等の額がある場合には、これらの金額を加算した金額)」に、「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第3項第一号中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同項第二号中「の課税対象留保金額」を「の課税対象金額」に、「個別課税対象留保金額」を「法第68条の90第1項に規定する個別課税対象金額」に、「法第68条の90第1項」を「同項」に改め、同条第4項中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第5項及び第6項中「後の事業年度」を「開始の日後7年以内に開始するその内国法人の各事業年度」に改め、同条第7項中「第69条第10項」を「第69条第8項」に改め、同項後段を次のように改める。

　この場合において、同条第1項中「外国法人税の額に係る当該内国法人」とあるのは「外国法人税の額(租税特別措置法第66条の7第1項(内国法人における特定外国子会社等の課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第68条の91第1項(連結法人における特定外国子会社等の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)に係る当該内国法人」と、「控除対象外国法人税の額(」とあるのは「控除対象外国法人税の額(租税特別措置法第66条の7第1項(同条第2項の規定によりみなして適用する場合を含む。)の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる金額を含む。」と、「減額控除対象外国法人税額」とあるのは「減額控除対象外国法人税額(租税特別措置法施行令第39条の18第5項又は第6項(特定外国子会社等の課税対象金額に係る外国法人税額の減額)の規定により減額があったものとみなされる控除対象外国法人税の額又は個別控除対象外国法人税の額を含む。)」とする。

　第39条の18第12項から第17項までを削る。

　第39条の19の見出しを「(特定外国子会社等の特定課税対象金額の計算等)」に改め、同条第1項及び第2項を次のように改める。

　法第66条の8第3項第一号に規定する政令で定める金額は、同号に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)に係る適用対象金額(内国法人の同号に規定する事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入される課税対象金額に係るものに限る。以下この項において同じ。)に、当該特定外国子会社等の当該適用対象金額に係る事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該事業年度終了の時における当該内国法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案直接保有株式等(内国法人が有する外国法人の株式等の数又は金額(当該外国法人が請求権の内容が異なる株式等を発行している場合には、当該外国法人の発行済株式等に、当該内国法人が当該請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合を乗じて計算した数又は金額)をいう。以下この条において同じ。)の占める割合を乗じて計算した金額とする。

2　法第66条の8第3項第二号に規定する政令で定める金額は、特定外国子会社等の各事業年度の適用対象金額(内国法人の同号に規定する前10年以内の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入された課税対象金額に係るものに限る。以下この項において同じ。)に、当該特定外国子会社等の当該適用対象金額に係る各事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該各事業年度終了の時における当該内国法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案直接保有株式等の占める割合を乗じて計算した金額の合計額とする。

　第39条の19第3項及び第4項を削り、同条第5項中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「同条第1項の」を「同条第3項の」に、「同条第3項各号に定める課税済留保金額(同条第1項に規定する課税済留保金額」を「同条第5項各号に定める課税済金額(同条第3項第二号に掲げる金額」に、「個別課税済留保金額(法第68条の92第1項に規定する個別課税済留保金額」を「個別課税済金額(法第68条の92第3項第二号に掲げる金額」に、「課税済留保金額と」を「課税済金額と」に改め、同項第一号中「第66条の8第3項第一号」を「第66条の8第5項第一号」に、「同条第3項第二号」を「同条第5項第二号」に、「第7項」を「第5項」に改め、同項第三号中「第66条の8第3項第三号」を「第66条の8第5項第三号」に、「第8項」を「第6項」に改め、同項を同条第3項とし、同条第6項中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第7項中「第66条の8第3項第二号」を「第66条の8第5項第二号」に、「課税済留保金額又は個別課税済留保金額」を「課税済金額又は個別課税済金額」に改め、同項第一号中「課税済留保金額」を「課税済金額」に、「第39条の16第3項第一号に規定する請求権勘案保有株式等(以下この条において「請求権勘案保有株式等」という。)」を「請求権勘案直接保有株式等」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項第二号中「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項を同条第5項とし、同条第8項中「第66条の8第3項第三号」を「第66条の8第5項第三号」に、「課税済留保金額又は個別課税済留保金額」を「課税済金額又は個別課税済金額」に改め、同項第一号中「課税済留保金額」を「課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項第二号中「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第66条の8第3項」を「第66条の8第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項を同条第6項とし、同項の次に次の2項を加える。

7　法第66条の8第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条第1項第一号ハ中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)又は租税特別措置法第66条の8(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とする。

8　法第66条の8第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条第1項第一号ハ中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第66条の8第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。

　第39条の19第9項を削る。

　第39条の20第1項中「外国関係会社に」を「同条第2項第一号に規定する外国関係会社(以下この項及び次項において「外国関係会社」という。)に」に、「同項各号」を「同条第1項各号」に改め、同条第5項及び第6項中「第10項」を「第8項」に改める。

　第3章第8節の5を削る。

　第39条の20の8第1項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同項第一号中「第66条の9の6第2項第一号」を「第66条の9の2第2項第一号」に、「以下この項及び次項」を「次号及び次項第一号」に改め、同項第二号中「この節」を「この項及び第39条の20の4第3項」に改め、同項第三号中「第66条の9の6第2項第二号」を「第66条の9の2第2項第二号」に改め、同条第2項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同条第4項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同項第一号中「株主等をいう。以下この節」を「株主等をいう。以下この条」に改め、同条第5項及び第7項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同条第9項及び第10項中「第66条の9の6第2項第一号」を「第66条の9の2第2項第一号」に改め、同条第12項中「第66条の9の6第2項第二号」を「第66条の9の2第2項第二号」に改め、第3章第8節の6中同条を第39条の20の2とする。

　第39条の20の9の見出し中「未処分所得の金額」を「適用対象金額」に改め、同条第1項中「第66条の9の6第2項第三号」を「第66条の9の2第2項第三号」に、「並びに次条第1項及び第2項」を「及び次条第1項」に改め、同条第2項を次のように改める。

2　法第66条の9の2第2項第三号に規定する欠損の金額及び基準所得金額に係る税額に関する調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の同号に規定する基準所得金額から次に掲げる金額の合計額(同条第3項の規定の適用がある場合には、同項の規定により読み替えられた同号に規定する政令で定める費用の額の100分の10に相当する金額を加算した金額)を控除した残額とする。

　第39条の20の9第3項中「前項」を「前項第一号」に改め、同条第4項中「第39条の15第7項及び第8項」を「第39条の15第7項から第9項まで」に改め、同条を第39条の20の3とする。

　第39条の20の10の見出し中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第1項を削り、同条第2項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に、「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に、「第39条の16第2項から第4項まで」を「第39条の16第1項及び第2項」に改め、同項を同条第1項とし、同条第3項中「第39条の16第5項の」を「第39条の16第3項の」に、「第66条の9の6第2項第四号」を「第66条の9の2第2項第四号」に、「第39条の16第5項第一号」を「第39条の16第3項第一号」に改め、同項を同条第2項とし、同条第4項中「第66条の9の6第3項」を「第66条の9の2第3項」に、「読み替えて適用する同条第1項の」を「読み替えられた同条第2項第三号に規定する」に、「第39条の16第10項」を「第39条の16第8項」に改め、同項を同条第3項とし、同条を第39条の20の4とする。

　第39条の20の11第1項中「第66条の9の6第4項第一号に規定する」を「第66条の9の2第4項第一号に規定する」に改め、同項第一号から第四号までの規定中「第66条の9の6第4項第一号」を「第66条の9の2第4項第一号」に改め、同項第五号中「第66条の9の6第4項第一号」を「第66条の9の2第4項第一号」に、「第39条の20の8第4項第二号」を「第39条の20の2第4項第二号」に改め、同項第六号中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同号イからハまでの規定中「第66条の9の6第4項第一号」を「第66条の9の2第4項第一号」に改め、同条第2項中「第66条の9の6第4項第一号」を「第66条の9の2第4項第一号」に、「第66条の9の6第2項第二号」を「第66条の9の2第2項第二号」に、「第39条の20の11第1項各号」を「第39条の20の5第1項各号」に改め、同条第3項中「第66条の9の6第4項第二号」を「第66条の9の2第4項第二号」に改め、同条を第39条の20の5とする。

　第39条の20の12の見出し中「課税対象留保金額」を「課税対象金額」に改め、同条第1項中「第66条の9の7第1項」を「第66条の9の3第1項」に、「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改め、同条第2項中「第66条の9の7第1項」を「第66条の9の3第1項」に、「同条第1項から第7項まで、第10項及び第15項から第18項まで」を「同項から同条第12項まで」に改め、「及び第12項から第17項まで」を削り、同条第3項中「第66条の9の7第3項」を「第66条の9の3第3項」に改め、同条を第39条の20の6とし、同条の次に次の1条を加える。

(特定外国法人の特定課税対象金額の計算等)
第39条の20の7　法第66条の9の4第3項第一号に規定する政令で定める金額は、同号に規定する特定外国法人(次項において「特定外国法人」という。)に係る適用対象金額(特殊関係株主等である内国法人の同号に規定する事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入される同号に規定する課税対象金額に係るものに限る。)につき、第39条の19第1項の規定の例により計算した金額とする。

2　法第66条の9の4第3項第二号に規定する政令で定める金額は、特定外国法人の各事業年度の適用対象金額(特殊関係株主等である内国法人の同号に規定する前10年以内の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入された同号に規定する課税対象金額に係るものに限る。)につき、第39条の19第2項の規定の例により計算した金額とする。

3　法第66条の9の4第5項において準用する法第66条の8第5項から第8項までの規定の適用に関する事項については、第39条の19第3項から第6項までの規定の例による。

4　法第66条の9の4第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条第1項第一号ハ中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)又は租税特別措置法第66条の9の4(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とする。

5　法第66条の9の4第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条第1項第一号ハ中「益金不算入)」とあるのは、「益金不算入)(租税特別措置法第66条の9の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。

　第39条の20の13を削る。

　第39条の20の14第1項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同条第2項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に、「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改め、同条第3項中「第66条の9の6第2項第四号」を「第66条の9の2第2項第四号」に改め、同条第4項中「第66条の9の6第1項」を「第66条の9の2第1項」に改め、同条第5項中「第66条の9の6第8項」を「第66条の9の2第8項」に、「第66条の9の9」を「第66条の9の5」に、「第39条の20の8から第39条の20の10(第4項」を「第39条の20の2から第39条の20の4(第3項」に、「第39条の20の12」を「第39条の20の6」に改め、同条第6項中「第66条の9の6」を「第66条の9の2」に、「第66条の9の9」を「第66条の9の5」に、「第39条の20の8から第39条の20の10(第4項」を「第39条の20の2から第39条の20の4(第3項」に、「第39条の20の12」を「第39条の20の6」に改め、同条を第39条の20の8とする。

　第3章第8節の6を同章第8節の5とする。

　第39条の22第2項第六号中「第6条第3項の規定により同項の基本構想に定められた同項に規定する法人」を「第11条の12に規定する農地利用集積円滑化団体である同法第4条第3項第一号に規定する一般社団法人又は一般財団法人」に、「同法第4条第2項第一号」を「同号ロ」に、「同号」を「当該事業のうち同条第2項第一号」に、「同項第四号」を「同条第3項第一号ハ」に改める。

　第39条の23第1項第四号イ中「(平成10年法律第7号)」を削る。

　第39条の24を次のように改める。

(中小企業者等以外の法人の欠損金の繰戻しによる還付の不適用)
第39条の24　法第66条の13第1項第一号に規定する政令で定めるものは、保険業法第2条第10項に規定する外国相互会社とする。

2　法第66条の13第1項第三号に規定する政令で定めるものは、地方自治法第260条の2第7項に規定する認可地縁団体、建物の区分所有等に関する法律第47条第2項に規定する管理組合法人及び同法第66条の規定により読み替えられた同項に規定する団地管理組合法人、政党交付金の交付を受ける政党等に対する法人格の付与に関する法律第7条の2第1項に規定する法人である政党等、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第133条第1項に規定する防災街区整備事業組合、特定非営利活動促進法第2条第2項に規定する特定非営利活動法人並びにマンションの建替えの円滑化等に関する法律第5条第1項に規定するマンション建替組合とする。

　第39条の30の見出しを「(特別国際金融取引勘定において経理された預金等の利子の非課税)」に改め、同条を同条第3項とし、同条に第1項及び第2項として次の2項を加える。

　法第67条の11第1項に規定する債券の買戻又は売戻条件付売買取引として政令で定めるものは、法人税法施行令第180条第4項に規定する債券現先取引(次項において「債券現先取引」という。)とする。

2　法第67条の11第1項に規定する差益として政令で定めるものは、同項に規定する外国法人が同項に規定する金融機関との間で行う債券現先取引で同項に規定する特別国際金融取引勘定において経理されたものにおいて、債券を購入する際の当該購入に係る対価の額を当該債券と同種及び同量の債券を売り戻す際の当該売戻しに係る対価の額が上回る場合における当該売戻しに係る対価の額から当該購入に係る対価の額を控除した金額に相当する差益とする。

　第39条の31第2項第二号中「(平成10年法律第90号)」を削り、同条第5項第二号イ中「第9条第1項第一号イからホまで」を「第9条第1項第一号イからハまで、ホ及びヘ」に、「同号ト」を「同号チ」に改め、同号ロ中「第9条の2第1項第一号イ、ロ、ホ及びヘ」を「第9条の2第1項第一号イからハまで、ヘ及びト」に、「同号チ」を「同号リ」に改める。

　第39条の32第2項第二号イ中「第9条第1項第一号イからホまで」を「第9条第1項第一号イからハまで、ホ及びヘ」に、「同号ト」を「同号チ」に改め、同号ロ中「第9条の2第1項第一号イ、ロ、ホ及びヘ」を「第9条の2第1項第一号イからハまで、ヘ及びト」に、「同号チ」を「同号リ」に改める。

　第39条の32の2第13項を同条第14項とし、同条第8項から第12項までを1項ずつ繰り下げ、同条第7項第二号中「資産流動化法第2条第12項に規定する」を削り、「機関投資家」の下に「又は特定債権流動化特定目的会社」を加え、同項を同条第8項とし、同条第6項中「配当可能所得の金額」を「配当可能利益の額」に改め、同項第一号中「資産流動化法第2条第1項に規定する」を削り、同項を同条第7項とし、同条第5項を削り、同条第4項を同条第5項とし、同項の次に次の1項を加える。

6　法第67条の14第1項第二号ホに規定する配当可能利益の額として政令で定める金額は、資産流動化法第114条第1項の規定によりその限度とされる金額として財務省令で定めるところにより計算した金額とする。

　第39条の32の2第3項中「同項に規定する」及び「(以下この条において「特定目的会社」という。)」を削り、同項を同条第4項とし、同条第2項中「資産の流動化に関する法律(以下この条において「資産流動化法」という。)」を「資産流動化法」に改め、「(同号ロ(1)に規定する特定社債をいう。以下この項及び第6項において同じ。)」を削り、同項を同条第3項とし、同条第1項の次に次の1項を加える。

2　法第67条の14第1項第一号ロ(2)に規定する政令で定めるものは、金融商品取引法第2条第3項第一号に規定する適格機関投資家である資産の流動化に関する法律(以下この条において「資産流動化法」という。)第2条第3項に規定する特定目的会社(以下この条において「特定目的会社」という。)で、資産流動化法第2条第1項に規定する特定資産(第一号及び第7項において「特定資産」という。)が次に掲げる資産のみであるもの(第8項において「特定債権流動化特定目的会社」という。)とする。

　第39条の32の3第8項を削り、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項中「以下この項において「金銭の分配の額」という」を「みなし配当等の額を含む」に、「前項の規定により計算した当該各事業年度の所得の金額に第一号に掲げる金額から」を「前項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額に第一号に掲げる金額を加算し、これから」に、「控除した金額を加えた金額」を「減算した金額」に改め、同項第一号中「係る」の下に「投資法人法第137条第1項の規定による」を加え、「投資法人法第137条第3項」を「同条第3項」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項を削り、同条第4項第一号中「投資法人法第2条第16項に規定する」を削り、「「投資主」という」を「同じ」に改め、同項を同条第5項とし、同項の次に次の1項を加える。

6　法第67条の15第1項第二号ホに規定する配当可能利益の額として政令で定める金額は、投資法人法第136条に規定する利益の額として財務省令で定めるところにより計算した金額とする。 　第39条の32の3第3項を同条第4項とし、同条第2項中「投資信託及び投資法人に関する法律(以下この条において「投資法人法」という。)」を「投資法人法」に、「第4項」を「第5項」に改め、同項を同条第3項とし、同条第1項を同条第2項とし、同条に第1項として次の1項を加える。

　法第67条の15第1項に規定するその他の政令で定める金額は、法人税法第24条の規定により利益の配当とみなされる金額及び合併に際して当該合併に係る被合併法人の投資信託及び投資法人に関する法律(以下この条において「投資法人法」という。)第2条第16項に規定する投資主(第5項及び第7項において「投資主」という。)に対する利益の配当として交付された金銭の額(第7項において「みなし配当等の額」という。)とする。

　第39条の33の2中「第67条の17第2項」を「第67条の18第2項」に改め、同条第一号中「第67条の17第1項」を「第67条の18第1項」に、「とき。」を「とき」に改め、同条第二号から第四号までの規定中「とき。」を「とき」に改め、同条を第39条の33の4とする。

　第39条の33第1項中「第67条の16第2項」を「第67条の17第2項」に改め、同条第2項中「第67条の16第3項」を「第67条の17第5項」に改め、同項第一号中「償還差益」を「法第41条の12第7項に規定する償還差益(次号において「償還差益」という。)」に、「同号」を「法人税法第141条第一号」に改め、同項を同条第3項とし、同条第1項の次に次の1項を加える。

2　法第67条の17第3項に規定する政令で定める償還差益は、次に掲げる償還差益とする。

　第39条の33を第39条の33の3とする。

　第39条の32の3の次に次の2条を加える。

(外国組合員に対する課税の特例)
第39条の33　法第67条の16第3項に規定する外国法人は、同項に規定する書類を、同項に規定する国内源泉所得に係る所得の金額を有することとなった日を含む事業年度に係る法人税法第145条第1項において準用する同法第74条第1項の規定による申告書の提出期限までに、納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。

2　投資組合契約(法第41条の21第2項第一号に規定する投資組合契約をいう。以下この条及び次条において同じ。)を締結している組合員である外国法人であって当該投資組合契約の締結の時において法第41条の21第1項第五号に掲げる要件(以下この項及び次項において「第五号要件」という。)を満たしていない者が、当該投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、当該投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して同条第1項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているときにおける当該投資組合契約についての法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第3項の規定の適用については、同項中「の締結の日」とあるのは「につき第1項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日」と、「第1項各号」とあるのは「同項各号」とする。

3　二以上の投資組合契約を締結している組合員である外国法人であってそれぞれの投資組合契約の締結の時において第五号要件を満たしていない者が、当該二以上の投資組合契約のうち一の投資組合契約以外の投資組合契約(以下この項において「他の投資組合契約」という。)に基づいて国内において事業を行っていないとしたならば当該一の投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、それぞれの投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して法第41条の21第1項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているときにおける当該一の投資組合契約についての法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第3項の規定の適用については、同項中「の締結の日」とあるのは「につき第1項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日」と、「第1項各号」とあるのは「同項各号」と、「その提出の日以後」とあるのは「当該外国法人が締結しているすべての投資組合契約につき特例適用申告書を提出した日以後」とする。

4　法第67条の16第1項の規定の適用を受けようとする外国法人が法第41条の21第3項の規定により同項に規定する特例適用申告書を提出した場合又は同条第7項の規定により同項に規定する変更申告書を提出した場合には、それぞれ、法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第3項の規定により同項に規定する特例適用申告書を提出し、又は法第67条の16第2項において準用する法第41条の21第7項の規定により同項に規定する変更申告書を提出したものとみなす。

(恒久的施設を有しない外国組合員の課税所得の特例)
第39条の33の2　法人税法第141条第四号に掲げる外国法人(以下この条において「国内に恒久的施設を有しない外国法人」という。)が、特例適用投資組合契約等(特例適用投資組合契約(法第67条の16第1項の規定の適用を受ける外国法人が締結している当該適用に係る投資組合契約をいう。以下この項において同じ。)及び投資組合契約(当該国内に恒久的施設を有しない外国法人が特例適用投資組合契約以外の投資組合契約につき第一号及び第二号に掲げる要件を満たす場合の当該投資組合契約に限る。以下この項において同じ。)をいう。以下この条において同じ。)を締結している場合において、法人税法施行令第187条第6項各号に掲げる要件を満たす内国法人の株式又は出資の譲渡をしたとき(同条第7項の規定により同条第6項第二号に掲げる要件を満たす同号に規定する株式又は出資の譲渡をしたものとされる場合を含むものとし、当該内国法人の株式又は出資につき第三号に掲げる要件を満たす場合に限る。)は、当該内国法人の株式又は出資の譲渡については、同項及び同条第7項に規定する特殊関係株主等には、当該特例適用投資組合契約等に係る同条第4項第三号に掲げる者は含まれないものとして、同条の規定を適用する。

2　国内に恒久的施設を有しない外国法人が、その締結している特例適用投資組合契約等に係る法第41条の21第2項第四号に規定する組合財産(次項において「投資組合財産」という。)である内国法人の株式又は出資で第26条の31第3項各号に掲げるものを譲渡した場合には、当該株式又は出資の譲渡については、前項の規定は、適用しない。

3　第26条の31第4項の規定は、国内に恒久的施設を有しない外国法人が譲渡した投資組合財産である内国法人の株式又は出資が同条第3項第一号に掲げる株式又は出資に該当するかどうかの判定について準用する。

4　第26条の31第5項の規定は、国内に恒久的施設を有しない外国法人が第1項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第5項中「氏名及び住所(国内に居所を有する国内に恒久的施設を有しない非居住者にあっては、居所)」とあるのは「名称及び本店又は主たる事務所の所在地」と、「譲渡年の翌年3月15日」とあるのは「譲渡の日を含む法第2条第2項第十九号に規定する事業年度に係る法人税法第145条第1項において準用する同法第74条第1項の規定による申告書の提出期限」と読み替えるものとする。

　第39条の35の2第1項中「特定資産」の下に「(第5項において「特定資産」という。)」を加え、同条第5項を次のように改める。

5　法第68条の3の2第1項第二号ロに規定する分配可能利益の額として政令で定める金額は、特定資産の管理又は処分により得られる利益の額として財務省令で定めるところにより計算した金額とする。

　第39条の35の2第6項中「前項の規定により計算した当該各事業年度の所得の金額に、」を「前項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額に」に、「又は」を「これから」に改め、同項第二号中「前項の規定により計算した当該受託法人の当該事業年度の所得の金額」を「前項に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額」に改め、同条第9項中「第68条の3の2第10項」を「第68条の3の2第9項」に、「同条第1項、第2項、第6項、第8項及び第9項」を「同条第1項から第3項まで、第7項及び第8項」に改め、同条に次の1項を加える。

14　法第68条の3の2第10項に規定する外国特定目的信託の利益分配の額が法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は法第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受けるものである場合における法第68条の3の2第10項の規定の適用については、同項中「次項」とあるのは「以下この項及び次項」と、「)は、法人税法」とあるのは「)(第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人(同法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受ける外国特定目的信託の利益分配の額(第66条の8第3項に規定する特定課税対象金額に達するまでの金額又は第66条の9の4第3項に規定する特定課税対象金額に達するまでの金額に限る。)を除く。)は、同法」とする。

　第39条の35の3第5項中「分配可能所得の金額」を「分配可能収益の額」に改め、同項第二号中「法第68条の3の3第1項の規定を適用しないで計算した場合の当該事業年度の所得の金額(ロにおいて「適用前所得金額」という。)に、」を「当該事業年度における収益の額として財務省令で定めるところにより計算した金額(ロにおいて「分配可能収益額」という。)に」に、「又は」を「これから」に改め、同号ロ中「適用前所得金額」を「分配可能収益額」に改め、同条第8項中「第68条の3の3第10項」を「第68条の3の3第9項」に、「同条第1項、第2項、第6項、第8項及び第9項」を「同条第1項から第3項まで、第7項及び第8項」に改め、同条に次の1項を加える。

13　法第68条の3の3第10項に規定する外国特定投資信託の収益分配の額が法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は法第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受けるものである場合における法第68条の3の3第10項の規定の適用については、同項中「次項」とあるのは「以下この項及び次項」と、「)は、法人税法」とあるのは「)(第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人(同法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受ける外国特定投資信託の収益分配の額(第66条の8第3項に規定する特定課税対象金額に達するまでの金額又は第66条の9の4第3項に規定する特定課税対象金額に達するまでの金額に限る。)を除く。)は、同法」とする。

　第39条の35の5第3項中「第57条まで」を「第56条まで」に改める。

　第39条の36第4項第一号ハ中「水産業協同組合法」の下に「(昭和23年法律第242号)」を加える。

　第39条の37第1項中「(平成6年法律第106号)」を削る。

第3章第9節の次に次の1節を加える。
　　第9節の2　中小企業者等である連結法人の法人税率の特例

第39条の38の2　法第68条の8第1項(同項の表の第二号及び第三号に係る部分に限る。)の規定の適用がある場合における法人税法第81条の18第2項の規定の適用については、同項中「第81条の12第2項(各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率)」とあるのは「租税特別措置法第68条の8第1項(同項の表の第二号及び第三号に係る部分に限る。)(中小企業者等である連結法人の法人税率の特例)」と、「同条」とあるのは「第81条の12第3項(各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率)並びに同法第68条の8第1項及び第68条の100第1項(特定の医療法人である連結親法人の法人税率の特例)」と、「同項に」とあるのは「同表の第二号及び第三号に」とする。

　第39条の39第36項の表第134条の2第2項の項を削る。

　第39条の40第8項中「第68条の10第11項」を「第68条の10第13項」に改め、同条第9項中「第68条の10第12項」を「第68条の10第14項」に改め、同条第10項の表第134条の2第2項の項を削る。

　第39条の41第8項の表第134条の2第2項の項を削る。

　第39条の42第5項中「財務大臣が指定する機械及び装置並びに器具及び備品で当該特定旅館業の用に供されるもの」を「特定旅館業用指定設備」に改め、同条第16項の表第134条の2第2項の項を削る。

　第39条の43第7項の表第134条の2第2項の項、第39条の44第6項の表第134条の2第2項の項及び第39条の45第8項の表第134条の2第2項の項を削る。

　第39条の46第5項中「財務大臣が指定するものとし、同号の下欄に規定する政令で定めるものは、鋼船(船舶のトン数の測度に関する法律第4条第1項に規定する国際総トン数が3,000トン以上のものに限る。)のうち前項に規定する海洋運輸業の用に供されるもので第28条第5項の規定により財務大臣が」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改め、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項各号中「第28条第6項」を「第28条第7項」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項の次に次の1項を加える。

6　法第68条の16第1項の表の第二号の下欄に規定する事業の経営の合理化に著しく資するものとして政令で定めるものは、鋼船(船舶のトン数の測度に関する法律第4条第1項に規定する国際総トン数が3,000トン以上のものに限る。)のうち第4項に規定する海洋運輸業の用に供されるものとし、同欄に規定する環境への負荷の低減に著しく資するものとして政令で定めるものは、第28条第6項の規定により国土交通大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

　第39条の47を次のように改める。
第39条の47　削除

　第39条の51の見出しを「(事業革新設備等の特別償却)」に改め、同条第1項第一号中「産業活力再生特別措置法」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法」に、「第2条第2項第一号イ」を「第2条第2項」に、「以下この項」を「第三号及び第3項」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「産業活力再生特別措置法第10条第2項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第8条第2項」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号を削り、同項第五号中「産業活力再生特別措置法第14条第2項」を「産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第10条第2項」に改め、同号を同項第三号とし、同条に次の2項を加える。

3　法第68条の21第2項第一号に規定する政令で定める連結法人は、産業活力の再生及び産業活動の革新に関する特別措置法第12条第2項に規定する認定資源生産性革新計画(同法第2条第8項第二号に掲げる事業活動を含む同項に規定する資源生産性革新について記載があるものに限る。以下この項において「認定資源生産性革新計画」という。)に記載された関係事業者である連結法人及び認定資源生産性革新計画に従って合併により設立された連結法人とする。

4　法第68条の21第2項に規定する連結親法人又はその連結子法人が、その取得し、又は製作し、若しくは建設した機械及び装置その他の減価償却資産につき同項の規定の適用を受ける場合には、当該機械及び装置その他の減価償却資産につき同項の規定の適用を受ける連結事業年度の連結確定申告書等に当該機械及び装置その他の減価償却資産が同項に規定する資源需給構造変化対応設備等に該当するものであることを証する財務省令で定める書類を添付しなければならない。

　第39条の52第2項中「電気通信基盤充実臨時措置法第2条第1項各号に掲げる電気通信設備又は同条第5項に規定する有線テレビジョン放送施設のうち同表の第一号の上欄に規定する電気通信事業者の事業所(電気信号の伝送又は交換に関する業務を取り扱う事業所に限る。)と利用者との間又は同欄に規定する有線テレビジョン放送事業者の事業所と受信者との間における電気信号の伝送又は変換の効率化に資する効果が著しいものとして財務省令で定めるもので、同法」を「第28条の7第2項の規定により総務大臣が財務大臣と協議して指定するもので、電気通信基盤充実臨時措置法」に改め、同条第3項中「電気通信基盤充実臨時措置法第2条第1項各号に掲げる電気通信設備のうち同表の第二号の上欄に規定する電気通信事業者又は有線放送電話業者の事業所と利用者との間における電気信号の伝送の高速化及び広帯域化に資する効果が著しいものとして財務省令で定めるもので、同法」を「第28条の7第3項の規定により総務大臣が財務大臣と協議して指定するもので、電気通信基盤充実臨時措置法」に改め、同条第6項を次のように改める。

6　法第68条の23第1項の表の第三号の中欄に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる連結法人の区分に応じ当該各号に定める設備とする。

　第39条の53から第39条の55までを次のように改める。

(新用途米穀加工品等製造設備の特別償却)
第39条の53　法第68条の26第1項に規定する政令で定めるものは、第28条の8の2第1項の規定により農林水産大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

2　法第68条の26第1項に規定する連結親法人又はその連結子法人が、その取得し、又は製作した機械及び装置につき同項の規定の適用を受ける場合には、当該機械及び装置につき同項の規定の適用を受ける連結事業年度の連結確定申告書等に当該機械及び装置が同項に規定する新用途米穀加工品等製造設備に該当するものであることを証する財務省令で定める書類を添付しなければならない。

第39条の54及び第39条の55　削除

　第39条の58第1項中「医療用の機械及び装置並びに器具及び備品は」を「規模のものは」に改め、同条第4項中「第28条の10第6項」を「第28条の10第8項」に改め、同項を同条第6項とし、同条第3項を同条第5項とし、同条第2項中「第28条の10第2項各号に掲げる機械及び装置並びに器具及び備品」を「第28条の10第3項の規定により厚生労働大臣が財務大臣と協議して指定するもの」に改め、同項を同条第3項とし、同項の次に次の1項を加える。

4　法第68条の29第1項第三号に規定する政令で定めるものは、第28条の10第4項の規定により厚生労働大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。

　第39条の58第1項の次に次の1項を加える。

2　法第68条の29第1項第一号に規定する政令で定めるものは、第28条の10第2項各号に掲げる医療用の機械及び装置並びに器具及び備品とする。

　第39条の64第1項中「部分は、次に掲げる部分」を「ものは、地上階数4以上の中高層の耐火建築物(建築基準法第2条第九号の二に規定する耐火建築物をいう。第3項及び第5項において同じ。)である施設建築物(都市再開発法第2条第六号に規定する施設建築物をいう。以下この項において同じ。)が建築される施行地区(都市再開発法第2条第三号に規定する施行地区をいう。)において建築される施設建築物(次に掲げる部分を除く。)」に改め、同項第一号中「同法第2条第六号に規定する」及び「(以下この項において「施設建築物」という。)」を削り、同条第3項中「(建築基準法第2条第九号の二に規定する耐火建築物をいう。第5項において同じ。)」を削る。

　第39条の67に次の1項を加える。

2　法第68条の38第1項に規定する政令で定める規模のものは、その資本金の額又は出資金の額が1億円を超え、かつ、常時使用する従業者の数が300人を超えるものとする。

　第39条の69第1項第一号を削り、同項第二号を同項第一号とし、同項第三号から第五号までを一号ずつ繰り上げ、同項に次の一号を加える。

　第39条の69第3項第二号を削り、同項第三号中「第九号」を「第八号」に改め、同号を同項第二号とし、同項第四号中「第十号」を「第九号」に改め、同号を同項第三号とし、同項第五号中「第十一号」を「第十号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第六号中「第十二号」を「第十一号」に改め、同号を同項第五号とし、同号の次に次の一号を加える。

　第39条の69第3項第八号を削り、同項第九号を同項第八号とし、同項第十号から第十二号までを一号ずつ繰り上げ、同項に次の一号を加える。

　第39条の71第1項第一号を削り、同項第二号を同項第一号とし、同項第三号を同項第二号とし、同項第四号を同項第三号とし、同項第五号を同項第四号とし、同号の次に次の一号を加える。

　第39条の74第12項を同条第13項とし、同条第11項を同条第12項とし、同条第10項中「第2項及び第7項」を「第3項及び第8項」に改め、同項を同条第11項とし、同条第9項中「第4項」を「第5項」に、「で法第55条の6第1項」を「で、同項」に、「法第68条の45第1項又は第8項」を「同項又は同条第8項」に、「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「第7項各号」を「第8項各号」に、「第32条の4第9項各号(同条第10項」を「第32条の4第8項各号(同条第9項」に、「第5項」を「第6項」に改め、同項を同条第10項とし、同条第8項中「(法第55条の6第1項の表の第二号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同条第1項の表の第二号の上欄に掲げるもの」に、「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「石炭等(同項第二号イに規定する石炭等をいう。次号において同じ。)」を「石炭」に改め、「、「石炭等が」とあるのは「石炭等(法第68条の45第2項第二号イに規定する石炭等をいう。)が」と」を削り、同項を同条第9項とし、同条第7項中「(法第55条の6第1項の表の第二号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同条第1項の表の第二号の上欄に掲げるもの」に改め、同項第一号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「石炭等(同項第二号イに規定する石炭等をいう。次号において同じ。)」を「石炭」に改め、同項第二号中「露天石炭等採掘場」を「露天石炭採掘場」に、「露天石炭等採掘災害防止費用の見積額」を「露天石炭採掘災害防止費用の見積額」に、「採掘された石炭等」を「採掘された石炭」に改め、同項を同条第8項とし、同条第6項中「同号イに規定する露天石炭等採掘場(以下第9項までにおいて「露天石炭等採掘場」を「同条第1項の表の第二号に規定する露天石炭採掘場(以下第10項までにおいて「露天石炭採掘場」に、「(法第55条の6第1項の表の第二号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同号の上欄に掲げるもの」に、「当該露天石炭等採掘場」を「当該露天石炭採掘場」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項を同条第6項とし、同条第4項中「で法第55条の6第1項」を「で、同項」に、「法第68条の45第1項又は第8項」を「同項又は同条第8項」に、「第2項各号」を「第3項各号」に、「第32条の4第4項各号(同条第5項」を「第32条の4第3項各号(同条第4項」に改め、同項を同条第5項とし、同条第3項中「(法第55条の6第1項の表の第一号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同条第1項の表の第一号の上欄に掲げるもの」に、「同項第一号イ」を「同条第1項の表の第一号」に、「第68条の45第2項第一号イ」を「第68条の45第1項の表の第一号」に改め、同項を同条第4項とし、同条第2項中「(法第55条の6第1項の表の第一号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同条第1項の表の第一号の上欄に掲げるもの」に改め、同項第一号中「同項第一号イ」を「同条第1項の表の第一号」に改め、同項を同条第3項とし、同条第1項中「同号イ」を「同条第1項の表の第一号」に、「第4項まで」を「以下第5項まで」に、「(法第55条の6第1項の表の第一号の上欄に掲げるものに限る。)」を「で、同号の上欄に掲げるもの」に改め、同項を同条第2項とし、同条に第1項として次の1項を加える。

　法第68条の45第1項の表の第二号に規定する政令で定める場所は、露天掘による石炭の採掘のために鉱業法第63条第1項の規定により届出をした同項の施業案又は同条第2項(同法第87条において準用する場合を含む。)の規定により認可を受けた同項の施業案に記載された鉱山保安法第2条第2項に規定する鉱山とする。

　第39条の77から第39条の80までを次のように改める。
第39条の77から第39条の80まで　削除

　第39条の86の見出しを「(中小連結法人の貸倒引当金の特例)」に改め、同条第3項第四号中「及び割賦購入あっせん業(同条第3項第一号又は第二号に規定する割賦購入あっせん」を「並びに包括信用購入あっせん業(同条第3項に規定する包括信用購入あっせん(同項第一号に掲げるものに限る。)を行う事業をいう。)及び個別信用購入あっせん業(同条第4項に規定する個別信用購入あっせん」に改める。

　第39条の90第6項中「第68条の93の7第3項並びに第39条の118第14項(第39条の120の12第2項においてその例による場合を含む。)」を「第68条の93の3第3項」に改め、「第81条の5、」を削る。

　第39条の97第10項及び第17項中「第十七号」を「第十六号」に改める。

　第39条の101第4項第四号中「第5条第1項第三号」を「第5条第1項第六号」に改める。

　第3章第20節の次に次の1節を加える。
　　第20節の2　連結法人の特定の長期所有土地等の連結所得の特別控除

第39条の104の2　第39条の102第1項の規定は、法第68条の76の2第1項に規定する譲渡をした土地等の譲渡に要した経費で当該対価又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額の計算について準用する。

2　法第68条の76の2第7項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人又は法人は、適用連結法人(同条第1項に規定する土地等の取得をした連結親法人又はその連結子法人をいう。以下この項において同じ。)に係る適用連結親法人(適用連結法人が連結親法人である場合には当該連結親法人をいい、適用連結法人が連結子法人である場合には当該連結子法人と連結完全支配関係がある連結親法人をいう。以下この項において同じ。)の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。)の1人及びその同族関係者(次に掲げる者をいう。以下この項において同じ。)により当該適用連結親法人を支配している場合の当該株主等及び当該株主等の同族関係者並びに適用連結親法人が他の法人を直接又は間接に支配する関係がある場合の当該他の法人とする。

3　前項に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。

4　法人税法施行令第4条第3項及び第6項の規定は、第2項に規定する適用連結親法人を支配している場合、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。

5　法第68条の76の2第7項第一号に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。

6　法第68条の76の2第7項第二号に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第138条第1項の規定により法人税法第81条の3第1項に規定する個別損金額を計算する場合における同項の規定に該当する場合とする。

7　法第68条の76の2第1項の規定の適用がある場合における連結利益積立金額又は同項に規定する連結親法人若しくはその連結子法人の連結個別利益積立金額の計算については、同項の規定により損金の額に算入される金額は、当該連結親法人又はその連結子法人の法人税法施行令第9条の2第1項第一号イに規定する個別所得金額に含まれるものとする。

8　法第68条の76の2第1項の規定の適用がある場合において、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第68条の76の2第1項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとする。

　第39条の105第2項中「又は第68条の76第1項」を「、第68条の76第1項又は第68条の76の2第1項」に改める。

　第39条の106第7項第三号中「第4条第2項に規定する農地保有合理化法人(当該農地保有合理化法人」を「第8条第1項に規定する農地保有合理化法人又は同法第11条の12に規定する農地利用集積円滑化団体(当該農地保有合理化法人又は農地利用集積円滑化団体」に、「同項第一号」を「同法第4条第2項第一号又は第3項第一号ロ」に改め、同条第10項中「財務大臣が」を「国土交通大臣が財務大臣と協議して」に改める。

　第3章第22節中第39条の109の3の次に次の1条を加える。

(平成21年及び平成22年に土地等の先行取得をした場合の課税の特例)
第39条の109の4　法第68条の85の4第14項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人又は法人は、適用連結法人(同条第1項に規定する先行取得土地等の取得をした連結親法人又はその連結子法人をいう。以下この項において同じ。)に係る適用連結親法人(適用連結法人が連結親法人である場合には当該連結親法人をいい、適用連結法人が連結子法人である場合には当該連結子法人と連結完全支配関係がある連結親法人をいう。以下この項において同じ。)の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。)の1人及びその同族関係者(次に掲げる者をいう。以下この項において同じ。)により当該適用連結親法人を支配している場合の当該株主等及び当該株主等の同族関係者並びに適用連結親法人が他の法人を直接又は間接に支配する関係がある場合の当該他の法人とする。

2　前項に規定する直接又は間接に支配する関係とは、一方の者と他方の者との間に当該他方の者が次に掲げる法人に該当する関係がある場合における当該関係をいう。

	一	当該一方の者が法人を支配している場合における当該法人
	二	前号若しくは次号に掲げる法人又は当該一方の者及び前号若しくは次号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	三	前号に掲げる法人又は当該一方の者及び同号に掲げる法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人

3　法人税法施行令第4条第3項及び第6項の規定は、第1項に規定する適用連結親法人を支配している場合、前項第一号に規定する法人を支配している場合及び同項第二号又は第三号に規定する他の法人を支配している場合について準用する。

4　法第68条の85の4第14項第一号に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。

5　法第68条の85の4第14項第二号に規定する政令で定める場合は、法人税法施行令第138条第1項の規定により法人税法第81条の3第1項に規定する個別損金額を計算する場合における同項の規定に該当する場合とする。

6　法第68条の85の4第14項第二号ニに規定する政令で定める交換は、法第68条の80から第68条の85の3までの規定の適用を受ける交換とする。

7　法第68条の85の4第1項又は第7項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第68条の85の4第1項又は第7項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとする。

　第39条の114第1項第一号中「この節」を「この条」に改め、同条第2項第一号イ(1)を次のように改める。

　第39条の114第2項第二号ロ中「当該外国関係会社に係る内国法人が法人税法第69条第8項又は第81条の15第8項の規定の適用を受ける場合に」を削る。

　第39条の115の見出し中「未処分所得の金額」を「適用対象金額」に改め、同条第1項中「次条第1項から第3項まで」を「次条第1項」に、「第一号に掲げる金額及び」を「第一号及び」に、「第三号に掲げる金額を」を「第三号及び第四号に掲げる金額の合計額を」に、「第三号に掲げる金額との」を「第三号及び第四号に掲げる金額との」に改め、同項第一号中「、第26条第1項から第4項まで、第28条」を「、第23条の2、第26条第1項から第5項まで」に改め、同項第二号中「この節」を「この条」に改め、同項に次の一号を加える。

　第39条の115第2項中「が同項」を「がこれらの規定」に、「第十六号」を「第十七号」に改め、同項第二号中「剰余金の配当等の額(法第68条の92第1項第二号に定める金額を含む。次項において「配当等の額」という。)」を「配当等の額」に改め、同項第五号中「次条第5項」を「次条第3項」に改め、同項に次の一号を加える。

　第39条の115第3項第一号中「を含む」を「を含むものとし、第1項第四号に規定する子会社に該当するものを除く」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に、「課税対象留保金額(以下この節において「課税対象留保金額」を「課税対象金額(次号において「課税対象金額」に改め、同項第二号中「個別課税対象留保金額又は課税対象留保金額」を「個別課税対象金額又は課税対象金額」に改め、同条第4項第一号を次のように改める。

　第39条の115第4項第二号中「次条第3項」を「次条第2項」に、「剰余金の配当等の額」を「配当等の額」に改め、同条第5項を次のように改める。

5　法第68条の90第2項第二号に規定する欠損の金額及び基準所得金額に係る税額に関する調整を加えた金額は、特定外国子会社等の各事業年度の同号に規定する基準所得金額(第7項及び第8項において「基準所得金額」という。)から次に掲げる金額の合計額(同条第3項の規定の適用がある場合には、同項の規定により読み替えられた同号に規定する政令で定める費用の額の100分の10に相当する金額を加算した金額)を控除した残額とする。

　第39条の115第6項中「前項」を「前項第一号」に改め、同条第7項中「連結確定申告書」の下に「(次項において「連結確定申告書」という。)」を加え、「調整所得金額」を「基準所得金額」に改め、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項の次に次の1項を加える。

8　第1項(第四号に係る部分に限る。)又は第2項(第十七号に係る部分に限る。)の規定により基準所得金額を計算する場合において、これらの規定により当該各事業年度において控除されることとなる金額があるときは、当該各事業年度に係る連結確定申告書に当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、当該金額を当該各事業年度の基準所得金額の計算上控除する。ただし、その添付がなかったことについて連結親法人の納税地の所轄税務署長がやむを得ない事情があると認める場合において、当該明細書の提出があったときは、この限りでない。

　第39条の116の見出し中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第1項を次のように改める。

　法第68条の90第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に掲げる連結法人に係る特定外国子会社等の各事業年度の同項に規定する適用対象金額に、当該特定外国子会社等の当該各事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該各事業年度終了の時における当該連結法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案保有株式等の占める割合を乗じて計算した金額とする。

　第39条の116第2項を削り、同条第3項第一号中「剰余金の配当等の額」を「法人税法第23条第1項第一号に掲げる金額(次号イにおいて「剰余金の配当等の額」という。)」に改め、同項第二号イ中「以下この条」を「イ」に改め、同項第三号を削り、同項を同条第2項とし、同条第4項を削り、同条第5項中「読み替えて適用する同条第1項の」を「読み替えられた同条第2項第二号に規定する」に改め、同項を同条第3項とする。

　第39条の117第1項第四号中「第39条の16第5項第一号」を「第39条の16第3項第一号」に改め、同条第2項第二号中「合計額が」を「合計額の占める割合が」に改める。

　第39条の118の見出し中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第1項中「適用対象留保金額を」を「適用対象金額(法第68条の90第2項第二号に規定する適用対象金額をいう。以下この項並びに次条第1項及び第2項において同じ。)を」に、「適用対象留保金額(第39条の115第3項に規定する控除対象配当等の額がある場合には、当該金額を加算した金額)と当該適用対象留保金額の計算上控除される剰余金の配当等の額との合計額」を「適用対象金額(第39条の115第1項(第四号に係る部分に限る。)若しくは第2項(第十七号に係る部分に限る。)の規定により控除される同条第1項第四号に掲げる金額又は同条第3項の規定により控除される同項に規定する控除対象配当等の額がある場合には、これらの金額を加算した金額)」に、「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第3項第一号中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同項第二号中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に、「の課税対象留保金額」を「の法第66条の6第1項に規定する課税対象金額」に、「法第66条の6第1項」を「同項」に改め、同条第4項中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第5項及び第6項中「後の連結事業年度」を「開始の日後7年以内に開始するその連結法人の各連結事業年度」に改め、同条第7項中「第81条の15第10項」を「第81条の15第8項」に、「第155条の39」を「第155条の35」に改め、同項後段を次のように改める。

　この場合において、同条第1項中「外国法人税の額に係る当該連結法人」とあるのは「外国法人税の額(租税特別措置法第68条の91第1項(連結法人における特定外国子会社等の個別課税対象金額に係る外国税額の控除)又は第66条の7第1項(内国法人における特定外国子会社等の課税対象金額に係る外国税額の控除)に規定する特定外国子会社等の所得に対して課される外国法人税の額のうちこれらの規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額を含む。以下この項において同じ。)に係る当該連結法人」と、「個別控除対象外国法人税の額(」とあるのは「個別控除対象外国法人税の額(租税特別措置法第68条の91第1項(同条第2項の規定によりみなして適用する場合を含む。)の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる金額を含む。」と、「個別減額控除対象外国法人税額」とあるのは「個別減額控除対象外国法人税額(租税特別措置法施行令第39条の118第5項又は第6項(特定外国子会社等の個別課税対象金額に係る外国法人税額の減額)の規定により減額があったものとみなされる個別控除対象外国法人税の額又は控除対象外国法人税の額を含む。)」とする。

　第39条の118第10項中「第155条の39第1項」を「第155条の35第1項」に改め、同条第12項から第17項までを削る。

　第39条の119の見出しを「(特定外国子会社等の特定個別課税対象金額の計算等)」に改め、同条第1項及び第2項を次のように改める。

　法第68条の92第3項第一号に規定する政令で定める金額は、同号に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)に係る適用対象金額(連結法人の同号に規定する連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入される個別課税対象金額に係るものに限る。以下この項において同じ。)に、当該特定外国子会社等の当該適用対象金額に係る事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該事業年度終了の時における当該連結法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案直接保有株式等(第39条の19第1項に規定する請求権勘案直接保有株式等をいう。以下この条において同じ。)の占める割合を乗じて計算した金額とする。

2　法第68条の92第3項第二号に規定する政令で定める金額は、特定外国子会社等の各事業年度の適用対象金額(連結法人の同号に規定する前10年以内の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された個別課税対象金額に係るものに限る。以下この項において同じ。)に、当該特定外国子会社等の当該適用対象金額に係る各事業年度終了の時における発行済株式等のうちに当該各事業年度終了の時における当該連結法人の有する当該特定外国子会社等の請求権勘案直接保有株式等の占める割合を乗じて計算した金額の合計額とする。

　第39条の119第3項及び第4項を削り、同条第5項中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「同条第1項の」を「同条第3項の」に、「同条第3項各号に定める個別課税済留保金額(同条第1項に規定する個別課税済留保金額」を「同条第5項各号に定める個別課税済金額(同条第3項第二号に掲げる金額」に、「課税済留保金額(法第66条の8第1項に規定する課税済留保金額」を「課税済金額(法第66条の8第3項第二号に掲げる金額」に、「個別課税済留保金額と」を「個別課税済金額と」に改め、同項第一号中「第68条の92第3項第一号」を「第68条の92第5項第一号」に、「同条第3項第二号」を「同条第5項第二号」に、「第7項」を「第5項」に改め、同項第三号中「第68条の92第3項第三号」を「第68条の92第5項第三号」に、「第8項」を「第6項」に改め、同項第四号中「同号に規定する」を削り、同項を同条第3項とし、同条第6項中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第7項中「第68条の92第3項第二号」を「第68条の92第5項第二号」に、「個別課税済留保金額又は課税済留保金額」を「個別課税済金額又は課税済金額」に改め、同項第一号中「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「第39条の116第3項第一号に規定する請求権勘案保有株式等(以下この条において「請求権勘案保有株式等」という。)」を「請求権勘案直接保有株式等」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項第二号中「課税済留保金額」を「課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項を同条第5項とし、同条第8項中「第68条の92第3項第三号」を「第68条の92第5項第三号」に、「個別課税済留保金額又は課税済留保金額」を「個別課税済金額又は課税済金額」に改め、同項第一号中「個別課税済留保金額」を「個別課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項第二号中「課税済留保金額」を「課税済金額」に、「請求権勘案保有株式等の」を「請求権勘案直接保有株式等の」に改め、同号イ中「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同号ロ中「第68条の92第3項」を「第68条の92第5項」に、「請求権勘案保有株式等」を「請求権勘案直接保有株式等」に改め、同項を同条第6項とし、同項の次に次の2項を加える。

7　法第68条の92第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条の2第1項第一号ロ及び第155条の43第2項第二号中「損金算入)」とあるのは、「損金算入)又は租税特別措置法第68条の92(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とする。

8　法第68条の92第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条の2第1項第一号ロ中「益金不算入)」とあるのは「益金不算入)(租税特別措置法第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」と、「同項」とあるのは「法第81条の3第1項」と、同令第155条の43第2項第二号中「益金不算入)」とあるのは「益金不算入)(租税特別措置法第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。

　第39条の119第9項を削る。

　第39条の120第1項中「外国関係会社に」を「同条第2項第一号に規定する外国関係会社(以下この項及び次項において「外国関係会社」という。)に」に、「同項各号」を「同条第1項各号」に改め、同条第5項及び第6項中「第5項を」を「第3項を」に改める。

　第3章第28節を削る。

　第39条の120の8第1項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同項第一号中「第68条の93の6第2項第一号」を「第68条の93の2第2項第一号」に、「以下この項及び次項」を「次号及び次項第一号」に改め、同項第二号中「この節」を「この項及び第39条の120の4第2項」に改め、同項第三号中「第68条の93の6第2項第二号」を「第68条の93の2第2項第二号」に改め、同条第2項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同条第4項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同項第一号中「株主等をいう。以下この節」を「株主等をいう。以下この条」に改め、同条第5項及び第7項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、第3章第28節の2中同条を第39条の120の2とする。

　第39条の120の9の見出し中「未処分所得の金額」を「適用対象金額」に改め、同条第1項中「第68条の93の6第2項第三号」を「第68条の93の2第2項第三号」に、「並びに次条第1項及び第2項」を「及び次条第1項」に改め、同条第2項を次のように改める。

2　法第68条の93の2第2項第三号に規定する欠損の金額及び基準所得金額に係る税額に関する調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の同号に規定する基準所得金額から次に掲げる金額の合計額(同条第3項の規定の適用がある場合には、同項の規定により読み替えられた同号に規定する政令で定める費用の額の100分の10に相当する金額を加算した金額)を控除した残額とする。

　第39条の120の9第3項中「前項」を「前項第一号」に改め、同条第4項中「第39条の115第7項及び第8項」を「第39条の115第7項から第9項まで」に改め、同条を第39条の120の3とする。

　第39条の120の10の見出し中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第1項を削り、同条第2項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に、「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に、「第39条の116第2項から第4項まで」を「第39条の116第1項及び第2項」に改め、同項を同条第1項とし、同条第3項中「第68条の93の6第3項」を「第68条の93の2第3項」に、「読み替えて適用する同条第1項の」を「読み替えられた同条第2項第三号に規定する」に、「第39条の116第5項」を「第39条の116第3項」に改め、同項を同条第2項とし、同条を第39条の120の4とする。

　第39条の120の11第1項中「第68条の93の6第4項第一号に規定する」を「第68条の93の2第4項第一号に規定する」に改め、同項第一号から第四号までの規定中「第68条の93の6第4項第一号」を「第68条の93の2第4項第一号」に改め、同項第五号中「第68条の93の6第4項第一号」を「第68条の93の2第4項第一号」に、「第39条の120の8第4項第二号」を「第39条の120の2第4項第二号」に改め、同項第六号中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に、「(法第68条の93の6第4項第一号」を「(同条第4項第一号」に改め、同号イからハまでの規定中「第68条の93の6第4項第一号」を「第68条の93の2第4項第一号」に改め、同条第2項中「第68条の93の6第4項第一号」を「第68条の93の2第4項第一号」に、「第68条の93の6第2項第二号」を「第68条の93の2第2項第二号」に、「第39条の120の11第1項各号」を「第39条の120の5第1項各号」に改め、同条第3項中「第68条の93の6第4項第二号」を「第68条の93の2第4項第二号」に改め、同条を第39条の120の5とする。

　第39条の120の12の見出し中「個別課税対象留保金額」を「個別課税対象金額」に改め、同条第1項中「第68条の93の7第1項」を「第68条の93の3第1項」に、「適用対象留保金額」を「適用対象金額」に改め、同条第2項中「第68条の93の7第1項」を「第68条の93の3第1項」に、「同条第1項から第7項まで、第10項及び第15項から第17項まで」を「同項から同条第11項まで」に改め、「及び第12項から第17項まで」を削り、同条第3項中「第68条の93の7第3項」を「第68条の93の3第3項」に、「事業年度とする」を「連結事業年度とする」に改め、同条を第39条の120の6とし、同条の次に次の1条を加える。

(特定外国法人の特定個別課税対象金額の計算等)
第39条の120の7　法第68条の93の4第3項第一号に規定する政令で定める金額は、同号に規定する特定外国法人(次項において「特定外国法人」という。)に係る適用対象金額(特殊関係株主等である連結法人の同号に規定する連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入される同号に規定する個別課税対象金額に係るものに限る。)につき、第39条の119第1項の規定の例により計算した金額とする。

2　法第68条の93の4第3項第二号に規定する政令で定める金額は、特定外国法人の各事業年度の適用対象金額(特殊関係株主等である連結法人の同号に規定する前10年以内の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された同号に規定する個別課税対象金額に係るものに限る。)につき、第39条の119第2項の規定の例により計算した金額とする。

3　法第68条の93の4第5項において準用する法第68条の92第5項から第8項までの規定の適用に関する事項については、第39条の119第3項から第6項までの規定の例による。

4　法第68条の93の4第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条の2第1項第一号ロ及び第155条の43第2項第二号中「損金算入)」とあるのは、「損金算入)又は租税特別措置法第68条の93の4(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とする。

5　法第68条の93の4第2項前段の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、同令第9条の2第1項第一号ロ中「益金不算入)」とあるのは「益金不算入)(租税特別措置法第68条の93の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」と、「同項」とあるのは「法第81条の3第1項」と、同令第155条の43第2項第二号中「益金不算入)」とあるのは「益金不算入)(租税特別措置法第68条の93の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」とする。

　第39条の120の13を削る。

　第39条の120の14第1項中「第39条の20の14第1項及び第2項」を「第39条の20の8第1項及び第2項」に、「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同条第2項中「第66条の9の6第2項第四号」を「第66条の9の2第2項第四号」に改め、同条第3項中「第68条の93の6第1項」を「第68条の93の2第1項」に改め、同条第4項中「第68条の93の6第8項」を「第68条の93の2第8項」に、「第68条の93の9」を「第68条の93の5」に、「第39条の120の8から第39条の120の10(第3項」を「第39条の120の2から第39条の120の4(第2項」に、「第39条の120の12」を「第39条の120の6」に改め、同条第5項中「第68条の93の6」を「第68条の93の2」に、「第68条の93の9」を「第68条の93の5」に、「第39条の120の8から第39条の120の10(第3項」を「第39条の120の2から第39条の120の4(第2項」に、「第39条の120の12」を「第39条の120の6」に改め、同条を第39条の120の8とする。

　第3章第28節の2を同章第28節とする。

　第39条の121の見出しを「(技術研究組合の所得計算の特例)」に改める。

　第39条の125第3項第二号イ中「第9条の2第1項第一号イ、ロ、ホ及びヘ」を「第9条の2第1項第一号イからハまで、ヘ及びト」に、「同号チ」を「同号リ」に改め、同号ロ中「第9条第1項第一号イからホまで」を「第9条第1項第一号イからハまで、ホ及びヘ」に、「同号ト」を「同号チ」に改める。

　第39条の126第2項第二号イ中「第9条の2第1項第一号イ、ロ、ホ及びヘ」を「第9条の2第1項第一号イからハまで、ヘ及びト」に、「同号チ」を「同号リ」に改め、同号ロ中「第9条第1項第一号イからホまで」を「第9条第1項第一号イからハまで、ホ及びヘ」に、「同号ト」を「同号チ」に改める。

　第39条の127に次の1項を加える。

4　法第68条の108第1項の規定の適用がある場合における法人税法第81条の18第2項の規定の適用については、同項中「第81条の12第2項(各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率)」とあるのは「租税特別措置法第68条の108第1項(特定の協同組合等である連結親法人の法人税率の特例)」と、「同条」とあるのは「同項の規定により読み替えられた第81条の12(各連結事業年度の連結所得に対する法人税の税率)」とする。

　第3章第29節中第39条の128の次に次の2条を加える。

(連結法人の受ける特定目的信託の利益の分配に係る課税の特例)
第39条の129　法第68条の110第2項に規定する政令で定めるものは、法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は法第68条の93の2第1項に規定する特定外国法人(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受ける法第68条の3の2第10項に規定する外国特定目的信託の利益分配の額(法第68条の92第3項に規定する特定個別課税対象金額に達するまでの金額又は法第68条の93の4第3項に規定する特定個別課税対象金額に達するまでの金額に限る。)とする。

(連結法人の受ける特定投資信託の収益の分配に係る課税の特例)
第39条の130　法第68条の111第2項に規定する政令で定めるものは、法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)又は法第68条の93の2第1項に規定する特定外国法人(法人税法第23条の2第1項に規定する外国子会社に該当するものに限る。)から受ける法第68条の3の3第10項に規定する外国特定投資信託の収益分配の額(法第68条の92第3項に規定する特定個別課税対象金額に達するまでの金額又は法第68条の93の4第3項に規定する特定個別課税対象金額に達するまでの金額に限る。)とする。

(租税特別措置法施行令の一部を改正する政令の一部改正)
第2条　租税特別措置法施行令の一部を改正する政令(平成20年政令第161号)の一部を次のように改正する。

(前略)

　附則第44条に次の2項を加える。

4　法人が平成21年4月1日から平成22年3月31日までの間に新法第66条の11の2第3項の認定の申請を行う場合(既に2回以上旧法第66条の11の2第3項の認定を受けた法人が当該申請を行う場合を除く。)における新令第39条の23の規定の適用については、同条第3項中「5年」とあるのは、「2年」とすることができる。

5　前項の規定の適用を受けようとする法人は、その旨をその提出する新令第39条の23第4項の申請書に記載しなければならない。

附則

(施行期日)
第1条　この政令は、平成21年4月1日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

(法人課税信託の受託者等に関する通則に関する経過措置)
第2条　第1条の規定による改正後の租税特別措置法施行令(以下「新令」という。)第1条の2第3項(同項の表法第66条の13第1項第一号の項及び法第68条の98第1項第一号の項に係る部分に限る。)の規定は、法人税法(昭和40年法律第34号)第2条第二十九号の二に規定する法人課税信託に係る新令第1条の2第3項に規定する受託法人の平成21年2月1日以後に終了する事業年度又は連結事業年度分の法人税について適用する。

(法人税の特例に関する経過措置の原則)
第19条　新令第3章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人(法人税法第2条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。)の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置)
第20条　新令第27条の4第6項(第三号に係る部分に限る。)の規定は、法人が附則第1条第二号に定める日以後に支出する同項第三号に掲げる費用について適用し、法人が同日前に支出した旧令第27条の4第6項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。

2　前項の場合において、附則第1条第二号に定める日前に我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律第2条の規定による改正前の鉱工業技術研究組合法第13条第1項の規定により賦課された費用で同日以後に支出されたものに係る新令第27条の4第6項(第三号に係る部分に限る。)の規定の適用については、同項第三号中「費用」とあるのは、「費用(我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律(平成21年法律第29号)附則第11条の規定により当該費用とみなされるものを含む。)」とする。

3　新令第27条の4第8項(第一号及び第四号に係る部分に限る。)の規定は、法人が附則第1条第二号に定める日以後に支出する新令第27条の4第9項第一号に規定する試験研究費について適用し、法人が同日前に支出した旧令第27条の4第9項第一号に規定する試験研究費については、なお従前の例による。

(事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置)
第21条　新令第27条の7第5項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第42条の7第1項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第42条の7第1項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。

(法人の減価償却に関する経過措置)
第22条　新令第28条第5項及び第6項の規定は、法人が施行日以後に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。)をする新法第43条第1項に規定する特定設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第43条第1項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

2　改正法附則第40条第3項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第43条の3の規定に基づく旧令第28条の3の規定は、なおその効力を有する。

3　新令第28条の4第1項及び第2項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第44条第1項に規定する地震防災対策用資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第44条第1項に規定する地震防災対策用資産については、なお従前の例による。

4　新令第28条の6第1項の規定は、同項各号に定める法人が附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする新法第44条の3第1項に規定する事業革新設備について適用し、旧令第28条の6第1項各号に定める法人が同日前に取得又は製作をした旧法第44条の3第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

5　新令第28条の7第2項、第3項及び第6項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第44条の4第1項に規定する特定電気通信設備等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第44条の4第1項に規定する特定電気通信設備等については、なお従前の例による。

6　改正法附則第40条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第45条第1項(同項の表の第一号ニに係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第28条の9の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第1項第一号ホ中「平成21年3月31日」とあるのは、「平成24年3月31日」とする。

7　新令第28条の9(同条第5項第三号ニに掲げる事業に係る部分に限る。)の規定は、法人が施行日以後に取得等をする同条第7項第五号に定める減価償却資産について適用する。

8　新令第28条の10第3項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第45条の2第1項に規定する医療用機器等について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第45条の2第1項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

9　改正法附則第40条第12項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第47条(第3項に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第29条の4の規定は、なおその効力を有する。

10　改正法附則第40条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第47条の2(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第29条の5の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第12項中「法第68条の35第1項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第56条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の35第1項」と、「第39条の64第7項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第36条第8項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第1条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第39条の64第7項」とする。

11　新令第29条の6第1項及び第2項の規定は、法人が施行日以後に取得又は建設をする新法第48条第1項に規定する倉庫用建物等について適用し、法人が施行日前に取得又は建設をした旧法第48条第1項に規定する倉庫用建物等については、なお従前の例による。

12　施行日から附則第1条第七号に定める日の前日までの間における新令第30条及び第32条の規定の適用については、新令第30条第1項第五号中「、第12項又は」とあり、及び「、第47条第3項又は」とあるのは「又は」と、同条第3項第六号中「第40条第12項又は第14項」とあるのは「第40条第14項」と、「第47条第3項又は第47条の2」とあるのは「第47条の2」と、同項第十二号中「第56条第12項又は第14項」とあるのは「第56条第14項」と、「第68条の34第3項又は第68条の35」とあるのは「第68条の35」と、新令第32条第1項第五号中「、第12項又は」とあり、及び「、第47条(第3項に係る部分に限る。)又は」とあるのは「又は」とする。

(法人の準備金に関する経過措置)
第23条　改正法附則第41条第1項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第55条の6の規定に基づく旧令第32条の4の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第13項中次の表の上欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

2　改正法附則第41条第2項の規定の適用を受ける法人が、施行日以後最初に開始する事業年度開始の日(施行日以後最初に開始する事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日)以後4年を経過する日までに青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となった事実のあった日又はその届出書の提出をした日(その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日。以下この項及び次項において同じ。)を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後2年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上、当該事実のあった日又は届出書の提出をした日における同条第5項に規定する電子計算機買戻損失準備金の金額のうち、当該金額に当該事業年度の月数を乗じてこれを24で除して算出した金額(当該金額が当該事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額(その日までにこの項から第4項までの規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなった金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。)を超える場合には、当該電子計算機買戻損失準備金の金額)に相当する金額は、益金の額に算入する。

3　前項に規定する場合において、同項に規定する事実のあった日又は届出書の提出をした日を含む事業年度開始の日から改正法附則第41条第5項に規定する2年経過日までの期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当するときは、当該期間内に最初に開始した連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度終了の日における電子計算機買戻損失準備金の金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

4　第2項に規定する場合において、同項に規定する法人が次の各号に掲げる場合(適格合併又は適格分割型分割により改正法附則第41条第4項に規定する特定電子計算機(以下この項において「特定電子計算機」という。)の買戻しの全部を行わないこととなった場合を除く。)に該当することとなったときは、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなった日を含む事業年度(第二号に掲げる場合にあっては、合併又は分割型分割の日の前日を含む事業年度)の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

5　第2項の月数は、暦に従って計算し、1月に満たない端数を生じたときは、これを1月とする。

(中小企業の貸倒引当金の特例に関する経過措置)
第24条　新令第33条の9第4項(第四号に係る部分に限る。)の規定は、法人の附則第1条第六号に定める日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置)
第25条　改正法附則第8条の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第2条の規定による改正前の法人税法(以下「旧法人税法」という。)第28条の規定の適用を受ける法人に係る新令第36条第5項の規定の適用については、同項中「第112条第13項」とあるのは、「第112条第13項並びに所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第8条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第28条」とする。

(法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第26条　改正法附則第43条第4項に規定する政令で定める要件は、次に掲げる要件とする。

2　改正法附則第43条第4項に規定する政令で定める法人は、同項の認定を受けた法人で、中小企業等協同組合法第9条の2第7項に規定する特定共済組合及び同法第9条の9第4項に規定する特定共済組合連合会以外のもの(中小小売商業振興法第4条第3項の共同店舗等整備計画に基づく事業にあっては事業協同組合、事業協同小組合又は協業組合に限るものとし、同条第6項の商店街整備等支援計画に基づく事業にあっては次に掲げる法人に限る。)とする。

3　新令第39条の6第2項の規定は、法人が附則第1条第四号に定める日以後に行う新法第65条の5第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第65条の5第1項に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

4　新令第39条の7第16項(第三号に係る部分に限る。)の規定は、法人が附則第1条第四号に定める日以後に行う新法第65条の7第1項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第65条の7第1項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

5　新令第39条の7第21項の規定は、法人が施行日以後に取得をする新法第65条の7第1項の表の第十九号の下欄に掲げる資産について適用し、法人が施行日前に取得をした旧法第65条の7第1項の表の第十九号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

6　特例民法法人は、第2項第二号及び新令第39条の5第22項第一号ロに規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、これらの規定を適用する。

7　特例民法法人は、新令第39条の5第34項、第39条の6第2項及び第39条の7第16項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、これらの規定を適用する。

(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第27条　新令第39条の15第1項から第4項までの規定は、新法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額の計算について適用し、旧法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

2　新令第39条の15第8項の規定は、新法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第2項第二号に規定する基準所得金額の計算について適用する。

3　新令第39条の16第1項及び第2項の規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第66条の6第1項に規定する課税対象金額の計算について適用し、旧令第39条の16第2項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第66条の6第1項に規定する課税対象留保金額の計算については、なお従前の例による。

4　新令第39条の18第5項及び第6項の規定は、内国法人の施行日以後に開始する事業年度において減額されるこれらの規定に規定する外国法人税(当該内国法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。)の額について適用し、内国法人の施行日前に開始した事業年度において減額された旧令第39条の18第5項及び第6項に規定する外国法人税(当該内国法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。)の額については、なお従前の例による。

5　改正法附則第44条第5項の規定の適用がある場合における新令及び法人税法施行令(昭和40年政令第97号)の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

6　改正法附則第44条第5項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第142条の3第7項の規定の適用については、同項第三号中「剰余金の配当等の額を」とあるのは、「剰余金の配当等の額(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第44条第5項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)に規定する特定外国子会社等から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を除く。以下この号において同じ。)を」とする。

7　改正法附則第44条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第28条並びに第69条第8項及び第11項又は第81条の5並びに第81条の15第8項、第9項、第11項及び第12項の規定に基づく法人税法施行令の一部を改正する政令(平成21年政令第105号)による改正前の法人税法施行令(以下「旧法人税法施行令」という。)第27条並びに第146条から第149条まで及び第150条の3並びに第155条の12並びに第155条の35から第155条の38まで及び第155条の41の規定は、なおその効力を有する。

8　改正法附則第44条第6項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法施行令の規定の適用については、旧法人税法施行令第9条第1項第一号ロ中「益金不算入)」とあるのは「益金不算入)又は所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号。以下「平成21年改正法」という。)附則第44条第6項前段(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第66条の8第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)」と、旧法人税法施行令第141条第3項中「掲げる税」とあるのは「掲げる税及び平成21年改正法附則第44条第6項前段(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2第1項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)に規定する外国子会社から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を課税標準として課される税(当該剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該外国子会社の所得のうち内国法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該内国法人に対して課される税を含む。)」と、旧法人税法施行令第142条の3第4項中「課税の特例)」とあるのは「課税の特例)並びに平成21年改正法附則第44条第6項前段(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)」とする。

9　第5項から前項までに定めるもののほか、改正法附則第44条第5項及び第6項に規定する剰余金の配当等の額に係るこれらの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。

10　内国法人の施行日前に開始した事業年度において当該内国法人に係る新法第66条の8第1項に規定する特定外国子会社等(以下この項において「特定外国子会社等」という。)から受ける同条第1項の規定の適用を受ける同項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)を課税標準として課される税(同条第3項に規定する特定課税対象金額を有する内国法人が当該特定課税対象金額に係る特定外国子会社等から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該特定外国子会社等の所得のうち当該内国法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該内国法人に対して課される税を含む。)は、法人税法施行令第141条第1項に規定する外国法人税に含まれないものとする。

(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第28条　新令第39条の20の3第4項の規定は、新法第66条の9の2第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第2項第三号に規定する基準所得金額の計算について適用し、旧法第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同条第2項第三号に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

2　新令第39条の20の4第1項の規定は、同項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第66条の9の2第1項に規定する課税対象金額の計算について適用し、旧令第39条の20の10第2項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第66条の9の6第1項に規定する課税対象留保金額の計算については、なお従前の例による。

3　前条第5項の規定は、改正法附則第45条第5項の規定の適用がある場合における新令及び法人税法施行令の規定の適用について準用する。この場合において、前条第5項の表新令第36条第5項の項中「第44条第5項」とあるのは「第45条第5項」と、同表法人税法施行令第72条の2第9項の項中「第44条第5項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第45条第5項(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と、同表法人税法施行令第142条の2第一号イの項中「第27条第7項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第28条第5項(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と読み替えるものとする。

4　改正法附則第45条第5項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第142条の3第7項の規定の適用については、同項第三号中「剰余金の配当等の額を」とあるのは、「剰余金の配当等の額(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第45条第5項(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)に規定する特定外国法人から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を除く。以下この号において同じ。)を」とする。

5　改正法附則第45条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第28条並びに第69条第8項及び第11項又は第81条の5並びに第81条の15第8項、第9項、第11項及び第12項の規定に基づく旧法人税法施行令第27条並びに第146条から第149条まで及び第150条の3並びに第155条の12並びに第155条の35から第155条の38まで及び第155条の41の規定は、なおその効力を有する。

6　前条第8項の規定は、改正法附則第45条第6項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法施行令の規定の適用について準用する。この場合において、前条第8項中「第44条第6項前段(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第45条第6項前段(特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と、「第66条の8第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とあるのは「第66条の9の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」と読み替えるものとする。

7　第3項から前項までに定めるもののほか、改正法附則第45条第5項及び第6項に規定する剰余金の配当等の額に係るこれらの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。

8　内国法人の施行日前に開始した事業年度において当該内国法人に係る新法第66条の9の4第1項に規定する特定外国法人(以下この項において「特定外国法人」という。)から受ける同条第1項の規定の適用を受ける同項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)を課税標準として課される税(同条第3項に規定する特定課税対象金額を有する内国法人が当該特定課税対象金額に係る特定外国法人から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該特定外国法人の所得のうち当該内国法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該内国法人に対して課される税を含む。)は、法人税法施行令第141条第1項に規定する外国法人税に含まれないものとする。

(特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置)
第29条　新令第39条の22第2項第六号の規定は、法人が附則第1条第四号に定める日以後に支出する同項第六号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金について適用し、法人が同日前に支出した旧令第39条の22第2項第六号に掲げる業務に係る基金に充てるための負担金については、なお従前の例による。

(特定目的会社に係る課税の特例に関する経過措置)
第30条　新令第39条の32の2第8項(第二号に係る部分に限る。)の規定は、同号の特定目的会社の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧令第39条の32の2第7項第二号の特定目的会社の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(投資法人に係る課税の特例に関する経過措置)
第31条　新令第39条の32の3第7項の規定は、新法第67条の15第1項に規定する投資法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、旧法第67条の15第1項に規定する投資法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置)
第32条　施行日前から引き続いて投資組合契約(新法第41条の21第2項第一号に規定する投資組合契約をいう。以下この条において同じ。)を締結している組合員である新法第67条の16第1項に規定する外国法人であって施行日において新法第41条の21第1項各号に掲げる要件を満たしている者が、当該投資組合契約につきその締結の日から施行日まで継続して同項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしている場合(同項第五号に掲げる要件(以下この条において「第五号要件」という。)を満たしている場合及び新令第39条の33第2項の規定の適用がある場合を除く。)には、当該投資組合契約についての新法第67条の16第2項において準用する新法第41条の21第3項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)の施行の日」とする。

2　施行日前から引き続いて投資組合契約を締結している組合員である新法第67条の16第1項に規定する外国法人であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、当該投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して新法第41条の21第1項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき(新令第39条の33第2項の規定の適用があるときを除く。)における当該投資組合契約についての新法第67条の16第2項において準用する新法第41条の21第3項の規定の適用については、同項中「の締結の日」とあるのは「につき第1項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日」と、「第1項各号」とあるのは「同項各号」とする。

3　施行日前から引き続いて二以上の投資組合契約を締結している組合員である新法第67条の16第1項に規定する外国法人であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該二以上の投資組合契約のうち一の投資組合契約以外の投資組合契約(以下この項において「他の投資組合契約」という。)に基づいて国内において事業を行っていないとしたならば当該一の投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、それぞれの投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して新法第41条の21第1項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき(新令第39条の33第3項の規定の適用があるときを除く。)における当該一の投資組合契約についての新法第67条の16第2項において準用する新法第41条の21第3項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)の施行の日(当該投資組合契約につき第1項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日が当該施行の日後である場合には、その満たすこととなる日)」と、「その提出の日以後」とあるのは「当該外国法人が締結しているすべての投資組合契約につき特例適用申告書を提出した日以後」とする。

(恒久的施設を有しない外国組合員の課税所得の特例に関する経過措置)
第33条　新令第39条の33の2の規定は、同条第1項に規定する国内に恒久的施設を有しない外国法人が施行日以後に行う内国法人の株式又は出資の譲渡について適用する。

(連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置)
第34条　新令第39条の39第8項(新令第27条の4第6項第三号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第二号に定める日以後に支出する新令第39条の39第8項第三号に掲げる費用について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に支出した旧令第39条の39第8項第三号に掲げる費用については、なお従前の例による。

2　前項の場合において、附則第1条第二号に定める日前に我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律第2条の規定による改正前の鉱工業技術研究組合法第13条第1項の規定により賦課された費用で同日以後に支出されたものに係る新令第39条の39第8項(第三号に係る部分に限る。)の規定の適用については、同項第三号中「第27条の4第6項第三号」とあるのは、「第27条の4第6項第三号(租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第20条第2項の規定により読み替えて適用される場合を含む。)」とする。

3　新令第39条の39第9項(新令第27条の4第8項第一号及び第四号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第二号に定める日以後に支出する新令第39条の39第10項第一号に規定する試験研究費について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に支出した旧令第39条の39第10項第一号に規定する試験研究費については、なお従前の例による。

(連結法人が事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置)
第35条　新令第39条の42第5項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第68条の12第1項に規定する事業基盤強化設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第68条の12第1項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。

(連結法人の減価償却に関する経過措置)
第36条　新令第39条の46第5項及び第6項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条において同じ。)をする新法第68条の16第1項に規定する特定設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第68条の16第1項に規定する特定設備等については、なお従前の例による。

2　改正法附則第56条第3項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の18の規定に基づく旧令第39条の47の規定は、なおその効力を有する。

3　新令第39条の51第1項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項各号に定めるものが附則第1条第二号に定める日以後に取得又は製作をする新法第68条の21第1項に規定する事業革新設備について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧令第39条の51第1項各号に定めるものが同日前に取得又は製作をした旧法第68条の21第1項に規定する事業革新設備については、なお従前の例による。

4　新令第39条の52第2項、第3項及び第6項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第68条の23第1項に規定する特定電気通信設備等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第68条の23第1項に規定する特定電気通信設備等については、なお従前の例による。

5　改正法附則第56条第8項の規定により読み替えられた新法第68条の27第1項(以下この項において「読替え後の新法第68条の27第1項」という。)に規定する政令で定める事業は、附則第22条第6項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第28条の9第6項第四号に定める事業とし、読替え後の新法第68条の27第1項に規定する政令で定めるものは、附則第22条第6項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第28条の9第8項第一号又は第三号に掲げる事業の区分に応じそれぞれこれらの号に定める減価償却資産とする。

6　新令第39条の58第3項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第68条の29第1項に規定する医療用機器等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第68条の29第1項に規定する医療用機器等については、なお従前の例による。

7　改正法附則第56条第12項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の34(第3項に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第39条の63の規定は、なおその効力を有する。

8　改正法附則第56条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の35(第3項第一号に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第39条の64の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第8項中「法第47条の2第1項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第40条第14項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第5条の規定による改正前の租税特別措置法第47条の2第1項」と、「第29条の5第11項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(平成21年政令第108号)附則第22条第10項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第1条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第29条の5第11項」とする。

9　施行日から附則第1条第七号に定める日の前日までの間における新令第39条の69及び第39条の71の規定の適用については、新令第39条の69第1項第五号中「、第12項若しくは」とあり、及び「、第68条の34第3項若しくは」とあるのは「若しくは」と、同条第3項第六号中「第56条第12項又は第14項」とあるのは「第56条第14項」と、「第68条の34第3項又は第68条の35」とあるのは「第68条の35」と、同項第十二号中「第40条第12項又は第14項」とあるのは「第40条第14項」と、「第47条第3項又は第47条の2」とあるのは「第47条の2」と、新令第39条の71第1項第五号中「、第12項若しくは」とあり、及び「、第68条の34(第3項に係る部分に限る。)若しくは」とあるのは「若しくは」とする。

(連結法人の準備金に関する経過措置)
第37条　改正法附則第57条第1項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の45の規定に基づく旧令第39条の74の規定は、なおその効力を有する。

2　改正法附則第57条第2項、第4項、第7項又は第10項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、改正法附則第57条第2項、第4項、第7項又は第10項の規定により益金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属益金額に含まれるものとする。

(中小連結法人の貸倒引当金の特例に関する経過措置)
第38条　新令第39条の86第3項(第四号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の附則第1条第六号に定める日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の同日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。

(沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置)
第39条　改正法附則第15条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の5の規定の適用を受ける連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人に係る新令第39条の90第6項の規定の適用については、同項中「第62条の9第1項」とあるのは、「第62条の9第1項並びに所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第15条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第2条の規定による改正前の法人税法第81条の5」とする。

(連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第40条　改正法附則第58条第4項に規定する政令で定める要件は、附則第26条第1項各号に掲げる要件とする。

2　改正法附則第58条第4項に規定する政令で定める法人は、同項の認定を受けた法人で、中小企業等協同組合法第9条の2第7項に規定する特定共済組合及び同法第9条の9第4項に規定する特定共済組合連合会以外のもの(中小小売商業振興法第4条第3項の共同店舗等整備計画に基づく事業にあっては事業協同組合、事業協同小組合又は協業組合に限るものとし、同条第6項の商店街整備等支援計画に基づく事業にあっては附則第26条第2項各号に掲げる法人に限る。)とする。

3　新令第39条の106第7項(第三号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第四号に定める日以後に行う新法第68条の78第1項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧法第68条の78第1項の表の第十四号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

4　新令第39条の106第10項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得をする新法第68条の78第1項の表の第十九号の下欄に掲げる資産について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得をした旧法第68条の78第1項の表の第十九号の下欄に掲げる資産については、なお従前の例による。

5　特例民法法人は、附則第26条第2項第二号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、第2項の規定を適用する。

6　特例民法法人は、新令第39条の106第7項第三号に規定する公益社団法人又は公益財団法人とみなして、同号の規定を適用する。

(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第41条　新令第39条の115第1項から第4項までの規定は、新法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する適用対象金額の計算について適用し、旧法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

2　新令第39条の115第8項の規定は、新法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第2項第二号に規定する基準所得金額の計算について適用する。

3　新令第39条の116第1項及び第2項の規定は、同条第1項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第68条の90第1項に規定する個別課税対象金額の計算について適用し、旧令第39条の116第2項に規定する特定外国子会社等の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第68条の90第1項に規定する個別課税対象留保金額の計算については、なお従前の例による。

4　新令第39条の118第5項及び第6項の規定は、連結法人の施行日以後に開始する連結事業年度において減額されるこれらの規定に規定する外国法人税(当該連結法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。)の額について適用し、連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において減額された旧令第39条の118第5項及び第6項に規定する外国法人税(当該連結法人に係るこれらの規定に規定する特定外国子会社等の所得に対して課されたものに限る。)の額については、なお従前の例による。

5　附則第27条第5項の規定は、改正法附則第59条第5項の規定の適用がある場合における新令及び法人税法施行令の規定の適用について準用する。この場合において、附則第27条第5項の表新令第36条第5項の項中「第44条第5項」とあるのは「第59条第5項」と、同表法人税法施行令第72条の2第9項の項中「第44条第5項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第59条第5項(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と、同表法人税法施行令第142条の2第一号イの項中「第27条第7項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第41条第7項(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と読み替えるものとする。

6　改正法附則第59条第5項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第155条の27第5項の規定の適用については、同項第二号中「剰余金の配当等の額を」とあるのは、「剰余金の配当等の額(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第59条第5項(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)に規定する特定外国子会社等から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を除く。以下この号において同じ。)を」とする。

7　改正法附則第59条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の5並びに第81条の15第8項及び第11項又は第28条並びに第69条第8項、第9項、第11項及び第12項の規定に基づく旧法人税法施行令第155条の12並びに第155条の35から第155条の38まで及び第155条の41並びに第27条並びに第146条から第149条まで及び第150条の3の規定は、なおその効力を有する。

8　改正法附則第59条第6項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法施行令の規定の適用については、旧法人税法施行令第9条の2第1項第一号ロ中「第81条の4」とあるのは「第81条の3第1項(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号。以下「平成21年改正法」という。)附則第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)(租税特別措置法第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)の規定により読み替えて適用する場合を含む。)の規定により法第81条の3第1項に規定する個別益金額を計算する場合に限る。)(個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入)の規定により連結所得の金額の計算上益金の額に算入されない金額及び法第81条の4」と、旧法人税法施行令第141条第3項中「掲げる税」とあるのは「掲げる税及び法第81条の3第1項(個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入)に規定する個別益金額(平成21年改正法附則第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2第1項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)に係る部分に限る。)を計算する場合の法第23条の2第1項に規定する外国子会社から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を課税標準として課される税(当該剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該外国子会社の所得のうち連結法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該連結法人に対して課される税を含む。)」と、旧法人税法施行令第155条の6第1項中「掲げる規定」とあるのは「掲げる規定並びに平成21年改正法附則第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2第2項及び第3項(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)の規定」と、旧法人税法施行令第155条の27第4項中「第81条の4」とあるのは「第81条の3第1項(平成21年改正法附則第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)の規定により適用される法第23条の2(外国子会社から受ける配当等の益金不算入)の規定により個別益金額を計算する場合に限る。)(個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入)、第81条の4」とする。

9　第5項から前項までに定めるもののほか、改正法附則第59条第5項及び第6項に規定する剰余金の配当等の額に係るこれらの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。

10　連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において当該連結法人に係る新法第68条の92第1項に規定する特定外国子会社等(以下この項において「特定外国子会社等」という。)から受ける同条第1項の規定の適用を受ける同項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国子会社等の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)を課税標準として課される税(同条第3項に規定する特定個別課税対象金額を有する連結法人が当該特定個別課税対象金額に係る特定外国子会社等から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該特定外国子会社等の所得のうち当該連結法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該連結法人に対して課される税を含む。)は、法人税法施行令第141条第1項に規定する外国法人税に含まれないものとする。

(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)
第42条　新令第39条の120の3第4項の規定は、新法第68条の93の2第1項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同条第2項第三号に規定する基準所得金額の計算について適用し、旧法第68条の93の6第1項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同条第2項第三号に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。

2　新令第39条の120の4第1項の規定は、同項に規定する特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る新法第68条の93の2第1項に規定する個別課税対象金額の計算について適用し、旧令第39条の120の10第2項に規定する特定外国法人の施行日前に開始した事業年度に係る旧法第68条の93の6第1項に規定する個別課税対象留保金額の計算については、なお従前の例による。

3　附則第27条第5項の規定は、改正法附則第60条第5項の規定の適用がある場合における新令及び法人税法施行令の規定の適用について準用する。この場合において、附則第27条第5項の表新令第36条第5項の項中「第44条第5項」とあるのは「第60条第5項」と、同表法人税法施行令第72条の2第9項の項中「第44条第5項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第60条第5項(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と、同表法人税法施行令第142条の2第一号イの項中「第27条第7項(内国法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第42条第5項(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と読み替えるものとする。

4　改正法附則第60条第5項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第155条の27第5項の規定の適用については、同項第二号中「剰余金の配当等の額を」とあるのは、「剰余金の配当等の額(所得税法等の一部を改正する法律(平成21年法律第13号)附則第60条第5項(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)に規定する特定外国法人から受ける同項に規定する剰余金の配当等の額を除く。以下この号において同じ。)を」とする。

5　改正法附則第60条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法人税法第81条の5並びに第81条の15第8項及び第11項又は第28条並びに第69条第8項、第9項、第11項及び第12項の規定に基づく旧法人税法施行令第155条の12並びに第155条の35から第155条の38まで及び第155条の41並びに第27条並びに第146条から第149条まで及び第150条の3の規定は、なおその効力を有する。

6　前条第8項の規定は、改正法附則第60条第6項前段の規定の適用がある場合における旧法人税法施行令の規定の適用について準用する。この場合において、前条第8項中「第59条第6項前段(連結法人の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」とあるのは「第60条第6項前段(特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例に関する経過措置)」と、「第68条の92第2項前段(特定外国子会社等から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」とあるのは「第68条の93の4第2項前段(特定外国法人から受ける剰余金の配当等の益金不算入等)」と読み替えるものとする。

7　第3項から前項までに定めるもののほか、改正法附則第60条第5項及び第6項に規定する剰余金の配当等の額に係るこれらの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。

8　連結法人の施行日前に開始した連結事業年度において当該連結法人に係る新法第68条の93の4第1項に規定する特定外国法人(以下この項において「特定外国法人」という。)から受ける同条第1項の規定の適用を受ける同項に規定する剰余金の配当等の額(当該特定外国法人の施行日以後に開始する事業年度に係るものに限る。)を課税標準として課される税(同条第3項に規定する特定個別課税対象金額を有する連結法人が当該特定個別課税対象金額に係る特定外国法人から受ける同条第1項に規定する剰余金の配当等の額の計算の基礎となった当該特定外国法人の所得のうち当該連結法人に帰せられるものとして計算される金額を課税標準として当該連結法人に対して課される税を含む。)は、法人税法施行令第141条第1項に規定する外国法人税に含まれないものとする。

(租税特別措置法施行令の一部を改正する政令の一部改正)
第45条　租税特別措置法施行令の一部を改正する政令(平成18年政令第135号)の一部を次のように改正する。

　附則第34条第2項の表第6項第一号の項中「第6項第一号」を「第2項」に、「次項」を「第8項」に改め、同表第7項の項中「第7項」を「第8項」に改める。