海上運送法及び船員法の一部を改正する法律

　海上運送法及び船員法の一部を改正する法律をここに公布する。

　平成20年6月6日

内閣総理大臣　福田　康夫

附則

(施行期日)
第1条　この法律は、公布の日から起算して3月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。(後略)

(租税特別措置法の一部改正)
第8条　租税特別措置法(昭和32年法律第26号)の一部を次のように改正する。

　目次中
「第3節　鉱業所得の課税の特例(第58条・第59条)
　第3節の2　沖縄の認定法人の課税の特例(第60条)　 」
を
「第3節　鉱業所得の課税の特例(第58条・第59条)
　第3節の2　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例(第59条の2)
　第3節の3　沖縄の認定法人の課税の特例(第60条) 」
に、
「第13節　連結法人の鉱業所得の課税の特例(第68条の61・第68条の62)」
を
「第13節　連結法人の鉱業所得の課税の特例(第68条の61・第68条の62)
　第13節の2　対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例(第68条の62の2)」
に改める。

　第3章第3節の2を同章第3節の3とし、同章第3節の次に次の1節を加える。
　　　第3節の2　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例

第59条の2　青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律(平成20年法律第53号)の施行の日から平成22年3月31日までの間に海上運送法(昭和24年法律第187号)第35条第1項に規定する日本船舶・船員確保計画(以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。)について同条第3項第五号(同条第5項において準用する場合を含む。)に掲げる基準に適合するものとして同条第3項又は第4項の認定(同項の認定にあっては、当該認定により当該基準に適合することとなったものに限る。第5項において「計画の認定」という。)を受けた同法第34条第2項第三号に規定する船舶運航事業者等(日本船舶(同法第38条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。)を用いて対外船舶運航事業(同法第35条第3項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。)を営むものに限る。)に該当するものが、当該認定を受けた日本船舶・船員確保計画(同法第35条第4項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。)に記載された計画期間(同法第35条第2項第三号に掲げる計画期間をいう。第3項及び第5項において同じ。)内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従って同法第34条第1項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、当該超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、当該満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する。

	一	当該法人の当該事業年度における日本船舶を用いた対外船舶運航事業等(海上運送法第38条に規定する対外船舶運航事業等をいう。)による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
	二	当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数(船舶のトン数の測度に関する法律(昭和55年法律第40号)第6条に規定する純トン数をいう。)に応じた利益の金額として政令で定める金額

2　前項の規定は、同項に規定する法人が、その適用を受けようとする最初の事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書に同項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

3　前項の規定は、同項に規定する法人が、第1項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む連結事業年度において第68条の62の2第1項の規定の適用を受けている場合には、適用しない。

4　第1項の規定の適用を受ける法人は、その適用を受ける各事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。

5　認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度(当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該計画期間内の日を含む各連結事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。)において第1項の規定の適用を受けた法人(当該適用対象年度において第68条の62の2第1項の規定の適用を受けた連結法人(当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限る。)に該当するものを含む。)が、海上運送法第39条の2第2項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第1項の規定により損金の額に算入された金額(当該適用対象年度が連結事業年度に該当する場合には、当該認定計画につき第68条の62の2第1項の規定により損金の額に算入された金額)の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

6　第1項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第67条第3項及び第5項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第1項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第3項及び第5項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。

7　第2項から第4項まで及び前項に定めるもののほか、第1項又は第5項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　第3章第13節の次に次の1節を加える。
　　　第13節の2　対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例

第68条の62の2　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律(平成20年法律第53号)の施行の日から平成22年3月31日までの間に海上運送法第35条第1項に規定する日本船舶・船員確保計画(以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。)について同条第3項第五号(同条第5項において準用する場合を含む。)に掲げる基準に適合するものとして同条第3項又は第4項の認定(同項の認定にあっては、当該認定により当該基準に適合することとなったものに限る。第5項において「計画の認定」という。)を受けた同法第34条第2項第三号に規定する船舶運航事業者等(日本船舶(同法第38条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。)を用いて対外船舶運航事業(同法第35条第3項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。)を営むものに限る。)に該当するものが、当該認定を受けた日本船舶・船員確保計画(同法第35条第4項の規定による変更の認定があったときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。)に記載された計画期間(同法第35条第2項第三号に掲げる計画期間をいう。第3項及び第5項において同じ。)内の日を含む各連結事業年度終了の時において当該認定計画に従って同法第34条第1項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、当該超える部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、当該満たない部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する。

2　前項の規定は、同項に規定する連結親法人が、その適用を受けようとする最初の連結事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書(次項において「届出書」という。)に前項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類(次項において「書類等」という。)を添付して、これを当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。

3　前項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人が、第1項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む事業年度において第59条の2第1項の規定の適用を受けている場合には、その適用を受けている連結親法人又はその連結子法人に係る届出書及び書類等の提出については、適用しない。

4　第1項の規定の適用を受ける連結親法人は、その適用を受ける各連結事業年度の連結確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。

5　認定計画に記載された計画期間内の日を含む各連結事業年度(当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該計画期間内の日を含む各事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。)において第1項の規定の適用を受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人(当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限り、当該適用対象年度において第59条の2第1項の規定の適用を受けたものを含む。)が、海上運送法第39条の2第2項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第1項の規定により損金の額に算入された金額(当該適用対象年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該認定計画につき第59条の2第1項の規定により損金の額に算入された金額)の合計額は、当該認定を取り消された日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

6　第1項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第81条の13第2項及び第4項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれるものとし、第1項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第2項及び第4項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれないものとする。

7　第2項から第4項まで及び前項に定めるもののほか、第1項又は第5項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額がある場合における連結利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。