租税特別措置法施行令の一部を改正する政令

　租税特別措置法施行令の一部を改正する政令をここに公布する。

　平成19年3月30日

内閣総理大臣　安倍　晋三

　内閣は、所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)の施行に伴い、並びに同法附則及び租税特別措置法(昭和32年法律第26号)の規定に基づき、並びに同法を実施するため、この政令を制定する。


　租税特別措置法施行令(昭和32年政令第43号)の一部を次のように改正する。

　目次中「(第1条)」を「(第1条・第1条の2)」に、「第1条の2」を「第1条の3」に、(中略)、「第4節の2　農業生産法人の課税の特例」を「第4節の2　認定農業生産法人等の課税の特例」に、「第8節の2　国外関連者との取引に係る課税の特例(第39条の12)」を「第8節の2　国外関連者との取引に係る課税の特例等(第39条の12・第39条の12の2)」に、
「第8節の5　内国法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例(第39条の20の2―第39条の20の7)」
を
「第8節の5　削除
　第8節の6　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の20の8―第39条の20の14)」
に、
「第15節　連結法人である農業生産法人の課税の特例」を「第15節　連結法人である認定農業生産法人等の課税の特例」に、
「第25節　連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例(第39条の112)」を「第25節　連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例等(第39条の112・第39条の112の2)」に、
「第28節　連結法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例(第39条の112の2―第39条の120の7)」
を
「第28節　削除
　第28節の2　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の120の8―第39条の120の14)」
に、「第39条の127」を「第39条の128」に、「第44条」を「第44条の2」に、「第54条」を「第54条・第55条」に改める。


　第1条の3を第1条の4とし、第1条の2を第1条の3とする。


　第1章中第1条の次に次の1条を加える。

(法人課税信託の受託者等に関する通則)
第1条の2　所得税法施行令(昭和40年政令第96号)第16条第1項から第3項までの規定は、法第2条の2第1項の規定を法第2章及び次章において適用する場合について準用する。

２　法人税法施行令(昭和40年政令第97号)第14条の10第1項から第5項まで及び第7項から第11項までの規定は、法第2条の2第1項の規定を法第3章及び第3章において適用する場合について準用する。

３　法人税法(昭和40年法律第34号)第4条の7第1項に規定する受託法人(次項において「受託法人」という。)に対する法及びこの政令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

法第57条の10第1項	普通法人	普通法人、同法第4条の7第1項に規定する受託法人
法第61条の4第1項	交際費等の額(当該事業年度終了の日における資本金の額又は出資金の額(資本又は出資を有しない法人その他政令で定める法人にあっては、政令で定める金額)が1億円以下である法人については、当該交際費等の額のうち次に掲げる金額の合計額)	交際費等の額
法第68条の59第1項	普通法人	普通法人、同法第4条の7第1項に規定する受託法人
法第68条の66第1項	交際費等の額の合計額(当該連結親法人事業年度終了の日における当該連結親法人の資本金の額又は出資金の額(資本又は出資を有しない連結親法人その他政令で定める連結親法人にあっては、政令で定める金額)が1億円以下である場合には、当該交際費等の額の合計額のうち次に掲げる金額の合計額)	交際費等の額の合計額
第27条の4第16項	法人と	法人(これらの法人のうち法人税法第4条の7第1項に規定する受託法人に該当するものを除く。)と
第27条の11第1項	定めるもの	定めるもの並びに法人税法第4条の7第1項に規定する受託法人
第39条の39第19項	連結親法人又は	連結親法人(法人税法第4条の7第1項に規定する受託法人に該当するものを除く。)又は
第39条の45第1項	相互会社	相互会社及び法人税法第4条の7第1項に規定する受託法人

４　前3項に定めるもののほか、受託法人又は法人税法第2条第二十九号の二に規定する法人課税信託の受益者についての法(第4章から第6章までを除く。)又はこの政令(第3章の2から第5章までを除く。)の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


　第27条の4第8項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同条第14項第六号中「第2条第14項」を「第2条第15項」に改め、同条第25項の表第72条第1項第二号の項及び第81条の19第1項第一号イの項を削る。

　第27条の5第10項を同条第11項とし、同条第9項の表第72条第1項第二号の項及び第81条の19第1項第一号イの項を削り、同条第9項を同条第10項とし、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項の次に次の1項を加える。

８　法第42条の5第6項に規定する政令で定めるリース取引は、法人税法施行令第48条の2第5項第五号に規定する所有権移転外リース取引とする。


　第27条の6の見出しを「(中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第3項中「、第8項及び第9項」を削り、同条第8項から第15項までを削り、同条第16項中「第42条の6第7項」を「第42条の6第5項」に、「第68条の11第7項」を「第68条の11第5項」に、「法第42条の6第5項に規定する連結税額控除限度額等」を「同条第4項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第3項」を削り、「これらの規定」を「同項」に、「同条第5項」を「同条第4項」に、「第42条の6第4項」を「第42条の6第3項」に改め、同項を同条第8項とし、同条第17項を削り、同条第18項中「第42条の6第6項又は第7項の」を「第42条の6第5項の」に改め、「(同法第71条、第72条、第74条及び第80条の規定を同法第145条第1項において準用する場合を含む。)」を削り、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第42条の6第6項又は第7項(特定機械等を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の6第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第72条第1項第二号の項を削り、同表第74条第1項第二号の項及び第80条第1項の項中「第42条の6第6項又は第7項(特定機械等を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の6第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号イの項を削り、同表第134条の2第1項の項中「第42条の6第6項又は第7項(特定機械等を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の6第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第145条第2項の項を削り、同条第18項を同条第9項とする。


　第27条の7の見出しを「(事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第1項中「事業基盤強化設備」を「機械及び装置並びに器具及び備品」に改め、「同項に規定する」及び「、第10項及び第11項」を削り、「法第42条の7第1項に規定する器具及び備品」を「器具及び備品」に改め、同条第5項中「第14項において同じ。」を削り、同条第6項を削り、同条第7項中「第42条の7第1項第六号」を「第42条の7第1項第五号」に改め、同項を同条第6項とし、同条第8項を削り、同条第9項を同条第7項とし、同条第10項から第17項までを削り、同条第18項中「第42条の7第7項」を「第42条の7第5項」に、「第68条の12第7項」を「第68条の12第5項」に、「法第42条の7第5項に規定する連結税額控除限度額等」を「同条第4項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第3項」を削り、「これらの規定」を「同項」に、「同条第5項」を「同条第4項」に、「第42条の7第4項」を「第42条の7第3項」に改め、同項を同条第8項とし、同条第19項を削り、同条第20項中「第42条の7第6項又は第7項の」を「第42条の7第5項の」に改め、「(同法第71条、第72条、第74条及び第80条の規定を同法第145条第1項において準用する場合を含む。)」を削り、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第42条の7第6項又は第7項(事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の7第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第72条第1項第二号の項を削り、同表第74条第1項第二号の項及び第80条第1項の項中「第42条の7第6項又は第7項(事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の7第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号イの項を削り、同表第134条の2第1項の項中「第42条の7第6項又は第7項(事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の7第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第145条第2項の項を削り、同条第20項を同条第9項とし、同条第21項を同条第10項とする。


　第27条の9第1項中「平成19年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、同条第11項の表第72条第1項第二号の項及び第81条の19第1項第一号イの項を削る。


　第27条の10の見出しを「(沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第1項中「経営革新設備等」を「機械及び装置、器具及び備品並びに建物及びその附属設備」に、「第3項まで」を「以下この項」に改め、同条第2項から第9項までを削り、同条第10項中「第42条の10第7項」を「第42条の10第5項」に、「第68条の14第7項」を「第68条の14第5項」に、「法第42条の10第5項に規定する連結税額控除限度額等」を「同条第4項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第3項」を削り、「これらの規定」を「同項」に、「同条第5項」を「同条第4項」に、「第42条の10第4項」を「第42条の10第3項」に改め、同項を同条第2項とし、同条第11項を削り、同条第12項中「第42条の10第6項又は第7項の」を「第42条の10第5項の」に改め、「(同法第71条、第72条、第74条及び第80条の規定を同法第145条第1項において準用する場合を含む。)」を削り、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第42条の10第6項又は第7項(経営革新設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の10第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第72条第1項第二号の項を削り、同表第74条第1項第二号の項及び第80条第1項の項中「第42条の10第6項又は第7項(経営革新設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の10第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号イの項を削り、同表第134条の2第1項の項中「第42条の10第6項又は第7項(経営革新設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第42条の10第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第145条第2項の項を削り、同条第12項を同条第3項とする。


　第27条の11の見出しを「(情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第4項から第12項までを削り、同条第13項中「第42条の11第7項」を「第42条の11第5項」に、「第68条の15第7項」を「第68条の15第5項」に、「法第42条の11第5項に規定する連結税額控除限度額等」を「同条第4項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第3項」を削り、「これらの規定」を「同項」に、「同条第5項」を「同条第4項」に、「第42条の11第4項」を「第42条の11第3項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第14項を削り、同条第15項中「第42条の11第6項又は第7項の」を「第42条の11第5項の」に改め、「(同法第71条、第72条、第74条及び第80条の規定を同法第145条第1項において準用する場合を含む。)」を削り、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第42条の11第6項又は第7項(情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除)」を「第42条の11第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第72条第1項第二号の項を削り、同表第74条第1項第二号の項及び第80条第1項の項中「第42条の11第6項又は第7項(情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除)」を「第42条の11第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号イの項を削り、同表第134条の2第1項の項中「第42条の11第6項又は第7項(情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除)」を「第42条の11第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第145条第2項の項を削り、同条第15項を同条第5項とする。


　第28条第1項を次のように改める。

　法第43条第1項の表の第一号の上欄に規定する政令で定めるものは、大気の汚染、水質の汚濁その他の公共の災害の防止のため、その災害の基因となる有害物の除去又はその災害による被害の減少に著しい効果がある機械その他の減価償却資産で財務大臣が指定するもののうち、一台又は一基(通常一組又は一式をもって取引の単位とされるものにあっては、一組又は一式とする。)の取得価額(法人税法施行令第54条第1項各号の規定により計算した取得価額をいう。)が300万円以上のものとする。


　第28条第4項中「第1項第一号」を「同号の中欄」に、「に該当する構築物」を「のうち水質の汚濁の防止に資する構築物(これと同時に設置し、一体として使用する構築物を含む。)」に改める。


　第28条の5を次のように改める。

(集積区域における集積産業用資産の特別償却)
第28条の5　法第44条の2第1項に規定する政令で定める要件を満たすものは、次の各号に掲げる減価償却資産の区分に応じ当該各号に定めるものとする。

	一	機械及び装置 　次に掲げる要件を満たすもの
		イ	当該機械及び装置の一台又は一基(通常一組又は一式をもって取引の単位とされるものにあっては、一組又は一式とする。)の取得価額(法人税法施行令第54条第1項各号の規定により計算した取得価額をいう。以下この条において同じ。)が1,000万円以上であること。
		ロ	当該機械及び装置が定められた企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律第15条第2項に規定する承認企業立地計画に記載された同法第14条第2項第二号に規定する特定事業のための施設又は設備のうちの機械及び装置の取得価額の合計額が3億円以上であること。
	二	建物及びその附属設備 　一の建物及びその附属設備の取得価額の合計額が5億円以上のもの

　第28条の6第1項第一号中「第4条第2項」を「第6条第2項」に、「次号」を「以下この項」に改め、同項第二号中「第5条の2第2項」を「第8条第2項」に改め、同項第三号中「第7条第2項」を「第10条第2項」に改め、同項に次の二号を加える。

	四	産業活力再生特別措置法第12条第2項に規定する認定技術活用事業革新計画 　当該認定技術活用事業革新計画に記載された関係事業者及び当該認定技術活用事業革新計画に従って合併により設立された法人
	五	産業活力再生特別措置法第14条第2項に規定する認定経営資源融合計画 　当該認定経営資源融合計画に記載された関係事業者及び当該認定経営資源融合計画に従って合併により設立された法人

　第28条の8及び第28条の9を削る。


　第28条の10第1項中「第44条の7第1項第一号」を「第44条の6第1項第一号」に改め、同条第2項中「第44条の7第1項第二号」を「第44条の6第1項第二号」に、「生物資源を利用した製品を製造するために直接必要な」を「次に掲げる」に改め、「指定するもの」の下に「(第一号に掲げる減価償却資産にあっては、食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律第20条第2項第一号に規定する認定計画に記載されたものに限る。)」を加え、同項に次の各号を加える。

	一	生物資源のうち食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律第2条第3項に規定する食品循環資源を原材料とする肥料、飼料その他の製品の製造の用に供する機械その他の減価償却資産及び当該食品循環資源の収集又は運搬の用に供する機械その他の減価償却資産
	二	生物資源を利用した製を製造するために直接必要な機械その他の減価償却資産(前号に掲げる減価償却資産を除く。)

　第28条の10第3項中「第44条の7第1項第三号」を「第44条の6第1項第三号」に改め、同条を第28条の8とする。


　第28条の11第1項ただし書中「、区域」及び「若しくはこれに類する地区、水源地域」を削り、「、産業高度化地域」を「、水源地域、産業高度化地域」に改め、同項第一号を次のように改める。

	一	法第45条第1項の表の第一号の第一欄に掲げる地区において同号の第二欄に掲げる事業の用に供する設備の新設又は増設(以下この項において「新増設」という。)をする場合 　次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める期間
		イ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のイに掲げる地区において次に掲げる事業の用に供する設備の新増設をする場合 　次に掲げる事業の区分に応じそれぞれ次に定める期間
			(1)	第6項第一号イに掲げる事業 　半島振興法第2条第4項の規定による公示の日(その日が昭和61年4月1日前である場合には、同日)から23年間
			(2)	第6項第一号ロに掲げる事業 　第7項の規定による指定の日から平成21年3月31日までの期間
		ロ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のロに掲げる地区において第6項第二号に定める事業の用に供する設備の新増設をする場合 　過疎地域自立促進特別措置法第2条第2項の規定による公示の日から平成21年3月31日までの期間
		ハ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のハに掲げる地区のうち同欄のハに規定する離島振興対策実施地域として指定された地区において次に掲げる事業の用に供する設備の新増設をする場合 　次に掲げる事業の区分に応じそれぞれ次に定める期間
			(1)	第6項第三号イ及びロに掲げる事業 　離島振興法第2条第2項の規定による公示の日(その日が平成5年4月1日前である場合には、同日)から16年間
			(2)	第6項第三号ハに掲げる事業 　第7項の規定による指定の日から平成21年3月31日までの期間
		ニ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のハに掲げる地区のうち第4項に規定する地区において次に掲げる事業の用に供する設備の新増設をする場合 　次に掲げる事業の区分に応じそれぞれ次に定める期間
			(1)	第6項第三号イに掲げる事業 　平成16年4月1日(第4項に規定する地区のうち同号に規定する過疎地域に類する地区にあっては、第7項の規定による指定の日)から平成21年3月31日までの期間
			(2)	第6項第三号ロに掲げる事業 　平成16年4月1日から平成21年3月31日までの期間
			(3)	第6項第三号ハに掲げる事業 　第7項の規定による指定の日から平成21年3月31日までの期間
		ホ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のニに掲げる地区において第6項第四号に定める事業の用に供する設備の新増設をする場合 　水源地域対策特別措置法第3条第3項の規定による公示の日(その日が平成9年4月1日前である場合には、同日)から平成21年3月31日(同日前に当該地区に係る同法第2条第1項に規定する指定ダム等の供用開始日(当該指定ダム等の管理が開始された日として財務省令で定める日をいう。)が到来した場合には、当該供用開始日)までの期間

　第28条の11第1項第二号及び第三号を削り、同項第四号中「第四号」を「第二号」に、「新設又は増設」を「新増設」に、「平成19年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、同号を同項第二号とし、同項第五号中「第五号」を「第三号」に、「新設又は増設」を「新増設」に、「平成19年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、同号を同項第三号とし、同項第六号中「第六号」を「第四号」に、「新設又は増設」を「新増設」に、「平成19年3月31日」を「平成24年3月31日」に改め、同号を同項第四号とし、同条第2項中「2,500万円」を「2,000万円」に、「第四号」を「第二号」に、「第五号」を「第三号」に、「第六号」を「第四号」に改め、同条第3項中「第二号の第一欄」を「第一号の第一欄のロ」に、「同欄」を「同欄のロ」に改め、同条第4項から第8項までを次のように改める。

４　法第45条第1項の表の第一号の第一欄のハに規定する政令で定める地区は、奄美群島振興開発特別措置法第1条に規定する奄美群島とする。

５　法第45条第1項の表の第一号の第一欄のニに規定する水源地域として指定された地区のうち政令で定める地区は、平成4年4月1日以後に水源地域対策特別措置法第3条第1項の規定により水源地域として指定された地区とする。

６　法第45条第1項の表の第一号の第二欄に規定する政令で定める事業は、次の各号に掲げる地区の区分に応じ当該各号に定める事業とする。

	一	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のイに掲げる地区 　次に掲げる事業(ロに掲げる事業にあっては、当該地区のうち過疎地域に類する地区において行うものに限る。)
		イ	製造の事業
		ロ	旅館業法第2条に規定するホテル営業、旅館営業及び簡易宿所営業(これらの事業のうち財務省令で定めるものを除く。以下この条において「旅館業」という。)
	二	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のロに掲げる地区 　製造の事業、旅館業及びソフトウエア業
	三	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のハに掲げる地区 　次に掲げる事業(ハに掲げる事業にあっては、当該地区のうち過疎地域に類する地区において行うものに限る。)
		イ	製造の事業
		ロ	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のハに掲げる地区において生産された農林水産物又は当該農林水産物を原料若しくは材料として製造、加工若しくは調理をしたものを店舗において主に当該地区以外の地域の者に販売することを目的とする事業
		ハ	旅館業
	四	法第45条第1項の表の第一号の第一欄のニに掲げる地区 　製造の事業及び旅館業

７　前項第一号又は第三号に規定する過疎地域に類する地区は、法第45条第1項の表の第一号の第一欄のイに規定する半島振興対策実施地域として指定された地区又は同欄のハに規定する離島振興対策実施地域として指定された地区及び第4項に規定する奄美群島のうち、次に掲げる要件のいずれかに該当する半島又は離島の地域として国土交通大臣、総務大臣及び農林水産大臣が指定する地区とする。

	一	半島又は離島の昭和35年の国勢調査の結果による総人口から当該半島又は離島の平成7年の国勢調査の結果による総人口を控除して得た人口を当該半島又は離島の昭和35年の当該総人口で除して得た数値(以下この項において「35年間人口減少率」という。)が0.3以上であること。
	二	35年間人口減少率が0.25以上であって、半島又は離島の平成7年の国勢調査の結果による総人口のうち65歳以上の人口を当該総人口で除して得た数値(第四号において「高齢者比率」という。)が0.24以上であること。
	三	35年間人口減少率が0.25以上であって、半島又は離島の平成7年の国勢調査の結果による総人口のうち15歳以上30歳未満の人口を当該総人口で除して得た数値(第五号において「若年者比率」という。)が0.15以下であること。
	四	35年間人口減少率が0.19以上であって、高齢者比率が0.28以上であること。
	五	35年間人口減少率が0.19以上であって、若年者比率が0.14以下であること。
	六	半島又は離島の昭和45年の国勢調査の結果による総人口から当該半島又は離島の平成7年の国勢調査の結果による総人口を控除して得た人口を当該半島又は離島の昭和45年の当該総人口で除して得た数値が0.19以上であること。

８　法第45条第1項の表の第一号の第三欄に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる事業の区分に応じ当該各号に定める減価償却資産とする。

	一	製造の事業 　その用に供する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備(第四号において「工場用建物等」という。)
	二	第6項第三号ロに掲げる事業 　その用に供する機械及び装置並びに建物及びその附属設備
	三	旅館業 　その用に供する建物(その構造及び設備が旅館業法第3条第2項に規定する基準を満たすものに限る。第12項において「旅館業用建物」という。)及びその附属設備
	四	ソフトウエア業 　その用に供する機械及び装置並びに建物及びその附属設備(工場用建物等を除く。)

　第28条の11第9項を削り、同条第10項中「第四号」を「第二号」に改め、同項を同条第9項とし、同条第11項中「第四号」を「第二号」に改め、同項を同条第10項とし、同条第12項中「第五号」を「第三号」に改め、同項を同条第11項とし、同条第13項中「第六号」を「第四号」に改め、「第6項に規定する」を削り、「第7項第一号ロに規定する旅館業の用に供する建物」を「旅館業用建物」に改め、同項を同条第12項とし、同条を第28条の9とする。


　第28条の12第1項中「次項において同じ。」を削り、同条第2項を削り、同条第3項中「第45条の2第1項第三号」を「第45条の2第1項第二号」に改め、同項を同条第2項とし、同項の次に次の1項を加える。

３　法第45条の2第2項に規定する政令で定める施設は、次に掲げる施設とする。

	一	介護保険法(平成9年法律第123号)第8条第25項に規定する介護老人保健施設
	二	介護保険法第78条の2第1項に規定する事業所のうち同法第8条第17項に規定する小規模多機能型居宅介護又は同条第18項に規定する認知症対応型共同生活介護を行う施設として財務省令で定めるもの
	三	老人福祉法(昭和38年法律第133号)第20条の6に規定する軽費老人ホーム(身体の機能の低下等により自立した日常生活を営むことについて不安があると認められる者であって、家族による援助を受けることが困難なものが入所する施設として財務省令で定めるものに限る。)
	四	老人福祉法第29条第1項に規定する有料老人ホーム(財務省令で定める基準を満たすものに限る。)

　第28条の12第6項中「第45条の2第4項」を「第45条の2第3項」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項中「第45条の2第4項」を「第45条の2第3項」に改め、同項を同条第6項とし、同条第4項を同条第5項とし、同項の前に次の1項を加え、同条を第28条の10とする。

４　法第45条の2第2項に規定する政令で定める割合は、100分の50とする。


　第29条の3を次のように改める。

(事業所内託児施設等の割増償却)
第29条の3　法第46条の3第1項に規定する政令で定める要件は、同項に規定する一般事業主行動計画を厚生労働大臣に届け出ており、かつ、当該一般事業主行動計画の内容を公表していることとする。


　第29条の4の見出しを「(優良賃貸住宅の割増償却)」に改め、同条第1項中「この条」を「この項及び次項」に改め、同項第四号中「第4項において同じ。」を削り、同条第3項から第5項までを削り、同条第6項を同条第3項とし、同条第7項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に、「第39条の63第6項」を「第39条の63第3項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第8項を同条第5項とし、同条第9項を削る。


　第29条の5第1項に次の一号を加える。

三

施設建築物(前二号に掲げる部分を除く。)のうち法人が取得する部分であって住宅の用に供する部分

　第29条の5第2項第三号中「以下この条において同じ。」を削り、同条第3項中「次に掲げる者」を「当該都市再生事業に係る都市再生特別措置法第23条に規定する認定事業者に該当する法人」に改め、同項各号を削り、同条第5項中「次に掲げる者」を「当該都市再生整備事業に係る都市再生特別措置法第65条に規定する認定整備事業者に該当する法人」に改め、同項各号を削り、同条第12項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第29条の6第4項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第30条第1項第一号を削り、同項第二号中「、第13項」及び「、第46条第1項(第一号に係る部分に限る。)」を削り、同号を同項第一号とし、同項第三号から第五号までを一号ずつ繰り上げ、同項第六号中「附則第106条又は第107条第10項」を「附則第107条第10項」に、「若しくは」を「又は」に改め、「第42条の11第1項又は」を削り、同号を同項第五号とし、同項に次の一号を加える。

六

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第93条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第45条の2第2項、第46条の3又は第47条第3項の規定

　第30条第2項第一号中「定率法(法人税法施行令第48条第1項第一号イ(2)に掲げる定率法をいう。以下この条において同じ。)」を「旧定率法(法人税法施行令第48条第1項第一号イ(2)に掲げる旧定率法をいう。以下この号及び次号において同じ。)又は定率法(法人税法施行令第48条の2第1項第二号ロに掲げる定率法をいう。以下この号及び次号において同じ。)」に、「(以下この条」を「(次号」に、「定率法に」を「旧定率法又は定率法に」に、「金額をいう。以下この条」を「金額をいう。次号及び第三号」に改め、同項第二号中「定率法」を「旧定率法又は定率法」に改め、同条第3項中「第六号」を「第七号」に、「第七号から第十二号まで」を「第八号から第十四号まで」に改め、同項第一号中「第45条の2第2項、」を削り、「、第46条の3、第47条第1項若しくは第3項、第47条の2又は第48条」を「又は第46条の3から第48条まで」に改め、同項第二号中「附則第23条第13項、第15項」を「附則第23条第15項」に改め、「第46条第1項(第一号に係る部分に限る。)、」を削り、同項第四号中「第十号」を「第十一号」に改め、同項第五号中「第十一号」を「第十二号」に改め、同項第六号中「第十二号」を「第十三号」に改め、同項第十二号を同項第十三号とし、同項第九号から第十一号までを一号ずつ繰り下げ、同項第八号中「附則第28条第2項」を「附則第28条第3項」に改め、「第68条の30、」を削り、同号を同項第九号とし、同項第七号中「第68条の29第2項、」を削り、「、第68条の34第1項若しくは第3項、第68条の35又は第68条の36」を「又は第68条の34から第68条の36まで」に改め、同号を同項第八号とし、同項第六号の次に次の一号を加える。

七

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号。以下この号及び第十四号において「平成19年改正法」という。)附則第93条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成19年改正法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第45条の2第2項、第46条の3又は第47条第3項の規定

　第30条第3項に次の一号を加える。

十四

平成19年改正法附則第117条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成19年改正法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の29第2項、第68条の32又は第68条の34第3項の規定

　第30条第4項中「第六号」を「第七号」に、「前項第七号から第十二号まで」を「前項第八号から第十四号まで」に改める。


　第31条中「第六号」を「第七号」に、「前条第3項第七号から第十二号まで」を「前条第3項第八号から第十四号まで」に改める。


　第32条第1項第一号を削り、同項第二号中「、第13項」及び「、第46条(第1項第一号に係る部分に限る。)」を削り、同号を同項第一号とし、同項第三号から第五号までを一号ずつ繰り上げ、同項第六号中「附則第106条又は第107条第10項」を「附則第107条第10項」に、「若しくは」を「又は」に改め、「第42条の11又は」を削り、同号を同項第五号とし、同号の次に次の一号を加える。

六

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第93条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第45条の2(第2項に係る部分に限る。)、第46条の3又は第47条(第3項に係る部分に限る。)の規定

　第32条の2第8項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に改め、同条第11項第二号中「第61条の2第12項」を「第61条の2第17項」に改め、同項第三号中「第61条の2第13項」を「第61条の2第18項」に改める。


　第33条の5第19項及び第20項中「平成19年3月31日」を「平成22年3月31日」に改める。


　第36条第5項中「第66条の9の3第3項」を「第66条の9の7第3項」に、「及び第39条の20の5第14項」を「(第39条の20の12第2項においてその例による場合を含む。)」に、「第112条第12項」を「第112条第13項」に改める。


　第37条第2項第一号中「第42条の6第6項若しくは第7項、法第42条の7第6項若しくは第7項」を「第42条の6第5項、法第42条の7第5項」に、「第42条の10第6項若しくは第7項、法第42条の11第6項若しくは第7項」を「第42条の10第5項、法第42条の11第5項」に改め、同条第4項第二号中「第9条の9第4項」を「第9条の9第5項」に改める。

　第3章第4節の2を次のように改める。
　　　第4節の2　認定農業生産法人等の課税の特例


(農業経営基盤強化準備金)
第37条の2　法第61条の2第1項に規定する政令で定める計画は、次に掲げる計画とする。

	一	農業経営基盤強化促進法第23条第1項の認定に係る同条第7項に規定する特定農用地利用規程に定める同条第4項に規定する特定農業団体についての農業経営基盤強化促進法施行令(昭和55年政令第219号)第5条第二号に規定する農業生産法人となることに関する計画
	二	前号に掲げるもののほか、法第61条の2第1項に規定する農業経営基盤強化に関する事項が定められている計画として財務省令で定めるもの

２　法第61条の2第1項第一号に規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等(法第61条の3第1項に規定する農用地等をいう。)の取得に充てるための金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第61条の2第1項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項及び法第61条の3の規定を適用せず、かつ、当該事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入して計算した場合の当該事業年度の所得の金額とする。

４　第32条の2第14項から第16項までの規定は、法第61条の2第1項の農業経営基盤強化準備金(連結事業年度において積み立てた法第68条の64第1項の農業経営基盤強化準備金を含む。)を積み立てている法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合における法第61条の2第4項に規定する農業経営基盤強化準備金の金額の益金算入について準用する。この場合において、第32条の2第16項中「適格合併、適格分割、第一号に掲げる場合の適格現物出資以外の適格現物出資又は適格事後設立により特定法人の株式等又は法第55条第4項第一号に規定する資源特定債権(以下この項において「資源特定債権」という。)を移転した」とあるのは「当該法人が被合併法人となる適格合併が行われた」と、「又は分割型分割の日」とあるのは「の日」と、同項第一号中「、特定法人の株式等若しくは資源特定債権の全部を有しないこととなった場合(次号に掲げる場合を除く。)、適格現物出資により外国法人である被現物出資法人(資源開発投資法人に該当するものを除く。)に特定法人の株式等若しくは資源特定債権の全部を移転した場合又は当該特定法人が解散し、若しくは特定法人でないこととなった場合」とあるのは「又は法第61条の2第3項第一号から第三号までに掲げる場合」と、「その」とあるのは「これらの場合に」と、同項第二号中「合併又は分割型分割により合併法人又は分割承継法人に特定法人の株式等又は資源特定債権の全部を移転した」とあるのは「当該法人が被合併法人となる合併が行われた」と、「その合併又は分割型分割の」とあるのは「その合併」と読み替えるものとする。


(農用地等を取得した場合の課税の特例)
第37条の3　法第61条の3第1項に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得及び合併又は分割による取得とする。

２　法第61条の3第1項第一号ロに規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等(同項に規定する農用地等をいう。以下この条において同じ。)の取得に充てるための金額であって法第61条の2第1項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第61条の3第1項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の規定を適用せず、かつ、当該事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入して計算した場合の当該事業年度の所得の金額とする。

４　法第61条の3第1項の規定の適用を受けた農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該農用地等の取得価額に算入しない。

５　適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(以下この項において「適格合併等」という。)により法第61条の3第1項又は第68条の65第1項の規定の適用を受けた農用地等の移転を受けた合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人(その適格合併等の後において連結法人に該当するものを除く。)が当該農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併等に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人において当該農用地等の取得価額に算入されなかった金額は、当該農用地等の取得価額に算入しない。

６　法第61条の3第1項の規定の適用を受ける農用地等については、同項の規定によりその帳簿価額が1円未満となるべき場合においても、その帳簿価額として1円以上の金額を付するものとする。


　第38条の4第1項中「同号イ(4)」を「同号イ(3)」に改め、同条第2項を次のように改める。

２　法第62条の3第2項第一号ロに規定する政令で定める譲渡は、次の各号に掲げる要件のいずれにも該当する場合の当該事業年度における株式又は出資(以下この項において「株式等」という。)の譲渡(第21条第5項各号に規定する株式の譲渡を除く。第二号において同じ。)とする。

	一	当該事業年度終了の日以前3年内のいずれかの時において、土地所有法人(その有する資産の価額の総額のうちに土地等の価額の合計額の占める割合が100分の70以上である法人をいう。以下この項において同じ。)の特殊関係株主等(その土地所有法人の法人税法第2条第十四号に規定する株主等並びに当該株主等と法人税法施行令第4条第1項及び第2項に規定する特殊の関係その他これに準ずる関係のある者をいう。以下この項及び次条第1項において同じ。)が有する当該土地所有法人の株式等の数又は金額が当該土地所有法人の発行済株式又は出資(当該土地所有法人が有する自己の株式等を除く。次号において「発行済株式等」という。)の総数又は総額の100分の30以上であり、かつ、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者がその特殊関係株主等であること。
	二	当該事業年度において、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者を含む当該土地所有法人の特殊関係株主等が当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の5に当該事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した数又は金額以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をし、かつ、当該事業年度終了の日以前3年内において、当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の15以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をしたこと。

　第38条の4第3項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、「算入される金額」の下に「(当該益金の額に算入される金額のうちに法人税法施行令第124条第1項第二号ロに掲げる金額に相当する金額及び同条第4項第二号に掲げる金額が含まれている場合には、これらの金額を控除した金額)」を加え、同項第一号中「、法第62条の3第2項第一号イ(3)に掲げる行為(第5項第一号において「特定目的信託の設定」という。)をした場合には、その時における当該行為に係る土地等の価額とし」を削り、同項第二号中「受益権」を「出資」に改め、同条第4項中「株式等若しくは受益権」を「株式若しくは出資」に改め、同条第5項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同項第一号ニを削り、同号ホを同号ニとし、同項第二号中「受益権」を「出資」に改め、同条第6項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同項第一号中「株式等若しくは受益権」を「株式若しくは出資」に改め、同条第7項中「第2項第一号ロ及び第二号ロ並びに」を「第2項第二号及び」に改め、同条第8項中「第40項」を「第42項」に改め、同条第9項中「、第4項」を「及び第4項」に改め、「及び同号に規定する特定目的信託の設定」を削り、同条第12項第四号中「第290条第三号」を「第301条第三号」に、「第289条第1項」を「第300条第1項」に改め、同項に次の一号を加える。

六

都市再生特別措置法第74条第四号に掲げる業務を行う同法第73条第1項に規定する都市再生整備推進法人(民法第34条の規定により設立された法人でその設立当初において拠出をされた金額の2分の1以上の金額が地方公共団体により拠出をされ、かつ、その寄附行為又は定款において、その法人が解散した場合にその残余財産が地方公共団体又は当該法人と類似の目的をもつ他の公益を目的とする事業を行う法人に帰属する旨の定めがあるものに限る。)

　第38条の4第42項を同条第44項とし、同条第41項を同条第43項とし、同条第40項中「第62条の3第4項第十一号から第十六号まで」を「第62条の3第4項第十二号から第十七号まで」に改め、同項を同条第42項とし、同条第39項を同条第41項とし、同条第38項中「第33項」を「第35項」に改め、同項を同条第40項とし、同条第37項を同条第39項とし、同条第34項から第36項までを2項ずつ繰り下げ、同条第33項中「同条第4項第十一号から第十六号まで」を「同条第4項第十二号から第十七号まで」に改め、同項を同条第35項とし、同条第32項中「第30項第一号から第五号まで」を「第32項第一号から第五号まで」に改め、同項を同条第34項とし、同条第31項を同条第33項とし、同条第30項中「同条第4項第十一号から第十四号までの造成又は同項第十五号若しくは第十六号」を「同条第4項第十二号から第十五号までの造成又は同項第十六号若しくは第十七号」に、「同条第4項第十一号ロ」を「同条第4項第十二号ロ」に、「同項第十二号」を「同項第十三号」に、「同項第十四号ハ」を「同項第十五号ハ」に、「同項第十五号ニ」を「同項第十六号ニ」に、「同項第十六号」を「同項第十七号」に、「及び第32項」を「及び第34項」に改め、同項第一号中「第62条の3第4項第十一号」を「第62条の3第4項第十二号」に改め、同項第二号中「第62条の3第4項第十二号」を「第62条の3第4項第十三号」に改め、同項第三号中「第62条の3第4項第十三号」を「第62条の3第4項第十四号」に改め、同項第四号中「第62条の3第4項第十四号」を「第62条の3第4項第十五号」に改め、同項第五号中「第62条の3第4項第十五号」を「第62条の3第4項第十六号」に改め、同項第六号中「第32項」を「第34項」に改め、同項を同条第32項とし、同条第29項中「第62条の3第4項第十六号イ」を「第62条の3第4項第十七号イ」に改め、同項を同条第31項とし、同条第28項中「第62条の3第4項第十五号ニ」を「第62条の3第4項第十六号ニ」に改め、同項を同条第30項とし、同条第27項中「第62条の3第4項第十五号ロ」を「第62条の3第4項第十六号ロ」に改め、同項を同条第29項とし、同条第26項中「第62条の3第4項第十四号ハ」を「第62条の3第4項第十五号ハ」に改め、同項を同条第28項とし、同条第25項中「第62条の3第4項第十四号イ」を「第62条の3第4項第十五号イ」に改め、同項を同条第27項とし、同条第24項中「第62条の3第4項第十三号イ」を「第62条の3第4項第十四号イ」に改め、同項を同条第26項とし、同条第23項中「第62条の3第4項第十二号」を「第62条の3第4項第十三号」に改め、同項を同条第25項とし、同条第22項中「第62条の3第4項第十一号イ」を「第62条の3第4項第十二号イ」に、「同項第十一号イ」を「同項第十二号イ」に改め、同項を同条第24項とし、同条第21項中「第62条の3第4項第十一号及び第十四号」を「第62条の3第4項第十二号及び第十五号」に改め、同項を同条第23項とし、同条第20項中「第62条の3第4項第十号」を「第62条の3第4項第十一号」に改め、同項第二号イ中「再開発等促進区」の下に「又は同条第4項に規定する開発整備促進区」を加え、「同条第4項第二号」を「同条第5項第二号」に改め、同項を同条第22項とし、同条第19項中「第62条の3第4項第九号」を「第62条の3第4項第十号」に改め、同項を同条第21項とし、同条第18項中「第62条の3第4項第九号に規定する政令」を「第62条の3第4項第十号に規定する政令」に改め、同項第一号中「第62条の3第4項第九号」を「第62条の3第4項第十号」に改め、同項第二号イ中「規定する再開発等促進区内」の下に「又は同条第4項に規定する開発整備促進区内」を加え、「都市施設又は同条第4項第二号」を「都市施設又は同条第5項第二号」に改め、同号ロ中「第62条の3第4項第九号」を「第62条の3第4項第十号」に改め、同項を同条第20項とし、同条第17項中「第62条の3第4項第八号」を「第62条の3第4項第九号」に改め、同項を同条第19項とし、同条第16項中「第62条の3第4項第七号」を「第62条の3第4項第八号」に改め、同項を同条第18項とし、同条第15項中「第62条の3第4項第六号」を「第62条の3第4項第七号」に改め、同項を同条第17項とし、同条第14項の次に次の2項を加える。

15　法第62条の3第4項第六号に規定する政令で定める要件は、第一号及び第二号(密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第8条に規定する認定建替計画(以下この項において「認定建替計画」という。)に定められた同法第4条第4項第一号に規定する建替事業区域(第二号において「建替事業区域」という。)の周辺の区域からの避難に利用可能な通路を確保する場合にあっては、第一号及び第3号)に掲げる要件とする。

	一	認定建替計画に定められた新築する建築物の敷地面積がそれぞれ100平方メートル以上であり、かつ、当該敷地面積の合計が500平方メートル以上であること。
	二	認定建替計画に定められた建替事業区域内に密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第2条第十号に規定する公共施設が確保されていること。
	三	その確保する通路が次に掲げる要件を満たすこと。
		イ	密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第289条第4項の認可を受けた同条第1項に規定する避難経路協定(その避難経路協定を締結した同項に規定する土地所有者等に地方公共団体が含まれているものに限る。)において同項に規定する避難経路として定められていること。
		ロ	幅員4メートル以上のものであること。

16　法第62条の3第4項第六号に規定する政令で定める土地等の譲渡は、同号に規定する認定事業者である法人に対する当該法人の株主又は社員の有する土地等の譲渡とする。


　第38条の5第1項第一号中「、同条第4項」を「及び同条第4項」に改め、「及び同号に規定する特定目的信託の設定」を削り、「、当該賃借権の設定等又は当該特定目的信託の設定」を「又は当該賃借権の設定等」に改め、同項第二号中「株式(出資を含む。」を「株式又は出資(」に改め、同号イ(2)中「この項」を「この号」に改め、同項第三号を削り、同項第四号を同項第三号とし、同条第2項中「及び第三号」を削り、同条第4項中「株式等又は受益権」を「株式又は出資」に改め、同条第9項中「次に掲げる者」を「宅地建物取引業法第2条第三号に規定する宅地建物取引業者(新築された住宅又は住宅の敷地の用に供される宅地の分譲の事業を行うものに限る。)」に、「当該宅地の譲渡を受けた者が」を「当該宅地建物取引業者が」に改め、同項各号を削り、同条第23項中「次に掲げる」を「雇用保険法等の一部を改正する法律(平成19年法律第30号)附則第87条の規定による改正前の勤労者財産形成促進法第9条第1項の貸付けを受けた事業主が同項第一号に規定する勤労者のうちから公正な方法により決定した者に対して行う当該貸付けに係る」に改め、同項各号を削り、同条第24項中「前条第35項」を「前条第37項」に改め、同条第25項中「前条第37項」を「前条第39項」に改め、同条第26項中「前条第41項及び第42項」を「前条第43項及び第44項」に、「前条第41項中」を「前条第43項中」に改める。


　第39条第26項中「第14条の5第三号ロ」を「第14条の8第三号ロ」に改める。


　第39条の5第7項中「第29項第四号及び第30項」を「第30項第四号及び第31項」に改め、同条第12項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同条第33項を同条第34項とし、同条第32項中「第65条の4第1項第二十二号」を「第65条の4第1項第二十三号」に改め、同項を同条第33項とし、同条第31項中「第65条の4第1項第二十一号」を「第65条の4第1項第二十二号」に改め、同項を同条第32項とし、同条第30項中「第65条の4第1項第二十号」を「第65条の4第1項第二十一号」に改め、同項を同条第31項とし、同条第29項中「第65条の4第1項第二十号」を「第65条の4第1項第二十一号」に改め、同項を同条第30項とし、同条第28項中「第65条の4第1項第十九号」を「第65条の4第1項第二十号」に、「特定旅客施設、一般交通用施設又は公共用施設」を「生活関連施設又は一般交通用施設」に改め、同項を同条第29項とし、同条第27項中「第65条の4第1項第十九号」を「第65条の4第1項第二十号」に改め、同項を同条第28項とし、同条第26項中「第65条の4第1項第十八号」を「第65条の4第1項第十九号」に改め、同項を同条第27項とし、同条第25項中「第65条の4第1項第十八号」を「第65条の4第1項第十九号」に、「同項第十八号」を「同項第十九号」に改め、同項を同条第26項とし、同条第24項中「第65条の4第1項第十四号」を「第65条の4第1項第十五号」に改め、同項を同条第25項とし、同条第23項中「第65条の4第1項第十四号」を「第65条の4第1項第十五号」に改め、同項を同条第24項とし、同条第22項中「第65条の4第1項第十三号」を「第65条の4第1項第十四号」に改め、同項を同条第23項とし、同条第21項中「第65条の4第1項第十二号に」を「第65条の4第1項第十三号に」に改め、同項第一号中「第65条の4第1項第十二号イ」を「第65条の4第1項第十三号イ」に改め、「受けた法人」の下に「で、中小企業等協同組合法第9条の2第7項に規定する特定共済組合及び同法第9条の9第4項に規定する特定共済組合連合会以外のもの」を加え、同号イ(2)中「同法第6条」を「中小小売商業振興法施行令第2条第二号」に改め、同項第二号中「第65条の4第1項第十二号ロ」を「第65条の4第1項第十三号ロ」に改め、同項を同条第22項とし、同条第20項中「第65条の4第1項第十二号に」を「第65条の4第1項第十三号に」に改め、同項第一号中「第65条の4第1項第十二号イ」を「第65条の4第1項第十三号イ」に改め、同項第二号中「第65条の4第1項第十二号ロ」を「第65条の4第1項第十三号ロ」に改め、同項第三号中「第65条の4第1項第十二号ハ」を「第65条の4第1項第十三号ハ」に改め、同項を同条第21項とし、同条第19項中「第65条の4第1項第十一号イ」を「第65条の4第1項第十二号イ」に改め、同項を同条第20項とし、同条第18項中「第65条の4第1項第十一号」を「第65条の4第1項第十二号」に改め、同項を同条第19項とし、同条第17項中「第65条の4第1項第十一号」を「第65条の4第1項第十二号」に改め、同項を同条第18項とし、同条第16項の次に次の1項を加える。

17　法第65条の4第1項第十一号に規定する政令で定める都市再生整備推進法人は、民法第34条の規定により設立された法人でその設立当初において拠出をされた金額の2分の1以上の金額が地方公共団体により拠出をされ、かつ、その寄附行為又は定款において、その法人が解散した場合にその残余財産が地方公共団体又は当該法人と類似の目的をもつ他の公益を目的とする事業を行う法人に帰属する旨の定めがあるものとする。


　第39条の7第1項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第9項第二号イ中「再開発等促進区」の下に「又は同条第4項に規定する開発整備促進区」を加え、「同条第4項第二号」を「同条第5項第二号」に改め、同条第10項第二号イ(1)中「同条第6項第二号」を「同条第7項第二号」に改め、同条第11項第二号中「第62条の3第4項第十号」を「第62条の3第4項第十一号」に改め、同条第60項中「第20項」を「第21項」に改め、同項を同条第61項とし、同条第59項を同条第60項とし、同条第56項から第58項までを1項ずつ繰り下げ、同条第55項中「第21項」を「第22項」に改め、同項を同条第56項とし、同条第54項を同条第55項とし、同条第53項中「第14条の5第三号ロ」を「第14条の8第三号ロ」に改め、同項を同条第54項とし、同条第52項を同条第53項とし、同条第49項から第51項までを1項ずつ繰り下げ、同条第48項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同項を同条第49項とし、同条第47項を同条第48項とし、同条第42項から第46項までを1項ずつ繰り下げ、同条第41項中「第36項及び第37項」を「第37項及び第38項」に改め、同項を同条第42項とし、同条第40項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同項を同条第41項とし、同条第39項を同条第40項とし、同条第38項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同項を同条第39項とし、同条第37項中「第十七号」を「第十八号」に改め、同項を同条第38項とし、同条第34項から第36項までを1項ずつ繰り下げ、同条第33項中「第35項」を「第36項」に、「第31項第二号」を「第32項第二号」に改め、同項を同条第34項とし、同条第32項を同条第33項とし、同条第29項から第31項までを1項ずつ繰り下げ、同条第28項中「第35項」を「第36項」に改め、同項を同条第29項とし、同条第27項を同条第28項とし、同条第21項から第26項までを1項ずつ繰り下げ、同条第20項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同項を同条第21項とし、同条第19項中「第十七号」を「第十八号」に改め、同項を同条第20項とし、同条第18項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同項を同条第19項とし、同条第17項の次に次の1項を加える。

18　法第65条の7第1項の表の第十六号の上欄に規定する政令で定める基準は、第一号及び第二号(密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第8条に規定する認定建替計画(以下この項において「認定建替計画」という。)に定められた同法第4条第4項第一号に規定する建替事業区域(第二号において「建替事業区域」という。)の周辺の区域からの避難に利用可能な通路を確保する場合にあっては、第一号及び第三号)に掲げる基準とする。

	一	認定建替計画に定められた新築する建築物の敷地面積がそれぞれ100平方メートル以上であり、かつ、当該敷地面積の合計が500平方メートル以上であること。
	二	認定建替計画に定められた建替事業区域内に密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第2条第十号に規定する公共施設が確保されていること。
	三	その確保する通路が次に掲げる要件を満たすこと。
		イ	密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第289条第4項の認可を受けた同条第1項に規定する避難経路協定(その避難経路協定を締結した同項に規定する土地所有者等に地方公共団体が含まれているものに限る。)において同項に規定する避難経路として定められていること。
		ロ	幅員4メートル以上のものであること。

　第39条の9第20項中「第14条の5第三号ロ」を「第14条の8第三号ロ」に改める。


　第39条の9の2第1項第一号イ中「第2条第3項に規定する既成市街地、同条第4項」を「第2条第4項」に改め、同号ロ中「第2条第3項に規定する既成都市区域、同条第4項」を「第2条第4項」に改め、同号ハ中「第2条第3項に規定する都市整備区域又は同条第4項」を「第2条第4項」に改め、同条第13項中「第14条の5第三号ロ」を「第14条の8第三号ロ」に改める。


　第3章第8節の2の節名中「課税の特例」を「課税の特例等」に改める。


　第39条の12第5項中「第1条の2第1項第二号」を「第1条の3第1項第二号」に改め、第3章第8節の2中同条の次に次の1条を加える。

(国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予の申請手続等)
第39条の12の2　法第66条の4の2第1項に規定する法人税の額及び当該法人税の額に係る加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額は、次に掲げる金額の合計額とする。

	一	法第66条の4の2第1項に規定する申立てに係る更正決定(法第66条の4第16項第一号に掲げる更正決定をいう。以下この号及び第3項第二号において同じ。)により納付すべき法人税の額(次号において「更正決定に係る法人税の額」という。)から、当該更正決定のうち法第66条の4の2第1項に規定する法人税の額に係る部分がなかったものとして計算した場合に納付すべきものとされる法人税の額(次号において「猶予対象以外の法人税の額」という。)を控除した金額
	二	更正決定に係る法人税の額を基礎として課することとされる加算税(国税通則法第69条に規定する加算税をいう。以下この号において同じ。)の額から、猶予対象以外の法人税の額を基礎として課することとされる加算税の額を控除した金額

２　法第66条の4の2第1項に規定する合意がない場合その他の政令で定める場合は次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める日は国税庁長官が当該各号に掲げる場合に該当する旨を通知した日とする。

	一	法第66条の4の2第1項に規定する協議(以下この項において「相互協議」という。)を継続した場合であっても同条第1項の合意(次号及び第三号において「合意」という。)に至らないと国税庁長官が認める場合(同条第5項各号に掲げる場合を除く。)において、国税庁長官が当該相互協議に係る条約相手国(第1条の3第1項第二号に規定する租税条約の我が国以外の締約国をいう。次号において同じ。)の権限ある当局に当該相互協議の終了の申入れをし、当該権限ある当局の同意を得たとき。
	二	相互協議を継続した場合であっても合意に至らないと当該相互協議に係る条約相手国の権限ある当局が認める場合において、国税庁長官が当該権限ある当局から当該相互協議の終了の申入れを受け、国税庁長官が同意をしたとき。
	三	法第66条の4の2第1項に規定する法人税の額に関し合意が行われた場合において、当該合意の内容が当該法人税の額を変更するものでないとき。

３　法第66条の4の2第1項の規定による納税の猶予を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、同項の申立てをしたことを証する書類その他の財務省令で定めるものを添付し、これを国税通則法第46条第1項に規定する税務署長等に提出しなければならない。

	一	当該猶予を受けようとする法人の名称及び納税地(その納税地と本店又は主たる事務所の所在地とが異なる場合には、名称及び納税地並びにその本店又は主たる事務所の所在地)
	二	納付すべき更正決定に係る法人税の事業年度、納期限及び金額
	三	前号の金額のうち当該猶予を受けようとする金額
	四	当該猶予を受けようとする金額が50万円を超える場合には、その申請時に提供しようとする国税通則法第50条各号に掲げる担保の種類、数量、価額及び所在(その担保が保証人の保証であるときは、保証人の名称又は氏名及び本店若しくは主たる事務所の所在地又は住所若しくは居所)その他担保に関し参考となるべき事項(担保を提供することができない特別の事情があるときは、その事情)

４　法第66条の4の2第1項の規定による納税の猶予を受けた法人税についての国税通則法施行令(昭和37年政令第135号)第23条第1項の規定の適用については、同項中「納税の猶予又は」とあるのは、「納税の猶予(租税特別措置法第66条の4の2第1項(国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予)の規定による納税の猶予を含む。)又は」とする。


　第39条の13第1項第一号中「法人税の」を削り、同条第2項中「には、前項の平均負債残高超過額は、当該控除した残額」を「における前項の規定の適用については、同項第一号中「イに掲げる金額からロに掲げる金額を控除した残額がハに掲げる金額」とあるのは「当該内国法人の当該事業年度の法第66条の5第1項に規定する総負債に係る平均負債残高から当該内国法人の当該事業年度に係る同条第4項第七号に規定する自己資本の額に3を乗じて得た金額を控除した残額(以下この項において「総負債平均負債残高超過額」という。)がロに掲げる金額」と、「法第66条の5第4項第一号」とあるのは「同条第4項第一号」と、「イに掲げる金額からハに掲げる金額を控除した残額(次号及び次項において「平均負債残高超過額」という。)」とあるのは「総負債平均負債残高超過額」と、同項第二号中「前号イに掲げる金額から同号ロに掲げる金額を控除した残額が同号ハに掲げる金額」とあるのは「総負債平均負債残高超過額が前号ロに掲げる金額」と、「平均負債残高超過額」とあるのは「総負債平均負債残高超過額」」に改め、同条第11項第三号中「をいう」の下に「。第28項において同じ」を加え、同条第13項第三号中「第26項」を「第27項」に改め、同条第29項中「相当する金額」の下に「(同条第2項の規定により同条第1項の規定を読み替えて適用する場合にあっては、同条第2項の規定により読み替えて適用する同号に規定する総負債平均負債残高超過額に相当する金額)」を加え、同項を同条第30項とし、同条第28項中「第17項まで、第21項、第22項、第26項」を「第18項まで、第22項、第23項、第27項」に改め、同項の表第6項の項中「第21項」を「第22項」に改め、同表第11項第三号の項中「をいう」の下に「。第28項において同じ」を加え、同表第13項及び第15項の項の次に次のように加える。

第16項

同条第六号に規定する公益法人等

公益法人等

　第39条の13第28項の表第21項の項中「第21項」を「第22項」に改め、同表第22項の項中「第22項」を「第23項」に改め、同項を同条第29項とし、同項の前に次の1項を加える。

28　法第66条の5第4項第九号に規定する政令で定める国内源泉所得は、非居住者にあっては同号の非居住者が所得税法第164条第1項第一号から第三号までに掲げる非居住者のいずれに該当するかに応じ当該非居住者のこれらの規定に定める国内源泉所得(租税条約(第1条の3第1項第二号に規定する租税条約をいう。以下この項において同じ。)の規定により所得税が軽減され、又は免除される所得を除く。)とし、外国法人にあっては法第66条の5第4項第九号の外国法人が法人税法第141条第一号から第三号までに掲げる外国法人のいずれに該当するかに応じ当該外国法人のこれらの規定に定める国内源泉所得(租税条約の規定により法人税が軽減され、又は免除される所得を除く。)とする。


　第39条の13第27項を削り、同条第26項を同条第27項とし、同条第25項中「第18項」を「第19項」に改め、同項を同条第26項とし、同条第24項を同条第25項とし、同条第23項を同条第24項とし、同条第22項中「第17項」を「第18項」に改め、同項を同条第23項とし、同条第21項中「第23項」を「第24項」に改め、同項を同条第22項とし、同条第20項を同条第21項とし、同条第19項第一号中「第23項」を「第24項」に改め、同項を同条第20項とし、同条第18項を同条第19項とし、同条第17項を同条第18項とし、同条第16項を同条第17項とし、同条第15項の次に次の1項を加える。

16　法第66条の5第4項第三号に規定するその他政令で定めるものは、法人税法第2条第五号に規定する公共法人又は同条第六号に規定する公益法人等に支払う負債の利子等とする。


　第39条の14第2項第二号ロ中「第1条の2第1項第二号」を「第1条の3第1項第二号」に改め、同条第3項第一号中「第6項」を「第8項」に改める。


　第39条の15第1項中「この節」を「この条及び次条第1項から第3項まで」に改め、同項第一号中「第8款」を「第10款」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同項第二号中「第4項第一号まで」を「この節」に改め、同条第2項第十三号中「組合損失額」を「組合等損失額」に改め、同条第3項第一号中「次号」を「以下この節」に改め、同項第三号及び第四号を削り、同条第4項第二号中「及び次条第3項第一号」を「並びに次条第3項及び第7項」に、「が異なる」を「の内容が異なる」に、「(次条第3項第一号」を「(次条第3項」に、「剰余金の配当等の額のその総額」を「剰余金の配当等の額がその総額のうち」に改め、同項第三号及び第四号を削り、同条第5項中「、第68条の3の7第1項」を削り、同条第7項中「第十八号」を「第十九号」に改める。


　第39条の16第1項中「法人所得税(前条第1項第二号に規定する法人所得税をいう。以下この項において同じ。)の額が第一号」を「法人所得税の額が同号」に改め、同項第二号イ中「法人所得に係る」を削り、同号ハ及びニを削り、同条第2項中「第一号及び第三号」を「以下この節」に、「、当該内国法人」を「又は当該内国法人」に改め、「又は当該内国法人に係る法第66条の9の2第2項第一号に規定する外国関係信託(当該特定外国子会社等に係る控除未済課税済配当等の額を有するものに限る。)につき第四号に掲げる事実が生じた場合」を削り、同項第一号中「前項第二号イからニまで」を「前項第二号イ及びロ」に改め、「(次項第一号ロに規定する請求権勘案間接保有株式等をいう。次号において同じ。)」を削り、同項第二号中「前項第二号イからニまで」を「前項第二号イ及びロ」に改め、同項第三号中「法第66条の6第1項に規定する課税対象留保金額(次項第二号において「課税対象留保金額」という。)若しくは法第68条の90第1項に規定する」を「課税対象留保金額若しくは」に、「法第66条の8第1項又は第68条の92第1項」を「同項又は法第68条の92第1項」に改め、同項第四号を削り、同条第3項を次のように改める。

３　前項及びこの項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。

	一	請求権勘案保有株式等 　内国法人が直接に有する外国法人の株式等の数又は金額(当該外国法人が請求権の内容が異なる株式等を発行している場合には、当該外国法人の発行済株式等に、当該内国法人が当該請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合を乗じて計算した数又は金額)及び請求権勘案間接保有株式等を合計した数又は金額をいう。
	二	請求権勘案間接保有株式等 　外国法人の発行済株式等に、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、それぞれ次に定める割合の合計割合)を乗じて計算した株式等の数又は金額をいう。
		イ	当該外国法人の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この条において同じ。)である他の外国法人(イにおいて「他の外国法人」という。)の発行済株式等の全部又は一部が内国法人により所有されている場合 　当該内国法人の当該他の外国法人に係る持株割合(その株主等の有する株式等の数又は金額が当該株式等の発行法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該発行法人が請求権の内容が異なる株式等を発行している場合には、その株主等が当該請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合)をいう。以下この号において同じ。)に当該他の外国法人の当該外国法人に係る持株割合を乗じて計算した割合(当該他の外国法人が二以上ある場合には、二以上の当該他の外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
		ロ	当該外国法人と他の外国法人(その発行済株式等の全部又は一部が内国法人により所有されているものに限る。以下この号において「他の外国法人」という。)との間に一又は二以上の外国法人(以下この号において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合であって、当該内国法人、当該他の外国法人、出資関連外国法人及び当該外国法人が株式等の所有を通じて連鎖関係にある場合 　当該内国法人の当該他の外国法人に係る持株割合、当該他の外国法人の出資関連外国法人に係る持株割合、出資関連外国法人の他の出資関連外国法人に係る持株割合及び出資関連外国法人の当該外国法人に係る持株割合を順次乗じて計算した割合(当該連鎖関係が二以上ある場合には、当該二以上の連鎖関係につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	三	控除未済課税済配当等の額 　当該内国法人に係る外国関係会社が前項第三号に掲げる事実が生じた日前2年以内の期間において当該内国法人に係る特定外国子会社等から受けた剰余金の配当等の額(法第66条の8第1項第二号に定める金額を含む。)で当該特定外国子会社等に係る前項の規定による課税対象留保金額の計算上控除されないもの(当該特定外国子会社等に係る第39条の19第2項又は第3項の規定により算定した法第66条の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額に含まれないものを含む。)のうち、当該内国法人の当該外国関係会社を通じて保有する当該特定外国子会社等の請求権勘案間接保有株式等に対応する部分の金額(既に前項及び同条第1項並びに第39条の116第2項及び法第68条の92第1項の規定の適用に充てられた部分の金額を除く。)をいう。

　第39条の16第4項中「又は第四号」を削り、同条第5項中「(以下この節において「間接保有の株式等」という。)」を削り、同項各号を次のように改める。

	一	当該外国法人の株主等である他の外国法人(以下この号において「他の外国法人」という。)の発行済株式等の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されている場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る持株割合(その株主等の有する株式等の数又は金額が当該株式等の発行法人の発行済株式等のうちに占める割合をいう。以下この項において同じ。)に当該他の外国法人の当該外国法人に係る持株割合を乗じて計算した割合(当該他の外国法人が二以上ある場合には、二以上の当該他の外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	当該外国法人と他の外国法人(その発行済株式等の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されているものに限る。以下この項において「他の外国法人」という。)との間に一又は二以上の外国法人(以下この項において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合であって、当該個人又は内国法人、当該他の外国法人、出資関連外国法人及び当該外国法人が株式等の所有を通じて連鎖関係にある場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る持株割合、当該他の外国法人の出資関連外国法人に係る持株割合、出資関連外国法人の他の出資関連外国法人に係る持株割合及び出資関連外国法人の当該外国法人に係る持株割合を順次乗じて計算した割合(当該連鎖関係が二以上ある場合には、当該二以上の連鎖関係につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

　第39条の16第8項中「第66条の6第3項に規定する」を「第66条の6第3項の規定により読み替えて適用する同条第1項の」に、「同項」を「同条第3項」に改め、同項を同条第10項とし、同条第7項中「規定する」を「掲げる」に改め、同項を同条第9項とし、同条第6項中「第66条の6第2項第四号」を「第66条の6第2項第六号」に、「、内国法人又は特定信託の受託者である法人と」を「又は内国法人と」に改め、同項第二号イ中「、内国法人又は特定信託の受託者である法人」を「又は内国法人」に改め、同項を同条第8項とし、同条第5項の次に次の2項を加える。

６　法第66条の6第2項第四号に規定する間接に有するものとして政令で定める外国法人の議決権の数は、外国法人の議決権(同条第1項第一号イに規定する議決権をいう。以下この項において同じ。)の総数に、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)を乗じて計算した議決権の数とする。

	一	当該外国法人の株主等である他の外国法人(以下この号において「他の外国法人」という。)の議決権の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されている場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る議決権割合(その株主等の有する議決権の数がその総数のうちに占める割合をいう。以下この項において同じ。)に当該他の外国法人の当該外国法人に係る議決権割合を乗じて計算した割合(当該他の外国法人が二以上ある場合には、二以上の当該他の外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	当該外国法人と他の外国法人(その議決権の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されているものに限る。以下この項において「他の外国法人」という。)との間に一又は二以上の外国法人(以下この項において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合であって、当該個人又は内国法人、当該他の外国法人、出資関連外国法人及び当該外国法人が議決権の所有を通じて連鎖関係にある場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る議決権割合、当該他の外国法人の出資関連外国法人に係る議決権割合、出資関連外国法人の他の出資関連外国法人に係る議決権割合及び出資関連外国法人の当該外国法人に係る議決権割合を順次乗じて計算した割合(当該連鎖関係が二以上ある場合には、当該二以上の連鎖関係につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

７　法第66条の6第2項第五号に規定する間接に有する外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額として政令で定めるものは、外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)を乗じて計算した剰余金の配当等の額とする。

	一	当該外国法人の株主等である他の外国法人(以下この号において「他の外国法人」という。)の株式等の請求権の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されている場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る請求権割合(その株主等の有する株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合をいう。以下この項において同じ。)に当該他の外国法人の当該外国法人に係る請求権割合を乗じて計算した割合(当該他の外国法人が二以上ある場合には、二以上の当該他の外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	当該外国法人と他の外国法人(その株式等の請求権の全部又は一部が個人又は内国法人により所有されているものに限る。以下この項において「他の外国法人」という。)との間に一又は二以上の外国法人(以下この項において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合であって、当該個人又は内国法人、当該他の外国法人、出資関連外国法人及び当該外国法人が株式等の請求権の所有を通じて連鎖関係にある場合 　当該個人又は内国法人の当該他の外国法人に係る請求権割合、当該他の外国法人の出資関連外国法人に係る請求権割合、出資関連外国法人の他の出資関連外国法人に係る請求権割合及び出資関連外国法人の当該外国法人に係る請求権割合を順次乗じて計算した割合(当該連鎖関係が二以上ある場合には、当該二以上の連鎖関係につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

　第39条の17第1項第一号中「特定外国子会社等」を「同項に規定する特定外国子会社等(以下この項において「特定外国子会社等」という。)」に改め、同項第二号及び第三号中「及び第68条の90第1項各号に掲げる者、法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)並びに」を「、第68条の90第1項各号及び」に改め、同項第四号を削り、同項第五号中「若しくは第68条の90第1項各号に掲げる者又は法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)」を「又は第68条の90第1項各号に掲げる者」に、「間接保有の株式等を」を「間接保有の株式等(法第66条の6第2項第三号に規定する間接に有するものとして政令で定める外国法人の株式の数又は出資の金額をいう。)を」に改め、「若しくは外国信託」を削り、「他の外国法人等及び出資関連外国法人等」を「他の外国法人及び出資関連外国法人」に改め、同号を同項第四号とし、同項第六号中「第66条の6第2項第四号」を「第66条の6第2項第六号」に改め、同号を同項第五号とし、同条第2項第一号中「及び第68条の90第1項各号に掲げる者、法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)並びに」を「、第68条の90第1項各号及び」に改める。


　第39条の18第1項中「特定外国子会社等」の下に「(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」を加え、「(法第66条の6第1項に規定する適用対象留保金額をいう。以下この項において同じ。)」を削り、「法第66条の6第1項に規定する課税対象留保金額(以下この条において「課税対象留保金額」という。)」を「課税対象留保金額」に改め、同条第3項第二号中「法第68条の90第1項に規定する個別課税対象留保金額(第12項において「個別課税対象留保金額」という。)に相当する金額につき同条第1項」を「個別課税対象留保金額に相当する金額につき法第68条の90第1項」に改め、同条第6項中「「個別控除対象外国法人税の額と」を「「個別控除対象外国法人税の額」と」に改め、同条第12項及び第17項中「若しくは外国関係信託」を削る。


　第39条の19第1項中「同項に規定する特定外国子会社等」を「、同項に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」に、「第39条の16第3項第二号」を「第39条の16第3項第三号」に改め、「以下この項及び」及び「とし、法第66条の8第1項に規定する外国関係信託のうち政令で定めるものは当該特定外国子会社等に係る控除未済課税済配当等の額を有する外国関係信託」を削り、同条第2項中「同項に規定する特定外国子会社等」を「特定外国子会社等」に、「法第66条の6第1項に規定する課税対象留保金額(第三号において「課税対象留保金額」という。)」を「課税対象留保金額」に改め、同項第一号中「法第66条の8第1項第一号に定める剰余金の配当等の額が」を削り、「この号及び次号において同じ。)若しくは外国関係信託(当該内国法人に係る特定外国信託及び法第68条の93の2第1項に規定する特定外国信託を除く。以下この号及び次号において同じ。)でその受ける」を「この項において同じ。)でその受ける法第66条の8第1項第一号に定める」に改め、「若しくは信託所在地国」、「法人所得に係る軽課税基準若しくは信託所得に係る」及び「若しくは特定外国信託(法第68条の93の2第1項に規定する特定外国信託を含む。以下この項において同じ。)」を削り、「当該外国関係信託並びに当該他の特定外国子会社等及び当該特定外国信託」を「当該他の特定外国子会社等」に改め、「請求権勘案間接保有株式等」の下に「(第39条の16第3項第二号に規定する請求権勘案間接保有株式等をいう。次号において同じ。)」を加え、同項第二号中「法第66条の8第1項第二号に定める金額が」を削り、「若しくは外国関係信託でその受ける金額」を「でその受ける法第66条の8第1項第二号に定める金額」に改め、「若しくは信託所在地国」、「法人所得に係る軽課税基準若しくは信託所得に係る」及び「若しくは特定外国信託」を削り、「当該外国関係信託並びに当該他の特定外国子会社等及び当該特定外国信託」を「当該他の特定外国子会社等」に改め、同項第三号中「法第66条の6第1項に規定する」及び「法第68条の90第1項に規定する」を削り、「法第66条の8第1項又は第68条の92第1項」を「同項又は法第68条の92第1項」に改め、同項第四号を削り、同条第3項第二号及び第三号中「法第66条の6第1項に規定する」を削り、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項を同条第7項とし、同条第5項中「同条第3項に規定する」及び「(以下この項において「被合併法人等」という。)」を削り、同項を同条第6項とし、同条第4項中「法第66条の8第3項に規定する被合併法人等」を「被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(次項において「被合併法人等」という。)」に改め、同項第一号中「第6項」を「第7項」に改め、同項第三号中「第7項」を「第8項」に改め、同項を同条第5項とし、同条第3項の次に次の1項を加える。

４　法第66条の8第1項に規定する内国法人が当該内国法人に係る特定外国子会社等に係る同項に規定する課税済留保金額及び当該内国法人に係る法第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人(当該特定外国子会社等と同一の外国法人に限る。)に係る法第66条の9の8第1項に規定する課税済留保金額を有する場合には、法第66条の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に定める金額から法第66条の9の8第1項の規定により損金の額に算入される金額を控除した残額を基礎として前2項の規定により計算した金額を限度とする。


　第39条の20第1項中「当該各号に規定する」を「これらの法人に係る」に改め、同条第2項中「株式等」を「株式等の数」に改め、同条に次の2項を加える。

５　法人税法施行令第14条の10第1項から第5項まで及び第7項から第11項までの規定は、法第66条の6第7項の規定を同条(第3項、第4項及び第6項を除く。)から法第66条の9までの規定並びに第39条の14から第39条の16(第10項を除く。)まで及び第39条の18からこの条までの規定において適用する場合について準用する。

６　前項に定めるもののほか、法人税法第4条の7に規定する受託法人又は法人課税信託の受益者についての法第66条の6(第3項、第4項及び第6項を除く。)から第66条の9までの規定又は第39条の14から第39条の16(第10項を除く。)まで若しくは第39条の18からこの条までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


　第3章第8節の5を次のように改める。
　　　第8節の5　削除


第39条の20の2から第39条の20の7まで　削除


　第3章第8節の5の次に次の1節を加える。
　　　第8節の6　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例


(特殊関係株主等の範囲等)
第39条の20の8　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定める特殊の関係のある個人は、次に掲げる個人とする。

	一	特定株主等(法第66条の9の6第2項第一号に規定する特定株主等をいう。以下この項及び次項において同じ。)に該当する個人と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人
	二	特定株主等に該当する法人の役員(法人税法第2条第十五号に規定する役員をいう。以下この節において同じ。)
	三	特殊関係内国法人(法第66条の9の6第2項第二号に規定する特殊関係内国法人をいう。以下この節において同じ。)の役員
	四	前二号に掲げる役員に係る法人税法施行令第72条の3各号に掲げる者

２　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定める特殊の関係のある法人は、次に掲げる法人とする。

	一	特定株主等の一人(個人である特定株主等については、その一人及びこれと前項第一号に規定する特殊の関係のある個人。以下この項において同じ。)が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	二	特定株主等の一人及びこれと前号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	三	特定株主等の一人及びこれと前二号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人

３　法人税法施行令第4条第3項及び第4項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

４　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定める関係は、同項に規定する特殊関係株主等(以下この節において「特殊関係株主等」という。)と特殊関係内国法人との間に特殊関係株主等の特殊関係内国法人に係る間接保有株式等保有割合(次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)をいう。)が100分の80以上である関係がある場合における当該関係とする。

	一	特殊関係内国法人の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この節において同じ。)である外国法人(特殊関係株主等に該当するものを除く。以下この号において同じ。)の発行済株式又は出資(自己が有する自己の株式又は出資を除く。)の総数又は総額(以下この節において「発行済株式等」という。)の100分の80以上の数又は金額の株式等(株式又は出資をいう。以下この節において同じ。)が特殊関係株主等によって所有されている場合 　当該株主等である外国法人の有する特殊関係内国法人の株式等の数又は金額が当該特殊関係内国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	特殊関係内国法人の株主等である法人(前号に掲げる場合に該当する同号の株主等である外国法人及び特殊関係株主等に該当する法人を除く。)と特殊関係株主等との間にこれらの者と株式等の所有を通じて連鎖関係にある一又は二以上の法人(当該株主等である法人が内国法人であり、かつ、当該一又は二以上の法人のすべてが内国法人である場合の当該一又は二以上の内国法人及び特殊関係株主等に該当する法人を除く。以下この号において「出資関連法人」という。)が介在している場合(出資関連法人及び当該株主等である法人がそれぞれその発行済株式等の100分の80以上の数又は金額の株式等を特殊関係株主等又は出資関連法人(その発行済株式等の100分の80以上の数又は金額の株式等が特殊関係株主等又は他の出資関連法人によって所有されているものに限る。)によって所有されている場合に限る。) 　当該株主等である法人の有する特殊関係内国法人の株式等の数又は金額が当該特殊関係内国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

５　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定める外国法人は、次に掲げる外国法人とする。

	一	前項に規定する間接保有株式等保有割合が100分の80以上である場合における同項第一号に規定する株主等である外国法人に該当する外国法人
	二	前項に規定する間接保有株式等保有割合が100分の80以上である場合における同項第二号に規定する株主等である法人に該当する外国法人及び同号に規定する出資関連法人に該当する外国法人
	三	前二号に掲げる外国法人がその発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有する外国法人(前二号に掲げる外国法人に該当するもの及び特殊関係株主等に該当するものを除く。)

６　前項第三号において発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有するかどうかの判定は、同項第一号及び第二号に掲げる外国法人の他の外国法人(同項第一号又は第二号に掲げる外国法人に該当するもの及び特殊関係株主等に該当するものを除く。以下この項において同じ。)に係る直接保有株式等保有割合(前項第一号及び第二号に掲げる外国法人の有する他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合をいう。)と同項第一号及び第二号に掲げる外国法人の当該他の外国法人に係る間接保有株式等保有割合(次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)をいう。)とを合計した割合により行うものとする。

	一	当該他の外国法人の株主等である外国法人の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等が前項第一号及び第二号に掲げる外国法人によって所有されている場合 　当該株主等である外国法人の有する当該他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	当該他の外国法人の株主等である外国法人(前号に掲げる場合に該当する同号の株主等である外国法人を除く。)と前項第一号及び第二号に掲げる外国法人との間にこれらの者と株式等の所有を通じて連鎖関係にある一又は二以上の外国法人(以下この号において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合(出資関連外国法人及び当該株主等である外国法人がそれぞれその発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を同項第一号及び第二号に掲げる外国法人又は出資関連外国法人(その発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等が同項第一号及び第二号に掲げる外国法人又は他の出資関連外国法人によって所有されているものに限る。)によって所有されている場合に限る。) 　当該株主等である外国法人の有する当該他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

７　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定める外国関係法人は、次に掲げるものとする。

	一	法人の所得に対して課される税が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有する外国関係法人(法第66条の9の6第1項に規定する外国関係法人をいう。以下この節において同じ。)
	二	その各事業年度の所得に対して課される租税の額が当該所得の金額の100分の25以下である外国関係法人

８　第39条の14第2項の規定は、外国関係法人が前項第二号の外国関係法人に該当するかどうかの判定について準用する。

９　法第66条の9の6第2項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人は、内国法人の株主等と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人とする。

10　法第66条の9の6第2項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある法人は、次に掲げる法人とする。

	一	内国法人の株主等(当該内国法人が自己の株式等を有する場合の当該内国法人を除く。以下この項において「判定株主等」という。)の一人(個人である判定株主等については、その一人及びこれと前項に規定する特殊の関係のある個人。以下この項において同じ。)が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	二	判定株主等の一人及びこれと前号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	三	判定株主等の一人及びこれと前二号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人

11　法人税法施行令第4条第3項及び第4項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

12　法第66条の9の6第2項第二号に規定する政令で定める内国法人は、合併、分割、事業の譲渡その他の事由(以下この項において「特定事由」という。)により、同号に規定する特定内国法人の当該特定事由の直前の資産及び負債のおおむね全部の移転を受けた内国法人とする。


(特定外国法人の未処分所得の金額の計算)
第39条の20の9　法第66条の9の6第2項第三号に規定する政令で定める基準により計算した金額は、同条第1項に規定する特定外国法人(以下この条並びに次条第1項及び第2項において「特定外国法人」という。)の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、第39条の15第1項若しくは第2項又は同条第3項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第66条の9の6第2項第三号に規定する欠損の金額に係る調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、前項の規定により計算した金額(以下この項において「調整所得金額」という。)から当該各事業年度開始の日前7年以内に開始した事業年度(平成19年10月1日前に開始した事業年度及び特定外国法人(法第40条の10第1項又は第68条の93の6第1項に規定する特定外国法人を含む。)に該当しなかった事業年度を除く。)において生じた欠損金額(この項又は第39条の120の9第2項の規定により当該各事業年度前の事業年度において控除されたものを除く。)の合計額(当該合計額が当該各事業年度の調整所得金額を超える場合には、当該調整所得金額)に相当する金額を控除した金額とする。

３　前項に規定する欠損金額とは、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額について、第1項の規定により計算した場合に算出される欠損の金額をいう。

４　第39条の15第7項及び第8項の規定は、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、同条第1項又は第2項の規定の例により計算する場合について準用する。


(特定外国法人の課税対象留保金額の計算等)
第39条の20の10　法第66条の9の6第1項の未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び剰余金の配当等の額に関する調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の同条第2項第三号に規定する未処分所得の金額につき、第39条の16第1項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第66条の9の6第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人の各事業年度の適用対象留保金額(同項に規定する適用対象留保金額をいう。以下この節において同じ。)につき、第39条の16第2項から第4項までの規定の例により計算した金額とする。

３　第39条の16第5項の規定は、法第66条の9の6第2項第四号に規定する間接に有するものとして政令で定める外国法人の株式の数又は出資の金額について準用する。この場合において、第39条の16第5項第一号中「一部が個人」とあるのは「一部が居住者(法第2条第1項第一号の二に規定する居住者をいう。以下この項において同じ。)」と、「当該個人」とあるのは「当該居住者」と、同項第二号中「個人」とあるのは「居住者」と読み替えるものとする。

４　法第66条の9の6第3項の規定により読み替えて適用する同条第1項の政令で定める費用の額は、同条第3項に規定する特定外国法人の事業に従事する当該特定外国法人の役員及び使用人に係る人件費の額の合計額につき、第39条の16第10項の規定の例により計算した金額とする。


(特定外国法人の事業の判定等)
第39条の20の11　法第66条の9の6第4項第一号に規定する政令で定める者は、次に掲げる者とする。

	一	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う同項に規定する特定外国法人(以下この項において「特定外国法人」という。)に係る特殊関係株主等に該当する連結法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者を除く。)
	二	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する法人の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を有する者(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者及び前号に掲げる者に該当する者を除く。)
	三	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する連結法人(当該連結法人が連結子法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人)の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を有する者(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者及び前二号に掲げる者に該当する者を除く。)
	四	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に係る外国関係法人
	五	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に介在する第39条の20の8第4項第二号に規定する株主等である法人又は出資関連法人(第一号又は前号に掲げる者に該当する者を除く。)
	六	次に掲げる者と法第66条の9の6第2項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある者(同条第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係内国法人に該当する者及び特殊関係株主等に該当する者並びに前各号に掲げる者に該当する者を除く。)
		イ	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人
		ロ	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係内国法人
		ハ	法第66条の9の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する個人又は法人
		ニ	前各号に掲げる者

２　第39条の17第2項及び第3項の規定は、法第66条の9の6第4項第一号に規定する政令で定める場合について準用する。この場合において、第39条の17第2項第一号中「法第40条の4第1項各号、第66条の6第1項各号、第68条の90第1項各号及び前項各号」とあるのは、「法第66条の9の6第2項第二号に規定する特殊関係内国法人、同条第1項に規定する特殊関係株主等及び第39条の20の11第1項各号」と読み替えるものとする。

３　第39条の17第5項の規定は、法第66条の9の6第4項第二号に規定する政令で定める場合について準用する。


(特定外国法人の課税対象留保金額に係る外国法人税額の計算等)
第39条の20の12　法第66条の9の7第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する特定外国法人(第3項において「特定外国法人」という。)の適用対象留保金額を有する事業年度の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。第3項において同じ。)の額につき、第39条の18第1項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第66条の9の7第1項の規定により特殊関係株主等である内国法人が納付する法人税法第69条第1項に規定する控除対象外国法人税の額とみなして同条第1項から第7項まで、第10項及び第15項から第18項までの規定を適用する場合におけるこれらの規定の適用に関する事項については、第39条の18第2項から第10項まで及び第12項から第17項までの規定の例による。

３　法第66条の9の7第3項に規定する政令で定める事業年度は、特定外国法人の所得に対して課された外国法人税の額が前項の規定によりその例によるものとされる第39条の18第3項各号のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める事業年度とする。


(特定外国法人の課税済配当等の額の計算)
第39条の20の13　法第66条の9の8第1項に規定する外国関係法人のうち政令で定めるものは、同項に規定する特定外国法人(以下第3項までにおいて「特定外国法人」という。)に係る控除未済課税済配当等の額(特定外国法人の各事業年度の適用対象留保金額につき第39条の20の10第2項の規定により第39条の16第2項から第4項までの規定の例により計算する場合の同条第3項第三号に規定する控除未済課税済配当等の額をいう。)を有する外国関係法人とする。

２　法第66条の9の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人又は当該内国法人に係る外国関係法人につき同項各号に掲げる事実が生じた場合における同項各号に定める金額につき、第39条の19第2項及び第3項の規定の例により計算した金額とする。

３　法第66条の9の8第1項に規定する特殊関係株主等である内国法人が当該内国法人に係る特定外国法人に係る同項に規定する課税済留保金額及び当該内国法人に係る法第66条の6第1項に規定する特定外国子会社等(当該特定外国法人と同一の外国法人に限る。)に係る法第66条の8第1項に規定する課税済留保金額を有する場合には、法第66条の9の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に定める金額から法第66条の8第1項の規定により損金の額に算入される金額を控除した残額を基礎として前項の規定により計算した金額を限度とする。

４　法第66条の9の8第3項において準用する法第66条の8第3項から第6項までの規定の適用に関する事項については、第39条の19第5項から第8項までの規定の例による。

５　第39条の19第9項の規定は、法第66条の9の8第1項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である内国法人の利益積立金額の計算について準用する。


(特定関係の判定等)
第39条の20の14　法第66条の9の6第1項の規定を適用する場合において、内国法人が同条第2項第一号に規定する特定内国法人に該当するかどうかの判定については同条第1項に規定する特定関係の発生の基因となる事実が生ずる直前の現況によるものとし、その後に特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に当該特定関係があるかどうかの判定及び外国法人が外国関係法人に該当するかどうかの判定については当該特殊関係内国法人の各事業年度終了の時の現況による。

２　前項の規定により、特殊関係内国法人の各事業年度終了の時において、外国法人が外国関係法人に該当するものと判定された場合には、当該外国関係法人(法第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人に該当するものに限る。)のその判定された日を含む各事業年度の適用対象留保金額につき、同条の規定を適用する。

３　特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等である内国法人が当該内国法人に係る外国関係法人の各事業年度終了の日以後2月を経過する日までの間に合併により解散した場合には、その有する当該外国関係法人の法第66条の9の6第2項第四号に規定する直接及び間接保有の株式等の数(以下この項において「直接及び間接保有の株式等の数」という。)でその合併に係る合併法人(当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等に該当するもの及びその合併により当該内国法人が有する当該外国関係法人の直接及び間接保有の株式等の数の移転を受けることにより当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等に該当することとなるものに限る。以下この項において同じ。)が移転を受けたものは、その合併法人が当該外国関係法人の各事業年度終了の日において有する直接及び間接保有の株式等の数とみなす。

４　第39条の20第3項及び第4項の規定は、法第66条の9の6第1項の規定により特殊関係株主等である内国法人の益金の額に算入された金額がある場合の法人税法第67条第3項及び第5項の規定の適用並びに当該内国法人の利益積立金額の計算について準用する。

５　法人税法施行令第14条の10第1項から第5項まで及び第7項から第11項までの規定は、法第66条の9の6第8項の規定を同条(第3項、第4項及び第6項を除く。)から法第66条の9の9までの規定並びに第39条の20の8から第39条の20の10(第4項を除く。)まで及び第39条の20の12からこの条までの規定において適用する場合について準用する。

６　前項に定めるもののほか、法人税法第4条の7に規定する受託法人又は法人課税信託の受益者についての法第66条の9の6(第3項、第4項及び第6項を除く。)から第66条の9の9までの規定又は第39条の20の8から第39条の20の10(第4項を除く。)まで若しくは第39条の20の12からこの条までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


　第39条の22第2項第八号中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める。


　第39条の23の次に次の1条を加える。

(特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例)
第39条の23の2　法第66条の12第1項に規定する政令で定める寄附金は、同項に規定する特定地域雇用会社を指定した地域再生法第8条第1項に規定する認定地方公共団体の長が同法第15条第3項の規定により同項に規定する要件に該当することを確認した寄附金とする。

２　民法第34条の規定により設立された法人が地域再生法第5条第3項第三号に規定する事業と法人税法施行令第77条第1項第三号イからアまでに規定する業務のうちいずれか一以上の業務とを一体のものとして行う場合における同条の規定の適用については、同号サ中「二以上の業務を」とあるのは「いずれか一以上の業務と地域再生法(平成17年法律第24号)第5条第3項第三号(地域再生計画の認定)に規定する事業とを」と、「当該二以上の」とあるのは「当該いずれか一以上の」と、同条第2項中「財務大臣」とあるのは「財務大臣及び内閣総理大臣」とする。


　第39条の24第1項中「第66条の12第1項」を「第66条の13第1項」に改め、同条第2項から第7項までを削る。


　第39条の27第5項中「取りこわし、」を「取壊し、」に、「取りこわし等」を「取壊し等」に改める。


　第39条の29第1項中「受益証券」を「受益権」に改める。


　第39条の31の前の見出しを「(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)」に改め、同条第3項第三号中「組合員」の下に「又は受益者(法第67条の12第1項に規定する受益者をいう。以下この条において同じ。)」を、「組合債務」の下に「又は信託債務(その信託(同項に規定する信託に限る。以下この条において同じ。)の受託者が信託財産に属する財産をもって履行する責任を負う債務(当該受益者の債務を除く。)をいう。以下この条において同じ。)」を加え、同条第4項中「組合事業による組合損金額」を「組合事業又は信託による組合等損金額」に、「並びに法第67条の15第1項」を「、法第67条の15第1項、法第68条の3の2第1項並びに法第68条の3の3第1項」に、「第112条第12項」を「第112条第13項」に、「損金の額に算入される金額に限る。)のうち当該組合事業に帰せられる部分」を「損金の額に算入される金額に限る。)のうち、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託費用帰属額(法人税法第12条第1項の規定により当該法人の費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる費用の額をいう。)に係る部分」に、「組合事業による組合益金額」を「組合事業又は当該信託による組合等益金額」に、「益金の額に算入される金額に限る。)のうち当該組合事業に帰せられる部分」を「益金の額に算入される金額に限る。)のうち、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託収益帰属額(法人税法第12条第1項の規定により当該法人の収益とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益の額をいう。)に係る部分」に、「組合損失額」を「組合等損失額」に改め、同条第5項中「出資の価額」の下に「又は信託財産の帳簿価額」を、「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を、「その組合事業」の下に「又は信託」を加え、「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改め、同項第一号中「組合損失額又は組合利益額」を「組合等損失額又は組合等利益額」に、「(第三号において「最終組合損益計算期間」という。)の終了の時までに当該組合契約」を「の終了の時(信託にあっては、当該事業年度終了の時。第三号において「最終組合損益計算期間等終了時」という。)までに当該組合契約又は信託行為」に改め、「基づいて出資」の下に「又は信託」を加え、「の額及び」を「の額に」に、「)の価額」を「)に係る次に掲げる金額の合計額」に改め、「以外のもの」を削り、「に係る次に掲げる金額の合計額)の合計額」を「の価額)を加算した金額」に、「金銭又は」を「金銭若しくは」に改め、「した場合」の下に「又は資産の信託と併せて委託者の負債を信託財産に属する負債とした場合」を加え、「当該負債」を「これらの負債」に改め、同号イ中「組合財産に対する持分の割合」を「組合財産持分割合(組合財産に対する各組合員の持分の割合をいう。以下この条において同じ。)を合計した割合又は当該信託の他の受益者の当該現物資産に係る信託財産持分割合(現物資産の価額に対する各受益者が法人税法第12条第1項の規定により有するものとみなされる部分の価額の割合をいう。以下この条において同じ。)」に改め、同号ロ中「出資」の下に「又は当該信託」を加え、「組合財産に対する当該法人の持分の割合」を「組合財産持分割合又は当該現物資産に係る信託財産持分割合」に改め、同項第二号イ中「ニまで」を「ホまで」に、「同号ホ」を「同号ヘ」に、「当該組合事業に帰せられるもの」を「、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託損益帰属額(法人税法第12条第1項の規定により当該法人の収益及び費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益及び費用に係る損益の額をいう。ロにおいて同じ。)に係る部分の金額」に改め、同号ロ中「及びホ」を「、ホ及びヘ」に、「同号ヘ」を「同号ト」に、「当該組合事業に帰せられるもの」を「、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託損益帰属額に係る部分の金額」に改め、同項第三号中「最終組合損益計算期間終了の時までに」を「最終組合損益計算期間等終了時までに分配等(」に、「又は出資」を「若しくは出資」に、「以下この号において「分配等」という」を「)又は信託財産からの給付をいう。以下この号において同じ」に、「及び現物資産の価額」を「に現物資産に係る次に掲げる金額の合計額」に改め、「以外のもの」を削り、「に係る次に掲げる金額の合計額)の合計額」を「の価額)を加算した金額」に改め、同号イ中「組合財産に対する持分の割合」を「組合財産持分割合を合計した割合又は当該信託の他の受益者の当該現物資産に係る信託財産持分割合」に改め、同条第6項中「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を加え、「の承継をした」を「の承継(信託にあっては、信託に関する権利の移転として財務省令で定めるものを含む。以下この項において同じ。)を受けた」に、「うち当該承継をした」を「うち当該承継を受けた」に、「組合損益計算期間前の各組合損益計算期間」を「組合損益計算期間又は事業年度前の各組合損益計算期間又は各事業年度」に、「を締結していた」を「に係る組合員又は当該信託の受益者であった」に、「組合損益計算期間の直前の組合損益計算期間終了の時の調整出資金額」を「組合損益計算期間又は当該事業年度の直前の組合損益計算期間又は事業年度終了の時の調整出資等金額」に改め、同項第一号中「承継をした」を「承継を受けた」に、「又は計算期間の直前の組合損益計算期間又は計算期間」を「若しくは計算期間又は信託行為に定める信託の計算期間(以下この項において「計算期間等」という。)の直前の計算期間等の」に改め、「その組合事業」の下に「又は信託」を、「貸借対照表」の下に「その他これに準ずる書類」を加え、「組合事業に係る組合財産に対する当該」を「承継をした」に、「持分の割合」を「組合財産持分割合又は受益者の信託財産持分割合」に改め、同項第二号中「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改め、同項第三号中「組合員が当該」を「承継をした組合員又は受益者が当該」に改め、「資産」の下に「又は当該受益者の信託財産に属する資産」を、「含む。)」の下に「又は当該受益者の信託財産に属する負債」を、「(当該組合員」の下に「又は当該受益者」を、「地位」の下に「又は受益者たる地位」を加え、同条第7項中「規定する組合事業」の下に「又は信託財産に帰せられる損益」を、「、組合事業」の下に「又は信託」を加え、「組合事業の形態、組合債務」を「組合事業又は当該信託の形態、組合債務又は信託債務」に改め、「損失補てん等契約」の下に「(信託にあっては、当該信託について損失が生じた場合にこれを補てんすることを約し、又は一定額の収益が得られなかった場合にこれを補足することを約する契約その他これに類する契約)」を、「みて、当該組合事業」の下に「又は当該信託の信託財産に帰せられる損益」を加え、同条第8項中「組合員である法人」を「組合員又は信託の受益者である法人」に改め、「場合」の下に「又は当該信託の清算結了その他の事由により当該信託の受益者でなくなった場合」を加え、「当該事由」を「これらの事由」に、「組合事業による組合損失額」を「組合事業又は当該信託による組合等損失額」に改め、同条第9項中「の組合事業」の下に「又は信託」を加え、「組合益金額」を「組合等益金額」に改め、「当該組合事業」の下に「又は当該信託」を加え、「組合損金額」を「組合等損金額」に、「組合利益額」を「組合等利益額」に改め、同条第10項中「組合員である法人」を「組合員又は信託の受益者である法人」に改め、「地位」の下に「又は当該受益者たる地位」を、「組合事業」の下に「又は当該信託」を加え、「組合損失超過合計額」を「組合等損失超過合計額」に改め、同条第13項中「地位の承継をした」を「地位又は信託の受益者たる地位の承継を受けた」に、「を締結していた」を「に係る組合員又は当該信託の受益者であった」に改め、「同じ。)」の下に「又は特定受益者(同条第1項に規定する特定受益者をいう。以下この項及び第17項において同じ。)」を、「から特定組合員」の下に「又は特定受益者」を加え、同条第14項中「地位の承継をした」を「地位又は信託の受益者たる地位の承継を受けた」に、「有する組合損失超過合計額」を「有する組合等損失超過合計額」に、「当該承継をした」を「当該承継を受け、又は当該承継をした」に改め、同項第一号及び第二号中「組合事業の組合損失超過合計額」を「組合事業又は当該信託の組合等損失超過合計額」に、「連結組合損失超過合計額」を「連結組合等損失超過合計額」に改め、同条第15項中「組合員の地位」を「組合員たる地位又は受益者たる地位」に改め、「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を加え、同条第17項中「特定組合員」の下に「又は特定受益者(当該信託に係る調整出資等金額を超える組合等損失額が生ずるおそれがないと見込まれ、かつ、第7項に規定する損失補てん等契約が締結されていない場合における当該特定受益者を除く。)」を加え、「に係る組合損失額又は組合利益額」を「又は信託に係る組合等損失額又は組合等利益額」に、「組合損失超過額及び組合損失超過合計額」を「組合等損失超過額及び組合等損失超過合計額」に、「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改める。


　第39条の32第1項中「、第67条の12第1項及び第2項、第67条の14第1項並びに第67条の15第1項」を「並びに第67条の12第1項及び第2項」に、「第112条第12項」を「第112条第13項」に改め、同条第2項第二号イ中「ニまで」を「ホまで」に、「同号ホ」を「同号ヘ」に改め、同号ロ中「及びホ」を「、ホ及びヘ」に、「同号ヘ」を「同号ト」に改め、同条第3項中「承継をした」を「承継を受けた」に改め、同条第7項中「の承継をした」を「の承継を受けた」に、「当該承継をした」を「当該承継を受け、又は当該承継をした」に改め、同条第8項中「組合員の」を「組合員たる」に改める。


　第39条の32の2第2項中「特定社債券」を「特定社債」に、「第5項」を「第6項」に、「優先出資証券」を「優先出資」に改め、同条第8項の表第142条第2項の項中「)の規定」を「及び第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)」に、「)及び租税特別措置法第67条の14第1項の規定」を「、第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)及び第67条の14第1項」に改め、同項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項第二号中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同項を同条第7項とし、同条第5項中「発行した特定社債券」を「発行した特定社債」に改め、同項第一号中「資産流動化法第2条第7項に規定する」を削り、「同条第10項」を「資産流動化法第2条第10項」に、「特定社債券」を「特定社債」に改め、同項第二号中「特定社債券」を「特定社債」に改め、同項を同条第6項とし、同条第4項を同条第5項とし、同条第3項の次に次の1項を加える。

４　法第67条の14第1項第二号ニに規定する政令で定める同族会社は、次に掲げるものとする。

	一	特定目的会社の出資者の3人以下並びにこれらと法人税法第2条第十号に規定する政令で定める特殊の関係のある個人及び法人(次号において「特殊の関係のある者」という。)がその特定目的会社の出資の総数の100分の50を超える数の出資を有する場合における当該特定目的会社
	二	特定目的会社の出資者の3人以下及びこれらと特殊の関係のある者(議決権を有する資産流動化法第26条に規定する優先出資社員に限る。)がその特定目的会社の法人税法施行令第4条第3項第二号イからニまでに掲げる議決権のいずれかにつきその総数(当該議決権を行使することができない出資者が有する当該議決権の数を除く。)の100分の50を超える数を有する場合における当該特定目的会社

　第39条の32の3第2項中「及び第10項」を削り、同条第3項中「第2条第19項」を「第2条第12項」に改め、同条第6項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同条第8項の表第142条第1項の項中「第2条第19項」を「第2条第12項」に改め、同表第142条第2項の項中「)の規定」を「及び第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)」に、「)及び租税特別措置法第67条の15第1項の規定」を「、第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)及び第67条の15第1項」に改め、同条第9項から第12項までを削る。


　第39条の35中「第68条の3に」を「第68条の2の2に」に改め、同条第一号中「第68条の3各号」を「第68条の2の2各号」に改め、「もの」の下に「として財務省令で定める要件を満たすもの」を加え、同条第二号及び第三号中「第68条の3各号」を「第68条の2の2各号」に改め、同条を第39条の34の2とし、同条の次に次の2条を加える。


(適格合併等の範囲に関する特例)
第39条の34の3　法第68条の2の3第1項に規定する政令で定める要件に該当する合併は、次に掲げる要件のすべてに該当する合併とする。

	一	被合併法人の合併前に営む主要な事業のうちのいずれかの事業と合併法人の当該合併前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連すること。
	二	合併法人が合併前に継続して営む事業に係る売上金額、収入金額その他の収益の額の合計額が、被合併法人が合併前に継続して営む事業に係るこれらの額の合計額のおおむね2分の1を下回るものでないこと。
	三	合併法人の合併前に営む主たる事業が次のいずれにも該当しないこと。
		イ	株式(出資を含む。以下この条において同じ。)又は債券の保有
		ロ	工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの(これらの権利に関する使用権を含む。)又は著作権(出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。)の提供
	四	合併法人が合併前に我が国においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っていること。
	五	合併法人の合併前の特定役員(法人税法施行令第4条の2第4項第二号に規定する特定役員をいう。以下この条において同じ。)の過半数が次に掲げる者でないこと。
		イ	被合併法人の役員(法人税法第2条第十五号に規定する役員をいう。以下この条において同じ。)若しくは使用人を兼務している者又は当該被合併法人の役員若しくは使用人であった者
		ロ	合併法人に係る外国親法人(法人税法第2条第十二号の八に規定する政令で定める関係がある法人(外国法人に限る。)をいう。以下この号において同じ。)の役員若しくは使用人を兼務している者又は当該外国親法人の役員若しくは使用人であった者
		ハ	イ又はロに掲げる者と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある者

２　法第68条の2の3第2項に規定する政令で定める要件に該当する分割は、次に掲げる要件のすべてに該当する分割とする。

	一	分割法人の分割前に営む事業のうち当該分割により分割承継法人において営まれることとなるものと分割承継法人の当該分割前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連すること。
	二	分割承継法人が分割前に継続して営む事業に係る売上金額、収入金額その他の収益の額の合計額が、分割法人が分割前に継続して営む事業に係るこれらの額の合計額のおおむね2分の1を下回るものでないこと。
	三	分割承継法人の分割前に営む主たる事業が次のいずれにも該当しないこと。
		イ	株式又は債券の保有
		ロ	工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの(これらの権利に関する使用権を含む。)又は著作権(出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。)の提供
	四	分割承継法人が分割前に我が国においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っていること。
	五	分割承継法人の分割前の特定役員の過半数が次に掲げる者でないこと。
		イ	分割法人の役員若しくは使用人を兼務している者又は当該分割法人の役員若しくは使用人であった者
		ロ	分割承継法人に係る外国親法人(法人税法第2条第十二号の十一に規定する政令で定める関係がある法人(外国法人に限る。)をいう。以下この号において同じ。)の役員若しくは使用人を兼務している者又は当該外国親法人の役員若しくは使用人であった者
		ハ	イ又はロに掲げる者と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある者

３　法第68条の2の3第2項第一号に規定する政令で定める分割は、その分割に係る分割法人の当該分割の直前の資産及び負債のおおむね全部が分割承継法人に移転する分割とする。

４　法第68条の2の3第3項に規定する政令で定める要件に該当する株式交換は、次に掲げる要件のすべてに該当する株式交換とする。

	一	株式交換完全子法人の株式交換前に営む主要な事業のうちのいずれかの事業と株式交換完全親法人の当該株式交換前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連すること。
	二	株式交換完全親法人が株式交換前に継続して営む事業に係る売上金額、収入金額その他の収益の額の合計額が、株式交換完全子法人が株式交換前に継続して営む事業に係るこれらの額の合計額のおおむね2分の1を下回るものでないこと。
	三	株式交換完全親法人の株式交換前に営む主たる事業が次のいずれにも該当しないこと。
		イ	株式又は債券の保有
		ロ	工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの(これらの権利に関する使用権を含む。)又は著作権(出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。)の提供
	四	株式交換完全親法人が株式交換前に我が国においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っていること。
	五	株式交換完全親法人の株式交換前の特定役員の過半数が次に掲げる者でないこと。
		イ	株式交換完全子法人の役員若しくは使用人を兼務している者又は当該株式交換完全子法人の役員若しくは使用人であった者
		ロ	株式交換完全親法人に係る外国親法人(法人税法第2条第十二号の十六に規定する政令で定める関係がある法人(外国法人に限る。)をいう。以下この号において同じ。)の役員若しくは使用人を兼務している者又は当該外国親法人の役員若しくは使用人であった者
		ハ	イ又はロに掲げる者と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある者

５　法第68条の2の3第5項第一号に規定する政令で定める外国法人は、次に掲げるものとする。

	一	法人の所得に対して課される税が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有する外国法人
	二	法第68条の2の3第1項から第4項までの合併、分割、株式交換又は現物出資が行われる日を含むその外国法人の事業年度開始の日前2年以内に開始した各事業年度のうちいずれかの事業年度において、その事業年度の所得に対して課される租税の額が当該所得の金額の100分の25以下であった外国法人

６　第39条の14第2項の規定は、外国法人が前項第二号の外国法人に該当するかどうかの判定について準用する。

７　外国法人が次に掲げる要件のすべてに該当する場合には、第5項各号に掲げる外国法人に含まれないものとする。

	一	株式若しくは債券の保有、工業所有権その他の技術に関する権利若しくは特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの(これらの権利に関する使用権を含む。)若しくは著作権(出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。)の提供又は船舶若しくは航空機の貸付けを主たる事業とするものでないこと。
	二	その本店又は主たる事務所の所在する国又は地域においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行っていること。
	三	法第68条の2の3第1項から第4項までの合併、分割、株式交換又は現物出資が行われる日を含むその外国法人の事業年度開始の日前2年以内に開始した各事業年度(以下この号において「前2年内事業年度」という。)のうちいずれかの事業年度において、その行う主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める場合に該当すること。
		イ	卸売業、銀行業、信託業、証券業、保険業、水運業又は航空運送業 　その行う主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める場合
			(1)	卸売業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の棚卸資産の販売に係る収入金額(棚卸資産の売買の代理又は媒介に関し受け取る手数料がある場合には、その手数料を受け取る基因となった売買の取引金額を含む。以下この号において「販売取扱金額」という。)の合計額のうちに関連者以外の者との間の取引に係る販売取扱金額の合計額の占める割合が100分の50を超える場合又は前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度において取得した棚卸資産の取得価額(棚卸資産の売買の代理又は媒介に関し受け取る手数料がある場合には、その手数料を受け取る基因となった売買の取引金額を含む。以下この号において「仕入取扱金額」という。)の合計額のうちに関連者以外の者との間の取引に係る仕入取扱金額の合計額の占める割合が100分の50を超える場合
			(2)	銀行業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の受入利息の合計額のうちに当該受入利息で関連者以外の者から受けるものの合計額の占める割合が100分の50を超える場合又は前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の支払利息の合計額のうちに当該支払利息で関連者以外の者に対して支払うものの合計額が100分の50を超える場合
			(3)	信託業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の信託報酬の合計額のうちに当該信託報酬で関連者以外の者から受けるものの合計額の占める割合が100分の50を超える場合
			(4)	証券業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の受入手数料(有価証券の売買による利益を含む。)の合計額のうちに当該受入手数料で関連者以外の者から受けるものの合計額の占める割合が100分の50を超える場合
			(5)	保険業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の収入保険料の合計額のうちに当該収入保険料で関連者以外の者から収入するもの(当該収入保険料が再保険に係るものである場合には、関連者以外の者が有する資産又は関連者以外の者が負う損害賠償責任を保険の目的とする保険に係る収入保険料に限る。)の合計額の占める割合が100分の50を超える場合
			(6)	水運業又は航空運送業 　前2年内事業年度のうちいずれかの事業年度の船舶の運航及び貸付け又は航空機の運航及び貸付けによる収入金額の合計額のうちに当該収入金額で関連者以外の者から収入するものの合計額の占める割合が100分の50を超える場合
		ロ	イに掲げる事業以外の事業 　その行う主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める場合
			(1)	不動産業 　主として本店所在地国(本店又は主たる事務所の所在する国又は地域をいう。以下この号において同じ。)にある不動産(不動産の上に存する権利を含む。以下この号において同じ。)の売買、貸付け(当該不動産を使用させる行為を含む。)、当該不動産の売買又は貸付けの代理又は媒介及び当該不動産の管理を行っている場合
			(2)	物品賃貸業 　主として本店所在地国において使用に供される物品の貸付けを行っている場合
			(3)	イ並びに(1)及び(2)に掲げる事業以外の事業 　主として本店所在地国において行っている場合

８　外国法人と当該外国法人に係る関連者との間の取引が、当該外国法人に係る関連者以外の者(以下この項において「非関連者」という。)を介在させて間接的に行われている場合には、当該非関連者を介在させることについて相当の理由があると認められる場合を除き、当該外国法人と当該非関連者との間の取引は、当該外国法人と当該関連者との間において直接行われたものとみなして、前項第三号イの規定を適用する。

９　第7項第三号イ及び前項に規定する関連者とは、次に掲げる者をいう。

	一	外国法人と他の法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式又は出資(自己が有する自己の株式を除く。以下この条において「発行済株式等」という。)の総数又は総額の100分の50を超える数又は金額の株式を直接又は間接に保有する関係がある場合における当該他の法人(次号に掲げる者に該当するものを除く。)
	二	外国法人と他の法人が同一の者(当該者が個人である場合には、当該個人及びこれと法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人)によってそれぞれその発行済株式等の総数又は総額の100分の50を超える数又は金額の株式を直接又は間接に保有される関係がある場合における当該他の法人

10　法第68条の2の3第5項第二号に規定する政令で定める関係は、次に掲げる関係とする。

	一	二の内国法人のいずれか一方の内国法人が他方の内国法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の50を超える数又は金額の株式を直接又は間接に保有する関係がある場合における当該関係(次号に掲げる関係に該当するものを除く。)
	二	二の内国法人が同一の者(当該者が個人である場合には、当該個人及びこれと法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人)によってそれぞれその発行済株式等の総数又は総額の100分の50を超える数又は金額の株式を直接又は間接に保有される関係がある場合における当該二の内国法人の関係

11　前項各号に掲げる関係があるかどうかの判定は、法第68条の2の3第1項から第3項までの合併、分割又は株式交換の直前の現況による。

12　第39条の12第2項及び第3項の規定は、第9項又は第10項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第2項及び第3項中「100分の50以上の」とあるのは、「100分の50を超える」と読み替えるものとする。

13　法第68条の2の3第5項第三号に規定する政令で定める特殊の関係のある非居住者は、法第2条第1項第一号の二に規定する居住者又は内国法人と第39条の14第3項に規定する特殊の関係のある同号に規定する非居住者とする。

14　法第68条の2の3第5項第四号に規定する政令で定める関係は、次に掲げる関係とする。

	一	外国法人と内国法人との間に当該外国法人が当該内国法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の80以上の数又は金額の株式を直接又は間接に保有する関係がある場合における当該関係(次号に掲げる関係に該当するものを除く。)
	二	外国法人と内国法人が同一の者(当該者が個人である場合には、当該個人及びこれと法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人)によってそれぞれその発行済株式等の総数又は総額の100分の80以上の数又は金額の株式を直接又は間接に保有される関係がある場合における当該外国法人と内国法人の関係

15　第39条の12第2項及び第3項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第2項及び第3項中「100分の50以上」とあるのは、「100分の80以上」と読み替えるものとする。

16　その合併、分割又は株式交換が第1項各号、第2項各号又は第3項各号に掲げる要件に該当するかどうかの判定に関する事項その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


(特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例)
第39条の35　法人税法施行令第119条の7の2第1項の規定は法第68条の3第1項に規定する政令で定める関係について、同令第119条の7の2第3項の規定は法第68条の3第3項に規定する政令で定める関係について、それぞれ準用する。

２　法人が旧株(当該法人が有していた株式(出資を含む。以下この条において同じ。)をいう。)を発行した内国法人の合併(適格合併に該当しないものに限る。)により法第68条の3第1項に規定する政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人(法第68条の2の3第5項第一号に規定する特定軽課税外国法人をいう。第4項において同じ。)の株式に該当するときは、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法施行令第119条第1項第五号(法人税法第142条の規定により準じて計算する場合を含む。)の規定は、適用しない。

３　法人が旧株(当該法人が有していた株式をいう。)を発行した内国法人の行った法第68条の3第2項に規定する特定分割型分割により同項に規定する特定外国親法人の株式の交付を受けた場合には、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法施行令第119条第1項第六号(法人税法第142条の規定により準じて計算する場合を含む。)の規定は、適用しない。

４　法人が旧株(当該法人が有していた株式をいう。)を発行した内国法人の行った株式交換(適格株式交換に該当しないものに限る。)により法第68条の3第3項に規定する政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法施行令第119条第1項第八号(法人税法第142条の規定により準じて計算する場合を含む。)の規定は、適用しない。

５　外国法人が旧株(当該外国法人が有していた株式をいう。)を発行した内国法人の行った法第68条の3第2項に規定する特定分割型分割により同項に規定する特定外国親法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の法人税法第142条に規定する国内源泉所得に係る所得の金額につき、同項の規定により読み替えられた同法第61条の2第4項の規定に準じて計算するときは、法人税法施行令第188条第1項第十七号の規定は、適用しない。


　第39条の35の2を削る。


　第39条の35の3の見出しを「(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)」に改め、同条第1項中「第68条の3の3第1項」を「第68条の3の2第1項」に、「受益証券」を「受益権」に、「第9項」を「第6項」に改め、同条第2項を次のように改める。

２　法第68条の3の2第1項に規定する所得の金額として政令で定める金額は、同項並びに法人税法第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定を適用しないで計算した場合の当該事業年度の所得の金額とする。


　第39条の35の3第3項中「第68条の3の3第1項第一号ハ」を「第68条の3の2第1項第一号ハ」に、「受益証券の募集」を「受益権の募集」に、「が発行する受益証券」を「により募集される受益権」に、「募集される受益証券」を「募集される受益権」に改め、同条第4項を次のように改める。

４　法第68条の3の2第1項第一号ニに規定する政令で定める要件は、法人税法施行令第14条の10第8項に規定する場合を除き、法第68条の3の2第1項に規定する特定目的信託(第7項において「特定目的信託」という。)に係る同条第1項に規定する受託法人(以下この条において「受託法人」という。)の法人税法第13条第1項に規定する会計期間(当該受託法人の会計期間のうちその最初の会計期間のみが1年を超え、かつ、2年に満たない場合には、当該最初の会計期間を除く。)が1年を超えないものであることとする。


　第39条の35の3第5項から第7項までを削り、同条第8項中「第68条の3の3第1項第二号ロ」を「第68条の3の2第1項第二号ロ」に、「計算期間」を「事業年度」に改め、同項を同条第5項とし、同項の次に次の1項を加える。

６　当該受託法人の事業年度において第一号に掲げる金額がある場合における当該事業年度(第二号において「超過分配事業年度」という。)以後の各事業年度の法第68条の3の2第1項第二号ロに掲げる要件は、当該各事業年度に係る金銭の分配の額が分配可能額(前項の規定により計算した当該各事業年度の所得の金額に、第一号に掲げる金額を加算し、又は第二号に掲げる金額を減算した金額をいう。以下この項において同じ。)の100分の90に相当する金額を超えていることとする。

	一	当該受託法人の当該事業年度に係る金銭の分配の額が当該受託法人の当該事業年度終了の時における純資産価額(その有する資産の帳簿価額の合計額からその有する負債の帳簿価額の合計額を減算した金額をいう。)から元本の額を控除した金額を上回る場合におけるその上回る部分の金額として財務省令で定める金額
	二	前項の規定により計算した当該受託法人の当該事業年度の所得の金額のうち、前号に掲げる金額(超過分配事業年度から前事業年度までの各事業年度において分配可能額の計算上既にこの号に掲げる金額として減算された金額に相当する金額を除く。)に充てられた金額として財務省令で定める金額

　第39条の35の3第9項を削り、同条第10項中「第68条の3の3第1項第二号ハ」を「第68条の3の2第1項第二号ハ」に、「の受託者である資産流動化法第2条第16項に規定する受託信託会社等」を「に係る受託法人」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同項を同条第7項とし、同項の次に次の2項を加える。

８　法第68条の3の2第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

第73条第2項	次に掲げる規定	次に掲げる規定及び租税特別措置法第68条の3の2第1項(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)の規定
第142条第1項	所得に対する法人税の額(法第67条から第70条まで(特定同族会社の特別税率及び税額控除)並びに	所得の金額(租税特別措置法第68条の3の2第1項(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)の規定の適用を受ける法第2条第二十九号の二ホ(定義)に掲げる特定目的信託に係る法第4条の7(受託法人等に関するこの法律の適用)に規定する受託法人(第3項において「特定目的信託に係る受託法人」という。)にあっては、租税特別措置法第68条の3の2第1項の規定を適用しないで計算した所得の金額)につき法第66条第1項(各事業年度の所得に対する法人税の税率)の規定を適用し、かつ、
	法人税の額とし、	法人税の額(
第142条第2項	及び第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)	、第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)及び第68条の3の2第1項
第142条第3項	金額(	金額(租税特別措置法第68条の3の2第1項の規定の適用を受ける特定目的信託に係る受託法人にあっては、同項の規定を適用しないで計算した所得の金額とし、
	金額)	金額とする。)
第142条の3第4項	)の規定	)及び第68条の3の2第1項(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)の規定

９　第1項から前項(同項の表の第73条第2項の項に係る部分に限る。)までの規定は、法第68条の3の2第8項において準用する同条第1項、第2項、第4項、第6項及び第7項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

第2項	第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定	第142条の規定により同法第141条に規定する国内源泉所得に係る所得につき同法第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定に準じて計算する場合におけるこれらの規定
	事業年度の所得	国内源泉所得に係る所得
第4項	同条第1項	同条第8項
前項の表の第73条第2項の項	第73条第2項	法人税法第142条の規定により同法第141条に規定する国内源泉所得に係る所得につき第73条第2項の規定に準じて計算する場合における同項
	第68条の3の2第1項(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)	第68条の3の2第8項(特定目的信託に係る受託法人の課税の特例)において準用する同条第1項

　第39条の35の3第11項から第19項までを削り、同条を第39条の35の2とする。


　第39条の35の4の見出しを「(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)」に改め、同条第1項中「第68条の3の4第1項」を「第68条の3の3第1項」に、「当該計算期間(法人税法第15条の3第1項から第3項までに規定する計算期間をいう。以下この項、次項及び第6項において同じ。)」を「当該事業年度」に、「投資信託及び投資法人に関する法律」を「投資信託約款(投資信託及び投資法人に関する法律」に、「第25条第1項又は第49条の4第1項に規定する投資信託約款(以下この条において「投資信託約款」という」を「第4条第1項に規定する委託者指図型投資信託約款又は投資信託法第49条第1項に規定する委託者非指図型投資信託約款をいう。以下この条において同じ」に、「、当該総分配額のうち当該計算期間において元本を取り崩して収益の分配に充てた金額として財務省令で定める金額(第6項において「元本取崩額」という。)」を「超過分配額(当該総分配額が受託法人(法第68条の3の3第1項に規定する受託法人をいう。第5項及び第7項において同じ。)の当該事業年度終了の時における純資産価額(その有する資産の帳簿価額の合計額からその有する負債の帳簿価額の合計額を減算した金額をいう。)から元本の額を控除した金額を上回る場合におけるその上回る部分の金額として財務省令で定める金額をいう。第6項において同じ。)」に改め、同条第2項を次のように改める。

２　法第68条の3の3第1項に規定する所得の金額として政令で定める金額は、同項並びに法人税法第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定を適用しないで計算した場合の当該事業年度の所得の金額とする。


　第39条の35の4第3項中「第68条の3の4第1項第一号ロ」を「第68条の3の3第1項第一号ロ」に、「受益証券の発行に係る」を「同号ロに規定する受託者による受益権の」に、「第2条第14項」を「第2条第9項」に改め、同条第4項中「第68条の3の4第1項第一号ハ」を「第68条の3の3第1項第一号ハ」に、「受益証券の発行に係る」を「受託者による受益権の」に、「その受益証券」を「その受託者により募集される受益権」に改め、「募集される」の下に「受益権の」を加え、同条第5項を次のように改める。

５　法第68条の3の3第1項第一号ニに規定する政令で定める要件は、法人税法施行令第14条の10第8項に規定する場合を除き、法第68条の3の3第1項に規定する特定投資信託(第7項において「特定投資信託」という。)に係る受託法人の法人税法第13条第1項に規定する会計期間(当該受託法人の会計期間のうちその最初の会計期間のみが1年を超え、かつ、2年に満たない場合には、当該最初の会計期間を除く。)が1年を超えないものであることとする。


　第39条の35の4第6項中「第68条の3の4第1項第二号ロ」を「第68条の3の3第1項第二号ロ」に改め、同項第一号中「計算期間」を「事業年度」に改め、同項第二号を次のように改める。

	二	法第68条の3の3第1項の規定を適用しないで計算した場合の当該事業年度の所得の金額(ロにおいて「適用前所得金額」という。)に、イに掲げる金額を加算し、又はロに掲げる金額を減算した金額
		イ	当該事業年度に係る超過分配額
		ロ	当該事業年度の適用前所得金額のうち、超過分配額(超過分配額の分配に係る事業年度から前事業年度までの各事業年度においてこの号に掲げる金額の計算上既に減算された金額に相当する金額を除く。)に充てられた金額として財務省令で定める金額

　第39条の35の4第7項中「第68条の3の4第1項第二号ハ」を「第68条の3の3第1項第二号ハ」に改め、同項第二号中「の受託者である投資信託法第4条に規定する信託会社等」を「に係る受託法人」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同条第8項及び第9項を次のように改める。

８　法第68条の3の3第1項の規定の適用がある場合における法人税法施行令の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

第73条第2項	次に掲げる規定	次に掲げる規定及び租税特別措置法第68条の3の3第1項(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)の規定
第142条第1項	所得に対する法人税の額(法第67条から第70条まで(特定同族会社の特別税率及び税額控除)並びに	所得の金額(租税特別措置法第68条の3の3第1項(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)の規定の適用を受ける同項に規定する特定投資信託に係る法第4条の7(受託法人等に関するこの法律の適用)に規定する受託法人(第3項において「特定投資信託に係る受託法人」という。)にあっては、租税特別措置法第68条の3の3第1項の規定を適用しないで計算した所得の金額)につき法第66条第1項(各事業年度の所得に対する法人税の税率)の規定を適用し、かつ、
	法人税の額とし、	法人税の額(
第142条第2項	及び第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)	、第67条の13(組合事業等による損失がある場合の課税の特例)及び第68条の3の3第1項
第142条第3項	金額(	金額(租税特別措置法第68条の3の3第1項の規定の適用を受ける特定投資信託に係る受託法人にあっては、同項の規定を適用しないで計算した所得の金額とし、
	金額)	金額とする。)
第142条の3第4項	)の規定	)及び第68条の3の3第1項(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)の規定

９　第1項から前項(同項の表の第73条第2項の項に係る部分に限る。)までの規定は、法第68条の3の3第8項において準用する同条第1項、第2項、第4項、第6項及び第7項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句にそれぞれ読み替えるものとする。

第1項	(法第68条の3の3第1項	(法第68条の3の3第8項
第2項	第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定	第142条の規定により同法第141条に規定する国内源泉所得に係る所得につき同法第57条第1項、第58条第1項及び第59条第2項の規定に準じて計算する場合におけるこれらの規定
	事業年度の所得	国内源泉所得に係る所得
前項の表の第73条第2項の項	第73条第2項	法人税法第142条の規定により同法第141条に規定する国内源泉所得に係る所得につき第73条第2項の規定に準じて計算する場合における同項
	第68条の3の3第1項(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)	第68条の3の3第8項(特定投資信託に係る受託法人の課税の特例)において準用する同条第1項

　第39条の35の4第10項から第16項までを削り、同条を第39条の35の3とし、同条の次に次の1条を加える。


(株式等を分割法人と分割法人の株主等とに交付する分割の特例)
第39条の35の4　法第68条の3の4第1項に規定する分割について同項の規定を適用する場合には、同項に規定する分割型分割により分割承継法人に移転した分割法人の資産及び負債の金額と同項に規定する分社型分割により分割承継法人に移転した当該分割法人の資産及び負債の金額とは、当該分割により分割承継法人に移転した当該分割法人の資産及び負債の金額を当該分割法人の株主等(同条第1項に規定する株主等をいう。以下この条において同じ。)に交付した分割承継法人の株式又は出資の数又は金額と当該分割法人の株主等に交付しなかった分割承継法人の株式又は出資の数又は金額との割合に応じてあん分する方法その他の合理的な方法によってあん分したそれぞれの金額とする。


　第39条の35の5から第39条の35の19までを削る。


　第39条の36第1項中「信託法(大正11年法律第62号)第39条第2項に規定する」を「信託法(平成18年法律第108号)第37条第2項又は第222条第4項の」に改める。


　第39条の39第9項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同条第36項の表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削る。


　第39条の40第5項中「第68条の10第10項」を「第68条の10第11項」に改め、同条第6項中「第68条の10第11項」を「第68条の10第12項」に改め、同条第7項の表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削る。


　第39条の41の見出しを「(中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第1項中「、第5項及び第6項」を削り、同条第4項第一号中「、第8項及び第11項」を「及び第6項」に改め、同号イ中「第14項第一号」を「第6項」に、「、第8項及び第9項」を「及び次項」に改め、同条第5項から第8項までを削り、同条第9項中「第68条の11第4項に規定する政令」を「第68条の11第3項に規定する政令」に改め、同項第一号中「指定事業の用」の下に「(法第68条の11第1項に規定する指定事業の用をいう。以下この項において同じ。)」を加え、「特定減価償却資産(法第42条の6第1項各号に掲げる減価償却資産をいう。以下この項において同じ。)につき法第68条の11第2項又は第3項」を「特定機械装置等につき同条第2項」に改め、同号イ中「第68条の11第4項」を「第68条の11第3項」に、「この条」を「この号及び次項」に改め、同項第二号中「特定減価償却資産」を「特定機械装置等」に改め、「又は第3項」を削り、同項を同条第5項とし、同条第10項から第13項までを削り、同条第14項中「第68条の11第12項」を「第68条の11第11項」に改め、「のうち二以上の号」を削り、「に該当する」を「のいずれにも該当する」に、「当該二以上の号」を「当該各号」に改め、同項第一号中「(法第68条の11第1項に規定する供用年度をいう。以下この項において同じ。)」を削り、「同条第2項」を「法第68条の11第2項」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「第68条の11第4項」を「第68条の11第3項」に改め、同号を同項第二号とし、同項を同条第6項とし、同項の次に次の1項を加える。

７　法第68条の11第12項に規定する政令で定める金額は、法人税法第4条の5第1項の規定により同法第4条の2の承認を取り消された連結親法人又は連結子法人について、法第68条の11第5項の規定により当該承認の取消しのあった日の前日を含む連結事業年度の連結所得に対する法人税の額に加算された金額とする。


　第39条の41第15項から第17項までを削り、同条第18項中「第68条の11第6項又は第7項の規定の」を「第68条の11第5項の規定の」に改め、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第68条の11第6項又は第7項(特定機械等を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の11第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削り、同表第81条の22第1項第二号の項、第81条の31第1項の項及び第134条の2第2項の項中「第68条の11第6項又は第7項(特定機械等を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の11第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同条第18項を同条第8項とする。


　第39条の42の見出しを「(事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第1項中「事業基盤強化設備」を「機械及び装置並びに器具及び備品」に、「同項に規定する機械及び装置」を「機械及び装置」に改め、「、第11項及び第12項」を削り、「法第68条の12第1項に規定する器具及び備品」を「器具及び備品」に改め、同条第5項中「第17項において同じ。」を削り、同条第6項を削り、同条第7項中「第68条の12第1項第六号」を「第68条の12第1項第五号」に改め、同項を同条第6項とし、同条第8項を削り、同条第9項を同条第7項とし、同条第10項第一号中「、第14項及び第20項」を「及び第10項」に改め、同号イ中「第20項第一号」を「第10項」に、「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に、「、第14項及び第15項」を「及び次項」に改め、同号ロ中「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に改め、同項を同条第8項とし、同条第11項から第14項までを削り、同条第15項中「第68条の12第4項に規定する政令」を「第68条の12第3項に規定する政令」に改め、同項第一号中「又は第3項」を削り、同号イ中「第68条の12第4項」を「第68条の12第3項」に、「この条」を「この号及び次項」に改め、同項第二号中「又は第3項」を削り、同項を同条第9項とし、同条第16項から第19項までを削り、同条第20項中「第68条の12第12項」を「第68条の12第11項」に改め、「のうち二以上の号」を削り、「に該当する」を「のいずれにも該当する」に、「当該二以上の号」を「当該各号」に改め、同項第一号中「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「第68条の12第4項」を「第68条の12第3項」に改め、同号を同項第二号とし、同項を同条第10項とし、同項の次に次の1項を加える。

11　法第68条の12第12項に規定する政令で定める金額は、法人税法第4条の5第1項の規定により同法第4条の2の承認を取り消された連結親法人又は連結子法人について、法第68条の12第5項の規定により当該承認の取消しのあった日の前日を含む連結事業年度の連結所得に対する法人税の額に加算された金額とする。


　第39条の42第21項から第23項までを削り、同条第24項中「第68条の12第6項又は第7項の規定の」を「第68条の12第5項の規定の」に改め、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第68条の12第6項又は第7項(事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の12第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削り、同表第81条の22第1項第二号の項、第81条の31第1項の項及び第134条の2第2項の項中「第68条の12第6項又は第7項(事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の12第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同条第24項を同条第12項とする。


　第39条の43第7項の表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削る。


　第39条の44の見出しを「(沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第1項中「経営革新設備等」を「機械及び装置、器具及び備品並びに建物及びその附属設備」に、「この条」を「この項」に改め、同条第2項第一号中「、第6項及び第12項」を「及び第4項」に改め、同号イ中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に、「、第6項及び第7項」を「及び次項」に改め、同号ロ中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に改め、同条第3項から第6項までを削り、同条第7項中「第68条の14第4項に規定する政令」を「第68条の14第3項に規定する政令」に改め、同項第一号中「(法第68条の14第1項に規定する経営革新設備等をいう。以下この項において同じ。)」を削り、「同条第2項又は第3項」を「法第68条の14第2項」に改め、同号イ中「第68条の14第4項」を「第68条の14第3項」に、「この条」を「この号及び次項」に改め、同項第二号中「又は第3項」を削り、同項を同条第3項とし、同条第8項から第11項までを削り、同条第12項中「第68条の14第12項」を「第68条の14第11項」に改め、「のうち二以上の号」を削り、「に該当する」を「のいずれにも該当する」に、「当該二以上の号」を「当該各号」に改め、同項第一号中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「第68条の14第4項」を「第68条の14第3項」に改め、同号を同項第二号とし、同項を同条第4項とし、同項の次に次の1項を加える。

５　法第68条の14第12項に規定する政令で定める金額は、法人税法第4条の5第1項の規定により同法第4条の2の承認を取り消された連結親法人又は連結子法人について、法第68条の14第5項の規定により当該承認の取消しのあった日の前日を含む連結事業年度の連結所得に対する法人税の額に加算された金額とする。


　第39条の44第13項から第15項までを削り、同条第16項中「第68条の14第6項又は第7項の規定の」を「第68条の14第5項の規定の」に改め、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第68条の14第6項又は第7項(経営革新設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の14第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削り、同表第81条の22第1項第二号の項、第81条の31第1項の項及び第134条の2第2項の項中「第68条の14第6項又は第7項(経営革新設備を事業の用に供しなくなった場合等の法人税額)」を「第68条の14第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同条第16項を同条第6項とする。


　第39条の45の見出しを「(情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除)」に改め、同条第3項第一号中「、第8項及び第11項」を「及び第5項」に改め、同号イ中「第14項」を「第5項」に、「個別所得金額をいう。以下この条」を「個別所得金額をいう。以下この号及び次項」に改め、同条第4項から第8項までを削り、同条第9項中「第68条の15第4項に規定する政令」を「第68条の15第3項に規定する政令」に改め、同項第一号中「又は第3項」を削り、同号イ中「第68条の15第4項」を「第68条の15第3項」に、「この条」を「この号及び次項」に改め、同項第二号中「又は第3項」を削り、同項を同条第4項とし、同条第10項から第13項までを削り、同条第14項中「第68条の15第12項」を「第68条の15第11項」に改め、「のうち二以上の号」を削り、「に該当する」を「のいずれにも該当する」に、「当該二以上の号」を「当該各号」に改め、同項第一号中「(法第68条の15第1項に規定する供用年度をいう。以下この号及び次号において同じ。)」を削り、「同条第2項」を「法第68条の15第2項」に改め、同項第二号を削り、同項第三号中「第68条の15第4項」を「第68条の15第3項」に改め、同号を同項第二号とし、同項を同条第5項とし、同項の次に次の1項を加える。

６　法第68条の15第12項に規定する政令で定める金額は、法人税法第4条の5第1項の規定により同法第4条の2の承認を取り消された連結親法人又は連結子法人について、法第68条の15第5項の規定により当該承認の取消しのあった日の前日を含む連結事業年度の連結所得に対する法人税の額に加算された金額とする。


　第39条の45第15項から第17項までを削り、同条第18項中「第68条の15第6項又は第7項の規定の」を「第68条の15第5項の規定の」に改め、同項の表第71条第1項第一号及び第2項第一号の項中「第68条の15第6項又は第7項(情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除)」を「第68条の15第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同表第81条の19第1項第一号の項、第81条の19第2項第一号ロ及び第6項第二号ロの項及び第81条の20第1項第二号の項を削り、同表第81条の22第1項第二号の項、第81条の31第1項の項及び第134条の2第2項の項中「第68条の15第6項又は第7項(情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除)」を「第68条の15第5項(連結納税の承認を取り消された場合の法人税額)」に改め、同条第18項を同条第7項とする。


　第39条の46第1項を次のように改める。
　法第68条の16第1項の表の第一号の上欄に規定する政令で定めるものは、第28条第1項に規定する財務大臣が指定する減価償却資産のうち、一台又は一基(通常一組又は一式をもって取引の単位とされるものにあっては、一組又は一式とする。)の取得価額(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第54条第1項各号の規定により計算した取得価額をいう。)が300万円以上のものとする。


　第39条の46第4項中「第1項第一号」を「同号の中欄」に、「に該当する構築物」を「のうち水質の汚濁の防止に資する構築物(これと同時に設置し、一体として使用する構築物を含む。)」に改める。


　第39条の49を次のように改める。
(集積区域における集積産業用資産の特別償却)
第39条の49　法第68条の20第1項に規定する政令で定める要件を満たすものは、次の各号に掲げる減価償却資産の区分に応じ当該各号に定めるものとする。

	一	機械及び装置 　次に掲げる要件を満たすもの
		イ	当該機械及び装置の一台又は一基(通常一組又は一式をもって取引の単位とされるものにあっては、一組又は一式とする。)の取得価額(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第54条第1項各号の規定により計算した取得価額をいう。以下この条において同じ。)が1,000万円以上であること。
		ロ	当該機械及び装置が定められた企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律第15条第2項に規定する承認企業立地計画に記載された同法第14条第2項第二号に規定する特定事業のための施設又は設備のうちの機械及び装置の取得価額の合計額が3億円以上であること。
	二	建物及びその附属設備 　一の建物及びその附属設備の取得価額の合計額が5億円以上のもの

　第39条の51第1項第一号中「第4条第2項」を「第6条第2項」に、「次号」を「以下この項」に改め、同項第二号中「第5条の2第2項」を「第8条第2項」に改め、同項第三号中「第7条第2項」を「第10条第2項」に改め、同項に次の二号を加える。

	四	産業活力再生特別措置法第12条第2項に規定する認定技術活用事業革新計画 　当該認定技術活用事業革新計画に記載された関係事業者及び当該認定技術活用事業革新計画に従って合併により設立された連結法人
	五	産業活力再生特別措置法第14条第2項に規定する認定経営資源融合計画 　当該認定経営資源融合計画に記載された関係事業者及び当該認定経営資源融合計画に従って合併により設立された連結法人

　第39条の53から第39条の55までを次のように改める。
第39条の53から第39条の55まで　削除


　第39条の56中「2,500万円」を「2,000万円」に、「第四号」を「第二号」に、「第五号」を「第三号」に、「第六号」を「第四号」に改める。


　第39条の58第1項中「次項において同じ。」を削り、同条第2項を削り、同条第3項中「第68条の29第1項第三号」を「第68条の29第1項第二号」に、「第28条の12第3項各号」を「第28条の10第2項各号」に改め、同項を同条第2項とし、同項の次に次の1項を加える。

３　法第68条の29第2項に規定する政令で定める割合は、100分の50とする。


　第39条の58第4項中「第68条の29第4項」を「第68条の29第3項」に、「第28条の12第5項」を「第28条の10第6項」に改める。


　第39条の61を次のように改める。

(事業所内託児施設等の割増償却)
第39条の61　法第68条の32第1項に規定する政令で定める要件は、同項に規定する一般事業主行動計画を厚生労働大臣に届け出ており、かつ、当該一般事業主行動計画の内容を公表していることとする。


　第39条の63の見出しを「(優良賃貸住宅の割増償却)」に改め、同条第1項中「この条」を「この項及び次項」に改め、同項第四号中「第4項において同じ。」を削り、同条第3項から第5項までを削り、同条第6項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改め、同項を同条第3項とし、同条第7項中「第29条の4第6項」を「第29条の4第3項」に改め、同項を同条第4項とし、同条第8項を同条第5項とし、同条第9項を削る。


　第39条の64第1項に次の一号を加える。

三

施設建築物(前二号に掲げる部分を除く。)のうち連結法人が取得する部分であって住宅の用に供する部分

　第39条の64第3項中「次に掲げる者」を「当該都市再生事業に係る都市再生特別措置法第23条に規定する認定事業者に該当する連結法人」に改め、同項各号を削り、同条第5項中「次に掲げる者」を「当該都市再生整備事業に係る都市再生特別措置法第65条に規定する認定整備事業者に該当する連結法人」に改め、同項各号を削り、同条第7項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第39条の65第3項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第39条の69第1項第一号中「附則第28条第1項から第6項まで」を「附則第28条第1項又は第3項から第6項まで」に改め、「第68条の30、」を削り、同項第五号中「附則第132条又は第133条第10項」を「附則第133条第10項」に、「若しくは」を「又は」に改め、「第68条の15第1項又は」を削り、同項に次の一号を加える。

六

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第117条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の29第2項、第68条の32又は第68条の34第3項の規定

　第39条の69第2項第一号中「定率法(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第48条第1項第一号イ(2)に掲げる定率法をいう。以下この条において同じ。)」を「旧定率法(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第48条第1項第一号イ(2)に掲げる旧定率法をいう。以下この号及び次号において同じ。)又は定率法(法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第48条の2第1項第二号ロに掲げる定率法をいう。以下この号及び次号において同じ。)」に、「(以下この条」を「(次号」に、「定率法に」を「旧定率法又は定率法に」に、「金額をいう。以下この条」を「金額をいう。次号及び第三号」に改め、同項第二号中「定率法」を「旧定率法又は定率法」に改め、同条第3項中「第六号」を「第七号」に、「第七号から第十二号まで」を「第八号から第十四号まで」に改め、同項第一号中「第68条の29第2項、」を削り、「、第68条の34第1項若しくは第3項、第68条の35又は第68条の36」を「又は第68条の34から第68条の36まで」に改め、同項第二号中「附則第28条第2項」を「附則第28条第3項」に改め、「第68条の30、」を削り、同項第四号中「第十号」を「第十一号」に改め、同項第五号中「第十一号」を「第十二号」に改め、同項第六号中「第十二号」を「第十三号」に改め、同項第十二号を同項第十三号とし、同項第九号から第十一号までを一号ずつ繰り下げ、同項第八号中「附則第23条第13項、第15項」を「附則第23条第15項」に改め、「第46条第1項(第一号に係る部分に限る。)、」を削り、同号を同項第九号とし、同項第七号中「第45条の2第2項、」を削り、「、第46条の3、第47条第1項若しくは第3項、第47条の2又は第48条」を「又は第46条の3から第48条まで」に改め、同号を同項第八号とし、同項第六号の次に次の一号を加える。

七

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号。以下この号及び第十四号において「平成19年改正法」という。)附則第117条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成19年改正法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の29第2項、第68条の32又は第68条の34第3項の規定

　第39条の69第3項に次の一号を加える。

十四

平成19年改正法附則第93条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成19年改正法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第45条の2第2項、第46条の3又は第47条第3項の規定

　第39条の69第4項中「第六号」を「第七号」に、「前項第七号から第十二号まで」を「前項第八号から第十四号まで」に改める。


　第39条の70第1項及び第2項中「第六号」を「第七号」に、「前条第3項第七号から第十二号まで」を「前条第3項第八号から第十四号まで」に改める。


　第39条の71第1項第一号中「附則第28条第1項から第6項まで」を「附則第28条第1項又は第3項から第6項まで」に改め、「第68条の30、」を削り、同項第五号中「附則第132条又は第133条第10項」を「附則第133条第10項」に、「若しくは」を「又は」に改め、「第68条の15又は」を削り、同項第六号を同項第七号とし、同項第五号の次に次の一号を加える。

六

所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第117条第15項、第18項又は第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第68条の29(第2項に係る部分に限る。)、第68条の32又は第68条の34(第3項に係る部分に限る。)の規定

　第39条の71第2項中「第五号」を「第六号」に改める。


　第39条の72第4項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に改め、同条第7項第二号中「第61条の2第12項」を「第61条の2第17項」に改め、同項第三号中「第61条の2第13項」を「第61条の2第18項」に改める。


　第39条の83第19項及び第20項中「平成19年3月31日」を「平成22年3月31日」に改める。


　第39条の90第6項中「第68条の93の3第3項」を「第68条の93の7第3項」に、「及び第39条の120の5第14項」を「(第39条の120の12第2項においてその例による場合を含む。)」に改める。


　第3章第15節を次のように改める。
　　　第15節　連結法人である認定農業生産法人等の課税の特例


(農業経営基盤強化準備金)
第39条の91　法第68条の64第1項に規定する政令で定める計画は、同項に規定する農業経営基盤強化に関する事項が定められている計画として財務省令で定めるものとする。

２　法第68条の64第1項第一号に規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等(法第68条の65第1項に規定する農用地等をいう。)の取得に充てるための金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第68条の64第1項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、当該連結事業年度の法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属益金額から法第68条の64第1項及び第68条の65の規定を適用せず、かつ、当該連結事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入して計算した場合の法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額を控除した金額とする。

４　法第68条の64第1項から第3項まで及び第7項の規定の適用がある場合において、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第68条の64第1項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額に、法第68条の64第2項、第3項及び第7項の規定により益金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属益金額に、それぞれ含まれるものとする。


(農用地等を取得した場合の課税の特例)
第39条の92　法第68条の65第1項に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得及び合併又は分割による取得とする。

２　法第68条の65第1項第一号ロに規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等(同項に規定する農用地等をいう。以下この条において同じ。)の取得に充てるための金額であって法第68条の64第1項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第68条の65第1項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、当該連結事業年度の法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属益金額から法第68条の65第1項の規定を適用せず、かつ、当該連結事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入して計算した場合の法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額を控除した金額とする。

４　法第68条の65第1項の規定の適用を受けた農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該農用地等の取得価額に算入しない。

５　適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格事後設立(以下この項において「適格合併等」という。)により法第68条の65第1項又は第61条の3第1項の規定の適用を受けた農用地等の移転を受けた合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被事後設立法人(その適格合併等の後において連結法人に該当するものに限る。)が当該農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、当該適格合併等に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人において当該農用地等の取得価額に算入されなかった金額は、当該農用地等の取得価額に算入しない。

６　法第68条の65第1項の規定の適用を受ける農用地等については、同項の規定によりその帳簿価額が1円未満となるべき場合においても、その帳簿価額として1円以上の金額を付するものとする。

７　法第68条の65第1項の規定の適用がある場合において、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人の法人税法第81条の18第1項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額を計算するときは、法第68条の65第1項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法第81条の18第1項に規定する個別帰属損金額に含まれるものとする。


　第39条の97第1項を次のように改める。

　法第68条の68第2項第一号ロに規定する政令で定める譲渡は、次の各号に掲げる要件のいずれにも該当する場合の当該連結事業年度における株式又は出資(以下この項において「株式等」という。)の譲渡(第21条第5項各号に規定する株式の譲渡を除く。第二号において同じ。)とする。

	一	当該連結事業年度終了の日以前3年内のいずれかの時において、土地所有法人(その有する資産の価額の総額のうちに土地等(法第68条の68第2項第一号ロに規定する土地等をいう。以下この節において同じ。)の価額の合計額の占める割合が100分の70以上である法人をいう。以下この項において同じ。)の特殊関係株主等(その土地所有法人の法人税法第2条第十四号に規定する株主等並びに当該株主等と法人税法施行令第4条第1項及び第2項に規定する特殊の関係その他これに準ずる関係のある者をいう。以下この項及び次条第1項において同じ。)が有する当該土地所有法人の株式等の数又は金額が当該土地所有法人の発行済株式又は出資(当該土地所有法人が有する自己の株式等を除く。次号において「発行済株式等」という。)の総数又は総額の100分の30以上であり、かつ、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者がその特殊関係株主等であること。
	二	当該連結事業年度において、当該土地所有法人の株式等の譲渡をした者を含む当該土地所有法人の特殊関係株主等が当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の5に当該連結事業年度の月数を乗じてこれを12で除して計算した数又は金額以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をし、かつ、当該連結事業年度終了の日以前3年内において、当該土地所有法人の発行済株式等の総数又は総額の100分の15以上に相当する数又は金額の当該土地所有法人の株式等の譲渡をしたこと。

　第39条の97第2項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、「算入される金額」の下に「(当該益金の額に算入される金額のうちに法人税法施行令第124条第1項第二号ロに掲げる金額又は同条第4項第二号に掲げる金額に係る同法第81条の3第1項に規定する個別益金額が含まれている場合には、当該個別益金額を控除した金額)」を加え、同項第一号中「、同条第2項第一号イ(3)に掲げる行為(第4項第一号において「特定目的信託の設定」という。)をした場合には、その時における当該行為に係る土地等の価額とし」を削り、同項第二号中「受益権」を「出資」に改め、同条第3項中「株式等若しくは受益権」を「株式若しくは出資」に改め、同条第4項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同項第一号ニを削り、同号ホを同号ニとし、同項第二号中「受益権」を「出資」に改め、同条第5項後段中「に規定する延払基準の方法により経理して」を「又は第2項の規定の適用を受けて」に改め、同項第一号中「株式等若しくは受益権」を「株式若しくは出資」に改め、同条第6項中「第1項第一号ロ及び第二号ロ並びに」を「第1項第二号及び」に改め、同条第8項中「、第3項」を「及び第3項」に改め、「及び同号に規定する特定目的信託の設定」を削り、同条第10項中「第62条の3第4項第十一号から第十六号まで」を「第62条の3第4項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第12項第一号中「第38条の4第35項第一号」を「第38条の4第37項第一号」に改め、同条第17項中「第62条の3第4項第十一号から第十六号まで」を「第62条の3第4項第十二号から第十七号まで」に改める。


　第39条の98第1項第一号中「、同条第3項」を「及び同条第3項」に改め、「及び同号に規定する特定目的信託の設定」を削り、「、当該賃借権の設定等又は当該特定目的信託の設定」を「又は当該賃借権の設定等」に改め、同項第二号中「株式(出資を含む。」を「株式又は出資(」に改め、同号イ(2)中「この項」を「この号」に改め、同項第三号を削り、同条第2項中「及び第三号」を削り、同条第4項中「株式等又は受益権」を「株式又は出資」に改め、同条第9項中「第38条の5第9項各号に掲げる者」を「宅地建物取引業法第2条第三号に規定する宅地建物取引業者(新築された住宅又は住宅の敷地の用に供される宅地の分譲の事業を行うものに限る。)」に、「当該宅地の譲渡を受けた者が」を「当該宅地建物取引業者が」に改め、同条第23項中「次に掲げる」を「第38条の5第23項に規定する」に改め、同項各号を削る。


　第39条の99第6項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第39条の106第1項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第4項第二号中「第62条の3第4項第十号」を「第62条の3第4項第十一号」に改め、同条第8項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同条第9項中「第十七号」を「第十八号」に改め、同条第10項中「第十八号」を「第十九号」に、「第39条の7第20項」を「第39条の7第21項」に改め、同条第16項後段中「第39条の7第26項前段」を「第39条の7第27項前段」に改め、同条第19項後段中「第39条の7第29項前段」を「第39条の7第30項前段」に改め、同条第27項中「第十七号」を「第十八号」に改め、同条第28項中「第十六号」を「第十七号」に改め、同項第一号中「第39条の7第38項第一号」を「第39条の7第39項第一号」に改め、同条第30項及び第38項中「第十八号」を「第十九号」に改める。


　第3章第25節の節名中「課税の特例」を「課税の特例等」に改め、同節中第39条の112の次に次の1条を加える。

(連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予の申請手続等)
第39条の112の2　法第68条の88の2第1項に規定する法人税の額及び当該法人税の額に係る加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額は、次に掲げる金額の合計額とする。

	一	法第68条の88の2第1項に規定する申立てに係る更正決定(法第68条の88第16項第一号に掲げる更正決定をいう。以下この号及び第3項第二号において同じ。)により納付すべき法人税の額(次号において「更正決定に係る法人税の額」という。)から、当該更正決定のうち法第68条の88の2第1項に規定する法人税の額に係る部分がなかったものとして計算した場合に納付すべきものとされる法人税の額(次号において「猶予対象以外の法人税の額」という。)を控除した金額
	二	更正決定に係る法人税の額を基礎として課することとされる加算税(国税通則法第69条に規定する加算税をいう。以下この号において同じ。)の額から、猶予対象以外の法人税の額を基礎として課することとされる加算税の額を控除した金額

２　法第68条の88の2第1項に規定する合意がない場合その他の政令で定める場合は次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める日は国税庁長官が当該各号に掲げる場合に該当する旨を通知した日とする。

	一	法第68条の88の2第1項に規定する協議(以下この項において「相互協議」という。)を継続した場合であっても同条第1項の合意(次号及び第三号において「合意」という。)に至らないと国税庁長官が認める場合(同条第5項各号に掲げる場合を除く。)において、国税庁長官が当該相互協議に係る条約相手国(第1条の3第1項第二号に規定する租税条約の我が国以外の締約国をいう。次号において同じ。)の権限ある当局に当該相互協議の終了の申入れをし、当該権限ある当局の同意を得たとき。
	二	相互協議を継続した場合であっても合意に至らないと当該相互協議に係る条約相手国の権限ある当局が認める場合において、国税庁長官が当該権限ある当局から当該相互協議の終了の申入れを受け、国税庁長官が同意をしたとき。
	三	法第68条の88の2第1項に規定する法人税の額に関し合意が行われた場合において、当該合意の内容が当該法人税の額を変更するものでないとき。

３　法第68条の88の2第1項の規定による納税の猶予を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、同項の申立てをしたことを証する書類その他の財務省令で定めるものを添付し、これを国税通則法第46条第1項に規定する税務署長等に提出しなければならない。

	一	当該猶予を受けようとする法人の名称及び納税地(その納税地と本店又は主たる事務所の所在地とが異なる場合には、名称及び納税地並びにその本店又は主たる事務所の所在地)
	二	納付すべき更正決定に係る法人税の事業年度、納期限及び金額
	三	前号の金額のうち当該猶予を受けようとする金額
	四	当該猶予を受けようとする金額が50万円を超える場合には、その申請時に提供しようとする国税通則法第50条各号に掲げる担保の種類、数量、価額及び所在(その担保が保証人の保証であるときは、保証人の名称又は氏名及び本店若しくは主たる事務所の所在地又は住所若しくは居所)その他担保に関し参考となるべき事項(担保を提供することができない特別の事情があるときは、その事情)

４　法第68条の88の2第1項の規定による納税の猶予を受けた法人税についての国税通則法施行令第23条第1項の規定の適用については、同項中「納税の猶予又は」とあるのは、「納税の猶予(租税特別措置法第68条の88の2第1項(連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予)の規定による納税の猶予を含む。)又は」とする。


　第39条の113第1項第一号中「法人税の課税対象所得(法第66条の5第4項第九号に規定する法人税の」を「課税対象所得(法第68条の89第4項第九号に規定する」に改め、同号ロ中「法人税の」を削り、同条第2項中「には、前項の平均負債残高超過額は、当該控除した残額」を「における前項の規定の適用については、同項第一号中「イに掲げる金額からロに掲げる金額を控除した残額がハに掲げる金額」とあるのは「当該連結法人の当該連結事業年度の法第68条の89第1項に規定する総負債に係る平均負債残高から当該連結法人の当該連結事業年度に係る同条第4項第七号に規定する自己資本の額に3を乗じて得た金額を控除した残額(以下この項において「総負債平均負債残高超過額」という。)がロに掲げる金額」と、「法第68条の89第4項第一号」とあるのは「同条第4項第一号」と、「イに掲げる金額からハに掲げる金額を控除した残額(次号及び次項において「平均負債残高超過額」という。)」とあるのは「総負債平均負債残高超過額」と、同項第二号中「前号イに掲げる金額から同号ロに掲げる金額を控除した残額が同号ハに掲げる金額」とあるのは「総負債平均負債残高超過額が前号ロに掲げる金額」と、「平均負債残高超過額」とあるのは「総負債平均負債残高超過額」」に改め、同条第5項中「第66条の5第4項第八号」を「第68条の89第4項第八号」に改め、同条第22項中「第39条の13第21項」を「第39条の13第22項」に改め、同条第24項中「相当する金額」の下に「(同条第2項の規定により同条第1項の規定を読み替えて適用する場合にあっては、同条第2項の規定により読み替えて適用する同号に規定する総負債平均負債残高超過額に相当する金額)」を加える。


　第39条の114第2項第二号ロ中「第1条の2第1項第二号」を「第1条の3第1項第二号」に改める。


　第39条の115第1項中「この節」を「この条及び次条第1項から第3項まで」に改め、同項第一号中「第8款」を「第10款」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同項第二号中「第4項第一号まで」を「この節」に改め、同条第2項第十三号中「組合損失額」を「組合等損失額」に改め、同条第3項第一号中「次号」を「以下この節」に改め、同項第三号及び第四号を削り、同条第4項第二号中「次条第3項第一号」を「次条第3項」に、「が異なる」を「の内容が異なる」に、「剰余金の配当等の額のその総額」を「剰余金の配当等の額がその総額のうち」に改め、同項第三号及び第四号を削り、同条第5項中「、第66条の6第1項又は第68条の3の7第1項」を「又は第66条の6第1項」に改め、同条第7項中「第十八号」を「第十九号」に改める。


　第39条の116第1項中「法人所得税(前条第1項第二号に規定する法人所得税をいう。以下この項において同じ。)の額が第一号」を「法人所得税の額が同号」に改め、同項第二号イ中「法人所得に係る」を削り、同号ハ及びニを削り、同条第2項中「第一号及び第三号」を「以下この節」に、「、当該連結法人」を「又は当該連結法人」に改め、「又は当該連結法人に係る法第66条の9の2第2項第一号に規定する外国関係信託(当該特定外国子会社等に係る控除未済課税済配当等の額を有するものに限る。)につき第四号に掲げる事実が生じた場合」を削り、同項第一号中「前項第二号イからニまで」を「前項第二号イ及びロ」に改め、「(次項第一号ロに規定する請求権勘案間接保有株式等をいう。次号において同じ。)」を削り、同項第二号中「前項第二号イからニまで」を「前項第二号イ及びロ」に改め、同項第三号中「法第68条の90第1項に規定する個別課税対象留保金額(次項第二号において「個別課税対象留保金額」という。)若しくは法第66条の6第1項に規定する」を「個別課税対象留保金額若しくは」に、「法第68条の92第1項又は第66条の8第1項」を「同項又は法第66条の8第1項」に改め、同項第四号を削り、同条第3項を次のように改める。

３　前項及びこの項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。

	一	請求権勘案保有株式等 　連結法人が直接に有する外国法人の株式等の数又は金額(当該外国法人が請求権の内容が異なる株式等を発行している場合には、当該外国法人の発行済株式等に、当該連結法人が当該請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合を乗じて計算した数又は金額)及び請求権勘案間接保有株式等を合計した数又は金額をいう。
	二	請求権勘案間接保有株式等 　外国法人の発行済株式等に、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合(次に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、それぞれ次に定める割合の合計割合)を乗じて計算した株式等の数又は金額をいう。
		イ	当該外国法人の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この条において同じ。)である他の外国法人(イにおいて「他の外国法人」という。)の発行済株式等の全部又は一部が連結法人により所有されている場合 　当該連結法人の当該他の外国法人に係る持株割合(その株主等の有する株式等の数又は金額が当該株式等の発行法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該発行法人が請求権の内容が異なる株式等を発行している場合には、その株主等が当該請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額がその総額のうちに占める割合)をいう。以下この号において同じ。)に当該他の外国法人の当該外国法人に係る持株割合を乗じて計算した割合(当該他の外国法人が二以上ある場合には、二以上の当該他の外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
		ロ	当該外国法人と他の外国法人(その発行済株式等の全部又は一部が連結法人により所有されているものに限る。以下この号において「他の外国法人」という。)との間に一又は二以上の外国法人(以下この号において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合であって、当該連結法人、当該他の外国法人、出資関連外国法人及び当該外国法人が株式等の所有を通じて連鎖関係にある場合 　当該連結法人の当該他の外国法人に係る持株割合、当該他の外国法人の出資関連外国法人に係る持株割合、出資関連外国法人の他の出資関連外国法人に係る持株割合及び出資関連外国法人の当該外国法人に係る持株割合を順次乗じて計算した割合(当該連鎖関係が二以上ある場合には、当該二以上の連鎖関係につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	三	控除未済課税済配当等の額 　当該連結法人に係る外国関係会社が前項第三号に掲げる事実が生じた日前2年以内の期間において当該連結法人に係る特定外国子会社等から受けた剰余金の配当等の額(法第68条の92第1項第二号に定める金額を含む。)で当該特定外国子会社等に係る前項の規定による個別課税対象留保金額の計算上控除されないもの(当該特定外国子会社等に係る第39条の119第2項又は第3項の規定により算定した法第68条の92第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額に含まれないものを含む。)のうち、当該連結法人の当該外国関係会社を通じて保有する当該特定外国子会社等の請求権勘案間接保有株式等に対応する部分の金額(既に前項及び同条第1項並びに第39条の16第2項及び法第66条の8第1項の規定の適用に充てられた部分の金額を除く。)をいう。

　第39条の116第4項中「又は第四号」を削り、同条第5項中「第68条の90第3項に規定する」を「第68条の90第3項の規定により読み替えて適用する同条第1項の」に、「同項」を「同条第3項」に改める。


　第39条の117第1項第一号中「特定外国子会社等」を「同項に規定する特定外国子会社等(以下この項において「特定外国子会社等」という。)」に改め、同項第二号及び第三号中「及び第68条の90第1項各号に掲げる者、法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)並びに」を「、第68条の90第1項各号及び」に改め、同項第四号を削り、同項第五号中「若しくは第68条の90第1項各号に掲げる者又は法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)」を「又は第68条の90第1項各号に掲げる者」に、「間接保有の株式等を」を「間接保有の株式等(法第66条の6第2項第三号に規定する間接に有するものとして政令で定める外国法人の株式の数又は出資の金額をいう。)を」に改め、「若しくは外国信託」を削り、「他の外国法人等及び出資関連外国法人等」を「他の外国法人及び出資関連外国法人」に改め、同号を同項第四号とし、同項第六号中「第66条の6第2項第四号」を「第66条の6第2項第六号」に改め、同号を同項第五号とし、同条第2項第一号中「及び第68条の90第1項各号に掲げる者、法第68条の3の7第1項各号に掲げる特定信託の受託者である法人(当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。)並びに」を「、第68条の90第1項各号及び」に改める。


　第39条の118第1項中「特定外国子会社等」の下に「(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」を加え、「(法第68条の90第1項に規定する適用対象留保金額をいう。以下この項において同じ。)」を削り、「法第68条の90第1項に規定する個別課税対象留保金額(以下この条において「個別課税対象留保金額」という。)」を「個別課税対象留保金額」に改め、同条第3項第二号中「法第66条の6第1項に規定する課税対象留保金額(第12項において「課税対象留保金額」という。)に相当する金額につき同条第1項」を「課税対象留保金額に相当する金額につき法第66条の6第1項」に改め、同条第12項及び第17項中「若しくは外国関係信託」を削る。


　第39条の119第1項中「同項に規定する特定外国子会社等」を「、同項に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」に、「第39条の116第3項第二号」を「第39条の116第3項第三号」に改め、「以下この項及び」及び「とし、法第68条の92第1項に規定する外国関係信託のうち政令で定めるものは当該特定外国子会社等に係る控除未済課税済配当等の額を有する外国関係信託」を削り、同条第2項中「同項に規定する特定外国子会社等」を「特定外国子会社等」に、「法第68条の90第1項に規定する個別課税対象留保金額(第三号において「個別課税対象留保金額」という。)」を「個別課税対象留保金額」に改め、同項第一号中「法第68条の92第1項第一号に定める剰余金の配当等の額が」を削り、「この号及び次号において同じ。)若しくは外国関係信託(当該連結法人に係る特定外国信託及び法第66条の9の2第1項に規定する特定外国信託を除く。以下この号及び次号において同じ。)でその受ける」を「この項において同じ。)でその受ける法第68条の92第1項第一号に定める」に改め、「若しくは信託所在地国」、「法人所得に係る軽課税基準若しくは信託所得に係る」及び「若しくは特定外国信託(法第66条の9の2第1項に規定する特定外国信託を含む。以下この項において同じ。)」を削り、「当該外国関係信託並びに当該他の特定外国子会社等及び当該特定外国信託」を「当該他の特定外国子会社等」に改め、「請求権勘案間接保有株式等」の下に「(第39条の116第3項第二号に規定する請求権勘案間接保有株式等をいう。次号において同じ。)」を加え、同項第二号中「法第68条の92第1項第二号に定める金額が」を削り、「若しくは外国関係信託でその受ける金額」を「でその受ける法第68条の92第1項第二号に定める金額」に改め、「若しくは信託所在地国」、「法人所得に係る軽課税基準若しくは信託所得に係る」及び「若しくは特定外国信託」を削り、「当該外国関係信託並びに当該他の特定外国子会社等及び当該特定外国信託」を「当該他の特定外国子会社等」に改め、同項第三号中「法第68条の90第1項に規定する」及び「法第66条の6第1項に規定する」を削り、「法第68条の92第1項又は第66条の8第1項」を「同項又は法第66条の8第1項」に改め、同項第四号を削り、同条第3項第二号及び第三号中「法第68条の90第1項に規定する」を削り、同条第8項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項を同条第7項とし、同条第5項中「同条第3項に規定する」及び「(以下この項において「被合併法人等」という。)」を削り、同項を同条第6項とし、同条第4項中「法第68条の92第3項に規定する被合併法人等」を「被合併法人、分割法人、現物出資法人又は事後設立法人(次項において「被合併法人等」という。)」に改め、同項第一号中「第6項」を「第7項」に改め、同項第三号中「第7項」を「第8項」に改め、同項を同条第5項とし、同条第3項の次に次の1項を加える。

４　法第68条の92第1項に規定する連結法人が当該連結法人に係る特定外国子会社等に係る同項に規定する個別課税済留保金額及び当該連結法人に係る法第68条の93の6第1項に規定する特定外国法人(当該特定外国子会社等と同一の外国法人に限る。)に係る法第68条の93の8第1項に規定する個別課税済留保金額を有する場合には、法第68条の92第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に定める金額から法第68条の93の8第1項の規定により損金の額に算入される金額を控除した残額を基礎として前2項の規定により計算した金額を限度とする。


　第39条の120第1項中「又は法第66条の6第1項各号に掲げる法人」を「に掲げる連結法人」に、「当該各号に規定する」を「これらの連結法人に係る」に改め、同条第2項中「株式等」を「株式等の数」に改め、同条に次の2項を加える。

５　法人税法施行令第14条の10第1項から第5項まで及び第7項から第11項までの規定は、法第68条の90第7項の規定を同条(第3項、第4項及び第6項を除く。)から法第68条の93までの規定並びに第39条の114から第39条の116(第5項を除く。)まで及び第39条の118からこの条までの規定において適用する場合について準用する。

６　前項に定めるもののほか、法人税法第4条の7に規定する受託法人又は法人課税信託の受益者についての法第68条の90(第3項、第4項及び第6項を除く。)から第68条の93までの規定又は第39条の114から第39条の116(第5項を除く。)まで若しくは第39条の118からこの条までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


　第3章第28節を次のように改める。
　　第28節　削除


第39条の120の2から第39条の120の7まで　削除


　第3章第28節の次に次の1節を加える。

　　第28節の2　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例


(特殊関係株主等の範囲等)
第39条の120の8　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定める特殊の関係のある個人は、次に掲げる個人とする。

	一	特定株主等(法第68条の93の6第2項第一号に規定する特定株主等をいう。以下この項及び次項において同じ。)に該当する個人と法人税法施行令第4条第1項に規定する特殊の関係のある個人
	二	特定株主等に該当する法人の役員(法人税法第2条第十五号に規定する役員をいう。以下この節において同じ。)
	三	特殊関係内国法人(法第68条の93の6第2項第二号に規定する特殊関係内国法人をいう。以下この節において同じ。)の役員
	四	前二号に掲げる役員に係る法人税法施行令第72条の3各号に掲げる者

２　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定める特殊の関係のある法人は、次に掲げる法人とする。

	一	特定株主等の1人(個人である特定株主等については、その1人及びこれと前項第一号に規定する特殊の関係のある個人。以下この項において同じ。)が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	二	特定株主等の1人及びこれと前号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人
	三	特定株主等の1人及びこれと前二号に規定する特殊の関係のある法人が他の法人を支配している場合における当該他の法人

３　法人税法施行令第4条第3項及び第4項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。

４　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定める関係は、同項に規定する特殊関係株主等(以下この節において「特殊関係株主等」という。)と特殊関係内国法人との間に特殊関係株主等の特殊関係内国法人に係る間接保有株式等保有割合(次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)をいう。)が100分の80以上である関係がある場合における当該関係とする。

	一	特殊関係内国法人の株主等(法人税法第2条第十四号に規定する株主等をいう。以下この節において同じ。)である外国法人(特殊関係株主等に該当するものを除く。以下この号において同じ。)の発行済株式又は出資(自己が有する自己の株式又は出資を除く。)の総数又は総額(以下この節において「発行済株式等」という。)の100分の80以上の数又は金額の株式等(株式又は出資をいう。以下この節において同じ。)が特殊関係株主等によって所有されている場合 　当該株主等である外国法人の有する特殊関係内国法人の株式等の数又は金額が当該特殊関係内国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	特殊関係内国法人の株主等である法人(前号に掲げる場合に該当する同号の株主等である外国法人及び特殊関係株主等に該当する法人を除く。)と特殊関係株主等との間にこれらの者と株式等の所有を通じて連鎖関係にある一又は二以上の法人(当該株主等である法人が内国法人であり、かつ、当該一又は二以上の法人のすべてが内国法人である場合の当該一又は二以上の内国法人及び特殊関係株主等に該当する法人を除く。以下この号において「出資関連法人」という。)が介在している場合(出資関連法人及び当該株主等である法人がそれぞれその発行済株式等の100分の80以上の数又は金額の株式等を特殊関係株主等又は出資関連法人(その発行済株式等の100分の80以上の数又は金額の株式等が特殊関係株主等又は他の出資関連法人によって所有されているものに限る。)によって所有されている場合に限る。) 　当該株主等である法人の有する特殊関係内国法人の株式等の数又は金額が当該特殊関係内国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

５　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定める外国法人は、次に掲げる外国法人とする。

	一	前項に規定する間接保有株式等保有割合が100分の80以上である場合における同項第一号に規定する株主等である外国法人に該当する外国法人
	二	前項に規定する間接保有株式等保有割合が100分の80以上である場合における同項第二号に規定する株主等である法人に該当する外国法人及び同号に規定する出資関連法人に該当する外国法人
	三	前二号に掲げる外国法人がその発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有する外国法人(前二号に掲げる外国法人に該当するもの及び特殊関係株主等に該当するものを除く。)

６　前項第三号において発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を直接又は間接に保有するかどうかの判定は、同項第一号及び第二号に掲げる外国法人の他の外国法人(同項第一号又は第二号に掲げる外国法人に該当するもの及び特殊関係株主等に該当するものを除く。以下この項において同じ。)に係る直接保有株式等保有割合(前項第一号及び第二号に掲げる外国法人の有する他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合をいう。)と同項第一号及び第二号に掲げる外国法人の当該他の外国法人に係る間接保有株式等保有割合(次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合(当該各号に掲げる場合のいずれにも該当する場合には、当該各号に定める割合の合計割合)をいう。)とを合計した割合により行うものとする。

	一	当該他の外国法人の株主等である外国法人の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等が前項第一号及び第二号に掲げる外国法人によって所有されている場合 　当該株主等である外国法人の有する当該他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)
	二	当該他の外国法人の株主等である外国法人(前号に掲げる場合に該当する同号の株主等である外国法人を除く。)と前項第一号及び第二号に掲げる外国法人との間にこれらの者と株式等の所有を通じて連鎖関係にある一又は二以上の外国法人(以下この号において「出資関連外国法人」という。)が介在している場合(出資関連外国法人及び当該株主等である外国法人がそれぞれその発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を同項第一号及び第二号に掲げる外国法人又は出資関連外国法人(その発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等が同項第一号及び第二号に掲げる外国法人又は他の出資関連外国法人によって所有されているものに限る。)によって所有されている場合に限る。) 　当該株主等である外国法人の有する当該他の外国法人の株式等の数又は金額が当該他の外国法人の発行済株式等のうちに占める割合(当該株主等である外国法人が二以上ある場合には、当該二以上の株主等である外国法人につきそれぞれ計算した割合の合計割合)

７　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定める外国関係法人は、次に掲げるものとする。

	一	法人の所得に対して課される税が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有する外国関係法人(法第68条の93の6第1項に規定する外国関係法人をいう。以下この節において同じ。)
	二	その各事業年度の所得に対して課される租税の額が当該所得の金額の100分の25以下である外国関係法人

８　第39条の114第2項の規定は、外国関係法人が前項第二号の外国関係法人に該当するかどうかの判定について準用する。


(特定外国法人の未処分所得の金額の計算)
第39条の120の9　法第68条の93の6第2項第三号に規定する政令で定める基準により計算した金額は、同条第1項に規定する特定外国法人(以下この条並びに次条第1項及び第2項において「特定外国法人」という。)の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、第39条の115第1項若しくは第2項又は同条第3項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第68条の93の6第2項第三号に規定する欠損の金額に係る調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、前項の規定により計算した金額(以下この項において「調整所得金額」という。)から当該各事業年度開始の日前7年以内に開始した事業年度(平成19年10月1日前に開始した事業年度及び特定外国法人(法第40条の10第1項又は第66条の9の6第1項に規定する特定外国法人を含む。)に該当しなかった事業年度を除く。)において生じた欠損金額(この項又は第39条の20の9第2項の規定により当該各事業年度前の事業年度において控除されたものを除く。)の合計額(当該合計額が当該各事業年度の調整所得金額を超える場合には、当該調整所得金額)に相当する金額を控除した金額とする。

３　前項に規定する欠損金額とは、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額について、第1項の規定により計算した場合に算出される欠損の金額をいう。

４　第39条の115第7項及び第8項の規定は、特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、同条第1項又は第2項の規定の例により計算する場合について準用する。

(特定外国法人の個別課税対象留保金額の計算等)
第39条の120の10　法第68条の93の6第1項の未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び剰余金の配当等の額に関する調整を加えた金額は、特定外国法人の各事業年度の同条第2項第三号に規定する未処分所得の金額につき、第39条の116第1項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第68条の93の6第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人の各事業年度の適用対象留保金額(同項に規定する適用対象留保金額をいう。以下この節において同じ。)につき、第39条の116第2項から第4項までの規定の例により計算した金額とする。

３　法第68条の93の6第3項の規定により読み替えて適用する同条第1項の政令で定める費用の額は、同条第3項に規定する特定外国法人の事業に従事する当該特定外国法人の役員及び使用人に係る人件費の額の合計額につき、第39条の116第5項の規定の例により計算した金額とする。


(特定外国法人の事業の判定等)
第39条の120の11　法第68条の93の6第4項第一号に規定する政令で定める者は、次に掲げる者とする。

	一	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う同項に規定する特定外国法人(以下この項において「特定外国法人」という。)に係る特殊関係株主等に該当する連結法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者を除く。)
	二	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する法人の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を有する者(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者及び前号に掲げる者に該当する者を除く。)
	三	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する連結法人(当該連結法人が連結子法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人)の発行済株式等の100分の50を超える数又は金額の株式等を有する者(当該特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する者及び前二号に掲げる者に該当する者を除く。)
	四	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に係る外国関係法人
	五	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に介在する第39条の120の8第4項第二号に規定する株主等である法人又は出資関連法人(第一号又は前号に掲げる者に該当する者を除く。)
	六	次に掲げる者と法第66条の9の6第2項第一号に規定する政令で定める特殊の関係のある者(法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係内国法人に該当する者及び特殊関係株主等に該当する者並びに前各号に掲げる者に該当する者を除く。)
		イ	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人
		ロ	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係内国法人
		ハ	法第68条の93の6第4項第一号に掲げる事業を主として行う特定外国法人に係る特殊関係株主等に該当する個人又は法人
		ニ	前各号に掲げる者

２　第39条の117第2項及び第3項の規定は、法第68条の93の6第4項第一号に規定する政令で定める場合について準用する。この場合において、第39条の117第2項第一号中「法第40条の4第1項各号、第66条の6第1項各号、第68条の90第1項各号及び前項各号」とあるのは、「法第68条の93の6第2項第二号に規定する特殊関係内国法人、同条第1項に規定する特殊関係株主等及び第39条の120の11第1項各号」と読み替えるものとする。

３　第39条の117第4項の規定は、法第68条の93の6第4項第二号に規定する政令で定める場合について準用する。


(特定外国法人の個別課税対象留保金額に係る外国法人税額の計算等)
第39条の120の12　法第68条の93の7第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する特定外国法人(第3項において「特定外国法人」という。)の適用対象留保金額を有する事業年度の所得に対して課される外国法人税(法人税法第69条第1項に規定する外国法人税をいう。第3項において同じ。)の額につき、第39条の118第1項の規定の例により計算した金額とする。

２　法第68条の93の7第1項の規定により特殊関係株主等である連結法人が納付する法人税法第81条の15第1項に規定する個別控除対象外国法人税の額とみなして同条第1項から第7項まで、第10項及び第15項から第17項までの規定を適用する場合におけるこれらの規定の適用に関する事項については、第39条の118第2項から第10項まで及び第12項から第17項までの規定の例による。

３　法第68条の93の7第3項に規定する政令で定める連結事業年度は、特定外国法人の所得に対して課された外国法人税の額が前項の規定によりその例によるものとされる第39条の118第3項各号のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める事業年度とする。


(特定外国法人の課税済配当等の額の計算)
第39条の120の13　法第68条の93の8第1項に規定する外国関係法人のうち政令で定めるものは、同項に規定する特定外国法人(以下第3項までにおいて「特定外国法人」という。)に係る控除未済課税済配当等の額(特定外国法人の各事業年度の適用対象留保金額につき第39条の120の10第2項の規定により第39条の116第2項から第4項までの規定の例により計算する場合の同条第3項第三号に規定する控除未済課税済配当等の額をいう。)を有する外国関係法人とする。

２　法第68条の93の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人又は当該連結法人に係る外国関係法人につき同項各号に掲げる事実が生じた場合における同項各号に定める金額につき、第39条の119第2項及び第3項の規定の例により計算した金額とする。

３　法第68条の93の8第1項に規定する特殊関係株主等である連結法人が当該連結法人に係る特定外国法人に係る同項に規定する個別課税済留保金額及び当該連結法人に係る法第68条の90第1項に規定する特定外国子会社等(当該特定外国法人と同一の外国法人に限る。)に係る法第68条の92第1項に規定する個別課税済留保金額を有する場合には、法第68条の93の8第1項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に定める金額から法第68条の92第1項の規定により損金の額に算入される金額を控除した残額を基礎として前項の規定により計算した金額を限度とする。

４　法第68条の93の8第3項において準用する法第68条の92第3項から第6項までの規定の適用に関する事項については、第39条の119第5項から第8項までの規定の例による。

５　第39条の119第9項の規定は、法第68条の93の8第1項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である連結法人の連結利益積立金額の計算について準用する。


(特定関係の判定等)
第39条の120の14　第39条の20の14第1項及び第2項の規定は、法第68条の93の6第1項の規定を適用する場合について準用する。

２　特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等である連結法人が当該連結法人に係る外国関係法人の各事業年度終了の日以後2月を経過する日までの間に合併により解散した場合には、その有する当該外国関係法人の法第66条の9の6第2項第四号に規定する直接及び間接保有の株式等の数(以下この項において「直接及び間接保有の株式等の数」という。)でその合併に係る合併法人(当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等に該当するもの及びその合併により当該連結法人が有する当該外国関係法人の直接及び間接保有の株式等の数の移転を受けることにより当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等に該当することとなるものに限る。以下この項において同じ。)が移転を受けたものは、その合併法人が当該外国関係法人の各事業年度終了の日において有する直接及び間接保有の株式等の数とみなす。

３　第39条の120第3項及び第4項の規定は、法第68条の93の6第1項の規定により特殊関係株主等である連結法人の益金の額に算入された金額がある場合の法人税法第81条の13第2項及び第4項の規定の適用並びに当該連結法人の連結利益積立金額の計算について準用する。

４　法人税法施行令第14条の10第1項から第5項まで及び第7項から第11項までの規定は、法第68条の93の6第8項の規定を同条(第3項、第4項及び第6項を除く。)から法第68条の93の9までの規定並びに第39条の120の8から第39条の120の10(第3項を除く。)まで及び第39条の120の12からこの条までの規定において適用する場合について準用する。

５　前項に定めるもののほか、法人税法第4条の7に規定する受託法人又は法人課税信託の受益者についての法第68条の93の6(第3項、第4項及び第6項を除く。)から第68条の93の9までの規定又は第39条の120の8から第39条の120の10(第3項を除く。)まで若しくは第39条の120の12からこの条までの規定の適用に関し必要な事項は、財務省令で定める。


　第39条の122の2を第39条の122の3とし、第39条の122の次に次の1条を加える。

(特定地域雇用会社に対する寄附金の損金算入の特例)
第39条の122の2　法第68条の96の2第1項に規定する政令で定める寄附金は、同項に規定する特定地域雇用会社を指定した地域再生法第8条第1項に規定する認定地方公共団体の長が同法第15条第3項の規定により同項に規定する要件に該当することを確認した寄附金とする。


　第39条の125の前の見出しを「(連結法人の組合事業等による損失がある場合の課税の特例)」に改め、同条第2項中「による組合損金額」を「又は信託(法第67条の12第1項に規定する信託に限る。以下この条において同じ。)による組合等損金額」に、「個別帰属損金額のうち当該組合事業に帰せられる部分」を「個別帰属損金額のうち、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託費用帰属額(同法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる費用の額をいう。)に係る部分」に、「組合事業による組合益金額」を「組合事業又は当該信託による組合等益金額」に、「個別帰属益金額のうち当該組合事業に帰せられる部分」を「個別帰属益金額のうち、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託収益帰属額(同法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の収益とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益の額をいう。)に係る部分」に、「連結組合損失額」を「連結組合等損失額」に改め、同条第3項中「出資の価額」の下に「又は信託財産の帳簿価額」を加え、「であるもの」を「又は信託の受益者(法第67条の12第1項に規定する受益者をいう。以下この条において同じ。)であるもの」に改め、「その組合事業」の下に「又は信託」を加え、「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改め、同項第一号中「連結組合損失額又は連結組合利益額」を「連結組合等損失額又は連結組合等利益額」に、「(第三号において「最終組合損益計算期間」という。)の終了の時までに当該組合契約」を「の終了の時(信託にあっては、当該連結事業年度終了の時。第三号において「最終組合損益計算期間等終了時」という。)までに当該組合契約又は信託行為」に改め、「基づいて出資」の下に「又は信託」を加え、「の額及び」を「の額に」に、「)の価額」を「)に係る次に掲げる金額の合計額」に改め、「以外のもの」を削り、「に係る次に掲げる金額の合計額)の合計額」を「の価額)を加算した金額」に、「金銭又は」を「金銭若しくは」に改め、「した場合」の下に「又は資産の信託と併せて委託者の負債を信託財産に属する負債とした場合」を加え、「当該負債」を「これらの負債」に改め、同号イ中「組合事業に係る」の下に「組合財産持分割合(」を加え、「以下この項及び次項において同じ。)に対する持分の割合」を「)に対する各組合員の持分の割合をいう。以下この条において同じ。)を合計した割合又は当該信託の他の受益者の当該現物資産に係る信託財産持分割合(現物資産の価額に対する各受益者が法人税法第12条第1項の規定により有するものとみなされる部分の価額の割合をいう。以下この条において同じ。)」に改め、同号ロ中「出資」の下に「又は当該信託」を加え、「当該組合事業に係る組合財産に対する当該連結親法人又はその連結子法人の持分の割合」を「当該連結親法人又はその連結子法人の当該組合事業に係る組合財産持分割合又は当該現物資産に係る信託財産持分割合」に改め、同項第二号イ中「及びホ」を「、ホ及びヘ」に、「同号ヘ」を「同号ト」に、「当該組合事業に帰せられるもの」を「、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託損益帰属額(法人税法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の収益及び費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益及び費用に係る損益の額をいう。ロにおいて同じ。)に係る部分の金額」に改め、同号ロ中「ニまで」を「ホまで」に、「同号ホ」を「同号ヘ」に、「当該組合事業に帰せられるもの」を「、当該組合事業に帰せられる部分の金額又は当該信託の信託損益帰属額に係る部分の金額」に改め、同項第三号中「最終組合損益計算期間終了の時までに」を「最終組合損益計算期間等終了時までに分配等(」に、「又は出資」を「若しくは出資」に、「以下この号において「分配等」という」を「)又は信託財産からの給付をいう。以下この号において同じ」に、「及び現物資産の価額」を「に現物資産に係る次に掲げる金額の合計額」に改め、「以外のもの」を削り、「に係る次に掲げる金額の合計額)の合計額」を「の価額)を加算した金額」に改め、同号イ中「組合財産に対する持分の割合」を「組合財産持分割合を合計した割合又は当該信託の他の受益者の当該現物資産に係る信託財産持分割合」に改め、同条第4項中「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を加え、「の承継をした」を「の承継(信託にあっては、信託に関する権利の移転として財務省令で定めるものを含む。以下この項において同じ。)を受けた」に、「うち当該承継をした」を「うち当該承継を受けた」に、「組合損益計算期間前の各組合損益計算期間」を「組合損益計算期間又は連結事業年度前の各組合損益計算期間又は各連結事業年度」に、「を締結していた」を「に係る組合員又は当該信託の受益者であった」に、「組合損益計算期間の直前の組合損益計算期間終了の時の調整出資金額」を「組合損益計算期間又は当該連結事業年度の直前の組合損益計算期間又は連結事業年度終了の時の調整出資等金額」に改め、同項第一号中「承継をした」を「承継を受けた」に、「又は計算期間(」を「若しくは計算期間(」に、「以下この号において同じ。)の直前の組合損益計算期間又は計算期間」を「)又は信託行為に定める信託の計算期間(以下この項において「計算期間等」という。)の直前の計算期間等の」に改め、「その組合事業」の下に「又は信託」を、「貸借対照表」の下に「その他これに準ずる書類」を加え、「組合事業に係る組合財産に対する当該」を「承継をした」に、「持分の割合」を「組合財産持分割合又は受益者の信託財産持分割合」に改め、同項第二号中「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改め、同項第三号中「組合員が当該」を「承継をした組合員又は受益者が当該」に改め、「資産」の下に「又は当該受益者の信託財産に属する資産」を、「含む。)」の下に「又は当該受益者の信託財産に属する負債」を、「(当該組合員」の下に「又は当該受益者」を、「地位」の下に「又は受益者たる地位」を加え、同条第5項中「規定する組合事業」の下に「又は信託財産に帰せられる損益」を、「場合は、組合事業」の下に「又は信託」を、「おいて、当該組合事業」の下に「又は当該信託」を、「係る債務」の下に「又は信託債務(その信託の受託者が信託財産に属する財産をもって履行する責任を負う債務(その信託の受益者の債務を除く。)をいう。)」を加え、「第39条の31第3項第二号」を「第39条の31第7項」に改め、「みて、当該組合事業」の下に「又は当該信託の信託財産に帰せられる損益」を加え、同条第6項中「組合員であるもの」を「組合員又は信託の受益者であるもの」に改め、「場合」の下に「又は当該信託の清算結了その他の事由により当該信託の受益者でなくなった場合」を加え、「当該事由」を「これらの事由」に、「組合事業による連結組合損失額」を「組合事業又は当該信託による連結組合等損失額」に改め、同条第7項中「の組合事業」の下に「又は信託」を加え、「組合益金額」を「組合等益金額」に改め、「当該組合事業」の下に「又は当該信託」を加え、「組合損金額」を「組合等損金額」に、「連結組合利益額」を「連結組合等利益額」に改め、同条第8項中「組合員であるもの」を「組合員又は信託の受益者であるもの」に改め、「地位」の下に「又は当該受益者たる地位」を、「組合事業」の下に「又は当該信託」を加え、「連結組合損失超過合計額」を「連結組合等損失超過合計額」に改め、同条第9項中「地位の承継をした」を「地位又は信託の受益者たる地位の承継を受けた」に、「を締結していた」を「に係る組合員又は当該信託の受益者であった」に改め、「同じ。)」の下に「又は特定受益者(同条第1項に規定する特定受益者をいう。以下この項及び第13項において同じ。)」を、「から特定組合員」の下に「又は特定受益者」を加え、同条第10項中「地位の承継をした」を「地位又は信託の受益者たる地位の承継を受けた」に、「有する連結組合損失超過合計額」を「有する連結組合等損失超過合計額」に、「当該承継をした」を「当該承継を受け、又は当該承継をした」に改め、同項第一号及び第二号中「組合事業の連結組合損失超過合計額」を「組合事業又は当該信託の連結組合等損失超過合計額」に、「規定する組合損失超過合計額」を「規定する組合等損失超過合計額」に改め、同条第11項中「組合員の地位」を「組合員たる地位又は受益者たる地位」に改め、「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を加え、同条第13項中「特定組合員」の下に「又は特定受益者(当該信託に係る調整出資等金額を超える組合等損失額が生ずるおそれがないと見込まれ、かつ、第5項に規定する損失補てん等契約が締結されていない場合における当該特定受益者を除く。)」を加え、「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に、「に係る連結組合損失額又は連結組合利益額」を「又は信託に係る連結組合等損失額又は連結組合等利益額」に、「連結組合損失超過額及び連結組合損失超過合計額」を「連結組合等損失超過額及び連結組合等損失超過合計額」に、「調整出資金額」を「調整出資等金額」に改める。


　第39条の126第2項第二号イ中「及びホ」を「、ホ及びヘ」に、「同号ヘ」を「同号ト」に改め、同号ロ中「ニまで」を「ホまで」に、「同号ホ」を「同号ヘ」に改め、同条第3項中「承継をした」を「承継を受けた」に改め、同条第7項中「の承継をした」を「の承継を受けた」に、「当該承継をした」を「当該承継を受け、又は当該承継をした」に改め、同条第8項中「組合員の」を「組合員たる」に改め、同条第10項中「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める。


　第3章第29節中第39条の127の次に次の1条を加える。

(特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例)
第39条の128　法人税法施行令第119条の7の2第1項の規定は法第68条の109の2第1項に規定する政令で定める関係について、同令第119条の7の2第3項の規定は法第68条の109の2第3項に規定する政令で定める関係について、それぞれ準用する。

２　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株(これらの法人が有していた株式(出資を含む。以下この条において同じ。)をいう。)を発行した内国法人の合併(適格合併に該当しないものに限る。)により法第68条の109の2第1項に規定する政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人(法第68条の2の3第5項第一号に規定する特定軽課税外国法人をいう。第4項において同じ。)の株式に該当するときは、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第119条第1項第五号の規定は、適用しない。

３　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株(これらの法人が有していた株式をいう。)を発行した内国法人の行った法第68条の109の2第2項に規定する特定分割型分割により分割承継法人に係る同項に規定する特定外国親法人の株式の交付を受けた場合には、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第119条第1項第六号の規定は、適用しない。

４　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株(これらの法人が有していた株式をいう。)を発行した内国法人の行った株式交換(適格株式交換に該当しないものに限る。)により法第68条の109の2第3項に規定する政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、その交付を受けた株式の取得価額については、法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における法人税法施行令第119条第1項第八号の規定は、適用しない。


(電子申請等証明書の交付)
第54条　法第97条に規定する政令で定める者は、徴収職員(国税徴収法(昭和34年法律第147号)第2項第十一号に規定する徴収職員をいう。)、匡税不服審判所長、担当審判官又は国税審議会会長とする。

２　税務署長等(法第97条に規定する税務署長等をいう。第4項において同じ。)は、同条の規定による請求があった場合には、当該請求に係る電子申請等(同条に規定する電子情報処理組織を使用して行われた同条に規定する申請等をいう。以下この条において同じ。)が行われた旨及び次の各号に掲げる事項(第二号に掲げる事項にあっては、同項に規定する請求書に同項第三号に掲げる事項の記載がある場合に限る。)を記載した書面(以下この条において「電子申請等証明書」という。)を当該請求をした者に交付しなければならない。

	一	当該電子申請等について、国税庁の使用に係る電子計算機に備えられたファイルヘの記録がされた日(次項において「到達日」という。)
	二	当該電子申請等について、当該電子申請等を行う者が入力して送信した事項

３　電子申請等証明書の交付を受けようとする者は、証明を受けようとする電子申請等の到達目が法第97条の規定による請求をしようとする日の前日から起算して3年前の日前であるときは、当該請求をすることができない。

４　電子申請等証明書の交付を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した請求書を税務署長等に提出しなければならない。

	一	証明を受けようとする電子申請等
	二	前号の電子申請等を行った日
	三	第一号の電子申請等につき、第2項第二号に掲げる事項の証明を受けようとする場合には、その旨
	四	その他参考となるべき事項

５　電子申請等証明書の交付の請求及びその交付は、法第97条に規定する電子情報処理組織を使用して行うものとする。

６　第4項に規定する請求書及び電子申請等証明書の様式は、財務省令で定める。


附則


(施行期日)
第1条　この政令は、平成19年4月1日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

	一	目次の改正規定((中略) 「第8節の5　内国法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例(第39条の20の2―第39条の20の7)」 を 「第8節の5　削除 　第8節の6　特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の20の8―第39条の20の14)」 に改める部分、 「第28節　連結法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例(第39条の120の2―第39条の120の7)」 を 「第28節　削除 　第28節の2　特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例(第39条の120の8―第39条の120の14)」 に改める部分 及び「第39条の127」を「第39条の128」に改める部分に限る。)、(中略)第36条第5項の改正規定(「第112条第12項」を「第112条第13項」に改める部分を除く。)、第39条の19第8項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項を同条第7項とする改正規定、同条第5項を同条第6項とする改正規定、同条第4項第一号の改正規定、同項第三号の改正規定、同項を同条第5項とする改正規定、同条第3項の次に1項を加える改正規定、第3章第8節の5の次に1節を加える改正規定、第39条の35の改正規定、同条を第39条の34の2とし、同条の次に2条を加える改正規定、第39条の90第6項の改正規定、第39条の119第8項を同条第9項とし、同条第7項を同条第8項とし、同条第6項を同条第7項とする改正規定、同条第5項を同条第6項とする改正規定、同条第4項第一号の改正規定、同項第三号の改正規定、同項を同条第5項とする改正規定、同条第3項の次に1項を加える改正規定、第3章第28節の次に1節を加える改正規定並びに同章第29節中第39条の127の次に1条を加える改正規定並びに附則(中略)第28条、第32条、第35条並びに第39条の規定 　平成19年5月1日
	二	第26条の27第1項の改正規定 　平成19年7月1日
	三	目次の改正規定(「第44条」を「第44条の2」に改める部分に限る。)、第4条の3第5項の改正規定及び第4章中第44条の次に1条を加える改正規定並びに附則第6条第2項の規定 　平成20年1月1日
	四	目次の改正規定(「第54条」を「第54条・第55条」に改める部分に限る。)、第5条の3第2項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の4第9項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の5第8項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の6第9項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の7第3項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の8第3項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第5条の9第2項の改正規定(「並びに」を「、法第41条の19の3第1項並びに」に改める部分に限る。)、第26条の28の3の次に1条を加える改正規定及び第6章中第54条を第55条とし、同条の前に1条を加える改正規定(後略) 　平成20年1月4日
	五	(前略)第27条の4の改正規定(同条第14項に係る部分を除く。)、第27条の5の改正規定、第27条の6(見出しを含む。)の改正規定、第27条の7(見出しを含む。)の改正規定(同条第6項を削り、同条第7項中「第42条の7第1項第六号」を「第42条の7第1項第五号」に改め、同項を同条第6項とし、同条第8項を削り、同条第9項を同条第7項とする部分を除く。)、第27条の9第11項の改正規定、第27条の10(見出しを含む。)の改正規定、第27条の11(見出しを含む。)の改正規定、第37条第2項第一号の改正規定、第38条の4第3項後段の改正規定、同条第5項後段の改正規定、同条第6項後段の改正規定、第39条の39の改正規定、第39条の40の改正規定、第39条の41(見出しを含む。)の改正規定、第39条の42(見出しを含む。)の改正規定(同条第6項を削り、同条第7項中「第68条の12第1項第六号」を「第68条の12第1項第五号」に改め、同項を同条第6項とし、同条第8項を削り、同条第9項を同条第7項とする部分及び同条第10項を同条第8項とする部分を除く。)、第39条の43第7項の改正規定、第39条の44(見出しを含む。)の改正規定、第39条の45(見出しを含む。)の改正規定、第39条の97第2項後段の改正規定、同条第4項後段の改正規定及び同条第5項後段の改正規定並びに附則(中略)第26条及び第33条の規定 　平成20年4月1日
	六	目次の改正規定(「(第1条)」を「(第1条・第1条の2)」に、「第1条の2」を「第1条の3」に改める部分に限る。)、(中略)第29条の4第7項の改正規定(「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める部分に限る。)、第29条の5第12項の改正規定、第29条の6第4項の改正規定、第38条の4第1項の改正規定、同条第2項の改正規定、同条第3項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第4項の改正規定、同条第5項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第6項第一号の改正規定、同条第7項の改正規定、同条第9項の改正規定、第38条の5第1項の改正規定、同条第2項の改正規定、同条第4項の改正規定、第39条第26項の改正規定、第39条の7第53項の改正規定(同項を同条第54項とする部分を除く。)、第39条の9第20項の改正規定、第39条の9の2第13項の改正規定、第39条の12第5項の改正規定、第39条の14第2項第二号ロの改正規定、第39条の15第1項第一号の改正規定(「第8款」を「第10款」に改める部分に限る。)、同項第二号の改正規定、同条第2項第十三号の改正規定、同条第3項第一号の改正規定、同項第三号及び第四号を削る改正規定、同条第4項第二号の改正規定(「(次条第3項第一号」を「(次条第3項」に改める部分に限る。)、同項第三号及び第四号を削る改正規定、同条第5項の改正規定、第39条の16第1項の改正規定、同条第2項の改正規定、同条第3項の改正規定、同条第4項の改正規定、同条第5項の改正規定、同条第6項の改正規定(同項中「、内国法人又は特定信託の受託者である法人と」を「又は内国法人と」に改める部分及び同項第二号イ中「、内国法人又は特定信託の受託者である法人」を「又は内国法人」に改める部分に限る。)、第39条の17第1項第二号及び第三号の改正規定、同項第四号を削る改正規定、同項第五号の改正規定、同号を同項第四号とする改正規定、同項第六号を同項第五号とする改正規定、同条第2項第一号の改正規定、第39条の18第1項の改正規定(「特定外国子会社等」の下に「(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」を加える部分を除く。)、同条第3項第二号の改正規定、同条第12項及び第17項の改正規定、第39条の19第1項の改正規定(「同項に規定する特定外国子会社等」を「、同項に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」に改める部分を除く。)、同条第2項の改正規定、同条第3項第二号及び第三号の改正規定、第39条の20に2項を加える改正規定、第3章第8節の5の改正規定、第39条の31の前の見出しの改正規定、同条の改正規定(同条第4項中「第112条第12項」を「第112条第13項」に改める部分を除く。)、第39条の32の改正規定(同条第1項に係る部分を除く。)、第39条の32の2第8項の表第142条第2項の項の改正規定、第39条の32の3第8項の表第142条第2項の項の改正規定、第39条の35の2を削る改正規定、第39条の35の3の見出しの改正規定、同条第1項の改正規定(「受益証券」を「受益権」に改める部分を除く。)、同条第2項の改正規定、同条第3項の改正規定(「第68条の3の3第1項第一号ハ」を「第68条の3の2第1項第一号ハ」に改める部分に限る。)、同条第4項の改正規定、同条第5項から第7項までを削る改正規定、同条第8項の改正規定、同項を同条第5項とし、同項の次に1項を加える改正規定、同条第9項を削る改正規定、同条第10項の改正規定(「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める部分を除く。)、同項を同条第7項とし、同項の次に2項を加える改正規定、同条第11項から第19項までを削り、同条を第39条の35の2とする改正規定、第39条の35の4の見出しの改正規定、同条第1項の改正規定(「投資信託及び投資法人に関する法律」を「投資信託約款(投資信託及び投資法人に関する法律」に、「第25条第1項又は第49条の4第1項に規定する投資信託約款(以下この条において「投資信託約款」という」を「第4条第1項に規定する委託者指図型投資信託約款又は投資信託法第49条第1項に規定する委託者非指図型投資信託約款をいう。以下この条において同じ」に改める部分を除く。)、同条第2項の改正規定、同条第3項の改正規定(「第68条の3の4第1項第一号ロ」を「第68条の3の3第1項第一号ロ」に改める部分に限る。)、同条第4項の改正規定(「第68条の3の4第1項第一号ハ」を「第68条の3の3第1項第一号ハ」に改める部分に限る。)、同条第5項の改正規定、同条第6項の改正規定、同条第7項の改正規定(同項第二号中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める部分を除く。)、同条第8項及び第9項の改正規定、同条第10項から第16項までを削り、同条を第39条の35の3とし、同条の次に1条を加える改正規定、第39条の35の5から第39条の35の19までを削る改正規定、第39条の36第1項の改正規定、第39条の63第6項の改正規定(「第2条第三十一号の三」を「第2条第三十二号」に改める部分に限る。)、第39条の64第7項の改正規定、第39条の65第3項の改正規定、第39条の97第1項の改正規定、同条第2項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第3項の改正規定、同条第4項第一号の改正規定、同項第二号の改正規定、同条第5項第一号の改正規定、同条第6項の改正規定、同条第8項の改正規定、第39条の98第1項の改正規定、同条第2項の改正規定、同条第4項の改正規定、第39条の99第6項の改正規定、第39条の114第2項第二号ロの改正規定、第39条の115第1項第一号の改正規定(「第8款」を「第10款」に改める部分に限る。)、同項第二号の改正規定、同条第2項第十三号の改正規定、同条第3項第一号の改正規定、同項第三号及び第四号を削る改正規定、同条第4項第二号の改正規定(「次条第3項第一号」を「次条第3項」に改める部分に限る。)、同項第三号及び第四号を削る改正規定、同条第5項の改正規定、第39条の116第1項の改正規定、同条第2項の改正規定、同条第3項の改正規定、同条第4項の改正規定、第39条の117第1項第二号及び第三号の改正規定、同項第四号を削る改正規定、同項第五号の改正規定、同号を同項第四号とする改正規定、同項第六号を同項第五号とする改正規定、同条第2項第一号の改正規定、第39条の118第1項の改正規定(「特定外国子会社等」の下に「(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」を加える部分を除く。)、同条第3項第二号の改正規定、同条第12項及び第17項の改正規定、第39条の119第1項の改正規定(「同項に規定する特定外国子会社等」を「、同項に規定する特定外国子会社等(以下この条において「特定外国子会社等」という。)」に改める部分を除く。)、同条第2項の改正規定、同条第3項第二号及び第三号の改正規定、第39条の120に2項を加える改正規定、第3章第28節の改正規定、第39条の125の前の見出しの改正規定、同条の改正規定、第39条の126の改正規定(中略)並びに附則(中略)第31条、第38条(中略)の規定 　信託法(平成18年法律第108号)の施行の日
	七	(前略)第32条の2第8項の改正規定、第39条の22第2項第八号の改正規定、第39条の29第1項の改正規定、第39条の32の2第2項の改正規定(「第5項」を「第6項」に改める部分を除く。)、同条第6項第二号の改正規定、同条第5項の改正規定(同項を同条第6項とする部分を除く。)、第39条の32の3第3項の改正規定、同条第6項の改正規定、同条第8項の表第142条第1項の項の改正規定、第39条の35の3第1項の改正規定(「受益証券」を「受益権」に改める部分に限る。)、同条第3項の改正規定(「第68条の3の3第1項第一号ハ」を「第68条の3の2第1項第一号ハ」に改める部分を除く。)、同条第10項の改正規定(「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める部分に限る。)、第39条の35の4第1項の改正規定(「投資信託及び投資法人に関する法律」を「投資信託約款(投資信託及び投資法人に関する法律」に、「第25条第1項又は第49条の4第1項に規定する投資信託約款(以下この条において「投資信託約款」という」を「第4条第1項に規定する委託者指図型投資信託約款又は投資信託法第49条第1項に規定する委託者非指図型投資信託約款をいう。以下この条において同じ」に改める部分に限る。)、同条第3項の改正規定(「第68条の3の4第1項第一号ロ」を「第68条の3の3第1項第一号ロ」に改める部分を除く。)、同条第4項の改正規定(「第68条の3の4第1項第一号ハ」を「第68条の3の3第1項第一号ハ」に改める部分を除く。)、同条第7項第二号の改正規定(「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める部分に限る。)、第39条の72第4項の改正規定(後略) 　証券取引法等の一部を改正する法律(平成18年法律第65号)の施行の日
	八	(前略)第28条の5の改正規定及び第39条の49の改正規定 　企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律(平成19年法律第40号)の施行の日
	九	(前略)第28条の10第2項の改正規定(「第44条の7第1項第二号」を「第44条の6第1項第二号」に改める部分を除く。)並びに附則(中略)第27条第3項の規定 　食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律の一部を改正する法律(平成19年法律第83号)の施行の日
	十	(前略)第38条の5第9項の改正規定、同条第23項の改正規定、第39条の98第9項の改正規定、同条第23項の改正規定(中略) 　雇用保険法等の一部を改正する法律(平成19年法律第30号)の施行の日
	十一	(前略)第38条の4の改正規定(同条第1項から第7項まで、第9項、第18項第二号イ及び第20項第二号イに係る部分を除く。)、第38条の5第24項の改正規定、同条第25項の改正規定、同条第26項の改正規定、第39条の5の改正規定(同条第28項中「特定旅客施設、一般交通用施設又は公共用施設」を「生活関連施設又は一般交通用施設」に改める部分、同条第21項第一号中「受けた法人」の下に「で、中小企業等協同組合法第9条の2第7項に規定する特定共済組合及び同法第9条の9第4項に規定する特定共済組合連合会以外のもの」を加える部分及び同号イ(2)に係る部分を除く。)、第39条の7の改正規定(同条第9項及び第10項に係る部分並びに同条第53項中「第14条の5第三号ロ」を「第14条の8第三号ロ」に改める部分を除く。)、第39条の15第1項第一号の改正規定(「第十八号」を「第十九号」に改める部分に限る。)、同条第7項の改正規定、第39条の97第10項の改正規定、同条第12項第一号の改正規定、同条第17項の改正規定、第39条の106の改正規定、第39条の115第1項第一号の改正規定(「第十八号」を「第十九号」に改める部分に限る。)、同条第7項の改正規定及び第54条第1項の改正規定(中略) 　都市再生特別措置法等の一部を改正する法律(平成19年法律第19号)の施行の日
	十二	(前略)第38条の4第18項第二号イの改正規定、同条第20項第二号イの改正規定、第39条の7第9項第二号イの改正規定、同条第10項第二号イ(1)の改正規定(中略)並びに附則(中略)第30条第1項並びに第37条の規定 　都市の秩序ある整備を図るための都市計画法等の一部を改正する法律(平成18年法律第46号)の施行の日(平成19年11月30日)
	十三	省略
	十四	第28条の6第1項の改正規定、第39条の51第1項の改正規定及び第42条の9(見出しを含む。)の改正規定並びに附則第27条第2項及び第34条第2項の規定 　産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律(平成19年法律第36号)の施行の日

(法人税の特例に関する経過措置の原則)
第25条　新令第3章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人(法人税法(昭和40年法律第34号)第2条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。)の施行日以後に開始する事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に開始する連結事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に開始した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。


(試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置)
第26条　新令第27条の4第8項の規定は、法人が平成20年4月1日以後に締結する契約に係る改正法第2条の規定による改正後の法人税法第63条第2項に規定するリース譲渡に係る収益の額について適用する。


(法人の減価償却に関する経過措置)
第27条　法人が施行日前に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。第3項において同じ。)をした旧令第28条第1項第二号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

２　新令第28条の6第1項(第四号及び第五号に係る部分に限る。)の規定は、同項第四号又は第五号に掲げる法人が附則第1条第十四号に定める日以後に取得又は製作をする新法第44条の3第1項に規定する事業革新設備について適用する。

３　新令第28条の8第2項の規定は、法人が附則第1条第九号に定める日以後に取得等をする同項第一号に掲げる機械その他の減価償却資産について適用し、法人が同日前に取得等をした旧令第28条の10第2項に規定する機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

４　改正法附則第93条第15項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第45条の2(第2項に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第28条の12の規定は、なおその効力を有する。

５　改正法附則第93条第18項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第46条の3の規定に基づく旧令第29条の3の規定は、なおその効力を有する。

６　改正法附則第93条第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第47条(第3項に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第29条の4の規定は、なおその効力を有する。

７　新令第29条の5第1項第三号の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第47条の2第3項第一号に掲げる建築物について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第47条の2第3項第一号に掲げる建築物については、なお従前の例による。

８　旧令第29条の5第3項第二号に掲げる法人が施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。

９　旧令第29条の5第5項第二号に掲げる法人が施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。


(沖縄の認定法人の所得の特別控除に関する経過措置)
第28条　平成19年5月1日から信託法施行日の前日までの間における新令第36条第5項の規定の適用については、同項中「及び第66条の9の7第3項」とあるのは「、第66条の9の3第3項及び第66条の9の7第3項」と、「含む。)」とあるのは「含む。)及び第39条の20の5第14項」とする。


(農業生産法人の課税の特例に関する経過措置)
第29条　改正法附則第96条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第61条の2及び第61条の3の規定に基づく旧令第37条の2及び第37条の3の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

第37条の2第2項	法第68条の64第1項	所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第119条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法(次条第4項において「旧効力措置法」という。)第68条の64第1項
	法第61条の2第3項第一号	所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第96条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第61条の2第3項第一号
第37条の3第4項	第68条の65第1項	旧効力措置法第68条の65第1項

(法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第30条　新令第39条の7第9項第二号の規定は、法人が附則第1条第十二号に定める日以後に行う新法第65条の7第1項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、法人が同日前に行った旧法第65条の7第1項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。

２　新令第39条の9の2第1項第一号の規定は、法人が施行日以後に行う新法第65条の13第1項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税について適用し、法人が施行日前に行った旧法第65条の13第1項に規定する所有隣接土地等の同項に規定する交換又は譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。


(組合事業等による損失がある場合の課税の特例に関する経過措置)
第31条　改正法附則第105条第1項に規定する旧信託の同項に規定する旧受益者たる地位の承継を受ける者について新法第67条の12の規定を適用する場合における新令第39条の31の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

第3項第三号	(法	(所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第105条第2項の規定により読み替えられた同法第12条の規定による改正後の租税特別措置法
第4項	法人税法第12条第1項の規定により当該法人の費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる費用の額	当該法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる支出の額
	法人税法第12条第1項の規定により当該法人の収益とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益の額	当該法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる収入の額
第5項第一号イ	現物資産の価額に対する各受益者が法人税法第12条第1項の規定により有するものとみなされる部分の価額の割合	現物資産について所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)第2条の規定による改正前の法人税法第12条第1項本文の規定において各受益者が有するものとみなされる部分の価額の当該現物資産の価額に対する割合
第5項第二号イ	法人税法第12条第1項の規定により当該法人の収益及び費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益及び費用に係る損益の額	当該法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる収入及び支出の額

(特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置)
第32条　新令第39条の35第2項から第5項までの規定は、法人が平成19年10月1日以後に行われる合併、分割型分割又は株式交換により交付を受ける株式(出資を含む。)について適用する。


(連結法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置)
第33条　新令第39条の39第9項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が改正法第2条の規定による改正後の法人税法第81条の3第1項の規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合における平成20年4月1日以後に締結する契約に係る同法第63条第2項に規定するリース譲渡に係る収益の額について適用する。


(連結法人の減価償却に関する経過措置)
第34条　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等(取得又は製作若しくは建設をいう。第3項において同じ。)をした旧令第39条の46第1項第二号に掲げる機械その他の減価償却資産については、なお従前の例による。

２　新令第39条の51第1項(第四号及び第五号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、同項第四号又は第五号に掲げるものが附則第1条第十四号に定める日以後に取得又は製作をする新法第68条の21第1項に規定する事業革新設備について適用する。

３　新令第39条の56の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得等をする新法第68条の27第1項に規定する工業用機械等について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得等をした旧法第68条の27第1項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。

４　改正法附則第117条第18項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の32の規定に基づく旧令第39条の61の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第1項中「第29条の3第1項」とあるのは、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令(平成19年政令第92号)附則第27条第5項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第29条の3第1項」とする。

５　改正法附則第117条第21項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の34(第3項に係る部分に限る。)の規定に基づく旧令第39条の63の規定は、なおその効力を有する。

６　新令第39条の64第1項第三号の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第68条の35第3項第一号に掲げる建築物について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第68条の35第3項第一号に掲げる建築物については、なお従前の例による。

７　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧令第39条の64第3項第二号に掲げるものが施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。

８　連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、旧令第39条の64第5項第二号に掲げるものが施行日前に取得又は新築をした同項に規定する耐火建築物については、なお従前の例による。


(沖縄の認定法人の連結所得の特別控除に関する経過措置)
第35条　平成19年5月1日から信託法施行日の前日までの間における新令第39条の90第6項の規定の適用については、同項中「及び第68条の93の7第3項」とあるのは「、第68条の93の3第3項及び第68条の93の7第3項」と、「含む。)」とあるのは「含む。)及び第39条の120の5第14項」とする。


(連結法人である農業生産法人の課税の特例に関する経過措置)
第36条　改正法附則第119条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第68条の64及び第68条の65の規定に基づく旧令第39条の91及び第39条の92の規定は、なおその効力を有する。この場合において、次の表の上欄に掲げる旧令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

第39条の91第1項第一号	第37条の2第1項第一号	租税特別措置法施行令の一部を改正する政令(平成19年政令第92号)附則第29条の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令(次条において「旧効力措置法施行令」という。)第37条の2第1項第一号
第39条の92第2項	第37条の3第2項各号	旧効力措置法施行令第37条の3第2項各号
第39条の92第4項	第61条の3第1項	所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第6号)附則第96条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第12条の規定による改正前の租税特別措置法第61条の3第1項
第39条の92第7項第一号	第37条の3第6項第一号	旧効力措置法施行令第37条の3第6項第一号
第39条の92第7項第二号	第37条の3第6項第二号	旧効力措置法施行令第37条の3第6項第二号

(連結法人の資産の譲渡等の場合の課税の特例に関する経過措置)
第37条　新令第39条の106第2項(新令第39条の7第9項第二号に係る部分に限る。)の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が附則第1条第十二号に定める日以後に行う新法第68条の78第1項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が同日前に行った旧法第68条の78第1項の表の第十二号の上欄に掲げる資産の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。


(連結法人の組合事業等による損失がある場合の課税の特例に関する経過措置)
第38条　改正法附則第127条第1項に規定する旧信託の同項に規定する旧受益者たる地位の承継を受ける者について新法第68条の105の2の規定を適用する場合における新令第39条の125の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。

第2項	法第67条の12第1項	所得税法等の一部を改正する法律(平成19年法律第六号。以下この項及び次項において「改正法」という。)附則第127条第2項の規定により読み替えられた改正法第12条の規定による改正後の租税特別措置法第68条の105の2第1項
	同法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる費用の額	当該連結親法人又はその連結子法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる支出の額
	同法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の収益とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益の額	当該連結親法人又はその連結子法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる収入の額
第3項	法第67条の12第1項に規定する受益者	改正法附則第105条第2項の規定により読み替えられた改正法第12条の規定による改正後の租税特別措置法第67条の12第1項に規定する受益者
第3項第一号イ	現物資産の価額に対する各受益者が法人税法第12条第1項の規定により有するものとみなされる部分の価額の割合	現物資産について改正法第2条の規定による改正前の法人税法第12条第1項本文の規定において各受益者が有するものとみなされる部分の価額の当該現物資産の価額に対する割合
第3項第二号イ	法人税法第12条第1項の規定により当該連結親法人又はその連結子法人の収益及び費用とみなされる当該信託の信託財産に帰せられる収益及び費用に係る損益の額	当該連結親法人又はその連結子法人に係る当該信託の信託財産に帰せられる収入及び支出の額

(特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例に関する経過措置)
第39条　新令第39条の128第2項から第4項までの規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が平成19年10月1日以後に行われる合併、分割型分割又は株式交換により交付を受ける株式(出資を含む。)について適用する。