海上運送法及び船員法の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備に関する政令

　海上運送法及び船員法の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備に関する政令をここに公布する。

　平成20年7月16日

内閣総理大臣　福田　康夫

　内閣は、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律(平成20年法律第53号)の施行に伴い、及び関係法律の規定に基づき、この政令を制定する。

(租税特別措置法施行令の一部改正)
第2条　租税特別措置法施行令(昭和32年政令第43号)の一部を次のように改正する。

　目次中「第3節の2　沖縄の認定法人の課税の特例(第36条)」
を
「第3節の2　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例(第35条の2)
　第3節の3　沖縄の認定法人の課税の特例(第36条)」
に、
「第13節　連結法人の鉱業所得の課税の特例(第39条の88・第39条の89)」
を
「第13節　連結法人の鉱業所得の課税の特例(第39条の88・第39条の89)
　第13節の2　対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例(第39条の89の2)」
に改める。

　第35条第2項中「並びに法」の下に「第59条の2第1項及び第5項並びに」を加える。

　第36条第5項中「、法」の下に「第59条の2第1項及び第5項、」を加え、「及び第66条の9の7第3項」を「並びに第66条の9の7第3項」に改める。

　第3章第3節の2を同章第3節の3とし、同章第3節の次に次の1節を加える。

　　　第3節の2　対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例

第35条の2　法第59条の2第1項第一号に規定する政令で定める金額は、まず同項に規定する船舶運航事業者等(次項において「船舶運航事業者等」という。)の当該事業年度の収益の額並びに原価の額、費用の額及び損失の額(以下この項において「収益の額等」という。)を財務省令で定めるところにより同号に規定する対外船舶運航事業等(以下この項及び次項において「対外船舶運航事業等」という。)による収益の額等と対外船舶運航事業等以外の事業による収益の額等とに区分し、次にその区分された対外船舶運航事業等による収益の額等を財務省令で定めるところにより同条第1項に規定する日本船舶(以下第3項までにおいて「日本船舶」という。)を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等と日本船舶以外の船舶を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等とに区分し、その区分された日本船舶を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等に基づき同条の規定を適用しないで計算した所得の金額とする。

2　法第59条の2第1項第二号に規定する政令で定める金額は、船舶運航事業者等の当該事業年度において対外船舶運航事業等の用に供した日本船舶ごとに当該日本船舶の1日当たり利益金額に当該日本船舶の稼働日数(対外船舶運航事業等の用に供した日数をいう。)を乗じて計算し、これを合計した金額とする。

3　前項に規定する1日当たり利益金額とは、当該日本船舶の法第59条の2第1項第二号に規定する純トン数(以下この項において「純トン数」という。)を次の表の上欄に掲げる純トン数に区分して、それぞれの純トン数を100で除して得た数に同表の下欄に掲げる金額を乗じて計算した金額の合計額とする。

1千トン以下の純トン数 1千トンを超え1万トン以下の純トン数 1万トンを超え2万5千トン以下の純トン数 2万5千トンを超える純トン数

120円 90円 60円 30円

4　法第59条の2第1項又は第5項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第1項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第9条第1項第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第59条の2第1項又は第5項の規定により益金の額に算入される金額は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。

　第39条の18第15項中「同条第2項第十号」を「同条第2項第十一号」に改める。

　第39条の31第4項中「法第60条第1項、法第61条第1項、法第67条の13第1項及び第2項、法第67条の14第1項、　法第67条の15第1項、法第68条の3の2第1項並びに法第68条の3の3第1項」を「第59条の2第1項、第60条第1項、第61条第1項、第67条の13第1項及び第2項、第67条の14第1項、第67条の15第1項、第68条の3の2第1項並びに第68条の3の3第1項」に、「第61条第3項及び」を「第59条の2第1項及び第5項並びに第61条第3項並びに」に改める。

　第39条の32第1項中「第2項、第59条第1項及び第2項」の下に「、第59条の2第1項」を加え、「第61条第3項及び」を「第59条の2第1項及び第5項並びに第61条第3項並びに」に改める。

　第39条の89第1項中「当該連結事業年度の」の下に「法第68条の62の2第1項及び第5項の規定を適用しないで計算した場合の」を、「第2項」の下に「並びに第68条の62の2第1項」を加える。

　第3章第13節の次に次の1節を加える。
　　　第13節の2　対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例

第39条の89の2　法第68条の62の2第1項第一号に規定する政令で定める金額は、まず同項に規定する船舶運航事業者等(次項において「船舶運航事業者等」という。)の当該連結事業年度の収益の額並びに原価の額、費用の額及び損失の額(以下この項において「収益の額等」という。)を財務省令で定めるところにより同号に規定する対外船舶運航事業等(以下この項及び次項において「対外船舶運航事業等」という。)による収益の額等と対外船舶運航事業等以外の事業による収益の額等とに区分し、次にその区分された対外船舶運航事業等による収益の額等を財務省令で定めるところにより同条第1項に規定する日本船舶(以下第3項までにおいて「日本船舶」という。)を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等と日本船舶以外の船舶を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等とに区分し、その区分された日本船舶を用いた対外船舶運航事業等による収益の額等に基づき同条の規定を適用しないで計算した連結所得の金額とする。

2　法第68条の62の2第1項第二号に規定する政令で定める金額は、船舶運航事業者等の当該連結事業年度において対外船舶運航事業等の用に供した日本船舶ごとに当該日本船舶の1日当たり利益金額に当該日本船舶の稼働日数(対外船舶運航事業等の用に供した日数をいう。)を乗じて計算し、これを合計した金額とする。

3　前項に規定する1日当たり利益金額とは、当該日本船舶の法第68条の62の2第1項第二号に規定する純トン数(以下この項において「純トン数」という。)を次の表の上欄に掲げる純トン数に区分して、それぞれの純トン数を100で除して得た数に同表の下欄に掲げる金額を乗じて計算した金額の合計額とする。

1千トン以下の純トン数 1千トンを超え1万トン以下の純トン数 1万トンを超え2万5千トン以下の純トン数 2万5千トンを超える純トン数

120円 90円 60円 30円

4　法第68条の62の2第1項又は第5項の規定の適用がある場合における連結利益積立金額又はこれらの規定に規定する連結親法人若しくはその連結子法人の連結個別利益積立金額の計算については、同条第1項の規定により損金の額に算入される金額は、当該連結親法人又はその連結子法人の法人税法施行令第9条の2第1項第一号イに規定する個別所得金額に含まれるものとし、法第68条の62の2第1項又は第5項の規定により益金の額に算入される金額は、当該連結親法人又はその連結子法人の同号イに規定する個別所得金額に含まれないものとする。

5　法第68条の62の2第1項又は第5項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第68条の62の2第1項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとし、法第68条の62の2第1項又は第5項の規定により益金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属益金額に含まれるものとする。

　第39条の90第6項中「、法」の下に「第68条の62の2第1項及び第5項、」を加え、「及び第68条の93の7第3項」を「並びに第68条の93の7第3項」に改める。

　第39条の118第15項中「同条第2項第八号」を「同条第2項第九号」に改める。

　第39条の125第2項中「第68条の62第1項及び第2項」の下に「、第68条の62の2第1項」を、「組合等益金額(」の下に「法第68条の62の2第1項及び第5項並びに」を加える。

　第39条の126第1項中「第68条の62第1項及び第2項」の下に「、第68条の62の2第1項」を、「組合益金額(」の下に「法第68条の62の2第1項及び第5項並びに」を加える。

(法人税法施行令の一部改正)
第3条　法人税法施行令(昭和40年政令第97号)の一部を次のように改正する。

　第72条の2第9項第十号を削り、同項第九号を同項第十号とし、同項第八号を同項第九号とし、同項第七号の次に次の一号を加える。

八

租税特別措置法第59条の2第1項及び第5項(対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)

　第73条第2項第十一号を削り、同項第十号を同項第十一号とし、同項第九号を同項第十号とし、同項第八号を同項第九号とし、同項第七号の次に次の一号を加える。

八

租税特別措置法第59条の2第1項及び第5項(対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)

　第142条第2項中「租税特別措置法」の下に「第59条の2(対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)並びに」を加える。

　第155条の2第1項第九号を削り、同項第八号を同項第九号とし、同項第七号を同項第八号とし、同項第六号の次に次の一号を加える。

七

租税特別措置法第68条の62の2第1項及び第5項(対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)

　第155条の13第2項第九号を削り、同項第八号を同項第九号とし、同項第七号を同項第八号とし、同項第六号の次に次の一号を加える。

七

租税特別措置法第68条の62の2第1項及び第5項(対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)

　第155条の28第2項中「租税特別措置法」の下に「第68条の62の2(対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例)並びに」を加える。

附則

(施行期日)
1　この政令は、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律(以下「改正法」という。)の施行の日(平成20年7月17日)から施行する。
ただし、第5条の規定は、改正法附則第1条ただし書に規定する規定の施行の日(平成21年4月1日)から施行する。