法人税法施行規則の一部を改正する省令

　所得税法等の一部を改正する法律(平成16年法律第14号)及び法人税法施行令の一部を改正する政令(平成16年政令第101号)の施行に伴い、並びに同令附則、法人税法(昭和40年法律第34号)及び法人税法施行令(昭和40年政令第97号)の規定に基づき、法人税法施行規則の一部を改正する省令を次のように定める。

　平成16年3月31日

財務大臣　谷垣　禎一

　法人税法施行規則(昭和40年大蔵省令第12号)の一部を次のように改正する。

目次中
「第3編　外国法人の納税義務
　　第1章　申告、納付及び還付(第61条・第61条の2)
　　第2章　青色申告(第62条)　　　　　　　　　　　」
を
「第3編　外国法人の納税義務
　　第1章　各事業年度の所得に対する法人税(第61条)
　　第2章　特定信託の各計算期間の所得に対する法人税(第61条の2・第61条の3)
　　第3章　退職年金等積立金に対する法人税(第61条の4)
　　第4章　青色申告(第62条)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
に改める。


　第1条中「適格合併」」の下に「、「分割型分割」」を加え、「第十一号から第十五号まで」を「第十一号から第十二号の七の四まで、第十二号の八、第十二号の九、第十二号の十一、第十二号の十二、第十二号の十四から第十五号まで」に改め、「、適格合併」の下に「、分割型分割」を加える。


　第8条の2を削る。


　第8条の2の2第1項中「及び都市再生特別措置法(平成14年法律第22号)」を「、都市再生特別措置法(平成14年法律第22号)及び主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律(平成6年法律第113号)」に改め、同条を第8条の2とする。


　第8条の3第1項中「中小企業総合事業団」を「独立行政法人中小企業基盤整備機構」に改める。


　第8条の3の10第1項中「次の各号に」を「次に」に改め、「(第三号に掲げる書類のうち、棚卸資産の引渡し又は受入れに際して作成されたもの(帳簿代用書類に該当するものを除く。)にあっては、5年間)」を削り、「同号に」を「第三号に」に改め、同条第2項を削り、同条第3項中「第1項」を「前項」に改め、、同項を同条第2項とし、同条第4項の表の第一号中「掲げる書類」の下に「(帳簿代用書類に該当するものを除く。)」を加え、「第59条第5項」を「第59条第3項」に改め、同表の第二号中「第59条第5項」を「第59条第3項」に改め、同項を同条第3項とし、同条に次の1項を加える。

4　前項の表の第一号の上欄に規定する帳簿代用書類とは、第1項第三号に掲げる書類のうち、第8条の3の5の規定により記載すべき事項の全部又は一部の帳簿への記載に代えて当該事項が記載されている書類を整理し、その整理されたものを保存している場合における当該書類をいう。


　第16条第一号中「第18条まで」を「この款」に改める。


　第20条第1項中「こえて」を「超えて」に改め、同条第2項中「次の各号に」を「次に」に改め、同項第一号中「個個」を「個々」に、「こえて」を「超えて」に、「取得価額のうち」を「取得価額(減価償却資産の償却限度額の計算の基礎となる取得価額をいう。以下この号及び第21条において同じ。)のうち」に改め、同項第二号中「個個」を「個々」に改める。


　第21条第三号中「についてした償却の額(各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上税金の額に算入されたものに限る。)」を「の令第61条第1項に規定する償却の額」に改める。


　第21条の2第四号中「同項に規定する」を削る。


　第23条の2中第4項を第5項とし、第3項を第4項とし、第2項を第3項とし、第1項の次に次の1項を加える。

2　令第77条第1項第三号ニに規定する財務省令で定める要件は、次に掲げる要件とする。

	一	当該研究の相当部分が当該法人の役員又は職員で大学院の課程を修了した者(これらの者の相当数が当該法人に常時勤務する場合のこれらの者に限る。)によって行われること。
	二	当該研究に必要な施設及び設備を有して行われること。

　第24条第一号中「第一号の二」を「第一号の三」に改め、「(当該法人が同項第二号ルに掲げる法人である場合には、当該書類及び当該法人が同号ルに掲げる法人に該当する旨の民法第34条(公益法人の設立)に規定する主務官庁が証明した書類(当該寄附金を支出する日以前2年内に発行されたものに限る。)の写しとして当該法人から交付を受けたもの)」を削り、同条第四号を同条第五号とし、同条第三号を同条第四号とし、同条第二号中「第34条」の下に「(公益法人の設立)」を加え、同号を同条第三号とし、同条第一号の次に次の一号を加える。

二

令第77条第1項第一号の二に掲げる法人に対して寄附金を支出した場合 　当該寄附金が当該法人の主たる目的である業務に関連する寄附金である旨の当該法人が証する書類及び当該法人が同号に掲げる法人に該当する旨の地方独立行政法人法(平成15年法律第118号)第6条第3項(財産的基礎)に規定する設立団体が証明した書類(当該寄附金を支出する日以前5年内に発行されたものに限る。)の写しとして当該法人から交付を受けたもの

　第27条の7第1項第十号中「第2条第17項」を「第2条第20項」に改め、同項第十一号中「第2条第18項」を「第2条第21項」に改め、同項第十二号中「第2条第19項」を「第2条第22項」に改め、同項第十三号中「第2条第20項」を「第2条第23項」に改め、同項第十四号中「第2条第21項」を「第2条第24項」に改め、同項第十五号中「第2条第22項」を「第2条第25項」に改め、同項第十六号中「第2条第23項」を「第2条第26項」に改め、同項第十七号中「第2条第24項」を「第2条第27項」に改め、同項第十八号中「第2条第9項」を「第2条第11項」に改め、同条第3項第四号中「同条第9項」を「同条第11項」に改める。


　第27条の14第二号中「並びに」を「、第22条の9の3第2項第六号(承継業務の事業計画の施行区域内にある土地等の交換の場合の課税の特例)並びに」に改める。


　第31条第2項を次のように改める。

2　前項の場合において、当該内国法人の提出する中間申告書に記載する法第71条第1項第一号に掲げる金額につき同条第2項又は第3項の規定を適用して計算したときは、その中間申告書に次に掲げる事項を付記しなければならない。

	一	被合併法人の名称
	二	適格合併の日
	三	第一号に規定する被合併法人に係る法第71条第2項第一号若しくは第二号又は第3項に規定する被合併法人の確定法人税額等並びにその計算の基礎となった事業年度又は連結事業年度の開始及び終了の日

　第37条第3項中「次の各号に」を「次に」に、「第3章第9節」を「第3章第10節」に改め、同項第二号中「並びに」を「、第22条の72の2第2項第七号(連結法人の承継業務の事業計画の施行区域内にある土地等の交換の場合の課税の特例)並びに」に改める。


　第37条の8第2項から第5項までを削り、同条第6項を同条第2項とする。


　第38条の3の見出し中「外国税額控除」を「外国税額の控除」に改め、同条中「第69条第1項」を「第69条第1項の」に、「第82条の7第1項」を「第82条の7第1項(特定信託に係る外国税額の控除)の」に改める。


　第38条の4中「第82条の7第1項」の下に「(特定信託に係る外国税額の控除)」を、「第38条の3」の下に「(特定信託に係る準用)」を加える。


　第38条の8中「第82条の15第1項」の下に「(特定信託に係る欠損金の繰戻しによる還付)」を加える。


　第59条第1項中「(次項に規定するものを除く。)」を削り、「次の各号に」を「次に」に改め、「(第三号に掲げる書類のうち、たな卸資産の引渡し又は受入れに際して作成されたもの(帳簿代用書類に該当するものを除く。)にあっては、5年間)」を削り、「同号に」を「第三号に」に、「たな卸表」を「棚卸表」に改め、同条第2項及び第3項を削り、同条第4項中「第1項及び第2項」を「前項」に改め、同項を同条第2項とし、同条第5項中「又は第2項」を削り、同項の表の第一号中「掲げる書類」の下に「(帳簿代用書類に該当するものを除く。)」を加え、同項を同条第3項とし、同条に次の1項を加える。

4　前項の表の第一号の上欄に規定する帳簿代用書類とは、第1項第三号に掲げる書類のうち、別表二十二に定める記載事項の全部又は一部の帳簿への記載に代えて当該記載事項が記載されている書類を整理し、その整理されたものを保存している場合における当該書類をいう。


　第59条の4中「第59条第1項及び第3項から第5項まで」を「第59条」に、「同条第3項中「前2項」とあるのは「第1項」と、「第1項第三号」とあるのは「同項第三号」と、同条第4項中「第1項及び第2項」とあるのは「第1項」と、」を「同条第2項中」に改め、「、同条第5項中「同項又は第2項」とあるのは「同項」と」を削る。


　第3編第1章の章名を次のように改める。

　　第1章　各事業年度の所得に対する法人税


　第61条の2を削る。


　第62条の表の第52条第二号の項中「行なう」を「行う」に改め、同表の第52条第五号の項中「第52条第五号」を「第52条第六号」に改め、同項の次に次のように加える。

第52条の2第二号(持定信託に係る青色申告承認申請書の記載事項)

代表者の氏名

代表者の氏名及び国内において行う事業又は国内にある資産の経営又は管理の責任者の氏名

　第62条の表の第57条及び第59条第1項第二号の項及び第60条第二号の項中「行なう」を「行う」に改める。


　第3編中第2章を第4章とし、第1章の次に次の2章を加える。

　　第2章　特定信託の各計算期間の所得に対する法人税

(特定信託に係る外国税額の控除を受けるための書類)
第61条の2　第38条の3(特定信託に係る外国税額の控除を受けるための書類)及び第38条の4(特定信託に係る繰越し又は繰戻しによる外国税額の控除を受けるための書類)の規定は、法第145条の7(外国法人に対する準用)において準用する法第82条の7第5項(特定信託に係る外国税額の控除)の規定を適用する場合について準用する。この場合において、第38条の3中「第82条の7第1項」とあるのは「第145条の7(外国法人に対する準用)において準用する第82条の7第1項」と、「第82条の7第4項」とあるのは「第145条の7(外国法人に対する準用)において準用する第82条の7第4項」と、「第156条の13第1項」とあるのは「第189条の7第2項(外国法人に対する準用)において準用する第156条の13第1項」と、第38条の4中「第82条の7第1項」とあるのは「第145条の7(外国法人に対する準用)において準用する法第82条の7第1項」と、「特定信託に係る準用)」とあるのは「特定信託に係る準用)(第61条の2(外国法人に対する準用)において準用する場合を含む。)」と読み替えるものとする。


(特定信託の各計算期間の所得に対する法人税についての申告及び還付)
第61条の3　前編第1章の3第3節(特定信託の受託者である内国法人の特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の申告及び還付)の規定は、法第145条の8(外国法人に対する準用)において準用する法第2編第1章の3第3節(内国法人に係る特定信託の各計算期間の所得に対する法人税の申告、納付、還付等)の規定を適用する場合について準用する。この場合において、第38条の5第1項第二号(特定信託中間申告書の記載事項)及び第38条の6第1項第二号(特定信託確定申告書の記載事項)中「代表者の氏名」とあるのは「代表者の氏名及び国内において行う事業又は国内にある資産の経営又は管理の責任者の氏名」と、第38条の8(特定信託に係る欠損金繰戻しの還付請求書の記載事項)中「並びに代表者の氏名」とあるのは「並びに代表者の氏名並びに国内において行う事業又は国内にある資産の経営又は管理の責任者の氏名」と読み替えるものとする。


　　第3章　退職年金等積立金に対する法人税

(退職年金等積立金に係る中間申告書及び確定申告書の記載事項)
第61条の4　第40条(退職年金等積立金中間申告書の記載事項)及び第41条(退職年金等積立金確定申告書の記載事項)の規定は、法第145条の5(申告及び納付)において準用する法第2編第2章第3節(内国法人の退職年金等積立金に対する法人税の申告及び納付)の規定を適用する場合について準用する。この場合において、第40条第1項第二号及び第41条第1項第二号中「代表者の氏名」とあるのは、「代表者の氏名及び国内において行う事業又は国内にある資産の経営又は管理の責任者の氏名」と読み替えるものとする。


　第63条の2第2項第二号中「第2条第13項」を「第2条第14項」に改める。


　第66条第1項中「及び第3項」を削る。


　第67条第2項中「(次項に規定するものを除く。)」、「(次項において「帳簿書類」という。)」及び「(前項第一号に掲げる書類のうち、棚卸資産の引渡し又は受入れに際して作成されたもの(帳簿代用書類に該当するものを除く。)にあっては、5年間)」を削り、「同号に」を「同項第一号に」に改め、同条第3項を次のように改める。

3　第59条第2項(帳簿書類の整理保存)の規定は前項の期間について、同条第3項及び第4項の規定は前項の規定による保存について、それぞれ準用する。この場合において、同条第2項中「前項」とあるのは「第67条第2項」と、同条第3項中「第1項各号に掲げる帳簿書類」とあるのは「第67条第2項に規定する帳簿及び書類」と、「第1項第三号」とあるのは「第67条第1項第一号」と、同条第4項中「第1項第三号」とあるのは「第67条第1項第一号」と、「別表二十二に定める記載事項」とあるのは「別表二十四の区分の欄に掲げる事項」と、「当該記載事項」とあるのは「当該事項」と読み替えるものとする。

　第67条第4項及び第5項を削り、同条第6項中「である内国法人」を「である法人」に、「前各1項(第3項を除く。)」を「前3項」に改め、「(次項に規定するものを除く。)」を削り、「第4項中「前2項」とあるのは「第2項」と、前項中「第2項及び第3項の」とあるのは「第2項の」と、「「第67条第2項及び第3項」を「前項中「「第67条第2項」に改め、「、「「第2項」とあるのは「同条第3項」」とあるのは「「同項又は第2項」とあるのは「同項」」と」を削り、同項を同条第4項とする。


　附則第5条第4項中「1.2パーセント」を「0.9パーセント」に改める。


附則


(施行期日)
第1条　この省令は、平成16年4月1日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

	一	目次の改正規定、第3編第1章の章名の改正規定、第61条の2を削る改正規定、第62条の表の改正規定及び同編中第2章を第4章とし、第1章の次に2章を加える改正規定 　信託業法(平成16年法律第　　号)の施行の日
	二	第8条の3第1項の改正規定 　中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律(平成14年法律第146号)の施行の日

(収益事業の範囲に関する経過措置)
第2条　改正後の法人税法施行規則(以下「新規則」という。)第8条の2第1項(信用保証業で収益事業に該当しないものの範囲等)の規定は、法人(法人税法第2条第八号(定義)に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。)のこの省令の施行の日(以下「施行日」という。)以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の旋行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。

2　新規則第8条の3第1項(無体財産権の提供等を行う事業で収益事業に該当しないものの範囲等)の規定は、法人の前条第二号に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。


(連結法人の帳簿書類の整理保存に関する経過措置)
第3条　新規則第8条の3の10(連結法人の帳簿書類の整理保存)の規定は、連結法人の平成14年4月1日以後に開始した連結事業年度において閉鎖し、又は作成し、若しくは受領した帳簿書類を保存する場合について適用する。


(寄附金の損金不算入に対する特例に関する経過措置)
第4条　法人税法施行令の一部を改正する政令(平成16年政令第101号。以下この条において「改正令」という。)附則第9条第2項(寄附金の損金不算入に対する特例に関する経過措置)に規定する財務省令で定める期間は、施行日から証明書類(同項の民法(明治29年法律第89号)第34条(公益法人の設立)の規定により設立された法人が改正令による改正前の法人税法施行令第77条第1項第二号ル(公益の増進に著しく寄与する法人の範囲)に掲げる法人に該当する旨を改正前の法人税法施行規則第24条第一号(公益の増進に著しく寄与する法人の証明書類等)の規定により同号に規定する主務官庁が証明した書類で施行日前2年以内に発行されたものをいう。)が発行された日以後2年を経過する日(当該2年を経過する日が施行日以後1年を経過する日以前に到来する場合は、当該1年を経過する日)までの期間とする。

2　改正令附則第9条第2項の規定の適用を受ける寄附金に係る新規則第24条(公益の増進に著しく寄与する法人の証明書類等)の規定の適用については、同条第三号中「同号に掲げる法人」とあるのは「法人税法施行令の一部を改正する政令(平成16年政令第101号。以下この号において「平成16年改正令」という。)による改正前の法人税法施行令第77条第1項第二号ル(公益の増進に著しく寄与する法人の範囲)に掲げる法人」と、「当該寄附金を支出する日以前2年内に発行されたもの」とあるのは「平成16年改正令の施行の日前2年以内に発行されたもの」と、「受けたもので当該2年内に発行された書類に記載されている同号の認定の日が当該支出する日以前2年(同号ハに掲げる法人にあっては、5年)内であるもの」とあるのは「受けたもの」とする。


(法人の帳簿書類の整理保存等に関する経過措置)
第5条　新規則第59条(帳簿書類の整理保存)、第59条の4(特定信託青色申告法人の特定信託に係る帳簿書類の整理保存)及び第67条(帳簿書類の整理保存等)の規定は、法人の平成13年4月1日以後に開始した事業年度又は計算期間において閉鎖し、又は作成し、若しくは受領した帳簿書類を保存する場合について適用し、法人の同日前に開始した事業年度又は計算期間において閉鎖し、又は作成し、若しくは受領した帳簿書類を保存する場合については、なお従前の例による。